公元1368年，朱元璋建立明朝，并定都应天(今南京)。同年大将徐达率兵攻下元大都(今北京)，将秘阁所藏图书典籍，运往南京。这批书籍，多为宋、辽、金、元四朝的旧藏，有不少宋元刻本与抄本，奠定了明朝国家藏书的基础。朱允炆〔wei文〕继位后，“购遗书，申旧典，日唯汲汲不遑逸”(傅维鳞《明书》卷十五)。1403年，朱棣〔di帝〕即位当年，便命解缙主持编纂一部类书《文献大成》，并于次年完成。明成祖朱棣阅后嫌该书太简略，遂命亲信大臣姚广孝、刘季篪〔chi迟〕、解缙负责重修。永乐五年(公元1407年)重修完成，定名为《永乐大典》。《永乐大典》就是利用南京文渊阁的藏书编成，全书辑录了古今图书七八千种，总计卷数22877卷，另有凡例目录60卷。永乐四年(公元1406年)成祖问起南京文渊阁的藏书情况，学士解缙说“尚多阙略”。成祖听后便说：“士庶家稍有余资，皆欲积书，况于朝廷乎！”《明史·艺文志》遂召礼部尚书郑赐派人四出求访遗书，并指示不要计较价钱。永乐十九年(公元1421年)，明成祖迁都北京，命从南京文渊阁藏书中各取一部，共计100柜，装了十几船，由陈循运往北京，其余仍贮南京。据《西园闻见录》记载，为了放置这些南来的图书，明成祖另建一个文渊阁加以收藏。明宣宗朱瞻基十分重视藏书，又喜欢读书，曾“临视文渊阁，亲披阅经史”。据《明宣宗实录》记载，宣德八年(公元1433年)四月，为便于阅览，宣宗命杨士奇、杨荣等从藏书中取出《五经》、《四书》及《说苑》之类图书，分置于广寒、清暑二殿及琼花岛(今北京北海公园琼华岛)。当时，文渊阁等秘阁藏书约二万余部，近百万卷，其中3/10为刻本，7/10为抄本。明英宗正统六年(公元1441年)，杨士奇主持查勘了文渊阁、东阁的藏书，编出《文渊阁书目》，书目共著录图书43200余册，约7000余种。据《明史·艺文志》记载，这批“秘阁书籍，皆宋、元所遗，无不精美，装用倒折，四周向外，虫鼠不能损”。明英宗正统十四年(公元1449年)，南京宫殿失火，所藏宋元以来善本焚毁俱尽。从此明代的国家藏书开始走下坡路。这与皇帝的态度直接相关。由于后来的皇帝对藏书不重视，管理不善，损坏盗窃之事屡屡发生。据《万历野获编》载，明武宗正德年间，主事李继先借整理文渊阁藏书的机会，盗窃精本；内阁大学士们更是只借阅而不归还，这些情况不断出现，致使国家藏书锐减。嘉靖时，御史徐九皋曾上书建议明世宗朱厚熜〔cong匆〕派人“查历代艺文志书目参对，凡经籍不备者，行士民之家，借本送官缮写”(《万历野获编·访求遗书》)，被明世宗拒绝。明神宗万历三十三年(公元1605年)，孙能传、张萱等清理文渊阁藏书，并编出《内阁书目》八卷。该书目所著录的图书与英宗正统六年所编的《文渊阁书目》记载的图书相比已“十不存一”，相距甚远。明末动乱，在兵燹战乱中北京宫中藏书损失惨重，“宋刻之镌〔juan捐〕，胥归残阙”。《永乐大典》原抄本从南京运来，一直藏于宫中文楼，全部毁失。
明代除宫内藏书外，中央政府的各部、院、国子监以及地方各府、州、县官署都有一定的藏书。其中不少是朝廷颁发的书，如永乐十五年(公元1417年)曾经“颁《五经》、《四书》、《性理大全》于两京六部、国子监及天下府、州、县学”。当然各地官署藏书多寡有很大的不同。
清兵入关，明朝灭亡。鉴于明末图书损失较大，清世祖遂于顺治十四年(公元1657年)“诏直省学臣购求遗书”。清康熙二十五年(公元1686年)，皇帝又诏求经学史乘等书，但都收效甚微。原因是汉族知识分子与满族封建统治者对立情绪严重，加之清政府虽有求书的诏令，但无切实的措施，所以宫中藏书增长很慢。后来清朝在编修各种类书中，通过多种渠道征集图书，使藏书达到封建社会的顶峰。
