在唐朝，如何管理伊斯兰教大概还没有成为一个社会问题。宋朝的“蕃坊”也很难说是单纯管理伊斯兰教的组织。元朝中央政府曾一度设置管理伊斯兰教事务的机构——“回回掌教哈的所”。但这个机构存在时间不长。就清真寺而言，宋朝时大都为私人建筑；元朝有敕修的；到了明朝敕修清真寺增多，无疑也多了点官办色彩。这就是说，政府对中国伊斯兰教的行政管理加强了。在明代，一些主要的清真寺的教长(那时官方称其为主持或住持)要由政府任命。清朝时期，中国伊斯兰教的各种寺坊管理制度逐渐完善。
在前面已经说过，中国伊斯兰教的分布是地域性的；它从未取得过中央政权；它也从未成为大多数中国人精神生活的主宰。正是这个原因，中国伊斯兰教的寺坊制度在各个时代、各个地区不大相同甚至大不相同。这里仅就清代后期对格的木和主要门宦的管理情况作一简单的介绍。
这是格的木的一种寺坊制度。通常以一个清真寺为中心，包括周围穆斯林居民，形成一个教坊。此教坊是这个地域内的宗教组织单位。范围和户数很不一致，大的可达一二百户，小的只有10数户。教坊之间互不隶属。教坊管理实行“三掌教制”。在清真寺内设置三掌教：教长、赞教和宣教。教长负责诵经、领拜等宗教活动以及同教务有关的事宜，是清真寺的最高负责人。赞教协助教长，可代教长宣讲教义，司掌劝谏。宣教负责呼唤教众礼拜。较大的清真寺还可另聘几名阿訇。三掌教最初由教众选举、选聘，后由官府任命并变为世袭。大约在元末明初，一些清真寺的掌教已经世袭。在三掌教之上，又有坊务方面的负责人“学东”和“乡老”。学东一般由上层教徒担任，乡老是其助手。他们控制三掌教，是教坊、寺院的实际掌权者。
这是门宦实行的一种分级管理的寺坊制度。门宦教主对其所属教坊实行严格控制。他把全部教坊分成若干区域，每个区域内有不同数量的教坊。教主向每个区派出自己的代理人——“热衣斯”。由热衣斯代表教主管理自己的辖区。热衣斯对教主负责。后来，有的热衣斯自成“一路诸侯”，发展成为独立的支派。有的热衣斯代代相传，成为世袭。
这是20世纪初在中国伊斯兰教出现的一种寺坊制度。“海乙寺”是一个范围很广的地区内的中心寺，或称大寺、总寺。这个地区内的其他清真寺则称为“稍麻寺”，即小寺。一个海乙寺一般管辖十几个或几十个稍麻寺。各小寺隶属于中心寺。稍麻寺掌教由海乙寺委派。聚礼、会礼及其他重大宗教活动必须在海乙寺举行。海乙寺有解释“教法”和处理民事纠纷之权。
这是中国伊斯兰教在某些地区实行的寺坊制度。一坊的最高负责人是“哈最”(即“哈的”的异译)。哈最之下设“三长”：“伊玛目”(教长)，负责讲经；“海推布”(赞教)，负责领导教众念经；“玛金”(宣教)，负责唤拜。哈最又称“总掌教”或“总理掌教”。他的职责是监督宗教法规和宗教仪式的执行，同时又是宗教法庭的总法官。在青海循化等地区，哈最制同土司制度相结合，一般由土司兼任哈最。哈最的选举制也因此变为世袭制。
这是清朝政府管理中国伊斯兰教的一种制度。关于乡约制，在前面已经作过叙述，这里不再重复。