在大流感过去后的最初几年里，刘易斯继续执掌着宾夕法尼亚大学的菲普斯研究所。
但是，刘易斯过得并不快乐。他是那些仍相信流感嗜血杆菌引发了疾病并在流感过后继续研究的人之一。颇具讽刺意味的是，他最初并不接受流感杆菌作为病因，而怀疑是一种滤过性病毒。也许他固执的主要原因就是他的经验。他不但总能发现这种杆菌，还研制出一种似乎有效的疫苗。确实，海军给几千人使用的疫苗就是按他的方法制备的，结果证明该疫苗无效，但这批疫苗不是他亲手制造的。一小批他亲自制备和检验的疫苗——在大流感的高峰期，而不是在之后由于病原体变弱而令许多疫苗貌似有效的那个阶段——经有力证据证明是有效的。接受疫苗的60人中只有3人感染了肺炎，并且无一死亡；而对照组里有10人感染肺炎，3人死亡。
这些结果蒙蔽了他。从前他并不是总能作出正确的科学判断——没有哪个研究者可以——但这次可能是他第一次事关重大的科学失误。这也许标志着他从此走上了一条下坡路。
一开始还没什么征兆。他已在国际上享有声誉。德国的科学期刊《肺结核杂志》（Zeitschrift für Tuberkulose）翻译转载了他的工作情况。1917年他被邀在一年一度的哈维讲座上作关于肺结核的演讲，这是一项极大的荣誉。科尔在十多年后才获得邀请。85年后，戴维·刘易斯·阿龙松（David Lewis Aronson，其父是位经常获奖的科学家，曾在欧洲最好的实验室工作，认为刘易斯是他所见过的最聪明的人，因此也给儿子取名刘易斯）回忆他读到这篇讲演稿时的情景：“你可以看到，刘易斯的思维方式、思想深度和广阔眼界正渐入佳境、日臻成熟。”
刘易斯的视野的确拓宽了。现在他的兴趣包括数学和生物物理学，因为自己没有任何资源，他请求弗莱克斯纳安排一名物理学家到医学界“以作支持”，来检查荧光染料和“光的消毒力及光对动物组织的穿透力”。弗莱克斯纳照办了，他对刘易斯的工作仍旧相当重视，当刘易斯将自己打算发表在《实验医学杂志》上的论文寄给他时，他回信称之“有趣而且重要”。
但是，战后的生活开始将刘易斯拉离实验室，令他失去斗志。美国的钢铁巨头菲普斯（Henry Phipps）是刘易斯所在研究所的资助者，他对研究所并不是十分慷慨。不过刘易斯本人的工资倒是已经涨到一定水平了，从1910年他刚开始工作的3500美元年薪涨到了战前的5000美元。弗莱克斯纳仍觉得刘易斯的工资过低，战争一结束就在加利福尼亚大学伯克利分校给他谋取了一个教授职位。刘易斯拒绝了，不过宾大将他的年薪提到了6000美元，这在当时是一笔非常可观的收入。
但是，即便他自己的薪水绝对能满足日常所需，他还是要为整个研究所谋求资金，哪怕只是一小笔资助。他需要钱购买离心机、玻璃器皿、加热设备，更不用说还要付薪给“实验室助手”（此词仍被用来指代技术员）以及年轻科学家了。他必须自筹全部资金。结果，刘易斯发现自己日益陷入费城的社交圈，筹集资金，维持形象。他变得越来越像一个商人，在推销研究所还有自己。他痛恨这样的生活。他痛恨这种生活剥夺了他在实验室的时间并榨干了他的精力，痛恨无穷无尽的应酬。然而，美国正处于大萧条时期：400万士兵突然归国，需要就业；政府不再修造船只和坦克；欧洲境况惨淡，也已无力消费。筹措资金难上加难。
1921年，爱荷华大学与他联系。他们想发展成为一个一流的研究机构，希望刘易斯来主持这个项目，创建研究所。爱荷华州政府将会提供资金。弗莱克斯纳对刘易斯来说不只是一位导师，刘易斯对其推心置腹，他告诉弗莱克斯纳，爱荷华的工作看上去“繁重、稳定、平淡。你很清楚我不是那种循规蹈矩的人”。而在菲普斯，“一些正在进行的工作前景可观，我是这么认为的……你会看到我正在努力说服自己留在这里赌一赌，而不是选择爱荷华城那个枯燥稳定的前途。如您回复我将不胜感激”。
弗莱克斯纳建议他接受这个邀请：“所有我听说的爱荷华城的医学状况都十分喜人……与费城［的情况］可谓是对比鲜明。那里环境稳定……我毫不怀疑，你的魄力和领导力将产生影响，你主持的部门——尽管很大——会很快扬名，州政府会尽其所能支持你。”
弗莱克斯纳并没有告诉刘易斯这个工作多么适合他，他的才华会在这样的工作中得到多么充分的发挥。但弗莱克斯纳告诉一位资深同事说，刘易斯“也许真能在医学教育和研究上产生实际影响”。这些可能也是韦尔奇留给他的印象。刘易斯有着“非同一般的爆发力”。就算他并非面面俱到、样样精通，他的知识面还是很广。不管他自己是否意识到，他可以启发大家。确实，弗莱克斯纳相信刘易斯可以“成为这个领域的大师”。
