明代后期的书院以徽州、江右、关中、无锡四处为最盛，其中无锡的东林书院更为著名。据说当时人们不知各地有书院，只知有东林，所有书院都被称为东林。
江苏东林书院石牌坊(选自李国钧主编《中国书院史》)
东林书院原是程颐的门人杨时讲学的地方。明万历三十二年(公元1604年)顾宪成就其地建东林书院，与高攀龙等就此讲学。据记载：东林书院，也称龟山书院，在无锡县城东南隅。当顾宪成、高攀龙讲学时，岁两大会，月一小会，各三日，一切仿效白鹿洞书院学规，“远近名贤，同声相应，天下学者，咸以东林为归”。
东林书院所形成的东林学派，基本上是以程朱理学为宗，反对王学末流的放诞、任性，不务实学，无所归宿的陋习，主张人人提倡气节，个个讲求实学。“相与共图兴复”，“以崇先哲之懿范”，“坐收濂洛关闽之胜”。顾宪成亲自制订了《东林会约》，明确提出“饬四要、破二惑、崇九益、屏九损”。
“四要”为：知本、立志、尊经、审几。
“二惑”为：不当惑而惑、不必惑而惑。
“九益”指讲学有九大好处，如：以道义相切磋，使人耳目一新，精神振奋，广见博闻，预筹未来，起旧图新。
“九损”是指人们讲学、治学中所常犯的毛病，提醒学者多加警惕，竭力避免，如：比昵狎玩，党同伐异，假公行私，评议是非，谈论琐怪，文过饰非，多言人过，执事争端，道听途说。
东林书院闻名于当时，不仅因为其学术主张切中时弊，更重要的是它把学术活动同政治斗争密切结合在一起。积极参与当时的政治活动，扩大了书院的影响，提高了社会地位，也招来了反对者的忌恨。据《明史·顾宪成传》记载：“当是时，士大夫抱道忤时者，率退处林野，闻风向附，学舍至不能容……其讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物。朝士慕其风者，多遥相应和，由是东林名大著，而忌者也多。”
“讽议朝政，裁量人物”是东林书院树立的新学风，东林书院不仅是一个教育组织，学术组织，而且成了一个舆论中心，政治活动中心。所以，当时凡是与东林书院有关系和有来往的人物，都被指控为“东林党”，后来，甚至与东林书院全无关联，只是与当权者意见不一，也被视为“东林党”，而遭受迫害，黄宗羲在《明儒学案·东林学案》中说：“东林讲学者不过数人耳，其为讲院亦不过一郡之内耳，……凡一议之正，一人之不随流俗者，无不谓之东林。若是乎东林榜标，遍于域中，延于数世。东林何不幸而有是也，东林何幸而有是也。”
正因为东林书院坚持“讽议朝政，裁量人物”的学风，遂招致一些当权者的忌恨。天启年间(公元1621—1627年)，宦官魏忠贤专权，政治腐败，屡兴冤狱，制造东林党案，杀戮左光斗等，遂殃及东林书院，进而魏忠贤更视所有书院都与东林为同党，一律严令禁毁。史称：天启五年八月“拆毁天下书院，首及东林”，天启六年，“御史徐复阳请毁讲学书院，以绝党根。”(《明史·熹宗本纪》)
东林书院遭受禁毁，已是明末第四次禁毁书院。早在嘉靖十六年和十七年(公元1537、1538年)，正当书院蓬勃发展之时，御史游居敬上疏，指斥南京吏部尚书湛若水，倡其邪学，广收无赖，私创书院。建议禁毁其所创书院，以正人心。次年，吏部尚书许赞再次提出：“抚按司府多建书院，聚生徒，供亿科扰，亟宜撤毁。”朝廷准其奏，令拆毁书院。
嘉靖十六年、十七年，连续两次禁毁书院，均因当时在朝执政者多尊朱学，而反对王、湛之学，遂对王、湛等广建书院，聚徒讲学，怀恨在心，妄加罪名，严令禁毁，开启了以政治手段压制学术发展的恶例。
明末第三次禁毁书院，是在万历七年(公元1579年)张居正执政时。《明史》称：“七年春正月戊辰，诏毁天下书院。”《明纪》记载稍详：“七年正月戊辰，诏毁天下书院，自应天府以下，凡六十四处，尽改为公廨。”《明通鉴》更说明了禁毁的缘由。“七年春正月戊辰，诏毁天下书院。先是原任常州知府施观民，以科敛民财，私创书院，坐罪褫〔si思〕职。而是时士大夫竞讲学，张居正特恶之，尽改各省书院为公廨，凡先后毁应天等府书院六十四处。”张居正禁毁书院的主要目的是整顿和强化思想控制。他在《请申旧章饬学政以振兴人才疏》中说得十分明白：“圣贤以经术垂训，国家以经术作人。若能体认经书，便是讲明学问，何必又别标门户，聚党空谈。今后各提学官，督率教官生儒，务将平日所习经书义理，着实讲求，躬行实践，以应他日之用，不许别创书院，群聚党徒，及号召游食无行之徒，空谈废业。”张居正在《答南司成屠平石论为学书》中说得更加明白：“夫昔之为同志者(指当时在书院讲授理学者)仆亦尝周旋其间，听其议论矣。然窥其微处，则皆以聚党贾誉，行径捷举。所称道德之说，虚而无当。庄子所谓其嗌言者若哇，佛氏所谓虾蟆禅耳。而其徒侣众盛，导趋为事。大者撼摇朝廷，(爽字去爻换女)乱名实，小者匿蔽丑秽，趋利逃名。”“群聚党徒”，“空谈废业”，“徒侣众盛，导趋为事”，是给书院妄加的罪名，“科敛民财”更是一个借口，实在原因是担心书院讲学会“撼摇朝廷，(爽字去爻换女)乱名实”。
第四次禁毁书院，即魏忠贤制造的禁毁东林书院，扩及全国书院，更具有明显的政治色彩。
明代书院由明初的多年沉寂到明中期的空前兴盛，又到明末的连续遭受禁毁，这种忽衰忽盛的曲折历程，正好说明封建社会后期统治者政局不稳，已潜伏着深层的危机，很值得深思。