郑军顺利登陆后，就使荷兰殖民者盘踞的赤嵌楼和台湾城，处于分隔被围状态。当时，荷兰侵略军头目揆〔kui奎〕一据守在台湾城，城中守军约有1100人。据守赤嵌楼的头目是荷兰侵略军司令官描难实叮，城中官兵也只三四百人。此外，在台湾城附近停泊的荷兰船仅有“赫克托”和“斯·格拉弗兰”号两艘战舰，一艘领航船及几只小艇。荷兰侵略者妄图凭借船坚炮利和城堡坚固，乘郑军立足未稳，打退郑军。
在海面上，荷兰殖民者以其主力战舰“赫克托”号率领其他几艘舰只前来阻击郑军，郑成功集中60艘战舰将其团团包围，展开激烈的炮战。郑军战舰的装备虽然不及荷军，但战士们异常勇敢，他们从四面八方向“赫克托”号进行猛烈轰击，安平港外，炮声隆隆，没有多大工夫，“赫克托”号首先被击沉，“船上的货物和士兵全归于尽”(C.E.S《被忽视的福摩萨》卷下)。其他荷舰企图逃遁，被郑军战船紧紧咬住围攻，结果，一艘缩回台湾城下，一艘被熊熊的烈火吞没，一艘在被击败后逃往荷兰占领的巴达维亚(今印度尼西亚雅加达)。在陆上，四月初三日(公历5月1日)当郑军登陆北线尾(是一个不到一平方公里的沙滩)后，荷兰殖民者派舰长贝德尔上尉(《从征实录》叫他拔鬼仔)率领240名鸟铳兵，乘船急驶北线尾，上岸后即分两路列队前进，连放排枪，神气十足。这时，郑军在北线尾的部队约有4000人，郑军将领陈泽以主要兵力从正面迎击，另派七八百人，从侧翼绕过小山，向敌人后面抄袭。荷兰侵略军腹背受敌，当场被打死118人，拔鬼仔也一命呜呼了，只有少数人逃回台湾城。在赤嵌楼守军的要求下，揆一又派另一船长阿尔多普上尉率领200名士兵渡海去增援，乘舢板到达赤嵌附近，企图阻挡郑军的登陆，结果遭到郑军优势兵力的攻击，大败而归。
郑成功大败荷兰侵略军后，便以12000人的兵力围困赤嵌楼。荷兰守将描难实叮写信向驻守台湾城的荷酋揆一求救，信上只有两句话：“中国兵是从天上来的，我们很危险，很危险！”郑成功命令每名士兵各备一束干草，准备火攻赤嵌楼。派通事吴迈通知赤嵌楼荷酋描难实叮：“如果不投降，将放火烧城”。描难实叮在“孤城援绝，城市乏水”的情况下，无法再守，被迫率领300多名官兵出城投降，赤嵌楼被收复了。