元明时期的土府、州、县和明代羁縻卫、所既是对唐宋羁縻州县的继承和发展，又是元明土司制度的产物。土司制度是元明乃至清代在西南少数民族地区分封各族首领，世袭官职，“以土官治土民”的制度。元代在西南边远地区授各族首领以宣慰使、宣抚使、安抚使、招讨使等官职，并在其管辖地区建置府、州、县，以土酋任知府、知州、知县，是为土官。因此，土府、州、县及土官是我国古代民族自治政策的产物，具有明显的进步意义。
明代土府、州、县等级建置和设官制度类似于中原府、州、县，只是知府、知州、知县及其佐贰官均由不同等级的民族首领充任，宣慰、宣抚、安抚、招讨、长官诸司为统辖各少数民族的专门机构。按《明史·地理志》记载，历明一代，有土府19个、土州47个、土县6个，宣慰司11个、宣抚司10个、安抚司22个、招讨司1个、长官司169个、蛮夷长官司5个。主要分布于湖南、广西、贵州、云南、四川等边远省区。
明朝政府除给予土府、州、县等各级土官以各种特权之外，为实行有效的控制，还采取了“流官辅佐”的办法，收到一定效果。但土官承袭纠纷、争地仇杀、不服朝命、虐其属民时有发生，明政府在完善土司制度的同时，开始实行改土归流，即革除土官世袭，以流官代替土官，使土府、州、县纳入地方行政系统。但由于土官势力甚大，改土归流在明代进展甚为缓慢。至清代中期，改土归流的速度才得以加快，至民国时期基本完成。
明朝在西南少数民族地区建置土府、州、县的同时，于东北、西北等地建置了羁縻都司、卫、所，以当地少数民族首领、酋长为都督、都指挥、指挥、千百户、镇抚等官，而由朝廷赐予敕书、印信，使各统部民，因俗而治。
在东北黑龙江流域女真居地，永乐时建置了奴尔干都司及130多个卫所。至正统后，在奴尔干都司属地置卫达384个，所四个，地面(明代东北女真居地的一种区划单位)七个、站七个、寨一个。明后期，奴尔干各卫先后被努尔哈赤建立的后金政权所统一。
在西北嘉峪关以西畏兀儿居地，明初先后设置了哈密、沙州(今敦煌)、赤斤蒙古(今甘肃玉门市西北赤金)、安定、阿端(今青海格尔木县西北)、曲先(今青海格尔木县西北)、罕东(今青海青海湖以东)七卫。明中叶后，日渐遭到破坏。
在川西和青藏地区的藏族居地，明初先后设置了乌思藏(今西藏大部)、朵生卫(西藏东部、青海大部及川西)二都司及俺不罗(今西藏浪卡子)、牛儿宗寨(拉萨西南)等行都司，陇答(今西藏贡觉、昌都地区)、必里(黄河河源地区)、陇卜(今青海玉树北)等卫，及宣慰司三个、招讨司六个、千户所17和若干万户府、军民元帅府等。
元明清京杭运河
这些羁縻都司、卫、所的建立明显地加强了各边远少数民族地区各民族与明朝政府的政治、经济与文化联系，为中华一统帝国的最终形成打下了良好的基础。