清代前期康熙、雍正、乾隆三朝，国势兴盛。清朝统治者崇奉佛教，尊重道教，入主中原后实际上是以儒家学说施政的，而对于“回教”则是防范多于信任。入关之初，清廷为了镇慑前明残余势力，曾经宣传过“汉不及回”。但是，当着需要平衡民族关系的时候，清廷便改变调门，大呼“回不及汉”。康熙年间，世有传言，称穆斯林“夜聚明散”，意在谋叛。康熙颁布诏书，予以批驳，说“汉不及回”。雍正元年(公元1723年)、雍正八年(公元1730年)地方官吏奏请朝廷严禁回教，革除回俗。雍正痛斥了这些地方官吏的无知和昏庸。但同时认为回民是“甘为异类”的“鄙薄之徒”，“回教原一无所取”。所以雍正的民族政策是“回汉兼抑”。
乾隆后期，陕甘地区爆发以伊斯兰教为旗帜的反清农民起义。清政府开始对伊斯兰教采取高压政策。笼络中国伊斯兰教上层分子，“以回制回”；利用不同教派，破坏和削弱伊斯兰教；一旦矛盾激化，形成械斗，则坚决地以武力镇压，这是贯彻高压政策的基本策略。终清一代，这一策略没有太大的变化。
乾隆四十七年(公元1782年)发生了一起直接涉及中国伊斯兰教的文字狱。在中国伊斯兰教史上，它被称为“海富润事件”。乾隆三十九年(公元1774年)，海南三亚穆斯林海富润离家到内地游学。七年后，即乾隆四十六年(公元1781年)，海富润自陕西返海南，因病滞留汉口，居住在礼拜寺内。寺旁有一裕兴帽店，主人是南京的穆斯林袁国祚。袁氏热心于伊斯兰教事业，曾刊印刘智等人的著作。袁国祚赠送海富润《天方至圣实录年谱》一部10本、《天方字母解义》一本、《清真释疑》一本、《天方三字经》一本。乾隆四十七年五月，海富润途经桂林时受到盘查，查出阿拉伯文、波斯文伊斯兰教著作21本以及上述汉文伊斯兰教著作。知府贾中孚遂将海富润逮捕下狱，并上报广西巡抚朱椿。朱椿发文要求江南各省协查此案，同时上奏朝廷。湖北方面在接到朱椿来文后，即将袁国祚拿获，并搜出多部汉文伊斯兰教书籍。江苏方面在接到朱椿来文后，即将改绍贤(为袁刻《天方至圣实录年谱》作序)、袁国裕(国祚之兄)、谭正文(存放《天方性理》、《天方典礼》二书版片)三人拿获。金天柱(《清真释疑》作者)因官方不知其踪迹，得以幸免。刘智已死，其孙刘祖义被传讯，其家被查抄。因改绍贤在序文内提到过“广西胡公”(胡世雄)，也把远在外省的胡世雄解来苏州。广东方面搜查了省城礼拜寺及海富润之家。云贵方面，石屏州知州亲赴86岁赛玙(为《天方至圣实录年谱》作序)家搜查。整个事件涉及南中国各省，受其株连者不胜枚举。乾隆皇帝见到上报的奏折后，认为措置失当，诏谕此案不必办理。诏书中说，“新教”是“邪教”，但已除净。至于“旧教”，在陕西及直隶居住者很多，其经典沿袭旧本，并无谤毁悖逆之语。汉文伊斯兰教著作皆似“鄙俚书籍”。回民因为“愚蠢无知”才信奉此教。这一事件对于朝廷不过是虚惊一场，只好不了了之。
