明清之际，中国的封建社会进入其发展的后期，上层建筑日趋腐朽，佛、道诸教呈衰败之势。资本主义萌芽已破土而出，社会危机日益严重。而在西方，宗教改革运动以后基督教新教兴起，罗马天主教在欧洲失势，便力图向东方发展新的教区。明代中叶，随着葡萄牙殖民势力的东来，天主教在中国又重新取得传教的机会，基督教第三次在中国传播开来。在此期间，天主教的耶稣会、方济各会、多明我会等相继传入中国，其中收效最多、影响和势力最大者是耶稣会。
耶稣会是伊纳爵·罗耀拉为反对宗教改革而于1534年创建的天主教修会。1540年经教皇保罗三世正式批准后，耶稣会就积极开拓海外的传道事业。耶稣会创办人之一的方济各·沙勿略，于1540年受葡萄牙国王若奥三世派遣，以教皇宗座钦使名义来东方传教。他在1542年抵达印度的果阿，传道于东南亚各地。1549年，他随葡萄牙使节乘中国商船到日本山口和丰后等地传教，得知日本奉行的佛教和儒学都传自中国，便决心到中国传教，“使中国人能从迷信中皈依。做到了这一点，他就更容易争取日本人，并把福音从中国带给他们了”(利玛窦：《中国札记》)。他于1551和1552年两次来到广东上川岛，终因明朝海禁较严，未能进入内地传教，病死该岛。自1557年葡萄牙强占澳门后，一些教士便打算以澳门作为对华传教的据点。但面对严密封锁的中国大陆，他们始终未能如愿，只能望着边界上的石山叹息：“磐石呀！磐石呀！什么时候可以开裂，欢迎吾主啊！”
方济各·沙勿略是耶稣会来华传教的先驱，然而真正为在华传教奠定基业的，却是意大利马切拉塔人利玛窦。1578年9月，利玛窦由葡萄牙的里斯本前往印度果阿传教，次年升任神父。1582年，他奉耶稣会远东巡阅使范礼安之命到澳门学习中文。在此之前，范礼安曾审度情势，对耶稣会在华传教方针作了调整，取消原先在宗教仪式中强制推行西方习俗和使用拉丁语的做法，转而注重学习中国语言和文化知识，适应中国的民族习俗。1583年，利玛窦随另一名耶稣会修士、意大利那不勒斯人罗明坚去广州，但未能定居。后来受新任制台郭应聘邀请，两人来到肇庆，以自鸣钟等礼物相赠，获准建筑教堂。一年前，罗明坚曾随葡萄牙商船至广州传教，经制台陈文峰准许，在肇庆东关西宁寺居住，不久被驱回澳门。他们这次到肇庆，广泛结交各级官员和文人，展示《山海舆地图》及地球仪、日晷、自鸣钟、三棱镜等，深得地方士绅的尊重。几年内发展教徒约80名。罗明坚后又去绍兴、桂林等地活动，1588年从澳门返罗马，企图游说罗马教廷和西方国家与中国通使节，以便取得合法传教地位。适逢更迭教皇，未获成功，1607年死于罗马。罗明坚走后，利玛窦开始独自传教。
1589年，利玛窦被迫迁往韶州。他继续结交官绅，展示西方“异物”，作为传教的手段。同时，他攻读儒家经典，延师讲授“四书章句”，并自行译成拉丁文，详加注解。这是《四书》最早的外文译本。他在序言中称颂儒家的伦理观念，将其与罗马哲学家塞涅卡的名著相提并论。在韶州，苏州瞿太素与他结识，劝他易僧服为儒服。利玛窦入华之初，随从罗明坚剃掉须发，以西僧自居。肇庆知府王泮为教堂所题匾额：“仙花寺”、“西来净土”，仍不脱佛寺气息。罗明坚在肇庆所著第一部天主教教理中文著作，题名《新编西竺国天主实录》，署“天竺国僧辑”。该书后经利玛窦和肇庆文士的修订，改名《天主圣教实录》，印出后散发1000册。这时利玛窦已在广东居住10年，也深感僧侣的社会地位不及儒生，于是向耶稣会印度传教团视察员范礼安建议，传教士留须蓄发，穿丝绸服装谒见官绅，改称“西儒”。这一新的传教方法在1594年获准施行。利玛窦遵照使徒保罗“在什么样人中成什么人”的教导，刻苦研习中国经籍，以此著书立说，宣传天主教教义。饮食起居也全盘华化，“见人膜拜如礼，人亦爱之，信其为善人也”(李日华《紫桃轩杂缀》)。张尔歧《蒿庵闲话》也说：“玛窦初至广，下舶，髡首袒肩，人以为西僧。引至佛寺，摇手不肯拜，译言我儒也。遂僦馆延师读儒书，未一二年，四书五经皆通大义，乃入朝京师。”
利玛窦认识到，要使中国接受天主教，必须争取获得皇帝的恩准。1595年，他衣儒服自韶州北上，至南京受阻，只得转回南昌，结交皇族、官员和儒生，谈论天文、地理等。他应建安王朱多(火节)〔jie结〕之请，著《交友论》，书中引述亚里士多德、西塞罗、塞涅卡、奥古斯丁等有关格言百则。还作《西国记法》，传授西方的记忆方法。利玛窦因此声名大震。1597年，范礼安任命他为耶稣会中国传教会会长，指令他要以北京为永久驻地，并替他筹办了一批贡品。次年，他以进贡方物、协助修订历法为由，随晋京复职的礼部尚书王忠铭北上，9月初抵北京。正逢日本出兵朝鲜，利玛窦无法进谒明神宗，逗留一月之后，南下至苏州寻访瞿太素，1599年定居南京。次年，利玛窦和西班牙教士庞迪我再度以进贡方物名义北上，1601年初进入北京，向明神宗献天主图像、天主母像、天主经、珍珠镶十字架、报时自鸣钟、雅琴、万国图志等。自此，他为宫廷修理时钟，教授雅琴，接受俸禄，定居北京。朝廷还因他在天文、地理方面的知识广博，授予官职，并获准开堂传教。
