到了明代，伊斯兰教终于有了比较固定的称呼——“回回教门”、“回回教”，或略称之为“回教”。从此，中国把伊斯兰教称为“回教”。
大家知道，朱元璋是以“驱逐胡虏，恢复中华”相号召而开展反元斗争的。他本人当过和尚。朱明王朝建立以后，初期的政治气候对于作为“色目人”主要成员穆斯林显然是不利的。洪武元年(公元1368年)，太祖颁布诏书，“复衣冠如唐制”，禁止辫发、椎髻、胡服、胡语、胡姓。明初还曾明令禁止闽南蒲寿庚后代入仕为官。《明律》规定，色目人不得本类自相嫁娶，可以与汉人等通婚，但一定要两厢情愿。如果违犯，打80杖，男女入官为奴。这条规定似乎难以贯彻，但它表明统治者较前不同的一种政治倾向。
在经济上，明初推行重农政策。这使历来以经商为业的中国穆斯林受到歧视。农民之家可以穿绢纱，而商贾之家只许穿布衣。
明朝实行严厉的海禁。成祖继位，布告天下25条施政纲领，其中有一条就是实行海禁。对于外国的朝献，明政府也予以限制，有的规定三年一贡，有的规定五年一贡，而且人数有定额。“自是朝贡遂稀”。这不利于中国伊斯兰教同伊斯兰世界的联系。
在农民义军推翻元朝统治的时候，元宗室退回漠北。可以想像，穆斯林退到漠北的也不会少。那些留居下来的穆斯林，由于社会地位的改变，外部压力的加大，内聚力增强了。于是，回族开始形成。回族的形成是中国伊斯兰教发展史上的一个里程碑，具有重要意义。随着回族的形成，中国伊斯兰教有了一个坚实的社会载体。
回族的形成是散点式的，多族源的，多地源的。就族源而言，回族先人包括阿拉伯人和波斯人等中亚人，在形成过程中，还大量地融进了汉、蒙(主要是汉)等族成分。就地源而言，回族并不是在某一地区形成后而散居全国的，在形成时就是多地源、散点式的，西北、中原、东南、云南、海南都是回族发祥地，这些地方的回民相互之间几乎不存在血缘的、经济的联系。现在，泉州、海南、中原地区一些回族家族的族谱一直追溯到元代，是元时由国外迁入当地的。而海南的一些回族家族，据史书记载其迁居此地又可上溯到宋代，来自古占城者居多。这是回族形成时的最大特点：散点式。那么，他们形成民族时的共性是什么呢？一句话，是伊斯兰教。而这个民族在后来的发展中把汉语作为共同语言，则是回族的另一个特点。
唐、宋、元留居中国内地的穆斯林是形成回族的基本成分。在回族形成的过程中，伊斯兰教起了纽带的作用。而回族的形成又促进了中国伊斯兰教的发展。
在回族形成中有一个因素也不可忽视，那就是在回族形成的明代，中亚和中国边疆地区的穆斯林向内地的移居仍在继续。这也为回族的发展和壮大提供了生力军。据《明实录》统计，从洪武到成化的100余年间(公元1368—1487年)，西方来归的穆斯林近70批。在同一期间，从漠北蒙古地方来归的穆斯林近50批，天顺元年(公元1457年)一年就有五批境外来归者，其中一批是70多人。苏禄国王的后代也成为中国回族的成员。永乐十五年(公元1417年)，苏禄国(该国信仰伊斯兰教)东王访问中国，回国途中客死德州。其长子回国继位。其随行的偏妃、次子安都禄及众多的陪臣和国民，留居德州守墓。至万历时(公元1573—1620年)，已传五代，“生齿渐繁”，德州穆斯林安氏已经成为一个有数百人口的大家族了。