在镇压了陕甘穆斯林反清起义以后，清政府管理中国伊斯兰教的主要手段是实施“乡约”制度。所谓乡约制度，就是让乡里、亲属之间互相联保的一种制度。“乡约”为中国古制。明朝类似的乡约制度已在穆斯林中间实行。嘉靖(公元1522—1566年)初年，明朝政府在色目人住地设“保长”，“居人俱听约束”。万历年间(公元1573—1620年)明朝政府“以回夷编立保甲”，并令其不得聚会，不得持有兵器，等等。清雍正年间(公元1723—1735年)就在甘肃河州地区实行乡约制度。乾隆四十六年(公元1781年)以后，这种制度在西北穆斯林聚居区普遍推行。“乡约”又是一种职务。乡是基层行政单位，乡约是一乡兼管宗教与行政的负责人。穆斯林以乡为单位具结，乡约为其代表，向政府保证不发生违法犯禁之事，而政府则不干预其宗教事务。乡约分寺约与回约两种。寺约在有清真寺的地方实行。由地方官选择教内“公正之人”充当寺约，责令其约束本坊教众。一般地说，寺内阿訇很可能即为寺约。回约在没有清真寺的地方实行。按其乡里人数选择一名“老成者”为回约，责令其约束本里教众。清政府对寺约或回约，各给印札，令其分段管理，一般约期三年，期满更换。凡实行乡约的教坊，不需再立掌教、阿訇名目。在这些地区，阿訇只在教内自称；对外或对官方，则称“乡约”或“头人”。实行乡约地区的清真寺，有一定的政治权力。乡约后又称“学东”。学东则不一定是阿訇。甘东南地区自乾隆四十九年(公元1784年)后，每个教坊均实行学东制。学东管理清真寺财产，并负调解、处理民事和教务之责。学东之下有阿訇，主持宗教活动。另有“乡老”，协助学东处理各种事务并同阿訇一起念经。学东原先是选举的，后来变为世袭。
中国伊斯兰教属于逊尼派的哈乃斐教法学派。此派认为，只要做“教乘”即坚持“念、礼、斋、课、朝”五功，就应该算是一名好的穆斯林。但是，苏非派认为，这是不圆满的，还应该修炼“道乘”，念诵“齐克尔”(内部秘传箴言)。每个苏非教团都有自己独特的“齐克尔”。从明末清初开始，一些苏非教团传入中国，形成中国式的苏非教团即“门宦”，又被称为“新教”。于是，中国伊斯兰教开始分化。没有形成门宦制度的部分，相对于门宦新教，被称为“旧教”或“老教”即“格的木”。即使在门宦盛行的时期，中国绝大多数穆斯林仍然属于“格的木”。门宦实行教主制。在门宦内，一切权力归教主，教徒的行动必须听从教主的命令(讨口唤)。门宦一般都神化教主，教主亡故后为其修建拱北，世代崇祭。在门宦存在地区，教务和政务或者由教主直接控制，或者教主派出其代理人(“热衣斯”)实行分级管理。教主拥有大量动产与不动产。有的教主甚至建立亲兵卫队。教主一般是世袭的。人们认为，教主制的形成是门宦形成的主要标志。
教派、门宦的分化是清代中国伊斯兰教史上的重大事件。
中国伊斯兰教有四大门宦，三大教派。四大门宦是“哲合林耶”、“格底林耶”、“虎非耶”、“库不林耶”。三大教派是“格的木”、“西道堂”、“伊合瓦尼”。就信徒人数而言，格的木居第一位，哲合林耶居第二位，伊合瓦尼居第三位。
哲合林耶哲合林耶系阿拉伯语音译，意为高声，故又称其为“高念派”，即高声诵念“齐克尔”。因其念经时头要左右摇摆，曾被诬称为“摇头教”。哲合林耶是人数较多、传播较广、影响较大、发展较典型的一个门宦。它主要分布于青海循化、甘肃临夏、宁夏西吉、海原、固原一带以及云南和中原部分地区。它的创始人是马明心。此人是甘肃人，生于康熙五十八年(公元1719年)，死于乾隆四十六年(公元1781年)。他于雍正六年(公元1728年)10岁时随叔父去麦加朝觐。在也门入“沙孜林耶”道堂求学。乾隆九年(公元1744年)回到循化，遵师命传授沙孜林耶道堂宗旨，取名“哲合林耶”。马明心提倡简化部分宗教仪式，反对强征天课，强调布施应用于救济穷人，教权应该传贤不传子，清真寺掌教应该由教众自由选聘。马明心的这些主张，很受当地穆斯林的欢迎，信仰者日众。
