公元1206年成吉思汗建立蒙古政权，1260年忽必烈继承了汗位，随后定都大都(今北京)，1271年改国号为元。
元朝统治者实行民族压迫政策，知识分子的地位十分低下，处于“九儒十丐”的境地。为了加强对知识分子的防范，对著作的出版严加限制，史书上说：“元人刻书，必经中书省看过，下所司，乃许刊印。”这就是说刻印书籍，首先要经全国最高行政机关的审阅，而后下发到所属机构去刻印，主要是指派地方政府印刷。个人著作要付印，先由地方绅士把书稿送请学使审阅，学使认为可以刻印，还要上报到部，经部批准后才能出版。这种前所未有层层审阅图书的制度，不知要使多少有价值的著作失去了出版机会；再加上生产遭到破坏，纸墨产量不多，这就使印刷业呈现萎缩之势。
元代刻书，也有官刻、家刻和坊刻。刻书地点有大都、平阳、杭州、建宁、吐鲁番等地。
元代官刻，在中央有兴文署、广成局、国子监、太医院等，不过都刻书不多。其中以兴文署刻书最为著名，其刻本也最早，例如1290年刻的宋元之际的史学家胡三省的《音注资治通鉴》和《通鉴释文辨误》；1309年刻印的南宋史学家郑樵著的纪传体史书《通志》。地方上刻书最多是各级政府设立的儒学，刻了不少经史典籍，如江西路(治所在今江西南昌市)儒学刻的11种经书；建康路(治所在今南京市)等九路分刻的九种史书，都是比较著名的。其他如1227年嘉兴路(治所在今浙江嘉兴)儒学刻印的北周卢辨著的《大戴礼记注》；1306年绍兴路(治所在今浙江绍兴)儒学刻印的元代徐天祐著的《吴越春秋音注》，都刻印极精。再如公元1340年庆元路(治所在今浙江宁波市)刻印的宋朝王应麟编的类书《玉海》，共204卷，尤为世人称道。该书分天文、地理、官制、食物等21门，240多类，重点辑录典章制度与吉祥善事，内容丰富，征引完整，因此元代人称之为“天下古今稀有之奇书”；《四库全书总目提要》评论该书“贯串奥博，唐宋诸大类书未有能过之者”。这部书的书版到清代还存放在南京藩署，还在修补重印，因历经元、明、清三朝，世称“三朝本”。今北京图书馆存有元刻本42卷。元代共有27路儒学刻印过书。但是刻书最多最佳的还是各地书院。根据清代学者顾炎武著的学术笔记《日知录》一书中说：“宋元刻书，皆在书院，山长(即校长，多由著名学者担任)主之，通儒订之，学者则互相易而传布。故书院之刻，有三善焉：山长无事，则勤于校雠，一也；不惜费而工精，二也；版不贮官，而易印行，三也。”因为书院有这些优越条件，所以所刻书籍又多又好，深受读者喜爱。再加上刻书“非以图鬻〔yu育〕”，就更是精益求精了。元代全国有书院100多个，其中杭州西湖书院最为著名，因此宋、辽、金三史和其他要籍，都奉旨送到西湖书院刊印，刻工极精，世称“院本”。如公元1324年，该书院刻的宋末元初史学家马端临著的《文献通考》(记述历代典章制度的重要著作)，字体书写优美，行款疏朗悦目，刻印俱精，是元本中的代表作。西湖书院有学田收入，经费充足，曾经修补了宋朝国子监的书版，共约120种左右，是该书院的最大工程。
南宋大哲学家大教育家朱熹，曾在建阳城外建了竹林精舍，后改名考亭书院，这个书院就有学田500多亩，朱熹的三世孙朱沂在南宋末年就出任过该书院山长。这个书院的学生在元代至正(公元1341—1368年)年间曾编校了法律著作《唐律疏义》，由勤有堂书铺刻印。当时讲学的风气很盛，书院的师生，有的自己编书刻印，有的为书坊编书，所以元代书院为刻书业和文化教育的发展作出了重大贡献。
官刻书，因为是官家出资，大都不惜工本，选用能工巧匠和上等纸墨，所以一般刻印精良。
