随着经济、文化的发展，明清私人藏书的总数，已大大超过宫廷所藏，校勘精审的善本书，也以私家所藏为多。明清两代出现了一些著名的藏书家和藏书楼，他们的作用有两个方面：一是校勘、鉴别古籍。二是保存古籍。
明初的私人藏书，以一些藩王为多。他们的藏书既有皇帝赐予的宋元善本，又有他们依仗权势大量搜购与翻刻的图书。像明太祖的儿子周王朱橚〔su速〕和宁王朱权都有大量珍籍秘本，宁王朱橚的五世孙朱睦(木挈)〔jie接〕，收购了山东章丘李开先的遗书，在开封筑万卷堂，成为皇族宗室中最有名的藏书家。
就全国来讲，私人藏书最集中的地区是以江浙为主的我国东南沿海地区。
明代藏书家，据统计不下数百人。对后来影响较大的约10余家，其中以下几个藏书家和他们的藏书楼最为著名。
宋濂和他的青萝山房：宋濂(公元1310—1381年)，字景濂，号潜溪，又号玄真子，浙江金华人。他是朱元璋的重臣，明代著名的学者。宋濂藏书始于青年时代，元末避战乱迁居浦江青萝山(今浙江浦江县东)，筑室读书，藏书楼称“青萝山房”。战乱中因宋濂藏书置于青萝山中，未受到损失。他在《送东阳马生序》中讲道，少时因家贫，无力购书，因此，常借书缮抄，计日以还。寒冬酷暑，仍不懈怠，从不超过借期，故人多将书借他，他得遍观群书。宋濂的藏书达八万卷以上，其中有不少是他亲自缮抄之书。宋濂晚年因长孙宋慎被列入胡惟庸党，全家被贬往四川茂州，宋濂于途中病死。他的“青萝山房”藏书也散失了。
叶盛与菉〔lu 录〕竹堂：叶盛(公元1420—1474年)，字与中，号蜕庵，江苏昆山人。成年后便访求占书，28岁步入仕途，公务之余，访求、抄录、整理、校勘图书，“服官数十年，未尝一日辍书”。他的官邸十分简单，但总雇有几个抄书人长年为他抄书。每有迁徙，没有什么行李，只有载书的马车和跟随他的抄书人。经过几十年辛勤访求与抄写，到了晚年，他拥有图书4600多册，22700多卷，成为江苏一带最大的藏书家。他曾计划建造一座藏书楼保存其书，并亲自定名为“菉竹堂”，但在他生前未能如愿，死后才由其孙叶恭焕主持建成。叶盛根据自家藏书编成《菉竹堂书目》六卷，著录家藏书二万多卷。叶盛非常珍惜图书，他说：“夫天地间物，以余观之，难聚而易散者，莫若书也。如余昔日之所遇，皆是也。”(《菉竹堂书目序》)由于有了这个认识，他教育子孙对于图书“读必谨，锁必牢，收必审，阁必高。子孙子，惟学斅〔xiao效〕，借非其人，亦不孝。”他希望子孙爱护藏书，并不是只藏不用不借，而是要求借得其人，否则图书就容易散失。
范钦与天一阁：范钦(公元1506—1585年)，字尧卿，号东明，浙江鄞〔yin寅〕县(今宁波)人。范钦于嘉靖十一年(公元1532年)中进士，官至兵部右侍郎。嘉靖四十年(公元1561年)，他在家乡鄞县月湖之西创建“天一阁”藏书楼，藏书多达七万多卷，为浙东第一。
范钦一生嗜好收藏图书。为了搜求图书，他遍访浙江藏书家与书坊，收购异本。他在江西、广西、福建、陕西、河南等地做官时，广搜图书，抄录善本。使他因书藏丰富而远近闻名。