哲合林耶传承世系如下：
第一辈教主马明心，死于乾隆四十六年(公元1781年)；第二辈教主穆宪章，死于嘉庆十七年(公元1812年)；第三辈教主马达天，死于嘉庆二十二年(公元1817年)；第四辈教主马以德，系马达天长子，死于道光二十九年(公元1849年)；第五辈教主马化龙，系马以德长子，死于同治十年(公元1871年)；第六辈教主马进成，系马化龙长孙，死于光绪十五年(公元1889年)，他实际上未能行使教权；第七辈教主马元章，系马明心四世孙，死于民国九年(公元1920年)；第八辈教主马震武，系马元璋第四子。
哲合林耶是一个教乘和道乘兼修的门宦。这是它在宗教功修方面的明显特征。但是，不太重视朝觐。认为朝拜教主拱北、道堂可以代替朝拜麦加。道乘方面的主要功课是高声诵念齐克尔。虽然方式多种多样，但用乐音高声唱诵却是共同的。教主的宗教功修主要是坐静，每周两次。教主传承必须有凭证即“传教衣帽”。清真寺一般不设宣礼楼，以打梆子代替宣教的呼唤。拱北和道堂同时又是进行群众性活动的场所。在教区内，实行分级管理的“热衣斯制”。在服饰方面，哲合林耶信徒头戴六牙帽，表示“六大信仰”，教主的为绿色，老年人的多为白色，青壮年的为黑色。男子穿中式带襟长袍，不留胡须。不主张妇女戴盖头、蒙面纱。
哲合林耶以伊斯兰教为旗帜举行过数次反清武装斗争。计有乾隆四十六年(公元1781年)的苏四十三起义，乾隆四十九年(公元1784年)的田五起义，同治元年(公元1862年)陕甘地区大起义。
虎非耶 虎非耶系阿拉伯语音译，意为低声，故又称其为“低念派”。这个门宦支系较多，约有21个。各支门宦之间没有道统传授的直接关系。主要分布于临夏、兰州、天水、循化、西宁、银川、同心、西海固以及新疆、云南等地区。其中花寺门宦(在甘肃临夏)创立较早，创始人是马来迟。马来迟曾去也门留学，于雍正十二年(公元1734年)回国。回国后，创花寺门宦。马来迟和马明心同在也门沙孜林耶系统的虎非耶道堂学习。但是，回国后两人各立门户，在乾隆年间终致失和，酿成流血事件。
格底林耶 格底林耶系阿拉伯语音译，意为大能。这个门宦源于波斯人格底尔所创建的苏非教团。主要分布于临夏、兰州、海原、固原等地区。其中大拱北门宦创立较早，创始人是祁静一。祁静一于康熙(公元1662—1722年)中期开始传布格底林耶宗旨。大拱北门宦有“出家人”，这是该门宦的显著特点。出家人不娶妻室，在远离家乡的深山老林中静修，故有“清真和尚”或“清真道士”之称。大拱北门宦不设教主，由出家人中推选一个当家人主管教务。由于大拱北门宦受佛、道影响，在宗教功修上特别注重“参悟”，出世思想也比较重。
库不林耶 库不林耶系阿拉伯语音译，意为至大者，自称明朝传入。据研究，其传入时间不会早于清康熙年间(公元1662—1722年)。相传库不林耶是由穆罕默德后裔穆呼引的尼直接在中国传布的。穆呼引的尼父子三人来到中国后，定居于临夏东乡大湾头，改张姓，故又称为“张门”。库不林耶传布不广，人数不多，主要在大湾头一带。
