自西晋八王之乱(公元291—306年)后，我国北方先后出现了大小不等的20多个区域性政权，史称“五胡十六国”。十六国时期的官制基本上有两种类型。一种是汉人或受汉族文化影响较深的少数民族建立的政权，大多模仿西晋官制。另一种是内迁较晚、保留本民族特点较多的少数民族建立的政权，实行“胡汉分治”的体制，即以“胡官”管理本族，以类似西晋的官制管理新开拓区域，两套官制杂糅并存。直到北朝，北方官制才又趋于统一。北朝包括北魏(公元386—534年)、东魏(公元534—550年)、西魏(公元535—556年)、北齐(公元550—577年)、北周(公元557—581年)。
北魏官制大体可分为三个阶段。
第一个阶段是道武帝称帝前后。道武帝曾行汉制，用汉族士人，建立尚书、中书、门下三省之类的官属，但不常设置，往往徒有虚名，真正占主导地位的是鲜卑官制。鲜卑官制中高层次的官位有八部大夫、散骑常侍、待诏等官。八部大夫，设于皇城四方(东、西、南、北)四维(东南、西南、东北、西北)，位比八座，也称八国常侍。散骑常侍、待诏等是内侍官，负责侍从护卫，传宣命令，有时也参谋议政。
第二个阶段是太武帝时期。《南齐书·魏虏传》记：
佛狸(即太武帝)置三公、太宰、尚书令、仆射、侍中，与太子共决国事。殿中尚书知殿内兵马仓库，乐部尚书知伎〔ji技](指歌舞女子)乐及角史(类似今军乐队)伍伯，驾部尚书知牛马驴骡，南部尚书知南边州郡，北部尚书知北边州郡。又有俟〔si四〕勤地何，比尚书；莫堤，比刺史；郁若，比二千石；受别官，比诸侯。诸曹府，有仓库，悉置比官。皆使通虏汉语，以为传驿。兰台置中丞、御史，知城内事。
南边州郡指汉族聚居区，北边州郡是鲜卑等少数民族居住区。从南、北两部尚书的设置上可以看出，当时北魏实行的是胡汉双轨运行的管理机制。
第三个阶段是孝文帝时期。孝文帝励精图治，主张汉化，对官制也进行了较大的变革。当时北魏尚书、中书、门下三省及诸卿设置齐备，设官一准南朝，以为永制。
北魏官制中最有特色的是尚书省的议政制度。北魏议政方式强调的是集体。有八座即尚书令、仆射及诸曹尚书议事的方式，也有扩大到丞、郎中的博议方式，更有尚书省与门下省、中书省等机构的合议方式。特别是最后一种议政方式，对隋唐三省制度的发展有着极其深远的影响。北魏御史台长官不称御史中丞，而称御史中尉。增设的机构有中侍中省和昭玄寺。中侍中省是近侍机构，以中侍中、中常侍为长官，其下有中给事中，领中尚药、中尚食、内谒者诸局。昭玄寺是管理佛教事务的机构，以大统、统为长官。封爵实行五等爵制。地方仍分州、郡、县三级。此外又有行台之设。魏晋南朝也有行台的称谓，是尚书行台的简称，一是指尚书台随同皇帝出行，二是指流亡中的临时尚书台。北魏后期出现的行台，则是作为中央的派出机构，对地方拥有指挥权。设有东道(徐州)、西道(关右)、南道(荆州)、北道(并州)四大行台。行台逐渐发展成为州上的行政区。北魏官秩变化较大，分九品，每品各置正、从，四品以下，每品正从再分上、下阶，凡三十阶。《魏书·官氏志》说：“前世职次皆无正从品，魏氏始置之，亦一代之别制也。”对后世影响很大。
此外，北魏官制值得注意的是后期丞相、大丞相、相国等官位的复出。这些官位皆非寻常人臣之所居，往往是掌握朝中军政实权的大臣自命，如高欢、宇文泰。以后东魏、北齐、西魏、北周，以及杨坚取代后周，建立隋朝，皆由此而起。