对于学术与文化，清政府采取各种办法，进行控制。首先，提倡尊崇孔子与程朱，既以此限制人民自由思想，又以此来缓和与汉族知识分子的矛盾。康熙时，重刊《性理大全》，编印《朱子全书》与《性理精义》，重用所谓理学名臣李光地、汤斌等。康熙、乾隆二帝都亲自到典阜祭祀孔子。尤其是乾隆皇帝，前后祭孔竟达九次之多；其次，查禁对清朝不利的书籍，如宋人攻击女真、明人涉及清朝先祖及有关忌讳之书，依照情况，或部分抽毁或全部销毁，乾隆三十八—四十六年(公元1773—1781年)八年间共收缴书板67000多块，全部焚毁。再次，大兴文字狱。最著名的是《南山集》案。翰林院编修戴名世撰《南山集》，多采方孝标《滇黔纪行》中所述南明事获罪。戴名世被杀，其时方孝标早已死去，竟令开棺戮尸，被株连杀死的100余人，流放的达数百人。在这样的文化政策下，相应地有两种情况出现：一方面不少学者因怕触犯时讳而避免接触现实，于是考据学大盛；另一方面，清朝统治者为控制臣民思想、笼络知识分子，寓禁书于修书。从康熙帝起多次下令编纂各种书籍，著名的有类书《渊鉴类函》450卷，辞书《佩文韵府》444卷，诗总集《全唐诗》900卷，还编大型类书《古今图书汇编》，后经雍正朝重修，改名为《古今图书集成》，共一万卷。其中最大的当属《四库全书》。在编修这些图书的过程中，征集图书。如乾隆三十七年(公元1772年)正月四日，颁发征求图书的谕旨，规定了征书范围与办法。在乾隆帝的亲自督促下，安徽学政朱筠率先行动，访得遗书，献给朝廷，随后各省相继行动。乾隆三十八年，征书活动全面展开。藏书家及经办征书的官员一怕文字狱，二怕政府无信，背弃归还原本的诺言，所以在一个时期所得图书不多。针对这一情况，乾隆屡屡降旨，加以解释。说“岂有下诏访求遗籍反于书中寻摘瑕疵、罪及藏书之人乎？”申明“即有忌讳字面，也与藏书人并无关涉”。针对怕借走不还的顾虑，乾隆帝规定各家献书所到之日，在书的封面上加盖翰林院图章，注明进书年月、官员、图书主人。并依此另造一册，逐一登记。待发还之日，按册与所献之书各项核对。如有交发不明，唯督抚是问。由于实行这些措施，所以在乾隆三十八年(公元1773年)五月以后，大批图书到达北京。为了促使藏书家献出数量更多质量更好的书，乾隆帝规定了一些颇具吸引力的办法，推动了整个献书活动。乾隆的办法主要有三个：一曰皇帝题辞。规定献书百种以上者，择其精本，请皇帝阅览，亲为评咏，题识简端，并将此书先交书馆录抄，再将原书发还。二曰赏赐图书。当时几部官修大型书籍刚刚问世，社会上还很难得到。乾隆遂对浙江鲍士恭、两淮马裕等四家进献图书500种以上的藏书家各赐《古今图书集成》一部，其他进百种以上的赐《佩文韵府》一部。三曰《总目》留名。乾隆三十九年七月规定，凡献书人收藏达百种以上者，可称之为藏书家，将其姓名附载于各书提要之后。由于实行了上述三个办法，满足了藏书者的心理与嗜好，极大地激发了他们献书的积极性。至乾隆三十九年八月，各地到京图书多达一万种以上。这是我国古代征书最成功的一次，极大地充实了国家书库。
清袭明制，没有设立专门的国家藏书机构，但南北七阁起了相当重要的作用。除翰林院、国子监皆有藏书外，国家图书多置于宫廷之内，由内务府有关机构管理，故称内府藏书。内府图书分藏各处：皇史宬〔cheng成〕收藏本朝实录、玉牒与《大清会典》；内阁专收过去明朝的文献、档案及历朝实录；昭仁殿专收宋、金、辽、元、明的善本；武英殿设有修书处，所刻之书皆在此保存，这类书叫武英殿本，简称殿本，是国家殿本书库。另外，在坤宁宫后的摛〔chi赤〕藻堂藏《四库全书荟要》，这是从《四库全书》中精选出的善本书。此外，养心殿、南熏殿、紫光阁、南书房等处均有藏书。1929年清理清代宫廷藏书有13081部，195732册。
