与唐代相比，中国与印度的医药交流到宋元明时期出现了不同的特点：在医学理论方面，古印度的医理到宋代时已基本被中医融合消化，元明时代更是很少有人再提。而在药物方面，这一时期的交流则更加频繁，数量可能更为可观。其主要原因是海上交通和贸易的发展，使中印间的药物得以成批量流动。
《元史》卷十二和卷一三一，都有印度进献药物的记载。《明史》卷三二六记榜葛剌国的“贡物”，有乳香、熟香、乌香、麻藤香、乌爹泥、藤竭、粗黄等。另据《西洋番国志》、《星槎胜览》等书，当时印度人特别喜欢中国的麝香，中国与当地人有麝香交易。
这里要特别提起的是《本草纲目》。
明人李时珍的《本草纲目》是中国历史上最著名的一部药书，它为我国中药学和植物学的发展作出了重要贡献。此书共52卷，190余万字，收载药物1892种，附方11096则，附图1100余幅。书中，李时珍根据古籍的记载和自己的亲身实践，对各种药物的名称、产地、气味、形态、栽培、采集、炮制等作了详细的介绍，并通过严密的考证，纠正了前人的一些错误。他在书中介绍和考证了许多来自印度的药物，并广征佛书，给其中许多药物注出了梵文译名，这是十分难能可贵的。因此，《本草纲目》一书也汇集了中印医药文化交流的宝贵史料。但需要说明的是，李时珍在书中所列印度传来的药物，许多都是明代以前传来的，而有些相关的古籍已经失传，这就使他的工作更加意义重大。下面举几个具体的例子。
如，《本草纲目·石部》卷——“光明盐”条写道：“《吴录》云：天竺有新淘水，味甘美，下有石盐，白如水晶。”在“消石”条写道：“升玄子《伏汞图》云：消石生乌场(印度西北一国)。”
又如《本草纲目·草部》卷一二“仙茅”条，说仙茅又名婆罗门参，“梵音呼为阿输乾陀”，“颂曰：其根独生。始因西域婆罗门僧献方于唐玄宗，故今江南呼为婆罗门参。”“颂曰：五代伪唐筠州刺史王颜著《续传信方》，因国书编录西域婆罗门僧《服仙茅方》，当时盛行。云五劳七伤，明目益筋力，宣而复补。云十斤乳石不及一斤仙茅，表其功力也。本西域道人所传。开元元年婆罗门进此药，明皇服之有效，当时禁方不传。天宝之乱，方书流散，上都僧不空三藏始得此方，传与司徒李勉、尚书路嗣恭、给事齐杭、仆射张建封服之，皆得力。”
再如《本草纲目·木部》卷三五“诃梨勒”条，说它又名诃子，“梵言天主持来也”。“《金光明经·流水长者子除病品》云：‘热病下药，服诃梨勒’。”
同样，对郁金香、藿香、茉莉、瞿麦、曼陀罗花、白药子、天竺干姜、庵罗果、天竺桂、沉香、檀香、熏陆香、苏合香、龙脑香、阿魏等等，都作了相应的注释和解说。类似的例子还有很多，这里不能一一列出。
总之，《本草纲目》在中印医药文化交流中的贡献主要表现为以下两点：一、它博取前人有关记载，给以总结和辩证，尽管有时不免有牵强附会甚至误解之处，但大多数都是正确的，是有据可依，有理可循的。其对印度药物记载之翔实，征引之广泛，胜过历代任何同类书籍。二、它收取了一些印度传入的药方，并对其制作、效力等进行介绍和评价，说明当时这些药方仍被医家采用。而一些含有印度药物的药方，则可证明当时有一部分印度药方已经汉化，融入了中医。这是两种文化交流的必然结果。