植物神话一般比动物神话产生得晚，数量亦较少，因为植物大部分有益于人，对人类的威胁不像凶禽猛兽那么大，人们易于掌握，由此神秘感较少。这类神话的产生都与农业有关。
最早的植物神话是出于对植物的敬畏。有的植物高大挺拔，枝叶繁茂；有的植物耐旱耐寒，长寿不枯；有的植物冬枯春荣，周而复始，极易诱发人们向往人能死而复活，凡此种种，植物便能引起人们的崇敬。所以《山海经》记载，既有对人有益的植物，也有某些危害于人的植物，恰如现实生活中确曾有的食而中毒现象。有益于人的，如：
有一座山，名叫少室，上有百草百木，其中有一种叫帝休的树木，它的叶子形状跟杨树叶差不多，枝叶特别茂盛。黄花，黑果实，人们吃了不易发怒。(见《中山经》)由于原始人没有科学知识，凡遇有奇效或奇毒的草木，都找不到正确的解释，一概看作是神灵的作用。《山海经》所记灵异植物，据粗略统计，草药类28种，木药类23种。其中，有的吃了令人不患疑病，有的吃了不会做梦，有的吃了可以御凶，有的吃了有益于聪慧，有的吃了不饥饿，有的吃了能使人变得美，有的能除疲劳；有一种叫“沙棠”的木类，食之甚至可以使人有防御水的力量，在水中不会溺死；还有的吃了不发愁，或不怕冷……总之，《山海经》这类植物神话较多。这都是有益于人的。另外也有一些对人有害的草木类，如吃了让人忧愁、令人心疼、不会生育或使人耳聋等等。其中历来被人们所注意的是关于□〔yao摇〕草的神话。《中次七经》记：“姑媱〔yao摇〕之山，帝女死焉，其名曰女尸，化为□草，其叶胥成，其花黄，其实如菟丘，服之媚于人。”天帝的女儿名女尸，死在姑媱山，化成了□草，它的叶子双双相叠，花黄，果实名菟丝子，是爱情之果，谁吃了便被异性所爱。另外还有一种传说，即媱姬乃天帝第三女，未嫁就亡故了，被封于巫山向阳之处，她的精灵化为灵芝草。(见《水经注·江水》)这就是长江三峡巫山神女的雏型。她的形象，后来不但进入了古典文学，而且至今民间还继续在流传。最早是植物神，人格化以后成为天女，又成为巫山神女，并将她附会在三峡的一块矗立云端的巨石上，都说那块巨石是巫山女神，她好似远眺江边，在等待什么人。
汉文古籍中与农业有直接关系的、最著名的神话形象是神农。据说神农因为去尝百草的滋味，有时一天便中毒70次。这是虚数，意思是神农为了辨别百草的性能，肯于自我牺牲。(见《淮南子·修务》)也有的说神农常带着一条赤色的神鞭，用此鞭鞭百草，便能辨别百草是平和、有毒、或寒、或温，根据这些性能再播种百谷。(见《搜神记》)说明这位农业神，最初尝百草的目的，其实是为了寻找粮食种子。
远古时期，随着人口的增加，仅仅靠狩猎已不足以维持生存，还需要开拓其它的衣食之源，由此而发明了农业。有关农业的神话传说，集中体现了当时人们找谷种之艰巨，一日之中多次中毒又解毒，从而发现了草木的医药作用。人们能得到某些植物药，不能不说是寻找百谷的副产品。植物神话中，谷神应该早于医药之神。植物神中地位最高的也应该是谷神。
汉文古籍缺乏原始谷神的记载，我国云南的佤、景颇、傣等民族仍有这方面的遗风，盛行祭谷魂。佤族神话说，谷神最初被神藏在海水底下，是蛇将尾巴插入水中取出来的。原先天地不分开，因为惊天动地舂新谷，天空再也压不住群山，只好高高地升起，与大地分开。可见谷种的被发现，在人类文化史上起过多么伟大的作用。虽然这种作用曾被大大地夸张，以至被神化，但这正说明谷种是人类最早发现的，而又最具有强大威力的神圣植物。傣族的歌谣《叫谷魂》将原始人这种感情表达得很充分：“谷魂啊，你是王；谷魂啊，你是主……一粒谷，胜过千两金；一粒谷，胜过万挑银。生命靠着你，人类靠着你！”景颇族每年丰收以后，将谷物从场地运回家之前，要举行一种“叫谷魂”的仪式。祝词说：“人看不见的，谷子能看见；人不能做的，谷子能做。跑到别的地方的谷魂要回来啊！”他们认为那些在打谷时因受惊跑了的谷魂，可以被叫回来。
因为生活太艰苦，人们也存在某些离奇的幻想。比如瑶族神话说，古代的谷粒曾经有葫芦那么大，一颗米重几两，不需要播种，它们自生自长，成熟以后，便顺着大道小道滚进各家各户的粮仓。因此大家都不愁吃，逐渐懒起来。谷神一气之下，回到天上去了。人们费尽周折，把谷神重新请回地上，可大谷子都变成了小谷子。
除了对谷神的崇拜，在母系氏族图腾制占统治地位的时期，因为碰上某种大幸运，或遭受到某种意外的不幸，恰恰与某种植物发生了偶然的联系，这种植物便有可能成为图腾。如《维吾尔史略》曾讲了一个树祖的故事：在土拉和色楞格两河汇流的忽木阑术地方，有两棵连枝树，两树之间有一小土堆，土堆渐大，内有五室，每室坐一婴儿，当地人认为是天赐小儿，待他们长大以后，大家推举其中最小最聪明的那个当领袖。树之子把部落治理得很兴旺。
有的地区的藏族传说，斑竹被吹倒以后，里面有一漂亮的女孩。彝族传说，他们的祖先是从竹筒里爆出来的，《华阳国志·南中志》与《后汉书·西南夷传》均有大同小异的记载。大意都是说一妇女在水边得三节大竹，内有男婴，养大后，武艺高强，自立为首领，以竹为姓氏。有的又说，三兄弟避洪水，三弟的避水木桶被一丛刺竹挡住而得救，才保留了人种。壮族亦有人出自竹子的传说。黔东南的苗族则崇拜枫树，把枫树视为人的祖先。殷代的开国功臣伊尹，因出身卑贱，人们为了使他的出身跟所处地位相称，传说他的母亲在逃避水灾时，变成了一棵空心桑树，伊尹便是从这棵空心桑树里出来的婴儿。(见《吕氏春秋·本味》)所有这些，有的本身便是植物图腾神话，如彝族对竹子的崇拜和苗族对枫树的崇拜；有的则是图腾崇拜的遗风，是后人借用古老的神话，将自己的祖先或历史名人神圣化。