在清代国家藏书中，南北七阁藏书占有重要地位。南北七阁，是指北京紫禁城内的文渊阁、圆明园内的文源阁、承德避暑山庄的文津阁、盛京(今沈阳)故宫的文溯阁、镇江金山寺的文宗阁、扬州大观堂的文汇阁和杭州西湖圣因寺的文澜阁。前四阁位于北方故称之为北四阁，后三阁位于南方称为南三阁。乾隆帝在决定建立北四阁时，为防火、防潮、防虫，曾派人赴宁波了解天一阁的情况。北四阁建筑就是仿照天一阁建造的。文津、文源、文渊于乾隆三十九年至四十一年(公元1774—1776年)建成。文溯阁建成于乾隆四十七年(公元1782年)。文宗、文汇、文澜三阁分别建于乾隆四十四年至四十九年(公元1779—1784年)。南北七阁都收藏有《四库全书》和《古今图书集成》。如果说北四阁是皇家藏书楼，一般士子难得阅读的话，南三阁则有不同。乾隆帝认为江浙为人文渊薮〔sou 叟〕之地，为便于当地士子“就近观摩誊录”，乾隆四十七年(公元1782年)下谕，由国家拨款抄录三份《四库全书》，分藏于南三阁。后来地方官员恐士子翻阅污损，便珍秘保存。乾隆帝又重申“愿读中秘书者，许其呈明到阁抄阅”(《办理<四库全书>档案·乾隆五十五年六月初一日上谕》)。因此，南三阁在传播古代文化方面起到了积极的作用。从《四库全书总目》中，我们了解到全书共收录3461种，79309卷；存目6793种，93551卷，总计10254种，172860卷，基本上将乾隆时中国主要图书都作了记载。如果再加上《四库未收书提要》及《四库撤毁书提要》所著录的图书，就全面反映了清代前期国家藏书的概貌了。
值得一提的是，清乾隆帝既对藏书做出过贡献，同时也销毁了一大批图书。最初他销毁的只是晚明人的违碍著述，后来扩大到几乎所有含有排满言词的著作，这样就将明穆宗隆庆元年至明思宗崇祯十七年(公元1567—1644年)刊刻的2000多种著作销毁了。根据《清代禁书总目四种》的记载，其中违碍者756种，禁书1531种，全毁者146种，抽毁者182种。这些著作大多为记述清兵烧杀抢掠或明朝攻防清军的对策、奏议。著名学者章太炎为此写了《哀焚书》一文，悲愤地抨击了这一文化专制的行为，指出这是对中国文化的摧残。当然统治者是终久禁绝不了图书传播的，到了民国时期，这批被禁销的图书又有上百种被发现。
南北七阁保存的《四库全书》，现在仅有四套收藏着，文渊阁藏的《四库全书》曾有残缺，清内务府以文津阁本抄补齐全，现藏于台湾；文津阁的《四库全书》于1915年调入京师图书馆(今北京图书馆)得到妥善保存，成为最完整的一套。文源阁由于在圆明园，1860年被英法联军烧毁。镇江文宗阁与扬州文汇阁两套《四库全书》，在太平天国革命期间被毁。咸丰十一年(公元1861年)，太平天军攻入杭州，杭州文澜阁的《四库全书》阁圮书散，后经杭州著名藏书家丁丙、丁申兄弟冒险收拾，又组织人员三次补抄891种，大体恢复原样。这套书在抗日战争时期，为免于落入日军之手，由夏定域先生筹划从杭州转浙南，后到贵阳。有一车图书落水，打捞上来，夏先生在贵阳市郊张家祠堂头顶烈日，一本本翻晒，费尽心血。后于1944年再迁至重庆青木关。1946年5月运返杭州，现藏于浙江省图书馆。值得一提的是文澜阁《四库全书》在民国时期补抄时，有些是按原本抄的，当初编纂时窜改、删节之处已照原本改正，因此较原本的《四库全书》更符合古籍的真相，有其独特的价值。沈阳文溯阁《四库全书》现藏于甘肃省图书馆。
明承元制，洪武三年(公元1370年)，以秘书监掌管内府书籍。洪武十三年(公元1380年)七月，内府书籍又改翰林院职掌，设典籍二员，从八品，职位低下，致使图书屡有丢失。明代实际上取消了独立的国家藏书机构，藏书不过是令别的机构附带管理一下而已。
清沿明制，未设立专门的国家藏书机构，翰林院、国子监都有藏书，各自管理。绝大部分书籍藏于宫廷之内，由内务府有关下属机构管理。乾隆三十八年(公元1773年)，为了编纂《四库全书》，建立了四库全书馆，由361个不同等级的人员组成。第二年开始建立南北七阁，乾隆四十年(公元1775年)文渊阁建成，设官兼掌，设领阁事三人总管其事，由协办大学士及掌院学士兼任，直阁事六人同司典掌，这些均由科甲出身的内阁学士、侍讲学士兼任。校理16人，分管注册点验，由庶子、侍读、侍讲、编修等兼任。