利玛窦在北京继续介绍西方的天文、数学、理化知识，以取得那些主张实学、反对空谈心性的官员的信赖和合作。他的《山海舆地图》经校阅增补后，以《坤舆万国全图》之名多次刊印。他和徐光启合译了欧几里德《几何原本》前六卷、《测量法义》，和李之藻合译了《同文算指》、《浑盖通宪图说》、《乾坤体义》。他一生著译20余种，除教义、伦理和奏疏外，还有《勾股义》、《圆容较义》、《西字奇迹》、《西琴曲意》等。明季中国天主教的三大柱石，徐光启、李之藻、杨廷筠都直接受利玛窦的诱导而先后受洗。此外，与之交流问学的著名信徒瞿太素、冯应京、李天经、张焘、孙元化、王徵、韩霖、段衮〔gun滚〕、金声、瞿式耜〔si四〕等人，都是学界闻人、朝廷公卿。因此，《明史·意大里亚传》说：“其国人东来者，大多聪明特达之士，专意行教，不求利禄。其所著书，多华人所未道，故一时好异者咸尚之。而士大夫如徐光启、李之藻辈，首好其说，且为润色其文词，故其教骤兴。”
利玛窦传教，注重顺应中国传统文化和社会习俗，极力糅合孔孟之道和敬天祭祖思想于教义之中。他在《天学实义》(一名《天主实义》)中宣称，中国古籍中的“天”或“上帝”，就是西方崇奉的“天主”，他所传播的是自古即有的“天教”或“天学”。他的具体策略是联合儒家反对佛教。他公开攻击佛教崇拜偶像，“专以辟佛为事，见诸经像及诸鬼神像，辄劝人毁裂”(《蒿庵闲话》)，而对祭天、祀祖、拜孔等礼节习俗，听任教徒奉行，并不视为偶像崇拜。同时，他又援引先儒反对后儒，即要把误入歧途的后儒复归于正确的先儒。他所著《天学实义》、《畸人十篇》、《辩学遗牍》、《二十五言》等，都以铨释儒家经典来反对佛教，排斥空谈明心见性的后儒，即所谓“引吾六经之语以证其实，而深诋谈空之误”(冯应京《天主实义》序)。利玛窦的著作因“其言多与孔孟相合，又明辩释氏之不正”，深受官员儒生的欢迎，抄本风行，传诵一时。大学士叶向高赞其“言慕中华风，深契吾儒理”。甚至像邹元标那样的东林党人，也说他“欲以天主学行中国，此其意良厚；仆尝窥其奥，与吾国圣人语不异”(《愿学集·答西国利玛窦》)。
徐光启
利玛窦在中国的传教方针，徐光启总结为“驱佛补儒”。但利玛窦“合儒”、“补儒”的最后目的还是“超儒”。利玛窦希望这样“逐渐为整个帝国的全面归化作准备”。他晚年更加努力传教，于1609年创立天主会，并亲自督理北京大教堂的建筑。1610年利玛窦在北京去世，经庞迪我、熊三拔上奏，准以北京阜城门外二里沟滕公栅栏为葬地，后来成为北京教士公墓。
利玛窦自1582年来华，次年在肇庆开始为第一名信徒施洗，至1586年全国施洗者40人，1589年有80人，1596年超过百人，1603年约有500人，1608年增至2000人。到他去世时，全国天主教徒约有2500人。与他同时入华的耶稣会教士，如葡萄牙人麦安东、孟三德、罗如望、阳玛诺、谢务禄、苏如望、费奇观，意大利人石方西、郭居静、熊三拔、龙华民、王丰肃，西班牙人庞迪我，协助利玛窦在广东、江西、江苏、浙江、北京以及山东、山西、陕西等地传教。肇庆在1583年建教堂。韶州在1589年建教堂。南昌在1595年建教堂。南京在1599年建教堂。北京在1605年建教堂(南堂)。上海在1608年建教堂。杭州在1611年开教。在1775年耶稣会中国传教会接获教皇命令正式解散前，各地传教的多数是耶稣会教士。中国的耶稣会成为在葡萄牙政府支持下，由罗马教廷直接派往中国的最大传教团。
利玛窦的来华，为中世纪后期中西文化的交流写下了新的一页。在耶稣会教士中，他是首先进入明朝京城，取得合法传教地位的，是当时对中国社会上层及以后的基督教传教事业最有影响的人物。作为来华的第一位西学代表人物，他正式向中国介绍了大量的西方宗教和科学技术知识。尽管他的主观意图在于传教，所输入的也不是近代最新科学知识，但客观上确使当时的中国学者耳目一新。同时他又是向西方正面介绍中国历史文化的第一个人。自他以后，中学的西渐及其对启蒙运动的影响，都是非常引人注目的事情。在这些方面，利玛窦的筚〔bi毕〕路蓝缕之功是不可磨灭的。