范钦针对历来对藏书的两大危害天灾(水、火、虫灾)与人祸(管理不严、易遭散佚)，制定了有效的措施，叮嘱子孙严格执行。从建筑设计上看，天一阁的修建是相当科学的。“天一”名称取自“天一生水”与“地六成水”之说。天一阁分上下两层，上层喻天，天一生水，不分间，通为一厅；下层喻地，地六成水，所以下层分为六间。为了防潮，图书全部置于上层。楼上前后都有窗户，书橱前后有门，两面贮书，便于通风。书橱中还放有防虫芸草。为了防止书楼遭火，楼前挖有一池塘，用以贮水，并定名“天一池”。这样“天一阁”把防水、防火、防虫，都考虑到了。范钦为保护天一阁，制定了十分严格的守阁之约，规定：天一阁“书库门上的钥匙，每房子孙各掌一把，要开库门，必须是各房子孙全到方可；阁中之书不借外人；子孙有读书之志者，就阁读之；读者不许夜登，不嗜烟草”。这样就防止了散失之患，且“永无火厄”。这个规定直到1949年，还坚守不渝。故使天一阁藏书保存了400多年，可谓私家藏书史上的一大奇迹。天一阁避免了天灾，但无法完全避免人祸。明末战乱、乾隆帝敕修撰《四库全书》时调书、鸦片战争中英军攻陷宁波、以及中外文化奸商的盗窃，使天一阁遭受不少损失。至1949年初，天一阁藏书只剩下13000多卷了。现在，国家十分重视对天一阁的保护，维修了藏书楼，还陆续收回散失的旧藏3000多卷，并在阁后修建一座具有民族风格的书库，收藏近年漏贮和征集的古籍。
王世贞与小酉馆：王世贞(公元1526—1590年)，字元美，号凤洲，又称弇〔yan眼〕州山人。江苏太仓人。《明史》说他“生有异禀，书过目终身不忘”。19岁中举，22岁中进士，后任南京刑部尚书。王世贞嗜书成癖，每遇好书，总想法弄到手。一次，他碰到一部宋刻本《两汉书》，版刻精美，装帧考究，他爱不释手。由于一时拿不出那么多的现钱，便用一座庄园来换了这部书。他的同窗好友朱太史藏有《六臣注文选》，极为珍贵，他因无力买进，“每每念及，常以为恨”。王世贞的庄园名为弇州园，园中建有他的藏书楼，名曰“小酉馆”，藏书达三万多卷。除此之外，他另建“尔雅楼”，专藏宋版书；“九友斋”，专藏善本书。
胡应麟与二酉山房：胡应麟(公元1551—1602年)，字元瑞(或明瑞)，号石羊生，又称少室山人。浙江兰溪人。胡应麟25岁中举，其后科场不第，把一生的精力放在藏书、校书和写作上。他10多岁时，随父亲在北京居住，从那时起，就访遍京城书肆，购得不少好书。后回到故乡兰溪，经常典卖家产以购图书，致使父亲留下的家产被他卖光。为了买书，不惜花钱，常常弄得连吃饭的钱也没有了。他在《少室山房笔丛》中说自己“穷搜委巷，广乞名流，寻之故家，求诸绝城，中间节衣缩食，衡虑困心，体腹筋骨靡不所惫”。他建造“二酉藏书山房”，共收藏图书42384卷。
黄居中、黄虞稷父子与千顷斋：黄居中(公元1562—1644年)，字明立，又称海鹤先生，福建晋江(今泉州)人。万历举人，曾任南京国子监监丞。其子黄虞稷(公元1629—1691年)，字俞邰〔tai台〕，又字楮〔chu处〕园，16岁中秀才，后一心埋头书事，不求功名。黄居中一生“锐意藏书，老而弥笃〔du赌〕”，收集图书六万多卷，在南京建“千顷斋”用以藏书。黄居中做官的俸禄，除吃穿外，全都用在购书上，著名藏书家钱谦益在《黄氏千顷斋藏书记》中说他“寝食坐卧，宴居行役，未尝一息废书也。”黄虞稷根据家藏图书编成《千顷堂书目》，收录明代图书极全，后来黄虞稷参加编纂《明史·艺文志》的工作，他编的书目，事实上成为《明史·艺文志》的草本。
