韦尔奇第一次去德文斯营观察尸体解剖期间，在验尸房外打了三个电话：一个打给哈佛的一位病理学家，请他来指导进一步的解剖工作；一个打给戈加斯办公室，警示流行病即将到来；还有一个打给了洛克菲勒研究所的埃弗里，让他乘下一班火车从纽约赶来。韦尔奇希望埃弗里能鉴定导致德文斯营士兵死亡的病原体。
埃弗里立即离开实验室，穿过几个街区走回家换衣服，然后就去了宾夕法尼亚车站，那是一座宏伟高耸的建筑。火车穿过康涅狄格州的乡村，经过一连串的车站——纽黑文、普罗维登斯、波士顿，直至德文斯。一路上他就开始准备，琢磨解决这个问题的最好方法。
韦尔奇曾经向埃弗里说过自己的担忧：尽管临床症状看起来类似流感，但它可能是一种新的疾病。埃弗里的第一步仍然是寻找流感杆菌的存在，每个人都认为它是流感病因的首要嫌疑犯。埃弗里很了解菲佛氏杆菌，包括它培养起来有多困难，而化学性质又令其难被染色，从而很难在显微镜下的涂片上看到它。这种细菌的化学性质和代谢引起了他的兴趣。他想弄清楚如何让这种细菌生长得更好，如何让它更容易找到，如何让它更容易鉴定。对他来说，做任何事情（包括清洗玻璃器皿）都要追求精确和专业。
那天下午的晚些时候，埃弗里抵达了军营，立即开始在实验室做实验。他几乎完全不受周围混乱的影响。到达验尸房之前，他像韦尔奇、科尔、沃恩、罗素以及调查团的其他成员一样，要跨过地上那些裸露着的或者由血迹斑斑的被单覆盖着的年轻尸体，但他丝毫未受影响。
出师不利，革兰氏染色实验的结果令人困惑。在这个实验中，用结晶紫给细菌染色、碘液媒染、酒精脱色，然后再用一种对比染料染色，最后呈蓝紫色的细菌被称为“革兰氏阳性菌”，反之则为“革兰氏阴性菌”。革兰氏实验的结果就像是证据，证明一个攻击者是清白还是有罪。但这个答案只排除了一部分细菌的嫌疑。
与其他研究者不同，埃弗里并未发现任何革兰氏阴性菌。而流感杆菌是革兰氏阴性菌。这个实验不容置疑地否定了流感杆菌的可能性，也排除了所有革兰氏阴性菌的哪怕一丝一毫的可能性。埃弗里重复了实验，仍未发现革兰氏阴性菌，一个也没有。
不久埃弗里就解开了这个谜团。他发现实验室里所有标识为“酒精”的液体实际上都是水。显然，是士兵们喝完了这些酒精然后以水代之。他重新使用酒精后便得到了预期的实验结果——他发现了革兰氏阴性菌。
埃弗里开始了坚定不移的探索。他从尸体入手，那些人都刚死不久，有些尸体摸上去甚至余温尚存。通过戴着手套的双手，他仍能感觉到依旧温热的肺部及呼吸道上潮湿的海绵质。他找出最明显的感染区域，并从上面切下组织样本，研究脓包，寻找导致死亡的微生物。这个瘦小的男人被年轻士兵的尸体所包围，兴许会有点害怕，但他有勇气。他也不是在“猎兔”，他对抓兔子可没有兴趣。
几种可能的病原体在涂片上现身了，它们都有可能是杀手。埃弗里需要知道哪一个才是真凶。
埃弗里在德文斯待了很久，好让自己有时间培养细菌。像帕克和刘易斯一样，他最初也遇到了一些困难，但他也发现了菲佛氏杆菌。在实验的30具士兵尸体中，他在22具上发现了流感杆菌，他将这个结果报告了韦尔奇。这时，哈佛病理学家沃尔巴克也应韦尔奇之邀来德文斯营助一臂之力，他发表了更为有力的声明：“每个病例都表明，流感杆菌的纯培养物在很多情况下是来自一个或多个肺叶……而混合培养物（通常和肺炎球菌一起）则来自有显著支气管扩张的地方……因而近期出现的流感杆菌纯培养物通常存在于上叶中。”在《科学》的一篇文章中，另一位令人尊敬的研究者也写道：“病原体被认为是菲佛氏杆菌。”
9月27日，韦尔奇、科尔和沃恩从德文斯营致电公共卫生部部长：“已经确定德文斯军营的流感由菲佛氏杆菌引发。”
