公元220年，三国时期开始。公元589年，南朝结束。在这370年中，由于以下两个原因，太湖流域的农田水利建设，有了较大的发展，建成了一大批湖塘泾浦。
一个原因是由于北人南迁。自东汉末年起，黄河流域政局长期动荡不安，东汉末有黄巾起义和军阀混战，西晋有八王之乱，十六国时期，在汉、匈奴、羯、氐、羌各族之间，一再爆发战争。战乱迫使原居黄河流域的大批汉人持续南迁，形成了我国历史上著名的人口大迁移。太湖流域是接纳南迁北人的主要地区。人口的大幅度增加，使在这一地区扩建水利以发展农业，既十分必要，又完全可能了。另一个原因是由于六朝统治者的重视。从三国的吴开始，历东晋，至南朝的宋、齐、梁、陈六朝，都以建业——建康(江苏南京市)为都。六朝都城与太湖流域紧密相连，太湖流域成为京畿重地。它既是都城的后方，又是都城粮食的主要供应地。因此，六朝的统治者特别重视这里的农田水利建设。这样，在近四个世纪中，便相继在太湖流域建成了一大批农田排灌工程。
三国时，吴国组织兴建的农田水利工程，比较重要的当推在今江苏省句容县境内的赤山湖。它建于吴赤乌二年(公元239年)，是一座蓄水防旱的灌溉工程。后来经过多次扩建，到唐朝时称为绛岩湖，发展成为江南非常著名的农田水利设施。另一工程为浦里塘，永安三年(公元260年)开工，位于今溧水县南20余里。由于施工太急，军民多有劳累而死的，没有全面完工。差不多同时，吴国又在吴兴、长兴间的太湖边上筑青塘，长数十里，以隔绝太湖水势，捍卫沿堤农田。此外，吴国还在句容至云阳(今江苏丹阳)间凿了一条称破冈渎的水道，虽然这是一条运粮渠道，但也有灌溉之利。由于吴国在这里兴建了许多水利工程，使这里形成“田池布千里”的景象。
两晋时继续在此兴建水利。光熙元年(公元306年)，陈敏于曲阿(今江苏丹阳)城西，拦蓄溪水成湖，周长120里，史称练湖或练塘。练湖本以灌溉为主的水利设施，到唐朝后期，因江南河西段地势略高，水量不足，需要不断补充，所以又将它作为运河的水柜，以济运为主，有“湖水放一寸，河水长一尺”的作用。继开练湖之后，东晋大兴四年(公元321年)，张闿〔kai凯〕又在曲阿建新丰塘，用“二十一万一千四百二十功(工作日)”，可灌农田800顷。丹阳属太湖流域西部丘陵区，地势稍高，所以两晋一再在此兴建蓄水工程，以资溉田。东晋还在今浙江吴兴境内建成“溉田千顷”的荻塘(又名荻港)。
南朝时，在吴兴和长兴两地，也相继建成了两座规模较大的水利设施。一座叫吴兴塘，由刘宋吴兴太守沈攸之主持修建，它可溉田2000多顷。另一座叫西湖，它东北距长兴城15里，溉田面积更大一些，约3000顷。南朝另一重要水利设施，是排水工程的兴建。由于太湖下游地洼水多，洪涝的威胁十分严重，因此，引起吴兴人姚峤的注意。他经过20多年的调查研究，拟订了一个由苎〔zhu住〕溪向东南排水入杭州湾的方案。这一方案在刘宋时曾付诸实施，但因工程量太大，没有完成。几十年后，到梁大通二年(公元530年)，继续施工，才取得了明显的效果，使“吴兴一境，无复水灾”。这是太湖流域以排水为主要目的而兴建的最早最大工程。
据《新唐书·地理志》记载，今浙江海盐境内，有“古泾三百条”。这些唐人心目中的“古泾”，当然，有许多是六朝时修建的。江苏省常熟县原名海虞，南朝萧梁大同六年(公元540年)才改成常熟。改名原因即与农田水利建设有关。清人修的《常昭合志稿》解释说，因为这里“高乡濒江有二十四浦通潮汐，资灌溉，而旱无忧；低乡田皆筑圩，足以御水，而涝亦不为患，以故常熟，而县以名焉”。可见，太湖东北，南朝时，也已有较好的水利设施了。
太湖流域因为六朝时建有众多的湖、塘、泾、浦等水利工程，可灌可排，水利条件大大改善，农业生产有了较大的发展。因此，这里当时不仅摘掉了“下下”田的帽子，而且还可以与“富甲全国”的关中媲美。