祁承爜〔ran 染〕与澹生堂：祁承爜(公元1565—1628年)，字尔光，号夷度，浙江山阴(今绍兴)人。祁承爜从小就喜欢图书，早年仕途坎坷，屡试不中，但他爱书之情与藏书之心矢志不渝。每次去杭州或京城，总是遍访书肆。初期藏书逾万卷，其藏书楼载羽堂在万历二十五年(公元1597年)因火灾而毁。明万历三十二年(公元1604年)他在42岁时中进士，官至江西右参政。由于经济上的宽裕与活动面的扩展，他的藏书迅速增长，终于藏书10万余卷，并在故乡绍兴梅里建了旷园，在园中建了“澹生堂”作为藏书楼。他在丰富藏书的基础上，提出了我国最早的比较系统的藏书建设理论，写出了《澹生堂藏书约》。分为《聚书训》、《藏书训略》和《读书训》三篇，分别对图书采访、编目、典藏和阅读进行了论述。《聚书训》、《读书训》主要是记述古人聚书读书的事迹；《藏书训略》分“购书”与“鉴书”两节，提出“眼界欲宽、精神欲注、心思欲巧”的购书三术和“审轻重、辨真伪、核名实、权缓急和别品类”的鉴书五法。以及“因、益、通、互”四个分类要点，为我国古代图书建设作出了贡献。
毛晋与汲古阁：毛晋(公元1599—1659年)原名凤苞，字子九。晚年改名毛晋，改字子晋。江苏常熟人。他“通明好古，强记博览”(《毛子晋墓志铭》)，从小喜欢读书，抄书，编书。二十四五岁以后，他开始收藏与刻印图书。他收集图书是采取高价购买的办法，据说他家门口贴一告示，申明本户主人购书计页付钱：宋刻本每页200；旧抄本每页40；时下善本，别家出1000，主人出1200。因此远近书商纷纷上门，他家居的常熟迎春门外的七星桥一带湖州书舶云集。因而使毛晋收藏了许多宋元时期的善本。杭嘉湖一带是藏书丰富的地区，有许多藏书家。凡买不到的善本，毛晋就寻访借抄。他发明了“影抄”的办法，所谓“影抄”，就是用纸蒙在底本上摹写原书，照原书点画行款，所抄之本与原书无异，保留了原书的面貌。毛晋雇用了很多人为他抄书，清人吴伟业在《汲古阁歌》中写道：
比闻充栋虞山翁，里中又得小毛公。
搜求遗佚悬金购，缮写精能镂版工。
毛晋藏有大量的影抄本，提高了毛氏藏书的价值。经过近30年的收集，毛晋藏书多达84000余册，分别收藏于他的藏书楼——汲古阁与目耕楼中。毛晋一遇善本便开坊刻印，以广流传。所以《汲古阁歌》说他“君获奇书好示人，鸡林巨贾争摹印。”汲古阁不但是藏书楼名，也是他刻书的书坊名称。为了刻印《十三经》、《十七史》，在崇祯十四五年(公元1641—1642年)，他就卖掉了良田300亩。毛晋刻印的经、史，多为宋元善本，书版几次校正。没有确凿证据者，从不轻易改动。加之所用纸墨精良，装潢考究，故当时有“天下之购善本者，必望走隐湖毛氏”之说。汲古阁藏书后来散失，刻坊10万多块书版后来也损失殆尽，这是非常可惜的。
钱谦益与绛云楼：钱谦益(公元1582—1664年)，字受之，号牧斋，又号蒙叟、东涧遗老等。江苏常熟人。明代进士，官居礼部侍郎，降清后不久便隐居乡间。
钱谦益的诗词、文章“声华炟赫，莫与为比”。他最初求书是为了读书，所以爱书如命，他的藏书一般不轻易借人。钱氏购得刘子威等四个藏书家的遗书，又重金收买了赵琦美的脉望馆的全部藏书。到了晚年，他在家乡红豆山庄建造了绛云楼，把平生收藏的书籍，重新整理、编目，装满了73个大书柜，藏于楼中。清顺治七年(公元1650年)绛云楼不慎起火，焚毁了钱氏全部藏书，钱谦益痛不欲生，说道：“甲申之乱，古今书史图籍一大劫也。吾家庚寅之火，江左书史图籍一小劫也”(《宋本汉书跋》)。后来钱谦益将余书赠给族孙钱曾，钱曾在此基础上设立了述古堂藏书室，并出版了《述古堂藏书目》。
