在西行求法运动大张旗鼓进行的时候，中印两国人民之间的商业贸易也在进行。而且，在南北朝时期，政府间的往来也增多了。
《晋书·四夷传》“大秦国”条下记载说：“安息、天竺人与之交市于海中，其利百倍。”《苻坚传》中又提到，苻坚平定北方以后，“凡六十有二王，皆遣使贡其方物”。其中有“天竺献火浣布”。苻坚很重视西域的经营，也控制了富庶的蜀地。应当说，晋时西北和西南的交通都不曾断绝。当时僧人的往来更能证明这一点。
刘宋元嘉五年(公元428年)，有一份来自印度的国书保存在《宋书·夷蛮传》里。这是天竺迦毗黎国(大约在南印度卡维利河流域)国王月爱致宋文帝的。梁武帝天监初年(公元502年)，又有印度屈多王致梁武帝的国书保存在《梁书·诸夷传》中。这些国书言辞恳切，表达了强烈的通好愿望。此外，正史中还记载了不少印度诸国遣使贡献的事例，如《宋书》记载：“太宗泰始二年，又遣使贡献，以其使主竺扶大、竺阿弥并为建威将军。”与南朝保持联系的主要是南印度的国家，其交通路线是南海道。
《魏书》各《本纪》中也有若干记载。根据这些记载统计，从451至521年的70来年间，印度各地派使者(其中有若干商人)来北魏，至少有27次。与北魏保持联系的主要是北印度诸国，其交通路线是西域道。
俗话说，来而不往非礼也，中国南北政府派使者去印度的事也一定不少，只是史书中记载不多罢了。但不管怎样，这种频繁的交往，既促进了中印间的文化交流，也增进了彼此的友谊和了解。
这一时期，印度的友好使者们给中国带来了许多奇珍异宝和一些稀有动物，而中国传到印度的主要是丝和丝制品。在科学技术方面，由于佛经的大量翻译，以及印度僧人来华，印度的一些天文历算知识和医药卫生知识也传到中国。例如，《隋书·经籍志》中就记载有《婆罗门天文经》、《婆罗门竭伽仙人天文说》、《婆罗门阴阳算历》和《婆罗门算经》等天文历算方面的书籍，同时还记载有《龙树菩萨药方》、《西域婆罗仙人方》、《婆罗门诸仙药方》、《婆罗门药方》、《龙树菩萨和香法》和《龙树菩萨养性方》等医药养生方面的书籍。这些书籍虽然记录在《隋书》里，但传入时间应当在隋以前。它们在中国流传，势必对中国的天文历算和医药养生发生影响。
下面让我们举两个具体的例子。
《高僧传》卷四《于法开传》说：于法开，“不知何许人”，“祖术耆婆，妙通医法”。一次，他到一家，正赶上那家妇人难产，无法治疗，全家人急得没办法。于法开说，这好办。便让妇人喝下少许羊肉汤，然后针灸，不一会儿，孩子生下来，母子平安。
于法开有可能是西域于阗人，或者祖上是于阗人。“耆婆”，是印度古代著名的医生。于法开“祖术耆婆”，意思是他学习的医术是从印度传来的。他同时还会针灸，这显然是中国的传统医术。从这条记载看，于法开是把中印医术结合起来了，是当时的“中西医结合”。
南朝陶弘景是我国古代的大医学家之一。他曾将晋代葛洪编的医书《肘后救卒方》增删改编为101篇的《补阙肘后百一方》。他少年时代喜欢道教，老年皈依了佛教。在这部书的自序中，他说：“佛经云：人用四大成身，一大辄有一百一病。”印度古人认为，世界上有四大元素，即地、水、风、火；人体也是由“四大”组成，四大协调，人就健康，四大不调，人就生病，一大不调，就会引起101种病。陶弘景显然是接受了这一理论。