明朝中央官制有四个显著的特点。具体如下：
第一个特点是废除了丞相制度。明初沿元制，设中书省和丞相。洪武十三年(公元1380年)，明太祖鉴于元末丞相权力很大，足以废立皇帝，又因本朝丞相胡惟庸擅权挠政，于是在杀掉胡惟庸后，立即宣布废除中书省，罢丞相不设。从此，长期存在于中国历史上的宰相制度被废除了，明清500多年推行的是无宰相的君主专制体制。废丞相后，明朝中央机构重新进行调整，形成了以六部为主干，府部院寺(司)分理政务的行政格局。
六部按其序列是吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部。从隋唐到明初，六部虽属中央重要部门，但不直接隶属于皇帝，或隶于尚书省，或隶于中书省，职权有较大的局限性。废丞相后，六部直属于皇帝，成为中央主理政务的最高一级权力机关。吏部是管理文官的机构。下设文选、验封、稽勋、考功四司。户部是管理土田、户口及国家财政的机构。下设十三司，司名与明代地方十三省区的名称相对应。各司又分民、度支、金、仓四科。户部库藏称太仓，是明朝的国库。礼部是主管礼仪教化的机构，下设仪制、祠祭、主客、精膳四司。兵部是主管军政的机构，下设武选、职方、车驾、武库四司。刑部是主管刑政的机构，下设十三司，司名与户部相同。工部是主管工程建设的机构，下设营缮、虞衡、都水、屯田四司。六部长官是尚书，副贰是左、右侍郎，同称正官或堂上官。司又称清吏司，设郎中、员外郎、主事，同为属官。郎中视为正郎，员外郎视为副郎。又设司务为首领官，负责部内庶务。《大明会典·弘治间凡例》云：“本朝设官……虽文武并置，而政事皆归之于文职。”吏部是管理文官的机构，在六部中地位最高。各部、各司的权力集中在正职手中，《明史·颜继祖传》说：“六部之政管于尚书，诸司之务握之正郎，而侍郎及副郎、主事止陪列画题。”
图6 明朝北京中央主要机构分布图
府、院、寺、司是与六部相配合的机构。与礼部相关的机构有宗人府、太常寺、光禄寺、鸿胪寺、行人司、国子监、钦天监、太医院、教坊司、僧录司、道录司等。宗人府，主管皇室属籍及纂修玉牒(皇室宗谱)。明初设宗人令、左右宗正、左右宗人。以后不备官，以勋戚管府事。太常寺是与礼部祠祭司相关的机构，主管各种祭祀、礼乐活动。光禄寺是与礼部精膳司相关的机构，掌管祭享、宴筵和宫廷饮食。鸿胪寺是与礼部仪制司、主客司相关的机构，掌管朝仪、款宾和官吏引见之事。三寺皆设卿、少卿、寺丞等正官。主簿或典簿为首领官，属官为具体业务官员。太常寺另一职事是提督四夷馆。四夷馆是专门翻译外国及少数民族语言文字的机构。行人司主管外出使臣之事，设司正、左右司副、行人。国子监是最高学府，设祭酒、司业等正官。首领官为典簿，属官有监丞、《五经》博士、助教、学正、学录、典籍、掌馔。钦天监是掌管编制历书、观察天文气象的机构，设监正、监副及各种专业人员。太医院是掌管医疗卫生事业的机构，设院使、院判、御医等官。教坊司主管乐舞，设奉銮、左右韶舞、左右司乐等伶官。僧录司掌管天下佛教徒，设左右善世、左右阐教、左右讲经、左右觉义等僧官。道录司掌管天下道教徒，设左右正一、左右演法、左右至灵、左右玄义等道官。