明末的许多藏书楼，清朝仍然保留了下来，如常熟的绛云楼、汲古阁，宁波的天一阁，南京的千顷斋，在清初仍负盛名。后来除了天一阁，其他藏书楼或因失火，或因经管不善，藏书逐渐散失。清代中期建的藏书楼还有江苏吴县黄丕烈的“士礼居”和“百宋一廛〔chan禅〕”，浙江海昌吴骞的“拜经楼”，江苏苏州孙星衍的“平津馆”，浙江杭州汪宪的“振绮堂”、汪启淑的“开万楼”、鲍廷博的“知不足斋”、户文弨〔chao超〕的“抱经堂”，浙江嘉兴朱彝尊的“潜采堂”，浙江宁波卢址的“抱经楼”；江苏昆山徐乾学的“传是楼”，北京大兴翁方纲的“三万卷楼”，满族昌龄的“谦益堂”，蒙族法式善的“梧门书屋”，山东历城周永年的“借书园”等。这些藏书家和藏书楼，为保存中国文化，传播知识，作出了贡献，为时人所称道。
清王朝的后期，内忧外患，战乱不已，各地藏书多有损失。道光以后，私人藏书已不能与乾嘉时期相比。晚清时，有海源阁、铁琴铜剑楼、皕宋楼和八千卷楼等四大藏书楼值得介绍。
山东聊城杨氏海源阁：阁主是杨以增(公元1787—1855年)。他任江南河道总督的时候，收购了苏州汪士钟艺芸书舍的藏书；后来其子杨绍和(公元1832—1875年)在北京又收购清怡亲王府乐善堂的图书以及其他一些图书，到了其孙杨保彝(公元1852—1910年)时，海源阁达于鼎盛期。杨保彝编的《海源阁书目》，著录藏书经、史、子、集四部3336种，共208300多卷。海源阁于1929年和1930年两次被山东土匪占据，当做司令部，藏书连遭匪劫，后来逐渐散失。海源阁部分藏书分别被北京图书馆和山东图书馆所收购。
江苏常熟瞿氏铁琴铜剑楼：楼主是瞿绍基(公元1772—1836年)。瞿绍基祖孙四代，仕途坎坷，隐居乡间访书读书。他们的藏书楼原称恬裕斋，因避光绪载湉音讳，改名“敦裕斋”，后因瞿绍基子瞿镛家珍藏铁琴一张、铜剑一把，他的词集称《铁琴铜剑楼词草》，到了瞿绍基孙瞿启甲于光绪二十四年(公元1898年)刊印其家藏书目录时，便以“铁琴铜剑楼”称其藏书处了。瞿氏藏书多达10余万卷。铁琴铜剑楼的藏书目录仅著录宋、金、元珍本及稀见抄本(普通书未著录)，计有经部82种，史部265种，子部370种，集部525种，共1242种，可见其藏书的价值了。
瞿氏后人刚直不阿，光绪时皇帝曾派侍郎等四人来到铁琴铜剑楼，要想取走一书，并答应封瞿氏后裔三品京堂，赏钱上万，但瞿氏后人不为利禄所动，拿出乾隆赐给恬裕斋的诏书加以推辞，光绪帝因不能违背祖训而作罢。瞿启甲于辛亥革命后，积极倡导公共图书馆事业，并亲自创办常熟公共图书馆，还曾任当时北洋政府时的众议员，后因拒绝曹锟贿选而愤然辞职。抗日战争中，瞿启甲将珍贵善本全部运往上海藏匿，得以完整保存。瞿启甲去世，其子济苍、旭初、凤起三兄弟妥管藏书，尔后全部捐献国家。铁琴铜剑楼图书现藏于北京图书馆。瞿氏家族的藏书允许外人入楼阅览，设有阅览室，供应茶水膳食，颇得好评。
浙江归安(今吴兴)陆氏皕宋楼：创始人陆心源(公元1834—1894年)，字刚甫，号存斋，晚号潜园老人，浙江归安人。咸丰九年(公元1859年)中举，先任南韶兵备道台，后官至福建盐运使。被参削职归家后，在城东辟潜园，藏书、校书终身。陆心源嗜书成癖，他在任职广东南韶时运回老家图书就有100多箱。时值战乱不少藏书家的藏书流散于社会，陆心源便乘机收购珍籍。到了光绪八年(公元1882年)他收藏图书已达15万卷。陆氏将一个大藏书楼分作两部分，一部分称为皕宋楼，另一部分则称“十万卷楼”。“皕宋”意思是说黄丕烈藏宋版书100部，将其藏书室称为“百宋一廛”。“皕”意双百，皕宋楼，表示所藏宋版书倍于黄丕烈。10万卷楼则藏明清刻本与名人手校、手抄本及稿本。另建守先阁藏普通刻本与抄本，对外人开放。