格的木 格的木系阿拉伯语音译，意为古老。就中国内地伊斯兰教而言，格的木是最古老的一个派别，故又有“老教”之称。在门宦制度形成以前，中国伊斯兰教因为没有派别分化，所以也没有“格的木”。门宦从中分化出去了，伊合瓦尼、西道堂也从中分化出去了，剩下的就是它自己——格的木。格的木历史最悠久，从唐代传入已有1300多年的历史。格的木遍及全国，信徒最多。中国伊斯兰教是以格的木为主体的。
格的木教义的基本内容包括信仰与功修两个方面。在信仰上坚持“六大信仰”。在功修上坚持“五大功课”。至于道乘修炼，认为那是副功，并不是十分必要的。格的木实行互不隶属的单一教坊制。它是以清真寺为中心联系周围穆斯林群众而形成的一种寺坊管理制度。清真寺既是宗教活动的场所，又是政治、经济、文化的中心。
伊合瓦尼 伊合瓦尼系阿拉伯语音译，意为兄弟；又称“艾亥里逊奈”，意为遵经。中国伊合瓦尼可能源于阿拉伯的瓦哈比派。瓦哈比派18世纪中叶以后在阿拉伯半岛流行。这个教派主张按照《古兰经》和“圣训”的原始精神，改革伊斯兰教。中国伊合瓦尼倡导“凭经行教”、“遵经革俗”。它的创始人是马万福，甘肃临夏东乡果园村人，通称马果园，东乡族，生于道光二十九年(公元1849年)，死于民国二十三年(公元1934年)。光绪十四年(公元1888年)，马果园利用朝觐之机在沙特受教，接受了瓦哈比教义。回国时，带回一批瓦哈比派典籍。马果园返归故里后自称伊合瓦尼，声言门宦不符合教义，号召“打倒门宦，推翻拱北”。伊合瓦尼主张力行“五功”，不提倡道乘修持，认为念经不该要报酬，重视“中(文)阿(拉伯文)兼修”的经堂教育，实行互不隶属的单一教坊制。后来，伊合瓦尼分裂为两派。一派被称为“苏派”，或“一抬教”。另一派被称为“白派”，或“三抬教”。白派又自称为“赛来夫”。伊合瓦尼主要分布于甘、宁、青各省，在内地一些大中城市也有伊合瓦尼的信徒。
西道堂 西道堂的创始人是马启西。他是甘肃临潭人，生于清咸丰七年(公元1857年)，死于民国三年(公元1914年)。马启西是晚清秀才，有较深的汉学功底。他所创建的西道堂主要宣讲汉文伊斯兰教典籍，特别是刘智的著作。马启西说：“介廉(刘智字)种子，关川(指马明心)开花，我要结果。”马启西认为，中国穆斯林一定要学习汉文和传统文化。这一主张在西道堂所创办的小学和中学中得到实现。宣扬刘智学说、以中国传统文化去阐发伊斯兰教学理是西道堂的显著特点之一。西道堂的另一个显著特点是实行集体所有制，过集体生活。西道堂坐落在临潭旧城西的一个大村庄，面积约有百余亩。西道堂除从事宗教活动外，还创办农、工、商、文等各项事业。西道堂成员特别是上层分子文化水平都比较高，成员中60%达到小学程度。因此，他们创办的宗教以外的事业大都是非常成功的。截止1949年，西道堂创建的集体农场有13个，林场13个，牧场3个，大型商号11个，还有商队；此外还有多处工场和手工作坊。
西道堂以“五大功课”为全功，反对道乘修持，重视礼拜、斋戒，重视宗教节日，有教主但不世袭，实行教坊制。西道堂重视教育，主张不分男女都上学念书，不强制儿童读经。据研究，西道堂同乃格什板底教团有某些渊源。
