明清时期的医药学成就，除李时珍和《本草纲目》外，突出的还有温病学说和种痘术。
温病学说是中国古代治疗传染性热性疾病的医学理论。明末的医学家吴又可为此学说的形成奠定了基础。
吴又可(公元1592—1672年)，名有性，姑苏洞庭(今江苏吴县)人。他在医疗实践中，亲眼看到当时一些医者照搬《伤寒论》的方法来治疗流行性温疫病，致使很多患者死于误治，感到十分痛心。为此，他提出了“墨守古法不合今病”的革新思想，并对温疫病进行全面研究，在病原学、传染途径和方法、流行的特点、治疗原则等方面，提出了新的观点。他认为，“温疫之病，非风非寒，非暑非湿，乃天地间别有一种异气所感”。他称这种异气为“戾气”，进而又发展为“杂气”。“戾气”指发病急骤，病情笃重，症状相似，传染性强的致病因素；“杂气”指病源多种多样，并可导致多种不同的病症。他反对历来医家多推崇的《伤寒论》的主张，提出了应该重视“温病”的见解。其对温热病的治疗，强调以驱邪为主，重视攻下法。他的代表作是《温疫论》。
在吴又可的影响下，清代一批医家致力于温病的研究，形成了独立的温病学说。它和伤寒学说并行，被称为中医治疗外感的两大学说。
种痘术是中国医学对于世界免疫学的一项重大贡献。痘疹就是天花，是一种可怕的恶性传染病，历来没有有效的防治方法。到了明代，中国发明了人痘接种法，终于为预防天花开辟了一条有效的途径。
种痘术发明于什么时候，现在还没有定论，但至迟在明隆庆年间(公元1567—1572年)已经出现。清俞茂鲲《痘科金镜赋集》说：“闻种痘法起于明朝隆庆年间宁国府太平县……由此蔓延天下。”明末清初喻昌的《寓意草》(1643年刊行)中，已明确记有两例在北京种痘的病案。
关于种痘术，1695年刊行的《医通》中，记有痘浆、旱苗、痘衣等方法，并指出其推广过程是，“始自江右，达于燕齐，近者遍行南北”。后来，经过不断实践，更改进为用经过接种多次的痘痂做疫苗，降低了疫苗的毒性，因而更加安全。
中国发明的人痘接种术，很快就传至国外。1688年，俄国已派人至中国学痘医。不久，种痘术又从俄国传入土耳其。1717年，英国驻土耳其大使夫人学得种痘术，随即传至英国、欧洲各地以及印度。及至1796年，英国的琴纳发明牛痘接种术后，才逐步取代人痘接种术。