但是，中国历代编修的地方志远远不止这个数字，还有更多的地方志由于种种原因没有传到今天，在历史的长河中相继湮没了。
在雕版印刷术广泛使用以前，书籍靠手抄，难以广泛流传，所以多数不能保存下来。南齐的陆澄曾辑录160家地理著作，编成《地理书》149卷。梁代的任昉又增补了84家，汇编成252卷，称为《地记》。过了不过100来年，到唐朝贞观年间编《隋书·经籍志》的时候，这200多种书的原本已经9/10找不到了。再过几百年，到元明两代，《隋书·经籍志》所记载的书也已十不存一，连陆氏、任氏的汇辑本也失传了。可见古代书籍的散失有多么严重。
即使在印刷术发达起来以后，也有许多地方志从来没有刊刻过。或者虽然刊刻了而印数却很少。明清两代地方志大多是官修，修成之后，向上级报送几部，稿本或书板就藏在府县衙门，平时鼠咬虫蛀，潮湿霉烂，不时遭到水灾火灾，一旦发生社会动乱或战争，府县衙门更是首当其冲。如河北省束鹿县(今辛集市)明代修过五次志书，明末天启年间滹沱河水患，“俱没于洪水”。湖北房县，早在明嘉靖年间就编有志书，在明末战乱中书板被毁。到清康熙年间重修，过了15年又“板毁而书亡”。吉林的临江县(今浑江市临江区)，曾于1926和1928年两度重修县志，两次都因失火，原稿全部烧毁。1930至1931年再次重编，随即遇到“九·一八事变”，东北沦于日军铁蹄之下，“已脱之稿，尽付劫灰”。翻开各地修志的历史，这一类令人伤心惋惜的记录随处可见。
历代皇朝都曾经投入巨大的财力组织修志，修好的方志集中到中央，精心构筑了坚固的书库，设置了专门的管理机构，和其他图籍一起妥善保管。但即使是这些得天独厚的皇家藏书，同样屡屡葬身于大规模的战争或火灾之中。如唐朝皇室的藏书一毁于“安史之乱”，再毁于唐末战乱。北宋大中祥符八年(公元1015年)，一场大火烧光了皇室藏书处昭文馆、集贤院、史馆和秘阁的三万多卷图书。此后，宋朝的皇室藏书又在宋金、宋元战争中两次被毁。这些被毁的图籍中都包含着大量地方志。明朝政府曾经收集保存有不少宋元方志。明初编辑的《永乐大典》一共两万多卷，是我国有史以来最大的一部类书，其中许多宝贵的资料就是来自地方志。明末的战乱，是图书的又一次浩劫，编《永乐大典》的人曾经看过、用过的不少宋元志书，从此就再也看不到了。《永乐大典》有一个正本，一个副本，正本也在明末战乱中被毁，副本则在清末经过英法联军的抢劫和八国联军的焚烧，丧失殆尽，幸免于难的部分仅及原书的千分之三，也多数被劫走。许多仅靠《永乐大典》得以保存的宋元方志资料，终于随同《永乐大典》一起从这个世界上永远消失了。
封建统治阶级的文化专制政策，也往往殃及地方志。司马迁在《史记·六国年表序》中说：“秦既得意，烧天下诗书，诸侯史记尤甚，为其有所刺讥也。”诸侯国的“史”和“记”，从现在看来，都是珍贵的地方文献，由于其中往往有对秦国不恭的文字，所以在秦始皇焚书的时候尤其难逃厄运。
清代从康熙到乾隆年间，为了取缔不利于清政府的思想，盛行文字狱。一些地方志就因受文字狱牵连而遭到禁毁。规模最大的一次禁书是在乾隆年间，清政府借修《四库全书》之名征集天下图书一一审查，凡内容有不符合要求的，统统销毁，或者部分抽毁挖改。有些地方志中至今还能看到删改的痕迹。乾隆四十四年(公元1779年)，安徽巡抚奏请检查天下郡县志乘，乾隆皇帝批示令各省照办，仅安徽省查出上缴的就有《黄山志》、《宁海志》、《吴县志》、《金山志》、《松江新志》等多种志书。
到了近代，帝国主义的侵略掠夺，成为地方志散失的主要原因。除了流散到国外的以外，还有不少方志毁于侵略者的炮火。例如，《(道光)广东通志》书板藏在广州越秀书院，第二次鸦片战争时被英法联军的炮火所毁。远东著名的上海东方图书馆，经过几十年惨淡经营，收藏地方志2600多部，其中有140种珍贵的元明版本。1931年“一·二八事变”，东方图书馆先遭日机轰炸，又被日人纵火，它的50多万册藏书连同这些地方志全部被烧光。更有许多新完成的志稿，由于国难当头而不能出版，在战火和流徙中散失。它们刚刚来到这个世界就夭折了，使多少修志者的心血付诸流水。
这些被湮没了的地方志，其中一部分在历史上还留下了一点影子。它们在其他古籍中被引用过，或者被提到过，有的只留下一个书名，有的可以知道作者和成书时代，有的还保存下来一些断篇零句，或者有几句关于它的简单介绍。仅是这些“有据可查”的，数量已经极为可观。
张国淦的《中国古方志考》一书，记录了元代以前的方志类图书2000多种，其中现存的不过40种左右。有人根据各种目录统计，明代地方志失传的约为现存数的将近两倍。清代早期方志佚失的也不在少数。从地区来说，如元代以前山东地区地方志有名可考的有36种，幸存至今的只有元代编纂的《齐乘》一种；元代广东地区可考的地方志有14种，只剩下《(大德)南海志》一种，还不是全本；明代浙江有据可考的方志有637种，现存的仅102种；1911年前的贵州地区方志可考的有271种，现存只有89种，还不到1/3。至于那些随着岁月的流逝消失得无影无踪的地方志究竟有多少，那就无法查考了。
枯燥的数字，蕴含着确切的事实。我们不能不为我国历代修志的规模惊叹，不能不为国家的多难和文献的散亡扼腕叹息。而那些穿过了历史的风风雨雨，幸运地留存到今天的地方志，就越发值得我们珍惜了。