与兵部相关的机构有五军都督府和太仆寺。明初设大都督府，由元朝枢密院演变而来。废丞相后，大都督府改为中、左、右、前、后五军都督府，简称五府。五府各设左右都督、都督同知、都督佥事等正官，掌管兵籍及天下都司卫所(详后)。五府正官俱系武官。卫所有的设在京师，有的设在地方。京师为天子居地，全国都会所在，卫所设置最多，称京卫。京卫有三类。其一，五军都督府之属，共三十三卫，主要任务是拱卫京师及巡视京城各门。其二，上直卫，亦称亲军卫，初设十二卫，后增至二十六卫，主要任务是“番上宿卫”，“以护宫禁”，同时也兼有巡警京城各门之责。其三，有十五卫，分属工部等机构，负责匠役和护卫皇帝陵寝。各卫又抽调精锐，与地方轮流到北京训练的军队组成京营。京营是军事编制，又称三大营，即五军营、三千营、神机营。三大营各设提督太监、武臣、掌号头官统领。各军分设坐营官、把总、坐司官、监枪内臣、把司、把牌等。景泰时候，京营改为团营。嘉靖时候，恢复三大营，以大将一员统率，称总督京营戎政，以文臣一员辅佐，称协理京营戎政。下设副将、参将、游击、佐击、坐营、号头、中军、千总、把总等。五府与兵部分权。兵部管军政，参与调发，但不具体治兵；五军都督府管兵籍，但不得调动军队，战时由皇帝另派总兵官统帅。太仆寺是掌管马政的机构，设卿、少卿、寺丞等正官。
与刑部相关的机构有大理寺、都察院，合称“三法司”。大理寺是负责复审平反刑狱的机构。也就是说，刑部审理的案件，要经过大理寺复审。大理寺的正官有卿、少卿、寺丞。下分左、右二寺，各设寺正、寺副、评事等官。左寺负责两京五府、六部、京卫等衙门的刑案，右寺负责顺天、应天两府，南北直隶卫所、府州县并在外布政司、都司卫所的刑案。都察院对司法也有监察之权，重大刑狱往往由三法司会审。
都察院的前身是御史台，也在废丞相后革除。洪武十五年(公元1382年)始置都察院。都察院是最高监察机构。设左右都御史、左右副都御史、左右佥都御史，以及按行省划分的十三道监察御史(简称御史)。都察院称风宪衙门，以肃政饬法为职。都御史与六部尚书地位相同，合称“七卿”。御史品秩不高，但很有权威，在朝可以监察中央各官署，纠举百司之官中的弊政；出使地方，有巡按、清军、提督学校、巡盐、茶马、巡漕、监军、屯田等职务。其中巡按御史是代天子巡视地方，有考察、弹劾地方各级官长的权力，重要的情况奏请皇帝裁断，一般的事情可以自行处理。明代小说中常有这样的记载：一个秀才与富室之女订婚。后秀才家贫，富室悔婚，对秀才百般刁难，甚至勾结官府加以迫害。而富室女暗赠金钱给秀才。秀才发奋读书，以后考中进士，做巡按御史荣归故里，富室认错，贪官受惩，有情人终成眷属。这些故事都说明巡按一职十分荣耀，地方上的高级官长对他们也畏惧三分。
此外，还有通政使司。这是明朝创设的机构。掌管出纳帝命，受理内外章疏，被称作是天子的“喉舌之司”。设通政使、左右通政、左右参议等正官。七卿加上大理寺卿、通政使，合称“九卿”。
第二个特点是内阁制的确立。明太祖废丞相后，直接指挥六部百司，亲裁独断，事实很难办到。所以必须搞个“秘书处”，帮助他处理政事。洪武十五年(公元1382年)，明太祖仿宋朝制度，设华盖殿、武英殿、文华殿、文渊阁、东阁大学士，统称殿阁大学士。以后，明仁宗又增设谨身殿大学士。世宗时候，改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，共四殿二阁。不过洪武时的殿阁大学士只备顾问，不参与政事。到明成祖即位后，才正式在皇帝和六部之间成立内阁。阁指文渊阁，在午门之内，文华殿南面，因地处宫内，阁臣又常侍皇帝于殿阁之下，避宰相之名，故称内阁。最初选翰林官入阁，渐升学士、大学士，一般五至七人。后以尚书、侍郎授殿阁大学士，入文渊阁办事，地位升高。明中叶以后，主持阁务的大学士称首辅，其余称次辅、群辅。内阁的职责是“献替可否，奉陈规诲，点检题奏，票拟批答”(《明史·职官志》)。献替可否，就是备顾问。奉陈规诲，就是辅弼君德。题奏，指题本和奏本。明朝因公事上呈皇帝的本章叫题本，为他事上呈皇帝的本章叫奏本。票拟，又称票旨、条旨、调帖，指六部百司题奏上呈后，内阁根据皇帝的指示草拟批文。因拟稿用墨笔写在小票上，故称票拟。有人认为入阁就是做丞相，其实不然。第一，内阁大学士不执政，执政的是六部尚书；第二，内阁大学士各自分权；第三，内阁之职，最重要的是票拟，但票拟要严格按照皇帝的意志去做，经皇帝批示后才能下发。所以明代内阁大学士叶向高总结说：“祖宗设立阁臣，不过文学侍从，而其重也止于票拟，其委任权力与前代之宰相绝不相同。”(《明神宗实录》卷五一一)
