北京的基督教教堂很多，最著名的有天主教的南堂和北堂，东正教的北馆。
南堂位于北京宣武门东大街路北，它的前身是意大利传教士利玛窦于明万历年间在首善书院内所建的经堂，距今已有300多年的历史。清顺治七年(公元1650年)天主教耶稣会教士德意志人汤若望在旧址上重建后，这座过去由葡萄牙人控制的教堂从康熙二十九年(公元1690年)到咸丰十年(公元1860年)的170年中，一直都是北京天主教教区的主教座堂。这是北京现存最古老的天主教堂。
南堂原有建筑除大堂外，相传还有天文台、藏书楼、仪器室和传教翻译人员的住宅。经清朝时的两次地震和乾隆四十年(公元1775年)的火灾，毁损严重。后来虽然修复，却又因传教士偷运鸦片引起公愤，被迫封闭。直到1860年第二次鸦片战争后，才重新开放。1900年，南堂在义和团运动中，又一次被烧毁。
南堂现存建筑为清光绪三十年(公元1904年)所修建。教堂顶部为拱券形，正面有精致的砖雕，柱顶有木刻浮雕鎏金花纹，彩色玻璃镶嵌门窗。堂内悬挂大幅耶稣受难的油画，祭台上高高地立着圣母像。整个教堂富丽堂皇，颇为壮观。
现在，南堂是北京市爱国教友的宗教活动中心，同时也接待国际友人。
北堂，原来在府右街蚕池口。北堂始建于清初，光绪十六年(公元1890年)时，慈禧太后准备扩充西苑，害怕人们在教堂的钟楼高处向中海里面眺望，于是特地找到法国公使，进行商量，希望能够将教堂搬走。同时表示愿意拨给西什库一带20英亩地皮，并补偿迁移费17.5万英镑。这样，北堂就从原来的府右街蚕池口搬到了现在的西什库。
搬迁后的北堂院内，原有王公所建的两座中国传统风格的亭子，一直被保留下来，而北堂搬迁以后，又曾经几次扩建，终于成为我国最大的天主教堂。
1949年以后，北堂曾一度关闭。近几年，经过修整以后，这座具有中西方建筑风格的教堂，又正式对外开放。
北馆，即圣尼古拉教堂，座落在东城区东直门北大街东侧的今俄罗斯大使馆内。这是北京地区最早的东正教堂。
圣尼古拉教堂原为当地的一座关帝庙。清康熙二十四年(公元1685年)雅克萨战役后，康熙皇帝将这座关帝庙特赐给俘虏来的哥萨克士兵及其家属，供这些信仰东正教的教徒进行祈祷。康熙二十八年(公元1689年)，中俄《尼布楚条约》签订后，这些哥萨克人将关帝庙改为东正教堂。不久，沙俄教区发来证书，将这座东正教堂命名为圣尼古拉教堂。
1900年，圣尼古拉教堂被义和团烧毁，该堂的一批教徒被杀死。义和团运动失败后，清政府赔款几万两白银，用于该教堂的重建及扩充。重建后的教堂取名“致命堂”，被义和团杀死的教徒都被册封为“致命圣人”，并将其尸骨装敛在三口中国式棺材中，葬于致命堂下。致命堂占地三亩，有房屋80多间。主要由致命堂、钟楼、中外书房及寡妇院组成。致命堂为典型的十字形东正教堂，堂顶上有五个带十字架的拱形堡，堂内装饰华丽。此馆重建后不久，沙俄又在东交民巷俄国驻华领事馆内，建起“奉献节教堂”。因此人们习惯上称北面的致命堂为北馆，南面的奉献节教堂为南馆。
1956年，苏联莫斯科教廷下令，调回全部苏籍神职人员，并将教产交还中国，教权交中国神职人员。不久，北馆改作苏联大使馆，致命堂建筑被拆除。现在，俄罗斯大使馆院内还保留着义和团被镇压后，清政府割让给致命堂的老四爷府的一组中式古建筑，包括北大殿五间和西殿三间。这组绿色琉璃筒瓦屋顶的建筑，吻兽为鸽形，是中国古建筑中罕见的一例，具有较高的价值。