太湖流域下游，地势平缓，向东注入东海，向东北注入长江，向东南注入杭州湾的水道，都因比降很小和潮水顶托，行洪缓慢。又因为圩田的经济效益很好，一些达官贵人又往往倚仗权势，强行在湖区和河道上修圩，使湖泊蓄水能力下降，水道行洪更为困难，结果是洪涝灾害急剧上升。近人缪启愉先生根据历史资料统计，唐宋元明清各代，太湖流域发生水灾的频率是：唐朝20年一次，北宋六七年一次，南宋四至九年一次，元朝三至五年一次，明朝三至七年一次，清朝四年一次。因此，元、明、清三代都把疏浚太湖流域下游的水道，作为这里农田水利工作的重点。
图7 明代圩田
据史载，元朝90多年中，疏浚太湖下游的河道不下百次，平均约一年一次。在古代，吴淞江是太湖流域排洪的最重要孔道，对太湖水利深有研究的宋人郏侨说，吴淞江“故道深广，可敌千浦”。因此，元朝疏浚的主要对象便是这条水道。其中有两次的治理，效果较好。一次是在元大德元年(公元1297年)，由江浙行省平章彻里(蒙古族)主持。从事这一工程的有数万军工，他们清除了沉积在吴淞江口的大量由潮汐搬来的泥沙，从而恢复了吴淞江的排洪作用。另一次是元大德八年(公元1305年)，由当时著名的水利行家、都水监丞任仁发主持，治水的规模也很大，用工(工作日)共165万，疏浚了吴淞江中堵塞比较严重的38里江道。
明朝，太湖流域的经济继续发展。它每年上交国家的夏秋两税，仅北部苏州、松江、常州、镇江四府，便高达500万石左右，约为当时山东、湖广(湖北、湖南)两个纳税大省的总和，占全国两税总额2900万石的1/6强。太湖流域是明朝的经济命脉，而当时水旱灾害又十分严重，特别是水灾，所以明朝政府不得不用更大的力量，治理这里的水道。明朝历时276年，以浚河排水为主，在太湖流域施工1000多次。
在明朝频繁的疏导太湖流域河道的工程中，最重要的是永乐元年(公元1403年)户部尚书夏原吉主持的一次。他认为太湖流域治水的关键是疏浚下游河道，使洪水畅流入海。又认为吴淞江的下游淤塞严重，重新疏浚工费太大。于是，他率领10万多河工，既重点开夏驾浦，引吴淞江上游之水，取道刘家河入长江；又重点凿范家浜，使之与黄埔江相接，将太湖东部河湖之水，特别是浙西来水，循黄埔江排入长江。这次治水，不仅改善了太湖下游的泄水状况；而且改变了泄水格局，由从前以吴淞江为主泄道，逐步变成以黄埔江为主泄道，这种情况，一直延续到今天。
继夏原吉之后，周忱、徐贯、李充嗣、林应训、吕光洵、海瑞等，都曾对太湖水道作过较大规模的治理，对排洪都起过一定作用，而以林应训的成就更为显著。林应训是在万历五年到八年(公元1577—1580年)，在大学士张居正大力支持下，主持治理太湖水道的。他认为太湖下游虽有黄埔江、刘家河等可以泄水，而仍多水灾，与历史上的主要泄水道吴淞江淤塞有关。因此，他的治水以浚吴淞江为施工重点，兼疏黄埔江、白茆港等其他一批水道。先后疏浚吴淞江140里，黄浦江90多里，白茆港45里，以及其他港浦数十处。这是一次对太湖水道较为全面的治理，工程质量也较好，排洪作用得到了改进。
由于太湖流域的特殊经济地位，清朝也在这里进行频繁的水利建设，据统计，在它立国267年中，以疏河为主的施工在2000次以上。它对太湖流域的一些主要泄水道，如吴淞江、黄浦江、浏河、白茆河、孟渎等，都一再加以治理，尤其是吴淞江和浏河，先后疏浚一二十次之多。有些工程规模也很大，如康熙十年(公元1671年)、嘉庆二十三年(公元1818年)、道光七年(公元1827年)三次疏浚吴淞江河道，长度都在10000丈(150丈为一里)以上。清朝的这些治水工程，对于减轻太湖流域的水旱灾害，都有积极意义。
修建河浦湖陂等工程(包括改造自然河湖和穿凿人工河湖两个方面)，对防御干旱和一般洪水，成效都比较显著，它促进了太湖流域农业的发展。但是，太湖流域常遭台风雨的袭击，其中强台风雨，日降雨量可达几百毫米。它会形成特大洪水，而在特大洪水面前，这些工程就显得软弱无力了。就河浦来说，它受太湖流域碟状地形的制约，比降极小，无法将特大洪水迅速排往江海。就湖陂来说，它不像后来的大型水库周围筑有坚固而高大的堤坝，无力容纳大量的洪水。洪水水量大，排蓄能力弱，酿成洪涝灾害是不可避免的。古人在太湖流域修建农田水利很勤，而洪涝灾害仍然频频发生，应该说这就是主要原因。
现代，人对自然斗争的能力大大增强，已经有可能较为彻底地征服太湖流域的水旱灾害了。为了将可能变成现实，中华人民共和国建立以后，便着手在太湖流域推行这样一个综合性的水利建设计划。其主要内容为，在上游兴建七座大型水库，以便有效地拦蓄上游洪水，它既可灌溉当地农田，又能减轻中下游的洪水压力；在中游，于太湖周围修建坚固的混凝土大堤，一方面可以大大增加太湖的蓄水量，另一方面又能防止太湖洪水溃堤泛滥；在下游，除疏浚旧有排水道外，还要穿凿10多条新的泄洪干道，以提高排洪能力；在江(长江、钱塘江)边，建造八座大功率的电力抽水站，以便涝时迅速抽洪水入江，旱时抽江水内灌。这些计划中的工程，一部分已经建成，全部完工后，便可基本上解除太湖流域的水旱灾害。从最难解决的洪涝灾害来说，可由目前的三五年一遇，提高到50年一遇。这一计划完成后，又能解决区域内的工业用水和城市人民生活用水。它还可满足扩建后江南运河增水的需要。到那时，太湖流域才是真正的人间天堂。