然而，事情并未完全确定，至少对埃弗里来说是这样。尽管他尊敬沃尔巴克，对帕克、威廉斯和刘易斯更是敬重有加——他们几乎在同一时间得到相同的结论，但埃弗里只将结论建立在自己的发现上，而这一发现还未使他自己确信。在7例尸体解剖中，他没有发现任何细菌入侵的迹象，但肺部受损。而且，他在一例中发现了潜在的致命细菌，但那细菌却未有菲佛氏杆菌的特征，在约一半的病例中他找到了菲佛氏杆菌和其他微生物，包括肺炎球菌、溶血性链球菌和金黄色葡萄球菌。金黄色葡萄球菌虽是一种致命微生物，但却很少引发肺炎。
可以从几个角度来诠释这些发现。它们可能意味着菲佛氏流感杆菌并不是这种疾病的肇因，但这又是唯一有可能的结论。菲佛氏杆菌也许就是病因，其他细菌在它感染受害者后尾随而来并趁免疫系统之虚而入，这也不是没有可能。找到几种病原体也许能更加确定菲佛氏杆菌的元凶身份。当有其他细菌——尤其是肺炎球菌或溶血性链球菌——存在的话，菲佛氏杆菌在实验室培养基上的生长就较差。所以，当它在所有培养物中与其他微生物还能共存时，这种存在可能就表明了流感杆菌曾在患者体内大量存在。
埃弗里在大脑中系统地梳理了这些思路。10月初，他返回洛克菲勒研究所，听取了来自全国和全世界几十位同样在寻找流感杆菌的研究者的报告，其中也有一些寻找流感杆菌失败的报告。人们一般很容易把找不到菲佛氏杆菌的原因归咎为技术上的失误而敷衍了事，因为它毕竟是最难培养的微生物之一。况且，光埃弗里自己的发现就留下了太多未解之谜，让他自己也无法定论是不是真有危机存在。与帕克、威廉斯和刘易斯不同，埃弗里甚至连一个推测性的结论都无法作出。是的，菲佛氏杆菌可能引发流感，它的确可能，可他并不那么确信。埃弗里没有在任何报告中声称找到了流感病因，也没有在任何电话或电报中宣称与用培养物感染马匹生产血清或疫苗有关。
埃弗里比在德文斯时更为努力地鞭策自己——他一贯努力鞭策自己。他吃在实验室，同时进行几十项实验，少眠不休，与罗西瑙还有其他人在电话中交流看法。他像钻孔机一样钻入实验之中，将它们钻裂，在数据的每条裂缝中寻找线索。然而，如果他逼迫自己工作，就无暇顾及下结论了。
他并不那么确信。
埃弗里行事独特。比起压力来，工作方向受限对他的困扰更甚，如果他不能沿着线索（无论它会指向何方）追踪下去的话，他就不能按自己的步调行进，不能从容地思考。所谓的权宜之计有悖于他的天性。他的工作就像站在悬崖之巅。钻研一件事时他就直潜入最深处，沿着最窄的通路并进入最小的穴口，不会遗留悬而未决的枝节问题。他人生的方方面面都是居高临下的、目标明确的、严密的，而且是受控的。
他准备……每一件事，想要控制每个结果。甚至在为数不多的几份演说稿上，他也标记出哪些词要强调，哪里要改变语调，哪里要作微妙的表达，甚至连即兴谈话中的每一个措辞、每一次停顿，都像是认真准备过、权衡过，也许还排练过。他毗邻于实验室的私人办公室也反映了他的兴趣所在。著名科学家迪博称其“小而简陋，空无摆设，没有相片、纪念品、图画、闲书和其他用来装饰并堆满办公场所的令人愉快的物什。这种简朴也就意味着，为了完全集中于一些选定目标，他在生活的方方面面放弃了多少东西”。
由于投入得太深，埃弗里不希望受到干扰。他不是粗鲁、苛刻或者胸襟狭窄的人，远非如此。在他手下工作的青年研究人员一律都成了他最忠实的拥趸，但他在自己创造的世界中越钻越深，这是一个他能够定义并且对其加以一些控制的世界——虽然狭窄。
不过，狭窄并不就意味着小。埃弗里的想法丝毫不见小。他将信息作为一块跳板、一个起跳点，可以让其思想自由地徜徉。确切地说，是自由地——甚至是毫无顾忌地——直奔推测。麦克劳德（Colin Macleod）和迪博一样是埃弗里的得意门生，他说，每当实验得到了出乎预料的数据，埃弗里的“想象力立刻就被点燃了……他会竭尽全力去探究理论上的线索”。
迪博则换了一种说法来形容埃弗里。他认为在处理社会关系中的混乱问题时，埃弗里会感到无所适从、无能为力，但他认为埃弗里在对付自然的混乱问题时游刃有余。埃弗里之所以能做到这一点，是因为他具有“能直击要害的敏锐得不可思议的感觉”，以及“对事实富于想象的观点……他有一种将那些事实组合成意味深长、优美流畅结构的创作冲动……确实，他的科学工作与艺术创作有许多共同点——并不仿效现有的事物，而是超越了它们并将其本质阐明”。
