从秦汉到南北朝时期，是中医药学发展的一个重要时期，涌现了一批杰出的医药学家和重要的医药经典。由于篇幅所限，这里只简要介绍几部中医药学中的经典著作。
《神农本草经》 成书于汉代，是战国以来药物知识的总结，而不是出于一时一人之手的著作，为我国现存最早的药物学专著。因相传神农曾尝百草，一日遇72种毒，但都有消解法，故冠以神农之名。书中共记载药物365种，其中有植物药252种，动物药67种，矿物药46种。每一种药物都包括有主治、性味、产地、采集时间、入药部分、有何异名等内容。书中还根据药物的性能和使用目的的不同，把药物分为上、中、下三品。上品一般指毒性小或无毒的补养药物；中品有的有毒，有的无毒，多兼有治疗作用和滋补功效；下品大多有毒，专用于攻治疾病。《神农本草经》所创立的中药学体系，一直沿袭到唐代。唐《新修本草》问世，方改变这种药物分类体系。
《伤寒杂病论》 它是由后世尊为医圣的东汉著名医学家张仲景(约公元150—219年)所著的。所谓伤寒与现代医学中伤寒的含义不同，而是泛指由外感风寒引起的各种疾病。后人把该书分为《伤寒论》和《金匮要略》二书，《伤寒论》专门论述伤寒一类疾病，《金匮要略》则以论述内科、外科、妇科等杂病为主。张仲景在书中创立了理、法、方、药俱备的辨证论治的医疗原则，使中医学的基本理论更切合于临床应用，并奠定了中医治疗学的基础。
《脉经》 晋代名医王叔和(公元3世纪人)著。全书10卷，是对以往脉学进行系统总结而成的一部脉学专著。书中列举了24种脉象，对每种脉象都作了简明扼要的阐述。它在《伤寒杂病论》的基础上，发挥脉学诊断的作用，结合传统脏腑学说，说明脉象与五脏六腑病症的关系，指导在临床上的诊断和治疗。它是我国现存最早的脉学专著，是中医脉学的奠基性著作。
《针灸甲乙经》 晋代皇甫谧(公元215—282年)著。这是对以往针灸学进行系统总结而成的针灸学专著，也是我国现存最早的针灸学典籍。全书分12卷，128篇，记载穴位349个。对每个穴位都记明针刺深度、留针时间和艾灸时间，对针灸的适应性和禁忌也作了明确的说明，对后世的针灸学有很深的影响。
《肘后方》 原为晋代葛洪所著，后人有所增补，是一部具有普及推广意义的实用医药著作。葛洪自号抱朴子，是著名的医药学家和炼丹家。他深感当时的医书“既不能穷诸病状，兼多珍贵之药”(《肘后方·自序》)，贫穷的人和住在乡间的人要就医很困难；而针灸对于不懂医学，不知穴位的人无法运用。这种情况对大多数的人来说，虽然有医方，却仍不免要遭受疾病的侵袭，因此他著了此书。书中的医方“率多易得之药”，即使要购买，“亦皆贱价草石，所在皆有”(《肘后方·自序》)。书中的内容包括急性传染病、各脏腑慢性病、外科、儿科、眼科以及六畜病的治疗方法，并附有药方。