蒙古灭掉西辽后，新疆大部包括在窝阔台汗和察合台汗的辖区内。蒙古人在这里实行宗教宽容政策，允许各种宗教存在。佛教、伊斯兰教、基督教、摩尼教等都得到不同程度的发展。东部地区以佛教为主，高昌(在今吐鲁番附近)是其中心。北部地区有基督教。南部地区盛行伊斯兰教，其分布以喀什噶尔、和田为中心，在塔里木盆地南缘，向东延伸到罗卜(今若羌)一带，北缘向东延伸到库车一带。
元朝后期，统治新疆地区的察合台系蒙古贵族开始分裂。秃黑鲁帖木儿于元顺帝至正七年(公元1347年)在阿克苏被拥立为察合台汗。以后这个汗国被称为东察合台兀鲁斯，首府阿力麻里(今霍城西北)。在东察合台汗中，秃黑鲁帖木儿是一个很有作为的统治者。他在位期间极力推行伊斯兰教，使伊斯兰教得以迅速发展，据说有16万人成为这一宗教的信徒。秃黑鲁帖木儿本人也成了一个穆斯林。元至正二十三年(公元1363年)，秃黑鲁帖木儿亡故。经过10余年的内乱，其子黑的儿火者被拥立为东察合台汗。他在当政时期征服了吐鲁番，强迫当地的佛教徒改宗伊斯兰教。这是新疆伊斯兰教发展史上的重大事件，影响深远。自此之后，在新疆东部，伊斯兰教文明代替了佛教文明。黑的儿火者于明洪武二十四年(公元1391年)向明廷遣使朝贡。公元1408—1416年，“蒙兀儿人”(察合台系蒙古人)全部信奉了伊斯兰教。哈密地区在15世纪末也完成了伊斯兰化。在新疆南部地区，一直由蒙古的都格拉特部统治。它臣属于东察合台汗国。明正德九年(公元1514年)赛德建立叶尔羌汗国。在叶尔羌汗国，随着伊斯兰教的深入发展，和卓家族势力从中亚伸入南疆，并逐渐地控制了当地的伊斯兰教。
“和卓”系波斯语音译。在新疆伊斯兰教历史上所谓的“和卓”指的是中亚地区具有圣裔身份的宗教贵族。中亚地区的圣裔有两类人，一类人称为“赛义德”，一类人称为“和卓”。就身份的显贵而言，赛义德略高于和卓。但新疆地区和卓都自认是哈里发阿里与穆罕默德之女法蒂玛的后代，实际就是“赛义德”。和卓又分为两系，一系是有证书的，称为“和卓·赛义德·阿塔”，一系是遗失了证书的，称为“和卓·朱巴里”。16世纪中亚的和卓都属于后一系，很难肯定他们是真正的圣裔。
16世纪中叶，一个自称是和卓的玛合杜木·阿札木来到喀什噶尔传教。他是中亚苏非派乃格什板底教团二十世道祖。当时的叶尔羌汗拉失德为了对抗执掌汗国宗教大权的阿尔西丁家族，让玛合杜木·阿札木留了下来，并给予很多优待。玛合杜木·阿札木死于明嘉靖二十一年(公元1542年)。明嘉靖三十九年(公元1560年)拉失德汗病亡，其子阿布都·哈林袭位。这时叶尔羌汗国的和卓势力以伊斯哈克瓦里和伊禅卡兰为代表。他们都是玛合杜木·阿札木的儿子。玛合杜木·阿札木长子穆罕默德·伊敏(即伊禅卡兰)创建“白山派”，其幼子伊斯哈克瓦里创建“黑山派”。新疆的和卓家族势力在17世纪初分裂为上述两大派别。在进行宗教活动时，白山派教徒头戴白帽，腰系白带，故又称为“白帽回”或“白山宗”；黑山派教徒头戴黑帽，腰系黑带，故又称为“黑帽回”或“黑山宗”。这两个派别都源于苏非派，在教义上没有分歧，只在礼拜形式上有些许差别。两派的斗争是在宗教派别形式掩盖下为争夺世俗权力而进行的斗争。两派之间，骨肉相残，纷争不已。这时，叶尔羌汗国完全被和卓势力所控制，遍地开设宗教法庭，以教法处理民事刑事案件。世俗政权只是一个摆设而已。黑山派从1620年以来，先后四次统治南疆，约55年。白山派从1638年以来，先后三次统治南疆，约45年。和卓成为清代新疆历史上不容忽视的重要社会力量。