大流行过后若干年，埃弗里的同事和朋友多兹获得了科伯奖章（Kober Medal），埃弗里早年也曾获得过这个奖项。在贺辞中，埃弗里描述了多兹的工作准则，他也可能是在描述自己：“结果……不是偶然观测的随机产物。它们是经年累月审慎的思考、客观的判断和细致的实验所取得的成果。我从未见过他的实验台有堆满培养皿并把试管插得如森林般密密麻麻的时候，线索会在这堆东西中消失，而研究者则迷失在混沌思想的茂密丛林之中……我从未见过他参与漫无目的的竞赛或者志在必得的研究。但我常常看见的是，当他周围所有的人非常活跃地像布朗运动的微粒一样飞来掠去时，他冷静地坐着，陷入沉思中；然后，我看见他回过神来，微笑着漫步到桌边，拿出一支移液管，借来几盒培养基，或者一罐冰，开始做一个能解答问题的简单实验。”
此刻，在致命的大流行期间，围绕着埃弗里的一切事和人——甚至包括来自韦尔奇的压力——将思考束之高阁、把观察和准备挤到一旁，取而代之的是埃弗里最为蔑视的方式：布朗运动——液体中微粒的随机运动。其他人憎恨流感，因为它夺走人的生命。埃弗里当然也因此产生憎恨，但他的憎恨还源于流感对他个人的攻击，对他的正直施加的攻击，他是不会向流感低头屈服的。
关于埃弗里做实验的情况，一个同事说：“他的态度与猎手寻找猎物时的情形很相似。对猎人而言，所有的元素——岩石、植物、天空——都蕴涵了信息和深意，让他融入到猎物的世界中去。”埃弗里具有猎手的耐性，他可以埋伏守候一小时、一天、一周、一个月、一个季度。如果这个猎物足够紧要，他可以等待一整季，然后继续一季又一季地等下去。但他并不只是等待，他不会浪费任何一个小时，他计划着、观察着、学习着。他研究猎物的逃脱线路，随后将之封锁；寻找最佳的制高点；把猎物途经之地圈起来，并将范围逐渐收小直至猎物自投罗网；他还会设下陷阱。例如，通过皮肤擦伤将肺炎球菌导入来进行研究，尽管免疫系统轻易控制住了皮肤的细菌感染，但这也给了他在试管之外进行细菌实验的机会。他曾告诫道：“假如跌倒，就要捡起点什么。”他还常说：“失望是我的家常便饭，我从中汲取营养。”
他不会贸然行事。他背负着压力，人人都背负着压力，但他不会贸然行事。在洛克菲勒，他并不是唯一一个将全部精力投入流感的人。玛莎·沃尔斯坦几年前与弗莱克斯纳合作研制针对菲佛氏杆菌的血清，但没有成功，她当时也在康复者的体内寻找抗体。多兹正在对咽喉进行深入研究。其他许多人也都在研究这种疾病，但他们的进展甚微。10月中旬，科尔向戈加斯办公室报告：“我们得照料医院和研究所内出现的流感病例，这些病人占满了我们所有的空间。”因为治疗这些病人要花时间，他补充道：“迄今为止，我们没能增加多少关于这种疾病的知识。”
巨大的压力无所不在。大流感爆发时，另一位霍普金斯的毕业生、时任陆军肺炎委员会中校的奥佩正在阿肯色州的派克军营。奥佩曾在麻疹流行期间去过那里，因为派克军营的肺炎发生率居全国军营之首。现在，他接到的命令就是全心研究流感。罗素替戈加斯传话，要求“每日……一份报告，说明你的发现并对此加以解释”。他每天都要汇报。如果发现了任何事关进展的蛛丝马迹，他必须要知会戈加斯——并且是马上，这样信息才能被共享。奥佩并不缺乏实验材料——派克军营有6万人，在大流行的顶峰时有13 000人需要同时住院治疗。
研究者们努力想发现一些——随便是什么——有帮助的东西，可以抑止这场爆发性疾病。虽然没有人找到确定的东西，但费城的刘易斯、纽约的帕克、芝加哥的梅约诊所，每个实验室都各循其道，生产着足够几十万也许几百万人用的疫苗和血清，同时一批数目庞大的疫苗从波士顿横跨全国运至旧金山。10月3日，华盛顿的戈加斯办公室向总部全体人员提供了抗肺炎球菌疫苗，科尔和埃弗里对这种疫苗寄予了极大的希望，该疫苗当年春天已在阿普顿军营接受过了检验——而且非常成功。