宾夕法尼亚大学对这个邀请予以回击：给刘易斯一个新头衔，年薪涨到8000美元，保证兑现5年，并保证资助研究所2年。他留下了。弗莱克斯纳祝贺“你和学校，尤其是你的升职。新职位会加重你对学校的责任吗”？
答案是肯定的。部分因为刘易斯仍不愿安宁。尽管爱荷华的职位可能会让他建立一个重要的研究所，但这个职位会令他离开实验室，所以他拒绝了。可现在，他发现自己在宾大处于相同的境地。他厌恶与院长及其身边的人周旋，他还得扮演社交人物的角色。对于住在主流地区的有钱人来说，科学家可谓是新奇事物，是能创造世界的浮士德般的人物，用于炫耀是非常时髦的事情。刘易斯并不喜欢卖弄。在家里与妻子一起时也有压力，其中有多少是来自研究上的挫折，有多少是因为妻子热衷于他不愿参与的社交活动，又有多少是因为妻子仅仅希望多些与他共处的时间，那就不得而知了。
有个研究计划似乎进展顺利，刘易斯希望能参与其中，并且放弃其他的一切。他不仅羡慕埃弗里专注于一件事情的能力，也羡慕他有这样的机会。他觉得自己就像一个傀儡。没错，一切就要一触即发。
1922年，爱荷华大学再一次向他发出邀请。这回他接受了。他觉得有责任使菲普斯研究所保持良好的状态，便从华盛顿大学引进了奥佩来替代自己。要说有什么区别的话，那就是奥佩的名气比他还大些。
弗莱克斯纳一直很尊重刘易斯，但他们之间也保持着距离。他们一度变得亲近过。弗莱克斯纳有次写信给他：“也许某天我会来麻烦你。”刘易斯在回信中吐露道：“我尊你犹如‘父亲’。”现在，当奥佩同意去菲普斯替代刘易斯时，弗莱克斯纳似乎对刘易斯另眼相看，他不仅具备科学家的能力而且还擅长其他。弗莱克斯纳对刘易斯说：“奥佩使我感到惊讶。我以为他会死心塌地留在圣路易斯。你为如此优秀的人在菲普斯准备了那么好的路，你应该感到高兴。”
刘易斯并不高兴。他仍然不得安宁并且感到不满。他想要的是摆脱一切，除实验室之外的一切。也许他尚未完全意识到——他正走向一个危机。他又一次告诉弗莱克斯纳，他真正想要的是在实验台前工作，这一点超越一切。他已从费城抽身而出。现在他也必须使自己从爱荷华脱身。
1923年1月，他写信给弗莱克斯纳：“今天，一切都明朗了，我又有了用至少一小段时间去培养我个人兴趣的权力了……我放弃了这儿的位置和所有在费城的未来规划……我已经写信给爱荷华大学的杰索普（Jessop）校长，告诉他我的计划有变，我将不去上任……我将尽最大努力创造机会去某处做一年的研究，这个地方要尽可能地远离‘事务或者地位’之类的问题……我很难说清楚未来一年内我不想追求传统意义上的地位的原因……我真正想要的是……让多少有些空虚的头脑恢复。”
他停止了一切事务，抛开了职位、声望和金钱，踏入没有任何保障的荒野。有一个妻子、一双儿女，44岁的他摒弃了一切身外之物。他自由了。
他在那里度过了一生中最快乐的时光，他在那里做出了最好的科研，那里就是洛克菲勒研究所。研究所在距费城不远的普林斯顿设立了一个动物病理学部门。西奥博尔德·史密斯——就是这个人，曾拒绝了韦尔奇请他担任洛克菲勒研究所第一任所长的邀请——离开了哈佛来领导这个部门。史密斯也曾经是刘易斯的第一位导师，多年前将他引荐给弗莱克斯纳。刘易斯找史密斯探讨自己去普林斯顿的可能性。史密斯首先要他保证，他想“再来工作，并且……没有因那些事情而利令智昏”。刘易斯马上立下保证。
弗莱克斯纳曾经力劝他接受爱荷华的工作，现在却回复他：“很高兴看到你重返实验室，你是属于那里的，在那里你将做出最为杰出、隽永而有效的工作。为实验室生涯做了经年准备的人被无情拉走而去充任行政职位，这在我看来是一大憾事。”他还告诉刘易斯说，史密斯“很高兴有你再次助他一臂之力”。
刘易斯对薪水没有任何要求，能进实验室工作一年他就满足了。弗莱克斯纳给他8000美元（他在菲普斯的工资）以及一笔实验设备预算、若干文件柜、540个用以饲养和实验的动物笼，还有三个助手。他告诉刘易斯，这一年不要求他做出什么成绩来，一年后他们再谈未来的计划。
刘易斯欣喜若狂：“在任何可能的基础上与史密斯博士再次开始共事，我好像回到了1905年——当然我希望这次是在一个更高的新水平上……你们不会看到我懈怠……我最荣幸和高兴的是自己是你俩手下的一员，而你们就像我的父母一样，教我方法，予我教育，给我方向。很少人能有这样的机会重温青年时光。我唯一希望的就是我能继续值得你们信任。”