与内阁关系密切的有两类机构。一类是中书科、尚宝司、六科。这三个机构与内阁一样，都设在皇城之内，称禁直机构。禁直，是入值宫中的意思。中书科，设中书舍人，承办书写事务。与唐代中书省属下中书舍人的地位不能相比。尚宝司，设卿、少卿、司丞，掌管印玺信物。六科是吏、户、礼、兵、刑、工六科的简称。各科设都给事中、左右给事中、给事中。给事中也是小官，掌侍从、规谏、补阙、拾遗、稽察六部百司之事，对皇帝的敕命、臣下的章奏有封驳权。给事中又与御史合称科道官、台省官、言官、台琐清班，颇能左右朝政，在明朝政治舞台上是一支十分活跃的力量。
另一类机构是翰林院、詹事府。翰林院是朝廷专司笔札文翰之事的机构，负责制诰、修史、文翰等事。设学士、侍读学士、侍讲学士、侍读、侍讲、《五经》博士、典籍、侍书、待诏等官。又有史官修撰、编修、检讨及庶吉士。翰林官在明朝品秩不高，但地位不低。内阁成员一般都是翰林出身。庶吉士是在翰林院进修的进士，日后有可能进入内阁，当时被人视为“储相”。詹事府是辅导皇太子的机构，设詹事、少詹事、府丞等正官，下设左右春坊和司经局。春坊官有大学士、左右庶子、左右谕德、左右中允、左右赞善、左右司直郎、左右清纪郎，分管与太子相关的各种事务。司经局设洗马、校书、正字等官，负责图书的整理刊辑。翰林院和詹事府的官员常不全设，往往互兼，均受内阁提调。
第三个特点是宦官衙门凌驾于政府机构之上。明朝宦官机构称二十四衙门，由十二监四司八局组成。十二监是司礼监、内官监、御用监、司设监、御马监、尚膳监、尚宝监、印绶监、直殿监、尚衣监、都知监、神宫监。四司是惜薪司、钟鼓司、宝钞司、混堂司。八局是兵仗局、银作局、巾帽局、针工局、内织染局、酒醋面局、司苑局、浣衣局。最初，各监设太监、少监、典簿、长随、奉御等；各司设司正、司副；各局设大使、副使。以后，二十四衙门俱设掌印太监。太监一词，在明朝是指最高一级宦官，以下有少监、监丞、奉御等。掌印是职务，其他职务名称有提督、秉笔、随堂、管理、掌司、写字、佥书、监工等。同为太监，可以是掌印，也可以是提督、秉笔、随堂、管理、佥书。如司礼监，除掌印太监外还有提督太监、秉笔太监、随堂太监。二十四衙门在洪武末年基本形成，永乐时候开始用宦官刺探军民隐事。宣德以后，为了制约内阁票拟，司礼监地位提高，成为二十四衙门之首。司礼监代替皇帝用红笔批示内阁的票拟叫“批红”，代传皇帝的命令叫“中旨”。司礼监还控制东厂和锦衣卫。东厂是掌管侦伺缉捕的特务机构，始设于永乐十八年(公元1420年)。有钦差总督东厂官校办事一员，简称总督东厂或提督东厂，由皇帝最宠信的秉笔太监(亦有掌印太监)兼任。提督东厂之下，设掌刑千户、理刑百户、掌班、领班、司房等，统领档头百余名，番役千余名，皆由锦衣卫差拨。档头、番役在外侦伺访缉，上至官府，下至民间，都有他们的踪迹。以后还有西厂和内行厂的设置，但都不如东厂长久。锦衣卫设于洪武十五年(公元1382年)，属京卫中的亲军卫，下辖17个千户所，由皇帝亲信的勋戚都督统领。锦衣卫下还设北镇抚司，专典诏狱。诏狱是指皇帝亲自处理的重大刑狱，不受三法司节制，明朝人称之为“人主私刑”。明中叶以后，锦衣卫常常由司礼监私人出任，所以厂卫相结，构成独立而又完整的司法监察系统。在中国历史上，明朝宦官机构之庞大，设置之完备，是空前绝后的，并足以与官僚机构相匹敌。在皇帝有所作为的情况下，两个系统有相互制衡的作用，从而加强皇权。相反，当皇帝怠政或滥用权力的时候，两个系统则此消彼长。由于宦官是皇帝的家奴，距皇帝更近，所以即使有权臣控制朝局，宦官力量也聚而不散，隐而未衰。