即便受困于死亡和压力，埃弗里也不会贸然行事。更多的研究者找不到流感杆菌的报告从全球飞来。这本身说明不了什么。这差不多就是对细菌学家在实验室培养菲佛氏杆菌技术的检验。例如，在爱荷华州的道奇军营，细菌学家只在9.6%的尸体解剖中发现菲佛氏杆菌。一份官方的陆军报告指责他们：“低检测率毋庸置疑要归咎于处理培养物的技术太差……这个军营的……细菌学方法……很不可靠。”格兰特军营实验室的主任在疾病爆发前三个月刚被韦尔奇夸为“出类拔萃”，他进行了198次尸体解剖，也只发现6例有菲佛氏杆菌。即便如此，他的报告还说：“我们倾向采取的立场是，该研究并未证明菲佛氏杆菌和大流行之间关联不充分，这是由实验技术不规范产生的。”
也许这就是原因。也许是技术错误阻碍了道奇和格兰特军营及其他地方的研究者们鉴别出这种杆菌。或许，菲佛氏杆菌本来就不存在，又如何鉴别呢？
埃弗里遵循他常用的系统方法，采取最可能解决这个问题的步骤。这并不是激动人心的一步，他全力去完善工具，寻找更容易培养流感杆菌的方法。如果他成功了，那么所有人就能知道，之所以找不到杆菌是因为能力问题还是因为这种细菌不存在。
他在实验室里摆满培养皿，用几十种不同方法来准备培养基，孤立不同的因素，并且观察哪个培养皿中的细菌长得最好。然后，他增加每个可能促进生长的因子的量。在每个单独实验的背后都有一个假说。比如，他已经知道肺炎球菌会抑制菲佛氏杆菌的生长，所以，他要阻止一切肺炎球菌的生长。他比当时的任何人都更了解肺炎球菌的化学性质和新陈代谢。他在培养基中加入一种化学物质，即油酸钠来阻止肺炎球菌的生长，见效了——在有油酸钠的培养基中，肺炎球菌果然不再生长，而菲佛氏杆菌则生长得更好。
经过几周时间，埃弗里的工作取得了显著进展。菲佛氏杆菌的生长还需要在培养基中添加血液，这并不罕见，但血清会令油酸钠失活。于是他离心分离血液，用分离出的红细胞培养杆菌。他的实验表明，往培养物中加入接近体温的血液会抑制杆菌生长。埃弗里发现，热的血液（如在培养基中加入34℃的血液）使流感杆菌生长旺盛。
埃弗里立即发表了该培养基（后来以“巧克力琼脂”而闻名）的配方。他在《美国医学会杂志》发表的文章中写道：“也许分离和培养这种微生物的技术困难要为不同实验室的糟糕结果负部分责任……使用这种培养基会使实际病例和康复期患者的流感杆菌阳性检出率增加。”
有了这个信息，有一定能力的科学家就可以培养和鉴定这种细菌。至少现在他们知道了，如果还不能找到菲佛氏杆菌的话，是因为没有这种杆菌存在。
埃弗里仍然不会贸然行事，不会讨论一个他还没打算支持的结论。然而，基于埃弗里的工作，科尔告诉罗素：“我越来越不倾向于将原发感染归因于流感杆菌——虽然在流感的真正病因被找到之前，还不能排除这种可能性……对于抗肺炎球菌疫苗接种能够迅速推行我抱有很大希望。而抗流感接种疫苗”——这里他的意思是抗流感杆菌的疫苗——“在我看来仍有疑问，我们已经有很好的证据可以证明抗肺炎球菌疫苗接种会有很大帮助。”他补充道：“我觉得流感大流行为这种疫苗的研发提供了机会，否则它不可能完成。”
除了研制抗肺炎球菌疫苗，研制抗肺炎球菌血清也很困难，在参加试验的29名感染Ⅰ型肺炎球菌病人中，有28人用该血清治愈。制备疫苗花费了两个月的时间，这两个月的过程是非常艰难的：要制备300升肉汤——肺炎球菌在普通肉汤中常会溶解，这就意味着要添加一些稍后必须分离出来的化学成分——将其浓缩，用酒精使其沉淀出一部分，分离出添加剂，将之标准化。埃弗里和洛克菲勒研究所的其他研究人员在培养基制备上作了一个重要的改进：通过调节培养基中葡萄糖的含量，将产量增加了10倍。但是，他们用离心机一天仍然只能处理25升，这远远不能满足需求。
与此同时，疾病的杀戮仍未停歇。