那时，普林斯顿仍被农场和乡村所包围。那里非常宁静，一派田园风光。洛克菲勒的实验室距离普林斯顿大学校园不远，后者仍处转型期，正从菲茨杰拉德笔下的绅士“镀金”学校变成知识中心，但直到10年之后，弗莱克斯纳的弟弟亚伯拉罕创立了高等研究院并引进爱因斯坦作为研究院的首位成员，普林斯顿才算是完全转型成功。即使位于乡郊，即使实验室几米之外就是成片的农作物，吃着草的各色动物（不单单是豚鼠或兔子，还有牛、猪和马），仍掩盖不住普林斯顿内洛克菲勒这群人的光芒。史密斯不断做出世界级的工作，而他周围还活跃着刘易斯。这是刘易斯离开洛克菲勒研究所后第一次感觉自由自在。但是，他孑然一身。他的妻子和孩子还在费城。他只身去工作，在深夜独自去实验室，只有他的思想作陪。
然而，将近一年他一无所获。弗莱克斯纳当然和他谈过未来的打算。他已经45岁了，他的下一步变动很可能就是最后一次了。如果愿意他还能回宾夕法尼亚大学。他没有选择回去，而是告诉弗莱克斯纳：“我只能再说一次，我在这里摆脱了任何纠葛，甚至是感情。”爱荷华大学又一次将大门向他敞开，并且再一次提高了工资。但他只想待在洛克菲勒。他从费城带来的肺结核计划进展甚微，不过更为重要的是，正如他向弗莱克斯纳和自己保证的那样，他使自己恢复了活力。尽管爱荷华的薪水更高，他还是告诉弗莱克斯纳：“我唯一感兴趣的‘位置’在［这里］。”
刘易斯留下完全符合弗莱克斯纳自己的计划。弗莱克斯纳解释说：“我一直认为我们的部门不应是一言堂。”在纽约，十几位杰出的学者领导着几组年轻研究者，每组都在研究一个重大问题。而普林斯顿这里的模式与之不同，除了史密斯自己的工作外没有其他的研究。弗莱克斯纳告诉刘易斯：“你的到来……为这里形成第二个中心［提供］了第一个机会。”
而且，史密斯那一年快65岁了。弗莱克斯纳、史密斯甚至韦尔奇都暗示刘易斯在史密斯退休后可以接任。弗莱克斯纳建议刘易斯暂时多留一年，之后他们再作打算。
刘易斯告诉弗莱克斯纳，“我感到前所未有的安心。”他相信自己找到了归宿，这的确将是他最后的归宿。
如果刘易斯打算筹建一个部门，他就需要一位年轻科学家——一个不仅具备实验室技巧，而且有想法的年轻人。爱荷华的熟人力劝他试用一个年轻人，他们认为这个年轻人会给他留下印象的。
肖普是一位医生的儿子，他父亲同时也是一个农场主。肖普在爱荷华大学拿到医学学位，然后在医学院教了一年药理学，同时也开展一些狗的实验。他也是个出色的大学田径运动员，高大、自信、极富男子气概——刘易斯永远不会成为这样的人。肖普总是与田野、森林和猎取（不仅是在实验室，而且真刀实枪地去狩猎）联系在一起。他的思想也十分狂野，就像一个小男孩摆弄着化学装置想让它爆炸一样。他不仅爱追根究底，而且总有创新的火花迸发。
几年后，接任科尔成为洛克菲勒研究所医院院长并兼任四个科学协会主席的病毒学家里弗斯说：“肖普是我见过的最好的科学家之一……他是一个固执的家伙，并且很坚韧……问题一到手上，他就能作出重要的发现。不论他在哪里都是这样。”第二次世界大战期间，战斗部队控制关岛后不久，里弗斯和肖普就去了那里（他们可能冒着战火去了冲绳），研究可能会对士兵造成威胁的热带疾病。在那里，肖普致力于从一种真菌中分离出一种药剂，可以减轻某些病毒感染。最终，他当选为美国科学院院士。
但是，即使有了肖普的帮助，刘易斯的工作进展仍不顺利。不是因为刘易斯不够聪明。肖普熟悉韦尔奇、弗莱克斯纳、史密斯、埃弗里和许多诺贝尔奖获得者，而他认为刘易斯是个中翘楚。像那位曾在巴斯德研究所工作过并在宾大认识了刘易斯的著名科学家阿龙松一样，肖普觉得刘易斯是他见过的最聪明的人。
刘易斯在费城时曾对肺结核有过一些初步结论。他认为有三个也可能是四个遗传因子，影响了豚鼠产生抗体——也就是抵御感染——的天生能力。他计划要精确分析这些因子的性质。这是一个重要问题，可能会远远超越对肺结核的了解，而对免疫系统有更深入的了解。
但他和肖普在重复费城的实验时却得到了不同的结果。他们检查了实验的每个细节，想找出造成差异的原因，然后再重复实验。随后就是重复检查再重复实验，又得到了不同的结果，用这样的结果不可能得出什么结论。
在科学中没什么比别人不能重现自己的实验结果更糟糕的了。现在，刘易斯自己都不能重现他在费城得到的结果，那个令他有所指望的结果。更不用说他以此为基础并进行扩展了。他碰壁了。
他锲而不舍地研究它。肖普也坚持不懈。他们都不乏坚持于一件事的执着，但他们毫无进展。
令史密斯和弗莱克斯纳更为心焦的是刘易斯解决问题的方式。失败好像令他失去了冷静。埃弗里是将他的问题分成几个可以解决的小块，他吸取每次失败的教训。而刘易斯不像埃弗里，他好像只会用蛮力，大量实验。他寻求一些具备特殊技能的科学家加入他的团队，但是他不为这些新人指定具体工作。埃弗里征召具备特殊技能的人是去攻克特定的问题，而刘易斯好像只是单纯地把资源丢到问题上，希望某个人能解决它。
此时，刘易斯似乎感到绝望。绝望的人是危险的，甚至骇人而失去人心。他正在失去下属的拥戴，而下属的拥戴才是所向披靡的关键所在。