明代穆斯林的分布同现在基本相同。回回主要聚居于西北地区。在东部和南部，除唐、宋、元三代留居的穆斯林而外，明代有些回回又从西北地区迁往那里。明朝政府为了防备居住在河西走廊一带的穆斯林联合吐鲁番地方苏丹作乱，曾在正统元年(公元1436年)、正统三年(公元1438年)、正统十二年(公元1447年)、成化十一年(公元1475年)相继把甘州(治所在今甘肃张掖)、肃州(治所在今甘肃酒泉)、凉州(治所在今甘肃武威)等地部分穆斯林迁往江南、山东、河北、河南等地安置。正统三年(公元1438年)一次从凉州迁往浙江某地的穆斯林就有200多人。在东部，穆斯林主要沿运河分布。对此，中国伊斯兰教内有一种传说：明初燕王朱棣扫北时，在其军队中有很多穆斯林。建文帝登基后，朱棣以北京为根据地，进军南京。在南下途中，有相当数量的穆斯林官兵被留在运河两岸的重镇驻防。于是在那里就形成了穆斯林的聚居点。明代北京的回回大都集居于城南宣武门外。云南是穆斯林比较多的一个省份。穆斯林在云南的存在可以追溯到唐代。但大量穆斯林的移居是在元明两代。其移居大约可分为三期。第一期是公元1253—1263年。促成这一时期穆斯林迁徙的主要有两件事：一为忽必烈、兀良合台对云南的征讨，一为朝廷把穆斯林和士兵赐给云南诸王；第二期是元至元(公元1264—1294年)和大德(公元1297—1307年)年间。促成这一时期穆斯林迁徙的主要也有两件事：一为赛典赤赡思丁任云南行省平章政事(公元1274—1279年)，一为元朝10万大军由云南向邻国的远征；第三期是明初，此时沐英父子镇守云南。据说沐英是穆斯林，他镇守云南，自然有利于伊斯兰教的发展。
就全国来说，明代穆斯林分布同其先人一样，仍然是“大分散，小集中”。
明代内地穆斯林中出现了一些较有作为的人物。其中有代表性的是郑和、马沙亦黑和胡登洲。
郑和，云南人，本姓马，赐姓郑，出身于伊斯兰教之家，其父曾去麦加朝觐。郑和是成祖的宫内宦官，所以称其为“三保太监”。从永乐三年(公元1405年)到宣德八年(公元1433年)的29年间，郑和受皇帝钦命率领庞大舰队先后七次下“西洋”，游历亚非30余国。三保太监下“西洋”，为明初盛事。郑和的壮举促进了中外经济文化的交流，壮大了明朝的国威。至今在东南亚一些地方还流传着有关郑和的故事。郑和因“七下西洋”而名垂青史。这是一个作为政治家、外交家、航海家的郑和。此外，郑和对明代中国伊斯兰教的发展也是有过贡献的。据说郑和到过西安，对那里的伊斯兰教非常关注。永乐六年(公元1408年)郑和第二次出航时，曾奏请朝廷重修南京净觉寺。永乐十五年(公元1417年)郑和经福建出海，特地去泉州灵山，晋谒圣墓，行香祈祷，刻石记念。其刻石内容如下：
钦差总兵太监郑和，前往西洋忽鲁谟厮等国公干。永乐十五年五月十六日于此行香，望灵圣庇佑。
郑和下西洋的随行翻译、中国穆斯林马欢将其沿途所见所闻作了实录，成书《瀛涯胜览》。其内容包括对一些伊斯兰国家信仰情况的介绍。
马沙亦黑，明钦天监，穆斯林大师，洪武十五年(公元1382年)受太祖之命，同翰林院李翀〔chong充〕、吴伯宗等译回回天文书籍。
胡登洲，字明普，生活于嘉靖、万历年间(约公元1522—约1597年)，陕西西安渭城人。幼年学习伊斯兰教经典及儒家之书。50岁时去京城经商，在陕西临潼遇见一位阿拉伯国家的贡使。胡登洲以教义中许多疑难费解的问题向其请教，贡使一一作答，胡登洲获益匪浅。客居北京时，胡登洲从国学名士学习经史子集各部之书，对于性理之学，独有心得。他哂〔shen审〕笑宋儒，说其言论不过是个“泥美人”而已。一日购得《毋噶麻忒》一部，胡登洲又师从阿拉伯国家贡使学习这部经典。这位贡使对胡登洲很有好感，向其尽传中国所无之经典。胡登洲由是学问大进。回到故乡后，胡登洲设馆开学，收徒约百余人。中国伊斯兰教的经堂教育，经胡登洲的倡导和实践，面貌为之一新，终于成为教内的一大事业。中国伊斯兰教系统的教义传授和宗教职业人士的培养，主要依靠经堂教育。胡登洲功不可没。有人把胡登洲誉为经堂教育的开山鼻祖，亦不算太过。经堂教育的兴盛是明代中国伊斯兰教史上的一件大事。