李宗莲在《皕宋楼藏书志》中指出，皕宋楼比范氏天一阁藏书还多，宋元善本，皕宋楼为天一阁的两倍；且天一阁管得太严，而皕宋楼则让人阅览；另外，皕宋楼收书选择严格，天一阁收书较杂。总之，他认为皕宋楼藏书质量和数量都高于天一阁。
浙江杭州丁氏八千卷楼：楼主是丁申(公元？—1880年)、丁丙(公元1832—1899年)两兄弟。丁申字竹舟，丁丙字嘉鱼，别字松生，晚号松存。浙江钱塘(今杭州)人。丁氏兄弟二人，博览群书，过目成诵，当时有“双丁”之称。
清咸丰十一年(公元1861年)因为战乱，文澜阁《四库全书》散失。一日，丁丙在西溪镇购物，发现商店包装纸竟是四库散页。于是兄弟二人四处搜寻捡拾，每天往返数十里，将文澜阁残编运至西溪，经过兄弟二人的努力，搜拾《四库全书》800多捆，随后转运到上海。战乱平息后，又全数运回。经他俩抢救出的《四库全书》共8689册。后因所缺甚多，在光绪八年(公元1882年)又开始进行补抄，先后向省内外很多藏书家借书作底本抄写，历时七年，共补缺书891种，2174页，使文澜阁藏书大体上恢复了原貌。丁氏兄弟对文化事业的贡献，值得称颂。
丁家藏书一万种，计40万卷，并于光绪十四年(公元1888年)建筑了嘉惠堂，内有三个藏书楼：八千卷楼，收藏《四库全书》，著录图书达3400种，存目书1500种；后八千卷楼：收藏《四库全书》未载之书，计8000多种，主要是佛教、道教、小说、戏曲方面的图书；小八千卷楼，又称善本书室，藏有宋元刻本200多种以及精美的明刻本、旧抄本、稿本等2000种。
清光绪三十三年(公元1907年)，丁丙逝世八年后，丁氏后人因经商失败，亏空严重。两江总督端方请江苏著名藏书家缪荃荪与丁氏后人洽谈，以75000两银的代价购买这批图书。这批图书后收藏于我国最早的公共图书馆之一——江南图书馆(今南京图书馆前身)内。
明洪武元年(公元1368年)曾立洙泗、尼山二书院。此后各地屡有设立。但自嘉靖以后，明朝统治者为了打击政敌，曾三次下令废毁书院。又加之重科举，兴学校，使书院发展缓慢。由于王阳明办龙场书院，主贵阳书院，修濂溪书院，辟稽山书院，明代统治者对书院态度有了些变化。据统计，明代书院共有1710所，遍及19个省。
清初，全国书院甚少，雍正十一年(公元1733年)谕令每省设书院一所，由政府拨经费，聘请山长，学生由各省道员与布政司会同考核。同时放宽对书院的限制，各地纷纷建立书院，据统计，清代书院多达近3000多所。
明清两代书院都有藏书。书院藏书来源，一为私家捐置。如明代洪武初年，江西吉水刘惠庭建仁山书院，“聚古今图书，以待来学者”(光绪《江西通志》卷八一)。河南襄城李敏设紫云书院“聚书千卷与学者讲习”(《明史·李敏传》)。清代张伯行入闽，建鳌峰书院，“出家所藏书千卷，充牣〔ren纫〕其中”(《碑传集》卷一十七)；二为书院购买。清代冯光裕主持贵州贵山书院，“遣人至江南，购经史群籍数千卷”(《碑传集》卷七一)；三为朝廷或地方官府所颁赠。如清乾隆十六年(公元1751年)上谕赐江南(今南京)钟山书院、苏州紫阳书院、杭州敷文书院“武英殿新刊《十三经》、《二十二史》各一部，资髦士稽古之学”(《清通考》)。此后各省大书院都有“御书楼”。“尊经阁”等建筑，以藏朝廷赐书。
至于以钻研经史为主的书院，更重藏书。阮元在杭州和广州先后创设诂经精舍和学海堂，精舍后被毁，同治五年蒋益沣重建，买四部书1300册作为藏书。学海堂建文澜阁为藏书楼，贮藏很多刻版。广东广雅书院藏书最丰，有43500余册。