刘易斯待在普林斯顿将满三年之际，史密斯向弗莱克斯纳表达了自己的失望：“他也许目标过高，超出了他的技能和设备的能力，这导致了他身边围绕的都是些空有技能的化学家，等等。卡雷尔”——纽约洛克菲勒研究所的卡雷尔，已获得了诺贝尔奖——“也有这样的遭遇，但是卡雷尔思路不同，并能借助他的团队取得结果。一个紧密合作的团队需要的就是领导者的思想。”
刘易斯的实验会产生一些具有潜在希望的枝节问题，他好像也没有认识到追究这些问题的价值。例如，他对失败的解释是豚鼠在普林斯顿吃的东西和在费城时的不同。这就是个潜在的重要问题，他可能是对的。饮食与疾病的关系以前已经被人们注意到了，但主要集中于因饮食缺乏而直接导致的疾病，比如败血病和糙皮病。刘易斯思考过饮食和疾病，包括传染病之间更为微妙和间接的关系。可是，他没有继续沿着这个线索追踪，而是继续拼命研究他的老问题。没有结果他也照做不误。他向科学顾问理事会报告：“明年我不打算改变我的工作方针。”
弗莱克斯纳想听到的不是这个。刘易斯使他自己变成了一个引人注目的人，可惜不是在好的方面。那不是因为他的失败，而是因为他失败的方式——迟钝、想象力匮乏以及知识上的闭塞。刘易斯已经表现得够多了，又或许没能充分表现，反正弗莱克斯纳已然作出了判断：当史密斯退休时，刘易斯不能接任。
弗莱克斯纳写了一封令人心寒的信。在信的初稿中，弗莱克斯纳措辞冷酷：“除了这一年的服务，研究所和你或者你和研究所之间应该再无任何干系……鉴于爱荷华的职位一直空缺，很需要你去就任，而且爱荷华大学也作出极大的努力来争取你，我认为你应该有权利知晓科学顾问理事会对你所持的态度……总体来说，你的前途堪忧。”
弗莱克斯纳没有寄出这封信，他自己都觉得这封信太严厉了。他只是简单地通知刘易斯，理事会“明确反对任命一个原先是人类病理学家——刘易斯就是——的人来领导动物病理学部”，因此他不能接替史密斯。但他也提醒刘易斯，理事会不会将他提拔到研究所“成员”的级别——也就是终身正教授，他仍然只是一个副教授。他的任命6个月后到期，到1926年年中期满，理事会将给他一个为期三年的任命，直到1929年。也许他终究还是应该接受爱荷华的邀请。
歌德曾在《浮士德》中写道：“要放浪游戏，年纪未免太老，/要心如死灰，年纪未免太轻。”
刘易斯已过了放浪游戏的年龄，却又未到心如死灰的年纪。弗莱克斯纳的信给他当头一棒。他满心盼望会告知他去接替史密斯，他也很肯定自己将被升到研究所“成员”一级。他从这个实验室得到了认同，但现在这个实验室非但没有给他生存所需，反而将他残酷地拒之门外。在这世上他最敬爱的两个人，两个他视若师长的人——其中一位他几乎将之视为父亲——判断他缺乏某种东西，缺乏一种能够使他有权融入他们、成为其中一员的东西。
那时，刘易斯全家已经搬到了普林斯顿，但是他的婚姻未见改善，也许错全在他。他的事业已经受到挫败，然而在爱情上，他的挫败有过之而无不及。
他再一次拒绝了爱荷华的工作。他总是愿意赌一把。现在他再下赌注，要向弗莱克斯纳和史密斯证明自己。
接下来的一年半，他工作着，起先狂热不已，可后来……某种私人原因使他退出了。他14岁的儿子霍巴特（Hobart）出现了情绪障碍，尽管转校看起来有些帮助，但他对学校仍是心存芥蒂。刘易斯自己又出了车祸。这些都令他分心。
他的进展很小。他的失败还是与埃弗里可以花上近10年的功夫去攻克的不同。埃弗里进攻的是免疫学上最基础的问题，最终才是遗传学。他从每个失败的实验中汲取教训，为数不多但远胜于无。比起如何改进一个实验，他得到的经验更有价值。他从失败中得到的经验触类旁通，能应用于所有知识领域。可以说埃弗里的实验没有一个算是失败的。
刘易斯则纯粹是失败。他在实验室花去一个又一个小时。那里一直是他最爱的地方、休息的地方、令他平静的地方。现在这里再也无法令他平静了。他开始避开这里。他的婚姻状况没有好转，妻子和他很少交流。但他也有其他事情可以做，园艺、木工，这些他以前从未沾过手的事情。也许他希望避世整理思绪，使他可以穿透数据的迷雾。也许他是那样想的。但是他的思绪似乎再也回不到这个问题上来了。
1927年8月，他向弗莱克斯纳承认：“我觉得自己没什么生产力——当然，在付出了那么多努力之后总还是有那么一点回报，每次我满怀希望，希望能尽快赶上进度的时候，每件我经手的事情总是失败得彻头彻尾或者变得更加棘手。”
然后，他说出了更为惊人的话，他将不再踏足实验室，“我会把大部分时间花在我的一栋旧屋和花园上”。