康熙八年(公元1669年)，叶尔羌汗伊斯马因支持黑山派，从喀什噶尔驱逐白山派首领阿帕克和卓。阿帕克逃往西藏。在达赖喇嘛帮助下，阿帕克联合北疆准噶尔首领噶尔丹于康熙十七年(公元1678年)出兵南疆，消灭叶尔羌汗国。准噶尔汗国开始统治南疆。阿帕克和卓成为噶尔丹统治南疆的代理人。在南疆，伊斯兰教和卓势力终于实现了教权与政权的合一。康熙三十四年(公元1695年)阿帕克和卓因病死亡，葬于喀什噶尔。
阿帕克和卓在被驱逐出新疆的时期，曾到甘肃、宁夏、青海传教。他直接传授的门徒有九人。他们是西宁的马守贞、鲜美珍、马殿功、同太巴巴、李太巴巴，河州的马宗生、祁信一，兰州的刘伯阳，河西的安西太爷。马守贞创建穆夫提门宦，马宗生创建毕家场门宦，鲜美珍创建鲜门门宦，刘伯阳创建刘门门宦。
阿帕克和卓家族统治政权崩溃后，他的后裔们始终没有放弃分裂割据的野心，时刻梦想卷土重来，复辟他们和卓家族“天堂”。乾隆二十二年(公元1757年)大小和卓叛乱。乾隆二十三年至二十四年(公元1758至1759年)，清军大举进攻库车、喀什噶尔、叶尔羌等地。在清军进剿与南疆各族人民的反抗下，大小和卓弃城逃亡。他们越葱岭至巴达克山，为当地首领素勒坦沙所擒杀。清政府统一了天山南北，加强了中央政府对新疆地区的管辖。
同治三年(公元1864年)夏，柯尔克孜族头人思的克夺占喀什噶尔。为了巩固其统治并同清军对抗，他派人赴浩罕汗国(18世纪乌兹别克人在中亚建立的封建汗国)请求军事援助。浩罕王决定派遣阿古柏以及大和卓波罗尼都之曾孙布素鲁克前往喀什噶尔。同治四年(公元1865年)一月，阿古柏率兵入侵我国新疆。
阿古柏原是浩罕汗国的一个无赖，靠钻营及裙带关系当上了大官。浩罕汗王为了消除阿古柏对自己的威胁，派他协助布素鲁克入侵新疆。阿古柏利用穆斯林对和卓的信仰，把布素鲁克扶上汗位。
阿古柏先后攻占喀什噶尔、和田、库车、库尔勒和喀喇沙尔。此时，阿古柏自封“毕调勒特汗”(“洪福之王”)。同治八年(公元1869年)，阿古柏逼走布素鲁克。第二年开始北侵，是年底，占领北疆大部分地区。
光绪元年(公元1875年)，清政府任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。光绪二年三月(公元1876年4月)，左宗棠由兰州进驻肃州，开始向新疆进军。他的方针是“先北后南”，即先收复北疆，再攻取南疆。同年十月，北疆全部收复。光绪三年三月(公元1877年4月)，清将刘锦棠率部由乌鲁木齐出发，进攻吐鲁番。是役歼灭2000余人，有一万余敌被迫投降，摧毁了阿古柏的主力。阿古柏在库尔勒自杀。
阿古柏死后，其子伯克·库里继续同清军战斗。光绪三年七月(公元1877年8月)，清军刘锦棠部开始收复南疆的战斗。九月底，收复南疆东四城库尔勒、拜城、阿克苏和乌什。接着，清军向西四城进发，于光绪四年初(公元1878年2月)，完全克复南疆西四城喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙与和田。在清军进攻喀什噶尔时，伯克·库里逃往国外。