第四个特点是北京、南京各设一套中央机构。中国历代王朝多实行两京或多京制。明朝也实行两京制，明成祖迁都北京，南京称留都。与前代不同的是，南京保留下一套完整的中央机构。两京机构有相同之处，如南京除不设内阁外，也设有五府、六部、都察院、大理寺、通政使司等机构，官员品级也完全一样。不同的是，南京各机构定员少于北京，正官一般不设左职，如六部不设左侍郎，都察院不设左都御史。属官不仅设员少，而且常不全设，责权也小于北京。有的是框架式机构，如南京詹事府、宗人府等，即使非框架式机构，职事也比较清闲。所以明朝官吏视南京官为闲职，由北京调往南京视为左迁。南京官的核心由南京守备、协同守备、守备太监、参赞机务等官组成。办公地点设在南京中军都督府，称守备厅。南京守备由公、侯、伯选充，协同守备由侯、伯、都督充任，参赞机务由南京兵部尚书兼任。由于南京兵部尚书进入核心，“故其视五部为特重云”(《万历会典》卷一五八)。南京守备太监是司礼监外差，称天子“三千里外亲臣”，任务是监督南京官。守备厅会议时，太监通常“据首席”(《凤州杂编》卷一)。明朝第一任南京守备太监就是曾经七下西洋、在世界航海史上做出巨大贡献的郑和。
明朝地方省级组织设都布按三司。布，指承宣布政使司，简称布政司。明初，沿元制，地方设行省。洪武九年(公元1376年)废行省，改置布政司。到宣德三年(公元1428年)，正式定为浙江等十三布政司。布政司主管一省民政、财政，设左右布政使、左右参议、左右参政等正官。按，指提刑按察使司，简称按察司。按察司主管一省司法和监察。设按察使、副使、佥事等正官。都，指都指挥使司，简称都司。都司掌管卫所。卫所是军事编制，大抵以5600人为一卫，1120人为一千户所，112人为一百户所，各设卫指挥使、千户、百户等官。明朝都布按三司分理地方军政事务，意义在于它们是替中央承宣布政，不是分权给地方，不像元朝行中书省那样无所不统。三司之间互不统属，布政司多受命于吏部、户部，按察司多受命于都察院、刑部，都司统于五府，受命于兵部。但边区所设都司卫所又与内地不同，不完全是军事组织，主要是行政单位，官员由少数民族首领担任，如东北部的奴儿干都司及其卫所。而西南等地则沿用元制，仍设宣慰使司、宣抚使司、军民万户府等土司机构。在西部地区，即今西藏、昌都地区、青海、云南、甘肃、四川等地的藏族居民住区，既有都司设置，如朵甘、乌斯藏都指挥使司，又有宣慰使司、招讨司、万户府的设置。
图7 明太监郑和像
省级以下分府、州、县三级，既是行政区，又是官署名。其中州有散州(亦称属州)、直隶州之分。“属州视县，直隶州视府，而品秩相同”(《明史·职官志四》)。府、州、县各设知府、知州、知县为长官。北京所在地称顺天府，南京所在地称应天府，长官称尹。明朝两京府的官员列入中央系统。府、州、县又有佐官和负责具体事务的官员。知府的佐官有同知、通判、推官。知州的佐官有同知、判官。知县的佐官有县丞、主簿。儒学，府设教授、训导，州设学正、训导，县设教谕、训导，主管教诲生员(学生)。巡检司，设于关津要害之处，有巡检、副巡检，负责缉捕盗贼，盘诘奸伪。驿，设驿丞，负责邮传递送之事。税课司(局)，设大使、副使，主管税收。此外，还设有医学、阴阳学、僧道、仓库、河泊等各种官吏，分工比前朝更加细密。
