三国两晋南北朝时期的正史地理志、州郡志，如《晋书·地理志》、《宋书·州郡志》、《南齐书·州郡志》、《魏书·地形志》等，均记载了大量地名，同样也涉及了对地名渊源的解释和地名沿革的说明。汉代之后，解释地名渊源之风顿开。如曹魏如淳、孟康、张宴及三国吴韦昭均对《汉书·地理志》的某些地名作了解释。如孟康释汝南郡新息，“故息国，其后徙东，故加新云”。释吴房，“本房子国，楚灵王迁房于楚。吴王阖闾弟夫概奔楚，楚封于此，为堂谿〔xi溪〕氏。以封吴，故曰吴房，今吴房城堂谿亭是”。从而指出了因人事迁移使地名沿革变化的情况。张宴释魏郡邯会，“漳水之别，自城西南与邯山之水会，今城旁犹有沟渠在也”。
此外，举凡解释地名渊源及沿革变化的舆地著作也日渐增多起来，如晋代《太康地记》及王隐的《晋地道记》，袁山松的《汉郡国志》，乐资的《九州要记》，张勃的《吴录地理志》。这些著作虽多已亡佚，但从后世著作的征引中亦可略见这些著作对地名解释的情况。如《艺文类聚》引《晋地道记》说：“凉州城有卧龙形，故名卧龙城。”《太平御览》引《晋地道记》：“幽州因幽都以为名。”《经典释文》引《太康地记》：“徐州取徐丘为名”等等。当时的舆地著作仅常璩〔qu渠〕的《华阳国志》被完整地保存下来，其中解释地名渊源达20余处。
东晋初，地理学家郭璞研究地名渊源，认为是地名命名的空间差异和时间变化使地名研究变得异常困难：
凡山川或有同名而异实，或同实而异名，或一实而数名，似是而非，似非而是，且历代久远，古今变异，语有楚夏，名号不同，未得详也。
因他用功甚勤，故颇多真知灼见。其研究成果主要保存在他所注释的《尔雅·释山》和《尔雅·释水》中。如：
马颊，河势上广下狭，状如马颊；
覆鬴〔fu釜〕，水中可居住而有状如覆釜；
峄，言(山)络绎相联属。
南北朝时期的其他地理著作如北魏阚骃〔kanyin看因〕的《十三州志》、刘宋盛弘之的《荆州记》、宋齐间刘澄之的《宋永初山川记》、陈顾野王的《舆地志》等也均含有对地名渊源的解释。
关于域外地名的记述，则以东晋高僧法显的《佛国记》(又称《法显传》)内容较多。他从陆路取道今巴基斯坦等地进入印度，巡访佛迹，记下许多重要地名，后由海道自今孟加拉湾，绕道师子国(今斯里兰卡)，然后返回祖国。