到光绪四年初(公元1878年2月)清军完全收复南疆。阿古柏势力在新疆共存在13年之久。
新疆地区的伊斯兰教派，比内地要复杂一些。总的来讲，绝大多数穆斯林属于逊尼派，遵从哈乃斐派教法。莎车部分维吾尔族及塔什库尔干的塔吉克族穆斯林，属于十叶派。其中莎车这部分维吾尔人是十叶派中的十二伊玛目派；塔吉克人则是十叶派中的伊斯玛仪派(七伊玛目派)。在逊尼派内部，又存在着两类不同的教派：一类是重视教乘功修的教派，包括传统逊尼派和近年新兴起的圣训派(瓦哈比派)；另一类是注重道乘修持的神秘主义派(即伊禅教派)。伊禅派是一个相当复杂的教派，其内部又分若干支派：早期主要是白山派与黑山派两大支派；近代以来则主要有格底林耶、哲合林耶、虎非耶、切斯提耶、苏合拉瓦底耶、伊斯拉米耶、库不林耶、买吾里威耶、乃格什板底耶、赛合尔班迪耶等。在这些大的支派下面，往往还分化出若干小的分支派别，如苏合拉瓦底耶内部又分依纳克耶、伊斯哈克耶、达瓦尼耶、依西克耶等，虎非耶下面也有所谓喀什道堂与莎车道堂的不同。
下面我们择要介绍几个大的教派。
逊尼派 是以维护正统凯拉姆体系为主导思想的教派。重视教乘，将道乘仅视为一种副功。认为今世与后世是一个统一体，只有立足今世，才有来世的幸福。严守传统习俗，反对标新立异。其教权组织形式是单一的清真寺制度，清真寺之间互不隶属，各自独立，互不干涉，各行其是。
圣训派 有人称其为“瓦哈比派”。1981年首先在和田，1983年继则在喀什噶尔，在一些著名的大毛拉倡导下逐渐形成。主张“遵经革俗”，一切按《古兰经》和“圣训”办事，男女平等，强调既尊主、顺圣，又学习现代科学技术，适应时代步伐，不做井底之蛙。反对铺张浪费及借宗教名义敛钱榨财，反对婚姻上讲排场、索重礼及一切非教门规定的陈规陋习。反对崇拜教主、朝拜麻札，反对伊禅思潮，认为这些行为违背经训，是多神主义，有损于真主至尊的地位。其主张受到中青年的普遍赞同与拥护，现影响已扩及莎车、叶城、墨玉、皮山等地。
格底林耶 据传，18世纪由中亚传入新疆，主要分布在喀什、莎车、和田地区。重道乘，不重教乘，认为先有道，后有教，道是本然之道，是非创造性的，是无始无终的永恒存在；教是世俗的，是由世人创造的。
哲合林耶 既重教乘，更重道乘，主张“不求今世求来世”，要人们清心寡欲，修行炼功，明心悟性。念诵“齐克尔”时集体围一圆圈，摇头高声念诵，要求“传扬四方”以“扬明正道”。相传18世纪由中亚传入新疆，追随者多为贫苦农牧民及小手工业者。崇拜圣徒、圣墓。每年秋收后，和田、莎车一带的信士成群结伙地去伊玛目加帕尔萨迪克麻札进行朝拜，多时可达万人左右。据称，朝拜该麻札七次，虽不能称“哈只”，但其功亦等同于朝觐一次麦加克尔白。教主“皮林木”，人称“伊禅”，均自称是“圣裔”，代代世袭，是其教派的最高精神领袖和世俗领袖。
虎非耶 18世纪传入新疆。教道兼修，认为教中有道，道中有教，相辅相成，不可偏废，只有兼修才能使信仰完美，达到近主的目的。除“五功”外，还要静坐参悟，手持赞珠低声赞念齐克尔。视默念心诵为“暗悟显贵”。主要在星期一、五、日活动。据传，西北回族的北庄门宦、丁门门宦源于该派莎车道堂，灵明堂门宦源于该派喀什道堂。
