蒙古早期的政治中心在和林，位于今蒙古人民共和国乌兰巴托西南的鄂尔浑河上游右岸，后来移到上都，在今内蒙古锡林郭勒盟多伦县西北闪电河北岸。闪电河为滦河的上源，可能是上都河的讹误写法。这是元世祖忽必烈称帝前所建，后来即帝位于此。称为开平府，又加号上都。忽必烈改蒙古王朝为元朝，采用汉法，建立年号，后来他又把统治中心移到金代所建的中都。这座城位于今北京旧城圈的西南侧，是金代投入大量人力物力兴建起来的，其中有些器材、物品还是由宋都开封与真定府(今河北正定)的潭园移来，可是半个多世纪以后即被蒙古骑兵所摧毁，又将中都改为燕京。这次忽必烈迁来，虽然复称中都，实在名不副实，所以决心放弃旧城，另于旧城东北面兴建新城，命名为大都。大都中心为旧城东北面的金代离宫(大宁宫)，因为离城较远，未受到大的破坏。忽必烈南迁后也住在这里；新城也仿中都旧制分为宫城、皇城、外城三圈，但规模比旧都大很多。
元大都的平面设计，可以说是最接近于我国古代一种理想的设计方案，除北面仅开二门外，东、南、西各开三门，内部中心为宫城，其外为皇城，再外则为大城。皇帝的祖庙叫太庙，在东侧南门(齐化门)内路北；祭祀土神、谷神的地方为社稷坛，在西侧南门(平则门)内的东北。重要衙署大都在皇城以南。中央部位的前方是朝廷，后方则为市场，尤其在钟鼓楼附近，商品买卖十分热闹。据《析津志》记载，什么面市、米市、鹅鸭市、珠子市、沙剌(珍宝、金、银)市、铁器市，应有尽有，甚至还有穷汉市、人市。可以看出，这样的城市布局也是合于古代所谓前朝、后市、左祖、右社这些设计要求的。大都蒙语称为“汗八里”，也就是“大汗之城”的意思。
元代对大都和上都城市的管理承袭了金代制度，设置了警巡院。这是一种“领(城市)民事及供需”的独立城市行政建制。大都旧城即旧中都城仍划分为62坊，大都新城先划分为50坊，后增加到76坊，新旧二城共划分为138坊。因城市规模大，警巡院由最初的两个后来增加到三个。中期之后又增设分管大都城四隅的分院二个。每警巡院均置达鲁花赤(元代专由蒙古人或色目人充任，以掌握一行政单位实权的总辖官)、警巡使、副使等官佐，负责各项行政事务。上都仅置警巡院一，其行政职能与大都诸警巡院相同。顺便一提的是，在诸总管府及某些地位冲要的路沿城市还相应设置了录事司，全国共100个。录事司与警巡院的行政职能完全相同，只是行政职级较警巡院低一级。元代对102个城市实行专门行政管理，无论在中国城市发展史上还是在世界城市发展史上都是第一次，值得重视。