弗莱克斯纳回复了，小心翼翼地回信了。刘易斯的三年合同延长期此时已过了一年多了。弗莱克斯纳提醒他，肺结核工作“作为你的主要课题已经进行了四年，就算再给你许多年研究下去，结果也未必明朗。在别处往往会带来很大的收获，而在你这里甚为少见。我认为没什么必要执着于这个收效甚微的课题。做一名研究者的条件之一就是要有一种直觉，能清楚告诉你何时停止某课题，就像告诉你何时开始某课题一样。另外换条主线，才更能体现出你的时间的价值”。
刘易斯拒绝了这个建议。
1918年9月30日，联邦畜牧局的兽医科恩（J. S. Koen）参加了在锡达拉皮兹市举行的全国养猪业展览会。许多猪都病了，一些已经奄奄一息。在接下来的几周里，他追踪了疾病的传播，调查了几千只死亡的猪，推断这些猪得了流感——危害人类的同一种疾病。农夫们对他的诊断群起而攻之，因为那将令他们遭受经济损失。虽然如此，几个月后他还是在《兽医学杂志》（Journal of Veterinary Medicine）上发表了自己的推论：“去年秋冬时，就算那不是一种新的疾病，我们也遭遇了一种新情况。我相信我对这些猪作出的诊断，同医生在人身上作出的类似诊断一样，具有充分的证据。人身上的流行病和猪身上的流行病如此相近，发病报告也如此频繁，一个家庭爆发疾病后，紧跟着猪中间也爆发疾病，反之亦然。如果两种情况不是存在紧密的联系，那就是出现了惊人的巧合。”
这种疾病继续在中西部的猪圈中肆虐。1922年和1923年，畜牧局的兽医用呼吸道的黏液在猪之间转染这种疾病。他们过滤黏液，并且试图用滤出液转染疾病。他们失败了。
肖普在从家去爱荷华的途中观察了猪流感。他开始对它进行研究。刘易斯帮助他分离出一种几乎同流感嗜血杆菌一样的杆菌，将之命名为猪流感嗜血杆菌。肖普也重复了兽医们的实验，并且开始超越他们。他发现这个工作可能会非常有趣。
然而，刘易斯自己的工作仍旧毫无建树。弗莱克斯纳和史密斯对他工作的评估一直保密。其余所有人，甚至包括肖普都知道，他们给予他最高的尊重。1928年6月，爱荷华大学第四次向刘易斯提出了聘任要求，这是一个更诱人的职位。弗莱克斯纳催促他接受。刘易斯回答，对他而言，“有吸引力”的兴趣还是待在普林斯顿。
弗莱克斯纳致电史密斯讨论“我们将面临的刘易斯问题”。他们无法理解他。刘易斯在5年里没有做出任何东西。事实上他们对他极为敬重——只是不再敬重他的实验室技巧了。弗莱克斯纳仍然认为刘易斯拥有真正的才能，他拥有宽广和深刻的洞察力以及杰出的沟通和启发能力。弗莱克斯纳仍然认为刘易斯可以成为医学教学和研究上具有影响力的人物。在这个领域里他仍能成为大师。
刘易斯至少表现出一些韦尔奇的特质。也许他有韦尔奇的大部分特质。也许韦尔奇所缺乏的最终他也没有具备，那就是创造力以及实际去领导一个重要实验室进行研究的组织力。
弗莱克斯纳和史密斯谈话的两天后，弗莱克斯纳与刘易斯促膝而谈。弗莱克斯纳直言不讳，但他向刘易斯保证，这种直率的态度“是充满善意地摆在你面前”。刘易斯想成为研究所成员的期盼是遥不可及的梦想。他的研究在过去5年中“没有结果”。除非下一年它能得到可靠和重要的结果，否则他连临时职位也会失去。刘易斯快要50岁了，弗莱克斯纳告诉他：“［你］转投更有可能出成果的课题的机会很小。”他还说刘易斯没有表现出“精力和果敢”。他从未战斗。之后，最为痛苦的是，弗莱克斯纳说他“不是做研究的那个类型”。
弗莱克斯纳力劝他——苦口婆心地，就差直接命令他了——接受爱荷华的职位。聘任条件相当可观：年薪10 000美元——比医生平均收入的两倍还多——以及放手管理一个部门。弗莱克斯纳向他保证自己始终认为他才能非凡。才能非凡！他仍可以作出巨大的贡献，不可或缺的重大贡献。在爱荷华他会变成一个重要人物，受到尊敬，而且他会快乐很多。
刘易斯静静听着，不言不语。他不抗议也不辩论，近乎被动却很坚定。他的体内有一个冰冷的、无法触及的核心。至于爱荷华，他已经决定了。他将拒绝那个聘任邀请。除了实验室，他对任何事情都没有兴趣。他希望下一年能够被重新任命。
会谈后，弗莱克斯纳很失望，灰心并且生气，“我把能够施加的压力都施加在他身上，但是没有用”，他写信给史密斯，“我认为我们对刘易斯已经仁至义尽，除非有重大变故，否则我们有责任在明年春天采取果断行动。他真叫我失望……我清楚他所承担的风险，他也让我清楚他明白并且接受这个风险”。
在弗莱克斯纳与刘易斯进行这场残酷谈话的几个月前，野口英世（Hideyo Noguchi）去了加纳调查黄热病。野口几乎就是弗莱克斯纳的宠儿。他们的第一次会面约在30年前，那时弗莱克斯纳还在宾大，他去东京进行一次演讲。野口径自跟弗莱克斯纳回了费城，敲开后者的门说自己要来跟他一起工作。弗莱克斯纳给他安排了一个职位，然后将他带到了洛克菲勒研究所。野口在那里逐渐赢得国际声誉，但却颇受争议。
