清代初期顾炎武编写出《天下郡国利病书》，顾祖禹也完成了《读史方舆纪要》的写作。二顾的作品是我国古籍中的两大舆地名著。其中都包括有大量的地名资料。《利病书》的内容涉及农田、水利、盐务、矿产、交通以及兵防等各个部分，是这些方面的资料汇编，也反映出他自己在经世致用方面的一些看法。书中还有不少重点地区的附图。书中所载地名之多可想而知，有的地名还作了重点考证。例如卷三十三引用《太守卢藩庐江四辩》，否定了东汉时应劭所说：“夏水出父城东南，至此与肥合，故曰合肥”的说法，认为“合于一源，分而为肥，合一同也，故曰合肥”。书中对海外地名的叙述则有一些讹误，如说佛朗机国在爪哇南，“苏门答腊国古大食也”等。
顾祖禹的《读史方舆纪要》更被认为是一部地理沿革的名著，主体部分和《利病书》一样，都是按当时15省分别叙述的，前面的历代州域形势则是介绍各个朝代的境域范围和政区划分。书中所记地名，更较《利病书》为多，对有些地名中的通名，也作了解释，例如对长城附近的地名解说曰：“大道为关，小道为口，屯军曰营，列守曰砦。”又如解释淀字地名说：“淀读曰殿，浅水为淀也。”又如解释古代连接渭、汉两水间的子午道的名称说：“子北方也，午南方也，道通南北，因名子午。”类似这样的解释，还可举出一些。他又说：“或地名相同而方域绝异，地名本异，而道里正同，千里毫厘，未尝敢忽也。”可见其对地名工作的重视。当然书中也难免有些小的讹误，例如把北魏时的桥山说成是西汉时的桥山，就是其中的一例。二顾都是明代遗民，所记内容也都止于明代。两书中都包括有丰富的地名资料，列入地名要籍也是合适的。
继二顾之后，乾嘉学派考据学风的形成及地方志书纂修的盛行，推动了地名渊源和地名沿革及相关研究的空前发展，出现了一系列具有地名研究意义的著作，形成了我国古代地名研究的新高潮。这一阶段含有地名研究的代表著作有徐善的《春秋地名考略》、胡渭的《禹贡锥指》、沈钦韩的《左传地名补助》、赵一清的《水经注释》、全祖望七校的《水经注》等。
由于清代中期多次对西北地区用兵，所以边疆地理的研究也引起当时学术界的重视，出现了一批有关的作品，例如齐召南的《水道提纲》、《蒙古五十一旗号》，英廉等编纂的《皇舆西域图志》，祁韵士的《西陲释地》、《西陲要略》、《藩部要略》，徐松的《新疆事略》、《西域水道记》等一些包括众多的边疆地名的书籍。
清代初期也曾利用欧洲传教士带来的西方测量技术编制地图。这些地图都深藏宫内，难以见到，后来才略有外传。到同治年间，由胡林翼、严树森等主持编制的《皇朝中外一统舆图》是流传较广的一部地图集。图中记载地名甚多，并在跋语中对一些边境及域外地区的一些通名作了解释。
此外，清代还出现了我国一部重要地名辞典，即李兆洛等所编的《历代地理志韵编今释》，历时达16年，于道光十七年(公元1837年)完成。谭其骧先生认为“此空前之创著，与读史者以一大便利”。不过也指出其不足之处，如所收地名仅限于正史地志所载，又仅限于郡、县、镇、堡名称，未包括其他地名与山、川、陵、谷等名称，在建置沿革方面也有一些讹误，并且“是以韵为编，于检寻上亦非便善之法也”。所以这本首创性的地名辞典未能得到广泛的流传。此外，清人所编的《历代地理沿革表》(陈芳绩)、《历代沿革表》、《历代疆域表》(段长基)与《历代舆地沿革表》(龙学泰)等，虽然其中也有不少讹误，但仍有一定的参考价值。
《清史·地理志》、《大清一统志》、各种地方志书、游记、考释等也均含有大量地名记录和地名研究内容。
段玉裁的《说文解字注》则在《说文解字》的基础上把地名渊源和地名沿革的探讨，又向前推进了一步。
尤其应该注意的是，乾隆时傅恒等编撰了西北地区地名语源辞典《西域同文志》，它以满、汉、蒙、托忒、藏、维六种文字相对照记述了天山南北及甘、青地区的地名、山名、水名及人名，而以汉字解说地名的语义。例如：
巴尔库勒，回语，巴尔，有也；库勒，池也；城北有池，故名。转音为巴里坤。
这一地名释例不仅说明了巴里坤的地名语源，而且也说明了它的语义，从而启发人们理解过去在民族杂居地区普遍存在的“一个地名因写法不同竟分为几地”的问题。显然这是一项地名规范化的工作，对加强民族交往，和睦民族关系具有很重要的意义。
综上所述，我国古代的地名研究取得了许多成果，积累了宝贵资料，但从研究内容上来看，主要侧重在地名的记录、地名渊源的解释、地名沿革变化的研究以及对某些地名命名原则的总结和地名的规范化探讨等方面，而缺乏对地名问题的系统与综合性研究，故未能形成独立的地名学学科。这是由于我国古代地名研究长期附属于历史学、语言学和舆地学的结果。
鸦片战争之后，一方面西方传教士纷至沓来，开始介绍与翻译西方近代科学知识包括西方地名研究的成果与著作，对中国传统地名研究产生了一定影响；另一方面，帝国主义瓜分中国、掠夺我国神圣领土的罪恶行径，极大地激发了中国学者的爱国热忱及对祖国地理沿革和地名沿革研究的重视，尤其对东北、西北和西南广大的边远地区疆域沿革及地名渊源与地名沿革的研究得到重视与加强。一大批胸怀报效祖国、维护国家主权和领土完整的爱国学者，或查阅典籍，披览历史文献，考察故实；或踊跃深入人烟稀少的万里边疆，考察访问，了解边地风土民情，搜集第一手资料，撰著了数以百计的边疆地理和地名研究的专著，形成了以“图志”、“图说”形式研究边疆地名的时代特色。这一时期，全国性地名研究的重要成果以杨守敬、熊会贞的《水经注疏》、《水经注图》及《历代舆地图》为代表；而边远地区地名研究的重要成果以张穆的《蒙古游牧记》，何秋涛的《朔方备乘》，曹廷杰的《东三省舆地图说》、《东北边防纪要》，丁谦的《蓬莱轩地理学丛书》为代表。王锡祺以20余年时间编制完成的《小方壶斋舆地丛钞》收录清代地理著作1400余种，则在更广阔的区域背景上展示了地理和地名研究的成果。这些集大成的舆地著作的完成标志着我国地理沿革和地名沿革研究至清末民初已达到了前所未有的高度，同时也为维护国家主权和领土完整作出了应有贡献，为进行爱国主义教育提供了生动教材。