顺治、康熙时期对传教士的信用，促进了西方科学技术的传入，也激发了一批中国学者对科学的志趣。他们在接受西方科学知识的同时，致力于独立的研究，并取得了一定的成就。其中突出者有：
薛凤祚(公元1600—1680年)，字仪甫，山东益都(今淄博)人。早年曾向当时的学者魏文魁学习中国传统的天文历算，后又到南京向波兰传教士穆尼阁(Smogulecki)学习西方科学知识，并协助穆氏翻译西方的科学著作。他认识到西学既有其长处，亦有其短处，力图把中西学术融会贯通。他依据当时各家历算方法，有关实用科学知识，以及自己会通中西所编写的天文著作，汇编成《历学会通》，于康熙三年(公元1664年)刊行。全书分正集、致用、考验三部分，其内容以天文历法为主，还涉及数学、力学、水利、火器、兵法、乐律、医药等诸方面。其中的常用对数及三角函数对数表，是关于对数方法在中国的最早介绍。
方以智(公元1611—1671年)，字密之，安徽桐城人。他学贯中西，对西方的学说不是简单地照搬，而是持批判吸取的态度，有着自己独立的见解。其代表作为《物理小识》，书中在中国首先把知识分为“物理”(自然科学)、“宰理”(人文科学)和“物之至理”(哲学)三类。书中内容上至天文，下至地理、动植物、医药、人体以及日常器用等，几乎无所不包，而且古今中外兼收并蓄，为一部百科全书式的著作。
王锡阐(公元1628—1682年)，字寅旭，号晓庵，江苏吴江人。一生致力于天文历法的研究，对中、西两法均有透彻的理解，著《晓庵新法》六卷。其为学，“考正古法之误，而存其是，择取西说之长，而去其短”(《畴人传·王锡阐》)，吸取二者的优点，并有所发明和创造。他提出了日月食初亏和复圆方位角计算的新方法，发明了计算金星、木星凌日的方法，还提出了计算月掩行星和五星凌犯的初、终时刻的方法，都较当时的中、西法有所进步。
梅文鼎(公元1633—1721年)，字定九，号勿庵，安徽宣城(今宣州)人。毕生从事天文学和数学研究，对中西之学采取去伪存真的态度。主张“去中西之见”，“务集众长以观其会通，毋拘名目而取其精粹”，提出“数者所以合理也，历者所以顺天也。法有可采，何论东西，理所当明，何分新旧”(《堑堵测量》)。有天文学著作40余种，内容包括对中国古代历法的评述和研究，对《崇祯历书》的评论，对近人著述的评介，对他自己创制天文仪器的说明，对中西历法异同得失的比较，以及对中西历法的融会贯通等。又有数学著作10余种，内容涉及算术、代数学、几何学、平面三角学、球面三角学等初等数学的各个分支，并多有创见。