东魏官制与北魏相同，变化极小。北齐官制中最突出的是列卿各机构正式改名为寺。有太常、光禄、卫尉、太仆、大理、鸿胪、司农、太府、国子、长秋、将作、昭玄十二寺。太常至太府各寺的长官称卿、少卿，国子寺的长官称祭酒，长秋寺的长官称卿、少尹，将作寺的长官称大匠，昭玄寺的长官称大统、统。寺，秦汉以来作为列卿官署所在地的通称，从北齐起，正式成为一部分国家机构的名称。需要说明的是，古代一部分国家机构称寺，佛教庙宇也称寺，两者之间有何种关系？据说汉明帝的时候，天竺(今印度)僧人迦〔jia加]叶摩腾和竺〔zhu竹〕法兰经西域用一匹白马驮着佛经佛像来到洛阳，住在招待外宾的大鸿胪官邸(寺)，以后迦叶摩腾死于寺中，就改大鸿胪官邸为佛教徒居所，仍称寺，并以白马命名。这就是有名的白马寺。此后佛教徒所居之地一概称寺(《石林燕语》)。
西魏时候，执政的宇文泰曾命苏绰、卢辩用《周礼》所载官制改造西魏官制。恭帝三年(公元556年)正式实行。第二年，北周取代西魏，官制则不变。官品分为九命，第一品为九命，第九品为一命，以九为上。禄秩以石计算。太师、太傅、太保为三公，正九命。少师、少傅、少保为三孤，正八命。三公三孤皆为“论道之官”，不与实政。中央政务由按《周礼》设置的“六官”主持。所谓六官，指天官、地官、春官、夏官、秋官、冬官。六官各置一府，长官称卿，合为六卿，均正七命。天官府长官大冢宰卿，地官府长官大司徒卿，春官府长官大宗伯卿，夏官府长官大司马卿，秋官府长官大司寇卿，冬官府长官大司空卿。六卿主持中央政务。天官府统司会、宗师、左右宫伯、御正、纳言、膳部、太医、太府、计部等。地官府统民部、载师、师氏、保氏、司仓、司门、司市、虞部等。春官府统司宗、守庙、典祀、内史、礼部、太中、乐部、太卜、太祝、司车辂等。夏官府统司马、职方、吏部、司士、司勋、左右武伯、兵部、大驭、司右、司射、驾部、武藏等。秋官府统司宪、刑部、掌朝、布宪、蕃部、宾部、司要、司调、田正、司隶等。冬官府统工部、匠师、司木、司土、司金、司水、司玉、司皮、司色、司织、司卉等。分设上大夫、中大夫、大夫、上士、中士、下士。北周初年和北周末年，天官府权力极大，其余五府之事总于天官。此外还有大前疑、大右弼、大左辅、大后丞(以上称四辅)、大丞相、总管等官称。后周改革官制与王莽改官制一样，充满着复古思想，但魏晋以来三省制度的发展已不可逆转。即使在后周官制中也依然存在着三省制度的内涵。天官府的御正上大夫掌出纳诏命，春官府的内史上大夫“朝政机密，并得参详”，相当于中书省监、令之任。天官府的纳言大夫，掌侍从左右，亦参与机密之事，相当于侍中之任。六官的地位实与尚书八座的地位相当。所以隋代北周后，首除六官，恢复三省，并非偶然。北周地方分州、郡、县三级。除雍州(治今陕西西安市西北)设州牧外，各州设刺史。郡除京兆设尹外，各设太守。县设令。州、郡、县各以民户多少分为五等，决定命官高下。军制亦仿周官六军之制，把十二军鲜卑禁旅改为六军，六军分统于六柱国，每军设两个大将军，每个大将军督两开府，共二十四开府，开府下又有郎将，称之为府兵制。西魏时掌握实权的宇文泰与宗室元欣都是柱国，与六军柱国合起来为八柱国。