《文渊阁书目》
明正统六年(公元1441年)，由杨士奇主持编修而成。它不按经、史、子、集四部分类，而首先以千字文排次为序，自天字至往字，分成20号，每号下分若干橱，橱下再分类，依类登录图书。目录共收图书7200余部，多不著撰者姓名，有册而无卷数，目录学史上对此书目评价不高。
《明史·艺文志》
从汉到宋，历代正史艺文志，基本上都是反映当时政府藏书的官修目录，而《明史·艺文志》只记载明代人的著述。《明史·艺文志》仍取四部分类，每部之下分成35类，共收明人著作4462种，105794卷。这种只收本朝著述的办法，为后来各种增补史志与民国时期撰修的《清史稿·艺文志》所采纳。
《古今图书集成·经籍典》
这是清代康熙、雍正两帝先后命陈梦雷及蒋廷锡编制的官修目录。经籍典是将以前历代正志、专史的艺文志、经籍志加以汇总的大型目录，从而为读者提供了从先秦至清代2000多年间典籍存亡的丰富资料。它将所收图书分为65类，虽未标出四部之名，但实际上以四部为序。
《四库全书总目》
《四库全书总目》，也称《四库全书总目提要》。经乾隆帝批准，由《四库全书》总纂修官纪昀主持，将所征集的图书“详细校正，依经、史、子、集四部名目，分类汇列，另编目录一书，具载部分、卷数、撰人姓名，垂示永久”(《办理四库全书档案》)。根据著录收入图书3461种，79309卷；未收的存目6793种，93550卷。基本包括了清代乾隆以前的中国古代书籍。总目含经部10类，史部15类，子部14类，集部5类。四部前有总序，大小类前都有小序，书附提要，一目了然。由于卷帙太大，乾隆四十九年(公元1784年)仍由纪昀删节提要，不录存目，编成《四库全书简明目录》。
《读书敏求记》
它是我国第一部研究版本目录学的专著。作者钱曾是明末清初著名藏书楼绛云楼主人钱谦益的族孙，对于鉴别古本，评定价值有很高的造诣。《读书敏求记》收录634种宋、元精刻本。书以四部为序，经部6类，史部10类，子部20类，集部3类，共计39类。对于各书次第完缺，古今异同，都加以标明与考订，从版式、行款、字体、刀刻、笔墨断定雕印年代，从祖本、子本、原版、修版来确定版本价值。是一本有价值的善本书目。
《士礼居藏书题跋记》
清代乾嘉时期的著名藏书家黄丕烈，精于版本鉴定之学，每得一善本，辄作题跋。光绪时，潘祖荫多方觅求，得黄丕烈所作题跋350篇，以《士礼居藏书题跋记》为名刊行。该书虽以题跋记的形式出现，但涉及图书的版本、校勘、流传，仍起到目录的作用。
明清两代还有许多著名私家目录，如《菉竹堂书目》、《百川书志》、《澹生堂书目》、《世善堂书目》、《红雨楼书目》、《传是楼书目》、《振倚堂书目》等，这里不再一一介绍。