私家刻书最有名的，有江苏宜兴(原名义兴，因避宋赵匡义讳，改称宜兴)的岳家，在元初刻有《春秋经传集解》，据说还刻了许多经书，号称“岳氏九经”。还有平水(今山西临汾)曹家在1310年刻的《中州集》和《中州乐府》。山东东平丁思敬于1304年刻的北宋散文家曾巩的诗文集《元丰类稿》(因编于宋神宗元丰年间，故名)，叶德辉的《书林清话》称该书“书法椠〔qian欠〕手，俱极古雅，麻纸浓墨，摹印精工，为元刻上乘。”江西吉安王常于1301年刻的《王荆文公(王安石)诗笺注》等。这些书今天都有传本。私家刻书校勘都很认真，而且往往由名人书写上版，刻工高手雕版，所以其中有不少是精品。有的书是作者自己书写上版的，像1322年槜〔zui最〕李(今浙江嘉兴一带)龚端礼刻的《五服图解》。他在自序中说：“不辞衰老，细字夜书，厥始厥终，皆出一笔，用倒羞囊之余，以资锓〔qin寝〕梓之费。”这就是作者亲笔书写上版的，刻本十分精美。
元代书坊之多不亚于宋代。福建道建宁路的建安、建阳两县，见于记载的书坊有42家。其中余志安的勤有堂、刘锦文的日新堂、叶日增的广勤堂和虞平斋的务本堂都是历史悠久的著名书坊，都刻印了很多书籍。前两家各刻印了近20种著作。勤有堂刻了元代文学家、史学家苏天爵著的《国朝(元)名臣事略》，该书保存了大量元代历史文献。日新堂刻印了元代学者虞集(字伯生)的诗集《伯生诗续编》，此书是用行书写刻，别具一格。广勤堂则精于刻印医药书籍，如刻印了我国魏晋间医学家王叔和著的脉学专著《王氏脉经》。该书第一次将脉象分为24种，基本上包括了循环生理上所有的现象，是现存最早的脉学专著。务本堂于1341年刻了元代著名大书画家赵孟頫〔fu俯〕(字子昂)的诗集《赵子昂诗集》。这些书今天也都有传本。建宁书坊大约刻书几百种之多。
此外，燕山窦桂芳的活济堂，也精于刻印医书，如1312年刻印了他自己编的《针灸四书》。山西平阳张家的晦明轩和王家的中和轩都是金元两代的老书坊，晦明轩在1149年刻印了宋人著的药物学著作《证类本草》；中和轩在1306年刻印了用于写作韵文的字典《韵略》等书。杭州书坊刻印了元代大剧作家关汉卿的《关大王单刀会》、尚仲贤的《尉迟恭三夺槊》、王伯成的《李太白贬夜郎》等七种戏曲著作，今天也多有传本。
这些书坊所刻书籍，刻印量大，流传广，对文化的传播起了不小的作用。但是书坊刻印最多的书，还是戏曲小说等文学作品和科举应试用书与医书等，刻印大部经典史籍和诸子善本的不多。因为前一类书适合一般知识分子和平民百姓的需要，官家和私人刻印的很少，所以这类书在市场上卖的又快，赚钱又多，因而各书坊纷纷刻印。只是许多书坊旨在营利，只求速成，雕刻粗疏，校勘不精，书写也不规范，粗制滥造者不少，这几乎是一般书坊的通病。
元代还继续刻印佛教道教经典，而最大的印刷工程还数雕印佛教《大藏经》。如杭州路余杭县大普宁寺大约于公元1277—1290年刻印的《大藏经》，共6004卷，人称《普宁藏》。刻工精巧细致，装帧古朴典雅。江苏平江府碛〔qi弃〕砂(在今江苏吴县内)延圣院(后改名碛砂禅寺)，大约在南宋理宗宝庆(公元1225—1227年)或绍定(公元1228—1233年)年间开雕藏经，到元英宗至治二年(公元1322年)完成，历经宋元两朝约90年，收经1532部6362卷，人称《平江府碛砂延圣院大藏经》，简称《碛砂藏》(图8)。这些佛经大都由寺院募缘雕印而成。1982年底，在云南发现了元代官刻《大藏经》残本32卷，估计全藏至少有6500卷，仅次于《赵城藏》(现藏云南省图书馆)，这一发现填补了过去佛教人士认为元代无官刻藏经的空白。此外，在新疆吐鲁番一地，就发现有汉文、蒙文、藏文、西夏文、维吾尔文、梵文等六种文字的佛经刻本，可见元代刻印佛经的盛行。至于道教经典还在忽必烈建立元朝之前，即1244年蒙古就刻印了《道藏》7800卷，因为雕刻于山西平阳玄都观，故又名《玄都宝藏》。后来由于道教在与佛教斗争中失败，1281年元世祖下令除《道德经》外，其余道书和道经的印版全部烧毁。一时京师内外道教经版印本，大都化为灰烬，《玄都宝藏》也未能逃此厄运。从此道经亡佚很多，道教势力也一蹶不振。