明朝通过督抚加强对地方的控制。抚，指巡抚，其名始于明太祖派懿〔yi意〕文太子巡抚陕西。永乐间派朝臣出巡地方，于是产生了巡抚制度。宣德时，各省常设巡抚渐成定制。巡抚是“巡行天下，抚治军民”的意思。督是指总督，或称总制、总理，分专务和地方两种。专务总督始于宣德年间，有粮储总督、河道总督、漕运总督等名目，职在所务，兼及军事。地方总督始设于正统年间，初设于边地，其后沿海、内地皆设，以军务为主，如蓟辽总督、陕西三边总督、山西、宣大总督等等。督抚也有合于一身的，如总督粮储兼应天巡抚。设督抚也是明朝官制的特点。督抚是中央派员，皆加都察院正官衔。目的是以文臣钳制武臣，协调各省、各(军)镇及省内三司间的关系，统一事权，防止互不相属，运转不灵。
明朝地方还设有各种专务机构。都转运盐使司、盐课提举司，掌管盐政。都转运盐使司，设正官都转运使、同知、副使、判官等。下辖各盐场盐课司、各盐仓、各批验所，分设大使、副使。盐课提举司，设正官提举、同提举、副提举等。行太仆寺、苑马寺，是管理马政的机构，与太仆寺无隶属关系，并听命于兵部。设官与太仆寺同。太仆寺、南京太仆寺主要负责两京畿、南北直隶及河南、山东之区的马政，以备京营之用。行太仆寺、苑马寺负责其他地区的马政，以备各边镇征调。市舶提举司，简称市舶司，设于广东、福建、浙江等省，为掌管海外各国贡使朝贡互市的机构。设正官提举、副提举。茶马司，设于陕西、四川等地，专理茶马交易。设大使、副使。
明朝文官品级分为九品正从十级。武官分六品正从十二级。品级很重要。第一，明朝职事官地位高下由品级来决定。如尚书、都御史是正二品，侍郎、副都御史是正三品。文官最高为正二品，再往上升是加官、赠官。加官、赠官有三公(太师、太傅、太保)、三孤(少师、少傅、少保)，太子三师(太子太师、太子太傅、太子太保)、三少(太子少师、太子少傅、太子少保)。三公正一品，三孤、太子三师从一品，太子三少正二品。第二，品秩与俸禄有关，品秩高，俸禄也高。第三，散官、勋官等荣誉称号的授予都与品秩相关。有品秩的官员称入流，没有品秩的官员称未入流。
散官有文散、武散之分。文散从正一品初授特进荣禄大夫，升授特进光禄大夫，到从九品初授将仕佐郎，升授登仕佐郎，共四十二阶。正二品至从四品，除初授、升授外，还有加授。官员初仕一般授予初授散阶，三年考绩合格，升授散阶，六年再考合格，加授散阶。武散从正一品初授特进荣禄大夫，升授特进光禄大夫，到从六品初授忠显校尉，升授忠武校尉，共三十阶。
勋官有文勋、武勋之分。文勋授予五品以上、六年考绩合格的文官，从正一品左、右柱国至从五品协正庶尹，共十等。武勋授予武官，从正一品左、右柱国至从六品武骑尉，共十二等。
宗室封爵有亲王、郡王、镇国将军、辅国将军、奉国将军、镇国中尉、辅国中尉、奉国中尉八等。亲王府设王府官，有长史司(文职)、护卫指挥使司(武职)、仪卫司(侍卫仪仗)、承奉司(宦官)。长史司长官为左右长史，下设审理、典膳、奉祠、典乐、典宝、纪善、良医、典仪、工正、伴读、教授等官。尚公主者称驸马都尉。公主府设中使司，以宦官充任。
功臣、外戚封爵有公、侯、伯三等。功臣爵位可以世袭，外戚爵位一般不能世袭。功臣封号有四等，开国功臣称开国辅运推诚，跟随成祖起兵称奉天靖难推诚，其他称奉天翊运推诚、奉天翊卫推诚。武臣在封号下加宣力武臣，文臣在封号下加守正文臣。
宗室百官的俸禄以石计算。最初宗室给禄米，以后又间以给钞。百官俸禄米钞兼支。官员兼职，俸禄随之增加。但兼官多为高级官吏，中下层官吏往往因俸禄折钱，钞值日跌，实际收入降低。总的来说，明朝官吏的待遇在历朝中是最低的。