9世纪中叶至12世纪初叶，在中国西境存在着一个史称“哈拉汗国”的少数民族地方王朝。其疆域在鼎盛时期包括现在中国新疆的大部、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦及哈萨克斯坦和乌兹别克斯坦的一部分。哈拉汗王朝的贵族是西迁的回鹘汗国的贵族。唐开成四年(公元839年)，回鹘汗国崩溃。庞特勤率15部“西奔葛逻禄”(游牧地在金山西，巴尔喀什湖南)。这就是葱岭西回鹘。不久，他们反客为主，压倒葛逻禄部，建立了“哈拉汗王朝”。中国史籍称其为“黑汗”或“黑韩”王朝。“哈拉”有“黑”之意。哈拉汗王朝的始祖是毗伽阙·卡迪尔汗。他极有可能就是庞特勤。初期建都于八剌沙衮(今吉尔吉斯斯坦托克马克城附近)。苏图克(死于公元955年)统治时把王朝政治中心移往喀什噶尔。
回鹘人的宗教是萨满教和摩尼教，而哈拉汗王朝的臣民绝大多数信仰伊斯兰教是在哈拉汉王朝统治者改宗之后的事情。最早改宗的统治者是苏图克·布格拉汗(公驼汗)。他在位45年，死后葬于阿图什，其陵墓至今犹存。这就是苏丹·苏图克麻札(陵墓)。苏图克死后，其长子穆萨·阿布杜勒·克里木在喀什噶尔继位，称阿尔斯兰汗(狮子汗)。公元960年有20万帐突厥人皈依伊斯兰教。就在这一年穆萨宣布伊斯兰教为哈拉汗王朝的国教。
众所周知，西域是佛教的第二故乡。哈拉汗王朝伊斯兰化以后，于阗便成为两种宗教(以及以宗教为背景的文化)交锋的前沿阵地。谁胜谁负不仅关系着这一地区的历史发展，而且关系着这一地区人民精神生活的方向。约在宋大中祥符二年(公元1009年)，于阗被哈拉汗王朝征服，并且逐渐改宗伊斯兰教。在征服于阗以后，中国西部这块土地上的宗教地图发生了变化。在天山南麓，伊斯兰教沿着塔里木盆地南缘继续向东挺进；在塔里木盆地北缘，阿克苏、库车等地的伊斯兰化最迟也在哈拉汗朝后期完成。在天山北麓，13世纪初，昌吉以东是佛教的天下，以西是伊斯兰教的世界。
哈拉汗王朝修建了许多清真寺和经学院。穆罕默德·阿尔斯兰汗于1121年在撒马尔罕建造的大清真寺非常有名。它以高大的拱门、中央拱顶、高耸的圆塔为特色，是哈拉汗王朝寺院建筑的典型代表。此外还有1119年修建的布哈拉清真寺，1127年修建的卡梁清真高塔。这一时期兴建的清真寺，主体建筑多为中央拱顶，附以木柱回廊的内院。喀什噶尔的哈拉克麦地纳斯经学院是哈拉汗王朝最高学府，由一方形院落组成。遗址至今保存完好。它是由苏图克之子穆萨修建的。哈拉汗王朝修造“麻札”始于苏图克。喀什乌帕尔镇有哈拉汗王朝著名学者、《突厥语大词典》作者马赫穆德·喀什噶里的麻札。哈拉汗王朝著名作家、《福乐智慧》作者优素甫的麻札也在喀什。在库车有默拉纳额什丁的麻札。据说此人于13世纪初来库车传教。
辽宗室耶律大石在辽国灭亡时开始西征，1124年在起儿漫(今乌兹别克斯坦布哈拉附近)称帝，后定都虎思斡耳朵(巴拉沙衮)。耶律大石建立的这个王朝，史学家一直视为契丹辽国皇统的延续，因此称其为“西辽”。非汉文史籍称其为“哈拉契丹”。西辽辖地包括整个哈拉汗王朝的疆域。
西辽境内的宗教主要有伊斯兰教、佛教和景教(基督教的一派)。穆斯林最多，所占地域最广，势力最大。西辽皇族与哈拉汗王朝贵族不同，一直没有改宗伊斯兰教，是佛教信徒。耶律大石在征服塔里木盆地以南地区的时候，曾毁坏了一些清真寺，并强制穆斯林改变信仰。但不久西辽统治者就开始调整宗教政策，允许伊斯兰教的存在与发展，保留其一些宗教特权，笼络其上层人物。例如教职人士可以征收宗教税，可以按照伊斯兰教法处理部分民事案件。这种宽容政策取得了预期的效果，伊斯兰教承认了西辽的统治。1211年屈出律篡位，放弃了宗教多元化政策，对伊斯兰教采取取消的作法。它严重地损害了穆斯林的感情，进一步加剧了社会动荡。如果占人口大多数的穆斯林把西辽王朝视为异己力量，那么，这个政权的灭亡就指日可待了。当成吉思汗派大将哲别打着“信教自由”的旗帜征讨西辽的时候，那里穆斯林的心已倾向了漠北升起的这颗新星。