图8 元代刻本《碛砂藏·大般若波罗蜜多经》
元代还印了大量的纸币，由于发行额太大，造成通货膨胀，以致最后被拒绝使用。
元代刻本流传至今的约有六七百部，而现存于北京图书馆等17家图书馆中的也只有270多部，台湾存有230部，其他则散于他处。
纵观元代印刷业虽然继承了宋、金的传统，刻印了很多书籍，甚至有的元版书还胜过宋本，如平阳梁宅本《论语注疏》；平水曹氏进德斋本《尔雅郭璞音注》；叶增南阜书堂刻本《东坡乐府》等，都为宋本所不及。杭州刻印的元大德本《绘图列女传》，图画秀丽工整，在我国版刻艺术史上具有较高的价值。但是总体来说，元代出版的数量远比不上宋朝，质量上也赶不上宋代的精美，纸墨的生产比不上宋、金。所以印刷业与宋代相比，处于萎缩时期，但也有创新，如朱墨两色套印的发明，书名页(封面)的出现，都是印刷史上的创举。
元代的套色印刷(通称“套版”)，最初是朱墨两色，这是由以往朱墨两色写本中发展来的，它是为使图书利用不同颜色以区别内容的不同作用而出现的。其做法是用一块版分两次印刷而完成。比如正文用黑色敷印，眉批眉评，行间评、注或评点则是用红色敷印，在印刷时，必须使再次加印的版框严密吻合，因而在技术上要比单纯的一色印刷复杂得多。流传到现在最早的套印本，是元末至正元年(公元1341年)中兴路(治所在今湖北江陵)资福寺无闻和尚注解的《金刚经注》。卷首扉页画着一个老僧正坐在松树下的书案旁讲经，还有侍童一人，旁立一人，桌前地面上生出几枝灵芝草，天空中还有云彩飞绕。画中松树用黑色，其他用红色。经文、注文亦用朱墨两色套印，即经文大字用红色，注文小字用黑色。这本《金刚经注》，解放前收藏在南京图书馆，今天保存在台湾。木版套印技术的发明，是印刷史上的大事，它标志着印刷技术又向前迈进了一大步。明代文学家、画家陈继儒在评论印刷术时，曾把雕版印刷术、活字印刷术、及套版印刷术称为印刷史上的三变，可见意义的重大。以往的雕版印刷或活字印刷术，都是单色的白纸黑字，至此有了两色印本，开卷朱、墨分明，一目了然，只是这一新发明，在当时以及此后一二百年中没有广泛应用，直到明代后期才又盛行起来。
元代以前的书籍没有书名页，像宋版书最多是在每卷卷端题署书名，或在版心刻书名简称，没有封面。到了13世纪末才出现了书名页。元英宗至治年间(公元1321—1323年)，建安虞氏出版了《武王伐纣书》、《秦并六国》、《三国志》等五种平话，这些书都有带图画的封面，如《三国志》整个封面上，最上端印有“建安虞氏新刊”的横批，其下是“三顾茅庐”图画一幅，再下是《新全相三国志平话》的书名，八个特大字双行排印，十分醒目，中间有“至治新刊”四字，字体较小，表明该书刻印的时间。书名标出“新全相”，是指新加上的人物图画，目的是以广招徕(图9)。书分上下栏，上图下文，展卷阅读，引人入胜。普通书名页不带图，像公元1356年刘君佐的“翠岩精舍”刻印的《广韵》，封面上只印有《新刊足注明本广韵》八个大字，双行排印。其上标明“校正无误”，两旁印上“五音四声切韵图谱详明，至正丙申仲夏绣梓印行”(图10)。不带图画。书名题署“明本”是指出版家依据的是明州(今浙江宁波)版本重刻。该书是宋代陈彭年等人奉诏重修的，是汉语音韵学中一部重要韵书。版本有官刻本，注文完整；有坊刻本，注文简略。
书名页的出现，给读者带来很大的方便，实为印刷史上的又一大进步。
图9 元代建安虞氏刻本《三国志平话》
图10 元代翠岩精舍刻本《广韵》