他与弗莱克斯纳一起做出了真正的科研，比如，鉴定并命名了眼镜蛇毒的神经毒素。他还声称他独自做出了更为重大的突破，包括培养脊髓灰质炎病毒和狂犬病病毒（以他的技术不可能培养出它们）。里弗斯也在洛克菲勒，他是第一个证明病毒寄生在活细胞上的人，他对野口的声明提出了质疑。野口作出的回应是告诉里弗斯，一个研究做久了的人会有永远也无法消除的疤痕。后来，里弗斯在自己的工作中发现了一个明显但无关紧要的错误，他向野口坦言准备撤回他的论文。野口建议他别这么做，说其他任何一个人都要花15年才能发现这个错误。里弗斯非常惊讶，他后来说：“我认为野口不是个诚实的人。”
不过，野口最大的功劳是分离出了导致黄热病的病原体。他说，那是一种螺旋体，一种螺旋形的细菌。几年前，里德似乎证明过是一种滤过性病毒导致了这个疾病。里德已经去世很久了，其他人都抨击野口的发现。有一次面对这样的攻击时，野口写信给弗莱克斯纳作为回应：“他的异议非常没有道理……我不确定这些哈瓦那人是否真的对科学讨论感兴趣。”
野口不缺乏勇气。因此他去加纳证明自己是正确的。
1928年3月，他因黄热病死于加纳。
弗莱克斯纳和刘易斯谈话的一个月前传来了野口的死讯。这个消息吸引了全球的注意，占据了世界各地报纸的头版头条，激发起纽约所有报纸的火热赞颂。对野口来说，那是一个维京式的葬礼，是一个眩目的荣誉，足以掩盖所有关于他科研质量的非议。
整个洛克菲勒研究所都被这巨大的损失震撼了。尽管有些科学上的争议，但是野口活泼、热情，总是乐于助人，受到大家的欢迎。弗莱克斯纳和刘易斯尤其悲痛。弗莱克斯纳和野口情同父子。而刘易斯了解野口，非常熟悉，他们的交往可以回溯到他最初在纽约的快乐时光。
野口的去世给世人留下了一个悬而未决的问题：他是否真的分离出了黄热病的病原菌？研究所希望弄清楚这个问题。
肖普自告奋勇去解决这个问题。他很年轻，相信自己不会受到伤害。他想采取行动，想研究黄热病。
弗莱克斯纳不允许他去干这个。肖普只有28岁，结了婚，儿子尚在襁褓之中。这件事太危险了。
后来刘易斯站了出来。科学问题还存在，并且很重要，还有谁比他更有资格去研究黄热病？他已经证明自己在培养细菌方面是个专家，更为重要的是他已经证明脊髓灰质炎是一种病毒性疾病。虽然野口有他的结论，但似乎就是一种病毒引发了黄热病。况且，像问题本身一样重要的是，这个问题不是随便谁都能够处理，这是弗莱克斯纳依然相信刘易斯可以解决的那种精深的科学问题。
刘易斯的妻子路易丝（Louise）反对。实验室已经让丈夫离自己和两个孩子够远了。她已经对丈夫再次拒绝爱荷华的职位怒不可遏了。但这次……这次又是另外一回事。
刘易斯从来不听她的。他们的婚姻很久以来就已名存实亡。对他来说这个机会可以解决所有问题。如果他成功了，他就可以重新树立自己在弗莱克斯纳眼中的形象。5年前他从菲普斯研究所辞职，同时放弃了爱荷华的提议，他已没有任何奢望。他所做的一切都是为了做自己热爱的事——回到实验室。他愿意再拼一次。他的精神又振作起来，并且比以往更加拼命。
然而，他将要去的地方不是加纳，而是巴西。一种尤为致命的黄热病在巴西出现了。
1928年11月下旬，弗莱克斯纳去普林斯顿为刘易斯送行。弗莱克斯纳对他的态度好像有所转变。他又愿意谈刘易斯的将来了。他说，他也想“了解肖普在爱荷华的工作”。肖普最近观察了猪身上一种毒性特别强的畜流感（动物间的一种流感）。当地整个猪群的死亡率达到了4%，一些猪群的死亡率超过了10%。这看上去与10年前的人类流感大流行非常相似。
一个月后，刘易斯乘船前往巴西。1929年1月12日，曾为戈加斯组织过很多陆军科研工作、现在为洛克菲勒赞助的国际卫生组织工作的罗素上校接到一封电报，得知刘易斯平安抵达。研究所把这个消息转给了刘易斯的妻子，她对刘易斯的离开大为光火，不想再与洛克菲勒研究所有任何瓜葛。她回到了自己和刘易斯长大的地方——密尔沃基。罗素每个星期都会收到刘易斯的消息，然后转送给她。
刘易斯将他的实验室设在帕拉河旁的一个港口城市贝伦，距海边约120公里，却是进入亚马孙河流域的主要港口。1615年欧洲人移民至此，19世纪橡胶的繁荣使这个城市满是欧洲人，那时的印第安人还在用独木舟来来往往于内陆。那里接近赤道，十分湿热，降雨量可同世界上的任何地方一比高下。
2月1日，刘易斯写信给弗莱克斯纳：“星期二抵达这里就直接开始工作了……正在建设我的工作室，等着材料，也做了些额外的筛选准备工作……到下周应该就可以开始了。”