十二伊玛目派 集中在莎车县，约五六十户人家，首领是马木提艾克伯克，有小悼念堂一座。严格遵循十叶派的伊玛目教义，崇拜阿里，相信马赫迪一定重返人间拯救人类，行圣徒和圣墓崇拜，不封斋但过肉孜节。
伊斯玛仪派 实际上属于伊斯玛仪派中的印度“霍加”派。尊阿迦汗为“活主”，本世纪50年代以前，年年派人去孟买向阿迦汗贡献赋税和朝觐，朝觐过阿迦汗者被尊称为“哈只”。每日只作晨礼和昏礼，其他三番拜及主麻日聚礼均不作；礼拜中仅有一次叩首，认为这样作才能体现真主独一性。
在中国伊斯兰教近200多年的历史上，内部教派斗争十分激烈。各教派往往因细微小事酿成大规模流血事件，骨肉相残，穆民遭殃。
中国伊斯兰教派有如下一些共同的特点：第一，中国伊斯兰教的各种教派，绝大多数是流不是源。它们或是由外国传教士直接传入，或是由中国穆斯林从国外引进，很少是中国穆斯林自己独创的。新疆维吾尔等族的逊尼派，源于阿拉伯地区逊尼派。新疆维吾尔等族的圣训派，被称作“遵经派”，主张“凭经立教”，是受18世纪中叶兴起于阿拉伯地区的瓦哈比派及本世纪初兴起于阿拉伯半岛的伊赫万运动的影响。门宦教派和伊禅教派，都源于阿拉伯和中亚地区的神秘主义修道派别苏非派。塔吉克族改奉伊斯玛仪派，是伊朗传教士赛义德·苏热大力传教的结果。莎车维吾尔族的十二伊玛目派，是200年前由巴基斯坦等地迁来的。只有被称作“汉学派”的西道堂，是中国穆斯林马启西所创，但他们也宣称自己属逊尼派，遵循大伊玛目哈尼发学派，即哈乃斐教法学派。
第二，中国伊斯兰教派分化的历史都不长，虽然在很久以前就有不同教派的穆斯林在中国的土地上栖身与活动，但均非中国伊斯兰教本身的教派分化。中国穆斯林的教派分化史，最早发生在新疆维吾尔族地区，迄今不过300多年的时间；内地回回等族的教派分化，大约始于17世纪末、18世纪初。
第三，中国伊斯兰教各教派之间理论分歧不大。无论是格的木、西道堂、伊合瓦尼，还是门宦教派和伊禅教派，都是逊尼派，都承认四大哈里发为正统，都遵守大伊玛目哈尼发的教法学理论。他们之间的主要区别，既非根本信仰的互异，也非政治主张的不同，而是在宗教修持、宗教仪式、组织形式等方面存在一些差别，均系细枝末节的分歧。
第四，中国逊尼派，保留不少十叶派的习俗和影响。如重绿色；特别尊崇阿里及其十二代子孙，称之为“正道伊玛目”；注重纪念阿里之妻法蒂玛；传习经典多用波斯语典籍，举意词用波斯语，日常宗教用语大量使用波斯语借词等等。
第五，各教派不同程度地都接受了中国传统文化的影响，特别是受汉文化的影响颇深。如中国以嫡长子世袭王位为基本内容的正统观念，中国封建帝王的觐见之礼，对以哲合林耶为代表的门宦、伊禅教派就有一定影响；庄子避世的人生哲学对格底林耶大拱北门宦影响很深；格的木、西道堂接受中国传统文化的影响，更是众所周知的。
基于上述分析，可以认为，中国伊斯兰教各派之间的团结是有共同基础的。尽管各派的分歧和争执会存在，但是，大家都信仰伊斯兰教，大家都是穆斯林。在“各信各德”、“一视同仁”的原则下，只要做到互不排斥，互不干涉，互相尊重，互相帮助，互相商谈，就一定能求同存异，加强团结，共同建设我们的祖国。