中日两国一衣带水，文化交流源远流长，不少日本人喜爱中国文化，十分珍惜中国典籍。其间也产生了一些文化强盗，念念不忘想把中国典籍文物弄到日本。历史上，中国是个世界大国、强国，这种觊觎往往不能得逞。甲午战争之后，由于清朝政府的腐败，日本文化强盗便利用这个机会开始掠夺中国古代的典籍。窃取敦煌经卷，购买皕宋楼善本古籍就是这一行动的发端。1937年“七七事变”后，日军常常采取了三种作法，以达目的。
首先，在日军占领区，以查封没收方式，疯狂掠夺我国的珍贵文物和图书。日军对沦陷区的出版社和图书馆的图书进行检查，凡见到好书，就以种种借口加以没收，如1941年在商务印书馆检查时，一次就没收图书21.3万册。当1938年日军占领南京后，除了进行令全世界震惊和发指的“南京大屠杀”外，日本政府还派出各类科学家和版本学家对南京中央图书馆、中央研究院等70多处地方进行搜查，动用卡车310辆次，将88万册图书劫往日本。这次抢劫的书刊当中，有1938年以前完整的中国各级政府的公报，当时中国产业调查和计划，还有3000多册清朝历代皇帝实录等文献。不少正直的日本人认为这是一起“文化大屠杀”。
对于私人藏书楼，日军照样抢掠。日军命令中国藏书者“自动缴呈”，并以帮助缴呈为名进入私人藏书楼，按目索书，大肆掠夺。吴兴嘉业堂、常熟铁琴铜剑楼等著名藏书楼，经常受到日本文化特务的骚扰，不少图籍被抄去。
其次，对于数量很多一时难以搬运的图书文献，尽力焚毁。
江苏国学图书馆多藏宋元以来历代珍本书，抗战中为防日寇掠夺，该馆将这批图书寄存在苏北兴化县，被日寇发现，结果使这批木刻图书与方志6803册全被敌人焚毁。另外，该馆保存的清朝咸丰、同治、光绪、宣统四代江南各官署的档案，已清理好的6486宗，未清理的60个大篓，全部被毁，片字不留。1944年日军入侵桂林，广西省立桂林图书馆的20万册图书全数被焚毁。
最后，日军在战争中还专门针对图书馆进行炮击、轰炸，焚毁图书典籍。“七七事变”后，日军不顾国际公法中不得对文化设施、学校、医院和平民采用武力的规定，放肆地狂轰滥炸学校。南开大学图书馆于1937年7月被日军炮火夷为平地。1937年8月松沪战役中暨南大学图书馆在日军炮火下化为灰烬。1938年11月日军飞机对湖南大学连续投弹50枚，半个小时内有八万余册的图书馆和整个学校变成废墟。最令人痛心的是上海商务印书馆东方图书馆的被焚，藏书达50万册的商务印书馆的东方图书馆，于1932年1月28日晚遭日军海军陆战队炮火攻击，29日飞机密集轰炸，日机在商务印书馆投下六枚炸弹，在得知东方图书馆没受到根本性破坏时，又派浪人潜入该馆纵火，一座设备现代化、馆藏十分丰富、且有许多稀世珍藏的东方图书馆毁于一旦。
当日寇侵略意图已经十分露骨的时候，我国图书馆界为了保存珍贵的文化遗产，开始了图书的内迁、疏散的工作。
1931年“九一八事变”，东北沦陷。紧接着日军指使汉奸策划“华北五省自治运动”，眼看华北将陷入敌人魔爪当中。1934年政府当局决定北京国宝南运，当时南迁的除有北京图书馆的古籍善本外，还有历史博物馆和故宫博物院的珍贵文物。南迁的北图善本书籍，有原属甲乙两个库藏的善本书约5000余种，六万余册，另外还有敦煌写经9000余卷，金石碑帖数百件，在运抵上海后，存放在公共租界的仓库里。1937年11月上海沦陷，上海的租界日军尚未占领，成了孤岛。当时北京图书馆副馆长袁同礼与驻美大使胡适联系，欲将此批善本运往美国，托请美国国会图书馆代为保管，以避战乱损失。1941年初，袁同礼秘密赴沪布置安排，由徐森玉和王有三两人选出部分最为珍贵的古籍善本精华，计2954种20970册，分装成102箱。其中有宋刻本72种，金刻本12种，元刻本120种，交由北图上海办事处钱存训办理。为了躲避日人耳目，安全通过海关，箱子分成10批，每隔几日，便报关运走一批。最后一批运走的时间是1941年12月5日，事隔两天，即12月7日发生了珍珠港事变，美日宣战。多次启运一事虽引起日本华北兴亚院方面的注意，无奈书已运走，只有望洋兴叹了。抗日胜利后，北图曾有把书运回的动议，因国内战争又起，遂议暂缓。1965年2月，前北图馆长袁同礼在美病故，台湾中央图书馆馆长蒋复璁〔cong聪〕建议将这批图书运往台湾，由该馆代为保存。取得美国国务院、国会图书馆同意后，这批珍贵图书于1965年11月运抵台北。台湾中央图书馆发布消息，声明代北京图书馆保存，一俟条件成熟将返还北京图书馆。
抗战当中，许多图书馆为了保存民族文化遗产，将重要珍贵的典籍内迁。国立中央图书馆，于1937年8月15日，在日机袭击南京后，立即停止阅览，将重要图书装成263箱封存疏散。11月奉命西迁，由南京迁武汉，再迁长沙，最后迁至重庆。“七七事变”之后，日军开始向华北进攻，7月30日，平津陷落。北京大学在城内，图书全部陷于敌人手中，清华图书馆抢运出来的图书文献，中途遭敌机轰炸，损失惨重。南开图书馆已被日寇炮火焚烧殆尽。所以三校最初在长沙组成临时大学之时，仅有中外文图书6000余册。与此同时，山东大学、唐山工学院、中央大学、复旦大学、上海医学院、武汉大学等校的图书馆都辗转迁徙。迁移当中有的损失是很惨重的，如中央大学图书馆40万册图书，1937年迁往重庆，途中民船沉没，损失不少，后遭敌机轰炸扫射，又焚毁了一部分。直至1948年该校藏书只有18万册，一直未能恢复原有数量。广东、安徽、湖北、湖南等8个省图书馆都进行了迁移，途中，由于雨淋、日晒、风吹、虫鼠为害，都损失了大批藏书。日本侵略者的铁蹄践踏了我们的国土，枪杀了我们的人民，还焚毁了记录中国文明的典籍，然而华夏儿女胸膛中跳动着一颗中国心，始终为反对侵略战争和繁荣中华文化而奋斗。