他看起来还是原先那个刘易斯，精力充沛而且自信。罗素每个星期都会收到一份简短的电报：“刘易斯平安。”从2月开始到3月、4月和5月收到的都是这样一份电报。但是，如果刘易斯平安，他会只字不提自己的研究么？也没有关于工作进展顺利的只字片语。
后来，在6月29日，罗素发出一封短笺，由信使亲手交给弗莱克斯纳：“下面的消息来自里约热内卢，与刘易斯博士有关，是今天送到我这里的，要求我转交给你。‘刘易斯的病开始于6月25日。医生诊断是黄热病。6月28日的情况是体温摄氏39.9度，脉搏80……’基金会将这个消息告诉了史密斯博士和在密尔沃基的刘易斯夫人。”
就在罗素将这个消息告诉弗莱克斯纳时，刘易斯正处于极大的痛苦之中。他猛呕不止，几近黑色的呕吐物表明病情严重；病毒侵染了他的胃黏膜，引起出血，使呕吐物变为黑色；病毒侵染骨髓，导致剧痛。剧烈的火灼般的头痛令他无法喘息片刻，也许昏迷时才能好过一点。疾病发作时，他的同事就用冰包住他，并且努力不让他脱水，除此之外他们束手无策。
第二天又一封电报来了：“刘易斯情况危急。星期六开始无尿。”
他的肾脏开始衰竭，无法制造尿液。平时身体正常排泄的毒素现在郁积在他的体内。当天晚些时候，罗素又接到第二封电报：“刘易斯患病第四天，肾脏受到显著影响。”他出现黄疸，皮肤变成命名疾病的那个标准颜色。一个症状接一个症状，他的身体一步一步地走向衰竭。
1929年6月30日是一个星期天。刘易斯痛苦了一整天，在胡言乱语中翻来覆去。他陷入了昏迷。只有这时候他才轻松一点。这是他患病的第五天。不会再有第六天了。
将近午夜的时候，刘易斯博士获得了解脱。
一封未署名的电报向罗素报告：“典型的黄热病。可能是实验感染。请电报指示如何处理尸体。”
肖普沿着普林斯顿校园边的枫树街走去通知刘易斯的妻子，她已经从密尔沃基回来了，儿子霍巴特现在是一名大学生，在普林斯顿。
刘易斯的遗孀提出了简单而清楚的要求。她要立即返回密尔沃基，希望丈夫的尸体直接用船送回那里，那里有关心保罗的人。她明确表示，无论是在纽约还是普林斯顿的洛克菲勒研究所，希望不要举办任何追悼活动。
没有举行任何追悼活动。
肖普护送刘易斯的遗体去威斯康星州。洛克菲勒研究所的业务经理问他：“我想知道，你抵达后能否安排为刘易斯博士的仪式订一些花。”
花送来了，附带一张署名为“洛克菲勒研究所科学顾问理事会”的卡片。
刘易斯的女儿珍妮特（Janet）写了致谢卡，抬头是“敬启者”。她的母亲则不和研究所打任何交道，更别说致谢了。研究所在1930年6月将刘易斯的薪水交给他的遗孀，还替她付了他们儿子霍巴特的大学学费［他像自己的祖父和玛丽安（Marian）姑妈（她是第一位从芝加哥拉什医学院毕业的女性）一样，成为了一名医生，不过是一名临床医生，不是科学家］。
在给洛克菲勒研究所科学顾问理事会（刘易斯在菲普斯时引进作为接任者的奥佩现在也在这个理事会里）的后来一份报告中，弗莱克斯纳谈到一名科学家的辞职时说：“非常遗憾，留下光现象的研究没人继续做。”
刘易斯最初曾向弗莱克斯纳建议过这项工作，弗莱克斯纳提到了“脊髓灰质炎的复发”。刘易斯已经证明是一种滤过性病毒引发这种疾病。
弗莱克斯纳逐项落实事关研究所的研究项目。他指出“一个紧迫的问题就是野口博士未完成的工作”。他绝口不提刘易斯，一点都没提到。
稍后，弗莱克斯纳收到了刘易斯的验尸报告，并接到消息说纽约研究所的人已成功地将刘易斯的病毒（他们称其为“P. A. L.”）转染给了猴子，实验还在继续。弗莱克斯纳回信说：“谢谢你们交给我黄热病病毒里瓦斯毒株和P. A. L.毒株的比较报告。方便时我想跟你们谈谈这份报告。科尔博士认为你们的动物饲养区最好用点白色油漆，再作些其他改进。他与你们说过了吗？”
刘易斯成年后，整个生涯一直在研究致命的病原菌，但从未被感染。自从野口死后，每个研究黄热病的人都格外小心。
在巴西5个月的工作中，刘易斯没有报告任何关于他研究的细节，他的实验记录也几乎不能提供任何信息。他死于一个实验事故。不知何故他使自己感染了黄热病。
后来，肖普告诉他的儿子们一个传闻，说刘易斯经常抽烟，不知怎么病毒污染了一支烟，而刘易斯抽了这支烟。病毒从他嘴唇上的伤口进入了血液。刘易斯·安德森（David Lewis Anderson）回忆父亲（刘易斯在费城的朋友）时，也将刘易斯的死归咎于香烟。
三年前，辛克莱·刘易斯（Sinclair Lewis）——与此处主人公刘易斯没有关系——凭借他的畅销小说《阿罗史密斯》（Arrowsmith）获得了普利策奖，这本小说描写了一位年轻的科学家，以小说化的视角反映洛克菲勒研究所。医学界的所有人，特别是洛克菲勒研究所的人都知道这本小说。其中主要人物的妻子就是因吸食了一支被致命病原菌感染了的香烟而死亡的。