经堂教育是明代中国伊斯兰教史上的一件大事。所谓经堂教育，指的是在清真寺内开办的以传授伊斯兰宗教知识和培养伊斯兰宗教职业人士为目的的一种教育方式。经堂教育又称寺院教育。清真寺内开设的讲堂又称回文大学。由寺内开学阿訇招收若干名学员，向他们讲授伊斯兰教经典以及阿拉伯文和波斯文。学员的生活和学习费用由坊内教众捐赠。学员学期不固定，一般要五六年时间，直到开学阿訇认为可以毕业时为止。毕业时要举行“穿衣挂幛”仪式。此后，如有教坊愿意聘请，这些毕业学员即可充当阿訇了。
中国伊斯兰教的宗教教育，从其传入的时候起就已存在。到了明代，由于胡登洲的提倡而蔚为大观。从胡登洲经三传至清代常蕴华(俗称常爸爸)而有陕西派与山东派的分流。山东派由常蕴华树立旗帜，再传至舍蕴善而风靡中原及东南部地区。
“四译馆”，明成祖时期设置，初名“四夷馆”，隶翰林院。四译馆初分置八馆，“回回馆”为八馆之首。这个机构不仅要培养通事(译员)，翻译并保存各国外交来文，而且要负责搜集外国及归化人的政情。回回馆的教习、通事大都是穆斯林。政府派往各伊斯兰国家的使节往往由这个机构的穆斯林大通事担任。在主管外交事务的鸿胪寺中也有穆斯林。永乐三年(公元1405年)升鸿胪寺序班“哈只”为右寺丞。此人是个通晓西域语言文字的穆斯林。
早在元代，留居中国的穆斯林，由于接受了中国的传统文化，已经表现出自己的特点。中国前辈学者把这种现象称之为“西域人的华化”。
明朝初年，对色目人在政治、经济等许多方面实行限制政策。有的地方还禁止在元代做高官的穆斯林的后代参加科举考试。在这种形势下，中国内地穆斯林不得不在自己原来名字以外，另起一个汉姓、一个汉名，一时蔚成风气。随着时间的推移，中国内地穆斯林几乎都有了汉姓、汉名，并且汉姓世代相传。同时开始重视家族谱牒的撰修。有的穆斯林只有汉名，有的穆斯林同时另有“经名”，一个人两个名字。其中一个具有中国特点，而另一个则带有外国味。这种现象至今犹存。明代穆斯林的改姓，主要是文化融合的必然，而不是政治强制的结果。这种改姓是有点规律的，大都以原来名字中的某个音为姓。例如，穆罕默德，多改姓“马”；哈桑，多改姓“哈”；赛以德，多改姓“赛”；尾音有“丁”者，多改姓“丁”；尾音有“沙”者，多改姓“沙”，等等。此外，还有的是朝廷赐的姓。穆斯林原名字中有“穆罕默德”者特别多，所以中国穆斯林姓马者就特别多。俗谚曰：十个回回九个马。
明朝伊斯兰教的社会影响，特别是对知识阶层的影响，远非其他朝代可比。这是由于穆斯林社会的形成、回回的改姓、经堂教育的发展等因素共同作用的结果。明代一般著作对中国伊斯兰教的描述是客观的、公允的，对其评价有的相当高。有一部作品甚至认为“儒不如回”。此处“回”指伊斯兰教。它说，伊斯兰教只信真主，此外无所崇奉，而儒者则信事鬼神；伊斯兰教济贫助弱，供养有定则，而儒者则“他人不问”。中国伊斯兰教在明代虽然曾受过限制，但从未受到政府的禁止。从明代开始，中国伊斯兰教除保持由西向东渐次下降的信仰阶梯这种格局而外，又呈现出“北盛南衰”的局面(云南除外)。
明代内地清真寺的修建也较元代为普遍。相传为唐建的西安大学习巷清真寺(一说化觉寺)，经研究，应为明代建筑。南京净觉寺为洪武年间(公元1368—1398年)敕修。北京花市清真寺建于永乐十三年(公元1415年)，锦什坊普寿寺建于明朝初期，东四清真寺正统十二年(公元1447年)敕修，三里河永寿寺建于万历年间(公元1573—1620年)。北京阜成门外三里河，最迟在景泰七年(公元1456年)已辟有相当大的一处坟场，作为专门埋葬穆斯林的义地。就在这一年，明英宗批准撒马尔罕使臣马黑麻·舍力班的奏请，允许他去阜成门外义地祭祀祖坟。
在明代，各清真寺的教长由官方任命。教长人选要报请礼部审批并注册登记备案，然后发给札子，以为传教凭证，否则是不准主持教务的。北京东四清真寺掌教马氏，明洪武年间(公元1368—1398年)被赐汉姓，弘治年间(公元1488—1505年)给予札子，令其主持该寺。