1498年，当达·伽马首航印度成功、返回葡萄牙的时候，带回了大批东方的丝绸、瓷器、香料、象牙、宝石等珍贵物品，并将一件精美的中国瓷器献给了葡萄牙皇后。这次远航所获的厚利，更加刺激了殖民者对东方的贪欲之心，一批一批的葡萄牙殖民者步达·伽马的后尘，绕好望角东来。
1511年，葡萄牙人侵占了印度洋通往太平洋的咽喉马六甲。从此，中国直通印度洋的海道，逐渐被阻断了。1517年，一支葡萄牙舰队闯入我国广州地区，要求贸易，遭到明朝政府拒绝。于是，这些殖民者就在广东沿海开始抢掠活动，并强占了广东东莞县的屯门岛。明朝政府将使者佩雷斯押回广东，驱逐出境(胡宗宪《筹海图编》卷十三)；将其翻译“火者阿三”就地正法，并狠狠打击了葡萄牙侵扰者，夺回了屯门岛。此后，葡萄牙人仍不甘心，又转向福建、浙江沿海地区侵夺骚扰，进行走私贸易。1553年，葡萄牙殖民者混入澳门，借口海水打湿了货物，上岸晾晒，通过对明朝官吏的行贿，得以逐步入居、盘踞澳门。从此，澳门不仅成为葡萄牙在中国和远东进行殖民活动的重要据点，而且成为明清之际中西交通与文化交流的主要桥梁。
继葡萄牙人之后，西班牙人也向亚洲进行殖民扩张。1565年，他们开始征服菲律宾群岛。1571年，他们正式建立了自己在菲律宾的殖民统治，并且建马尼拉城，作为殖民统治中心。在以后的两个半世纪当中，进行了中国—马尼拉—拉丁美洲的大帆船贸易。1601年，荷兰人也“驾大舰，携巨炮”，闯到澳门一带，要求同中国“贸易”。荷属东印度公司成立后，加紧将触角伸向中国。1624年，荷兰殖民者侵占我国台湾。1626年，西班牙人也派兵在台湾鸡笼登陆，占领台湾北部地区。双方经过激烈角逐，荷兰人将西班牙人打败，独霸台湾。直到1662年，郑成功才赶走荷兰殖民者，收复了这座宝岛。
随着新航路的开辟和殖民主义者的东来，中西交通的路线几乎完全转移到海道，自欧洲大西洋海岸诸港绕好望角前来中国；中西交通的主角从过去的中国、中亚、西亚和北非各国和地区，几乎完全转移到欧洲国家。中西文化交流的内涵，也从前一时期伊斯兰等文明与中国文明的交流，转变为欧洲基督教文明与中国文明的交流。
欧洲基督教各国的传教士，在近代早期中西文化交流当中，起了特殊重要的作用。
15世纪的欧洲宗教改革运动，使中世纪统一的罗马教会产生了分裂。几乎半个欧洲都挣脱了罗马教廷的统治。正当此时，地理大发现为宗教的传播创造了条件。罗马天主教士的目光立刻投向东方。大批传教士融入早期殖民者的队伍，到海外去开辟新的天地。其中，西班牙人罗耀拉组织的耶稣会是最活跃的传教团体。
最早沿好望角新航路前来中国的耶稣会传教士是方济各·沙勿略。他在1541年作为罗马教廷派往远东的使节，从里斯本启程，走海路到达印度。1549年，沙勿略到日本传教，发现日本在文化上受中国影响很深，于是决定来中国传教，认为中国人信仰了基督教，日本人自然也会信仰基督教。1552年，沙勿略来到我国广东的上川岛。但因为当时明朝海禁很严，他一直未能找到机会进入内陆，不久就病死在那个小岛上了。此后近30年，欧洲传教士始终无法进入内陆。直到1578年，耶稣会派到远东的教务巡视员范礼安仍在澳门对着中国大陆发出无可奈何的悲叹：“呵，岩石，岩石，你何时才能裂开？”
在范礼安建议之下，耶稣会派意大利人罗明坚来到澳门。罗明坚先在澳门学习中文，然后随前往广州贸易的葡萄牙商人到了广州。1582年，获准在广东肇庆传教，成为进入中国内地传教的第一人。
不过，真正为在中国传教的事业打下基础的，是另一位意大利人利玛窦(公元1552—1610年)。利玛窦是意大利中部马塞拉塔城人。1571年，他在罗马加入了耶稣会，进入耶稣会创办的罗马学院学习哲学和神学。1578年，从里斯本乘船前来东方，首先抵达葡萄牙人在东方进行殖民扩张活动的大本营——印度果阿。在果阿，利玛窦进入沙勿略创办的修道院攻读神学。1582年，利玛窦来到澳门，开始学习中国的语言和文字，为进入中国内地传教进行准备。