弗莱克斯纳为《科学》写了一篇刘易斯的讣告，其中谈到“他与休厄尔·赖特（Sewall Wright）合作研究肺结核时对遗传因子作出的重要发现”。刘易斯与赖特的合作在费城时就已开始了，弗莱克斯纳没有提刘易斯回到研究所这5年的任何情况。
同时，肖普返回爱荷华，更进一步地研究猪流感，并观察猪的另一波流感。
1931年，刘易斯去世两年后，肖普在《实验医学杂志》的同一期上发表了三篇论文。他的工作看来很不错。同一期上还有埃弗里的文章，是肺炎球菌系列中的一篇，导致了他对“转化原理”的发现；有杰出病毒学家里弗斯的文章，以及刚获得诺贝尔奖的兰德施泰纳的文章。所有这些科学家都是洛克菲勒研究所的。
肖普的每篇文章都是关于流感的。其中一篇将刘易斯列为主要作者。他已经找到了流感的病因——至少是在猪身上。它是一种病毒。我们现在知道，他在猪身上找到的病毒就是直接从1918年那个使全世界变成生死场的病毒演变过来的；但还不清楚这个病毒是由人类传给猪的，还是由猪传给人的，似乎更可能是前者。
那时病毒可能已经变异成了温和型，或者猪的免疫系统适应了它，或者两者都发生了，因为病毒好像只引发了温和的疾病。肖普还证明，流感嗜血杆菌作为继发性感染菌时，仍然具有极高的致命性。后来，他将证明1918年人类幸存者的抗体能够保护猪抵抗这种猪流感。
肖普的工作非常重要并且发人深思。他的文章一出现，一位名叫安德鲁斯（C. H. Andrewes）的英国科学家就与他联系。安德鲁斯和几个同事将所有精力都投入到流感上，他们发现肖普的文章非常引人注目。安德鲁斯和肖普成了好朋友，肖普已经60岁了，他有假期时甚至带安德鲁斯去明尼苏达州的乌曼湖打猎和钓鱼。
1933年，在英国的一次小型人类流感爆发期间，安德鲁斯、莱德劳（Patrick Laidlaw）、威尔逊·史密斯（Wilson Smith）很大程度上遵循了肖普的方法论，将新鲜的人体材料过滤并且用它转染流感给雪鼬。他们发现了人类的病原体。它是一种滤过性微生物，一种病毒，类似肖普的猪流感病毒。
如果刘易斯还活着，他会与肖普合著文章，甚至会为他们提供更宽广的视界以及丰富经验。他会帮着再写一篇病毒学的开创性文章。他的声誉又会稳固。肖普并非尽善尽美，他后来在流感和其他成就中的一些思想（包括一些和流感有关的思想）是错误的。刘易斯如果精力充沛，再次苦干，也许就能防止这些错误的出现。但这都不重要了。
肖普不久就成为了洛克菲勒研究所成员。刘易斯本也很可能成为成员之一。他可能会被请入内殿、登堂入室，他可能加入那些做科研的人组成的团体，他属于那里。他可能拥有他想要的一切。
帕克、埃弗里和保罗·刘易斯各自有着一套从事科学研究的独特方式。
帕克将科研看作达成更大目标的途径。对这个差点成为一名医学传教士的人来说，科研就像是减轻痛苦的工具。他训练有素、有条不紊，主要兴趣都放在对达成目的有帮助的直接结果上。他的贡献——尤其是和威廉斯合作的那些——无法估量；单是发明白喉抗毒素这一项工作，就在20世纪挽救了几十万人的生命。但是他的目标也束缚了他，限制了他和他手下工作人员研究发现成果的种类。
埃弗里精力充沛、个性执着，兼具艺术家和狩猎者的特质：高瞻远瞩、细致耐心、坚忍不拔。他那双艺术家的眼睛使他既能从一个全新的视角看到事物全貌，同时又能观察入微。而猎人的直觉则可以让他发现不合常理之处——无论那件事情看上去有多么琐碎——并去究根问底。这种究根问底驱使他奉献出自己的一切。除了找出答案外，他别无选择。他并不满足于斩断哥帝安之结（Gordian knot），他希望去解开并了解事物，而并非将之摧毁。所以，他扯住线头，不断牵拽，解开纠结之处，顺藤摸瓜，直至将整块织物拆开。之后，别人就能用这些线织造新的东西。T·S·艾略特曾说过，任何新的艺术作品都会对现有规则作出些许改变。而埃弗里的工作远远超出了这个程度。
保罗·刘易斯是一个浪漫主义者，一个恋爱中的人。他有渴求，他对事物的渴望和喜爱比帕克和埃弗里都要热切得多。但与许多浪漫主义者一样，比起对事物本身的热爱，他一样热爱这个事物的概念，甚至更甚。他热爱科学，也热爱实验室，但它们却不服从他。当受他人指引、当别人为他开启一道门缝时，实验室在他面前展现出其深刻蕴涵的奥秘；但当他只身来到门前时，那道缝又合上了。他找不到提出问题的钥匙和道路，实验室一脸冷霜，对他的恳求无动于衷。最终，不论他的死是自杀还是意外，他所热爱的事业的失败将他送上了绝路。从他个人角度讲，我们只能说，刘易斯是1918年流感大流行的最后一个殉难者。