魏(公元220—265年)、蜀(公元221—263年)、吴(公元222—280年)三国中，魏国地处中原，官制比较完备，调整变化也较多。因此，以魏国为主线加以介绍。
东汉以司徒、司空、太尉(或大司马)为三公，但中枢权力则转移到尚书台。汉献帝以前，东汉名义上不设丞相或相国。丞相称谓直到东汉末年才又出现。首称相国的是董卓，以后是曹操。曹操对东汉官制进行了改革，建立了以丞相为首的台阁制。丞相总揽军政大权，皇帝实际上在丞相的控制之中。曹丕称帝后，自然不能允许相权过大，于是又改相国为司徒。直到高贵乡公(曹髦)甘露五年(公元260年)，魏国才又恢复丞相职位。不久，掌握实权的司马昭任相国，权倾朝野。东汉末年和魏国相职的复出，实际上传递着一种信息：实权在握的朝臣将要谋取皇位。所谓“司马昭之心，路人皆知”，说的就是这个意思。蜀国以诸葛亮为丞相，地位特尊，权力极大，“政事无巨细，咸决于亮”(《三国志·蜀书·诸葛亮传》)。亮死，不再设相。在不设相的情况下，录尚书事、平尚书事或尚书令为最高行政长官。吴国也设丞相，有时分置左、右二人。
魏国仍以太尉、司徒、司空为三公，但此时三公渐无实际职务，通常是坐而论道，备顾问咨询。三公之外，有时又设大司马，地位高于太尉。蜀国不设司空，太尉也不常设，以大司马掌军事行政。吴国三公也不常设，皇帝年幼即位，以太傅辅政，总理国事。
图3 诸葛亮像
三国九卿之设，基本仍旧沿用东汉制度，变化较大的是魏国的光禄勋和少府。
魏国光禄勋已不再居禁中，职权开始下降。文职中大夫、议郎、奉车都尉、驸马都尉、骑都尉都脱离光禄勋。大夫有左、右光禄大夫，金紫光禄大夫，皆为加官；太中大夫、中散大夫、谏大夫及议郎，皆属顾问性质的职务。三都尉也是加官。驸马都尉一般加于功臣、外戚。凡尚公主者，必拜驸马都尉。武职中郎将的名目比东汉为多，任务是执掌朝会时殿门守卫。光禄勋下仍设谒者台，有谒者仆射、谒者，掌管任命官员时的礼节。此外，原少府属官如掌管膳食的大官令，掌管御用纸笔墨和封泥的守宫令，掌管宫中阉宦的黄门令，及掌管后宫贵人、采女的掖庭令等，都划归光禄勋名下，从而成为主管宫廷膳食等事务的机构，不再有参预宫中议政的职能。蜀国、吴国光禄勋变化较小，仍用东汉制度。
魏国少府的变化是尚书台、御史台等机构完全独立出去，以及侍中地位的提高。自东汉起，尚书台逐渐取代三公的事权，但仍属于少府系统。魏国以公卿权重者录尚书事，也称平尚书事、领尚书事、省尚书事。尚书台设尚书令，主持选官，总典纪纲。副职为左、右仆射。下设五曹：吏部曹主管选官，左民曹主管缮修功作、苑池等事，客曹主管外国使臣朝贺等事，五兵曹主管军队，度支曹主管财政。各曹长官是尚书。一令二仆射与五曹尚书合称“八座”。列曹之下设二十五郎，郎官称郎中、侍郎或尚书郎。从尚书台的职能不难看出，这一机构不仅取代了原三公的事权，而且九卿的职权也有相当一部分转移到尚书台诸曹，事实上已经发展成为总理全国政务的机构。蜀国尚书台则与东汉制度相同。吴国尚书台分选、户、左、贼四曹。
御史台自魏开始正式成为中央监察机构。长官是御史中丞。下设治书侍御史，负责律令；治书执法，负责弹劾官吏；侍御史，分曹监察。对地方的监察，则不定期派出巡御史。蜀国、吴国也设有御史中丞。但是，魏国御史台常常不能正常履行职责，原因是魏国置校事亦司监察，使御史台的监察职能很难充分发挥。校事始设于建安(公元196-220年)年间。当时曹操丞相府的机构庞大，东汉朝廷许多机构的事权被丞相府机构所侵夺，校事侵夺御史台的职权即其中之一例。曹丕称帝后，校事司监察的制度被保留下来。校事是小官，但“上察宫庙，下摄众司”(《三国志·魏书·程昱传孙晓附传》)，实权极大，实际上是皇权支配下的特务机构。
侍中寺始设于东汉灵帝的时候，以侍中、给事黄门侍郎领门下诸事。门下，即“黄门之下”。秦朝宫门涂黄色，故称“黄门”。后世黄门则指宫门。门下诸事，就是指皇帝身边的各种事务。魏国设侍中四人，地位更加尊贵，其中资历深者一人为主官，称祭酒。此外，侍中也作为加官，凡加侍中者，即可在皇帝左右备顾问。司马懿辅政时就曾加官侍中。和侍中地位相近的还有散骑常侍。西汉有散骑，东汉省革，而用宦官为中常侍。和帝时候著名的中常侍蔡伦曾发明造纸术。不过这个官职对东汉末年中央政权走向衰败产生过较大影响。魏国合散骑、中常侍为一官，以士人充任。散骑常侍也可以作为加官。此外，还有黄门侍郎、给事中，职责是审核尚书奏事和备皇帝顾问。给事中有正员，也有加官。蜀国、吴国大致相同。不过蜀国在散骑常侍之外，仍设中常侍，均为宦官之任。
魏国新设置的机构有中书省、秘书省。曹操为魏王时曾设秘书令、丞，管理图书秘籍，并负责尚书奏事。文帝时候改秘书令为中书令，又置中书监，并掌机密。中书省即其机构。尚书台负责例行公事。若皇帝有秘密诏书下州郡及边将，则由中书省发出，于是尚书台之权又分之于中书省。中书省属官有中书通事郎(后改中书侍郎，简称中书郎)、中书通事舍人、著作郎、著作佐郎等。此外，又设独立的秘书省，管理艺文图书。长官为秘书监。下设秘书丞、秘书郎、校书等。蜀国设中书郎、秘书令。吴国设中书令、秘书郎。
宫职，魏国太后有卫尉、太仆、少府三卿，沿于东汉。东汉太后三卿位于朝官同名三卿之上，魏改汉制，使三卿位在九卿之下。大长秋为皇后宫官。太子太傅、太子少傅、太子詹事负责辅导太子及太子家事。蜀国设太后卿、大长秋、太子太傅等。吴国也设太后卿、大长秋、太子太傅、太子少傅。孙权对太子官尤其重视，黄龙元年(公元229年)，置太子左辅、右弼、辅正、翼正等都尉，称太子四友。又有中庶子、太子宾客、率更令。晚年以大将军领太子太傅，中书令领少傅。需要注意的是，古代官制中的“友”字，不是朋友的意思，而是指文学侍从一类性质的官员。
魏国武职有各种名号的将军。大将军为最高军事将领，加“大都督”或“都督中外诸军事”的称号，权力尤重。以下有骠骑、车骑、武卫、抚军、领军、四征、四安、四镇、四平等将军。将军府属官有长史、司马、正行参军及主簿等。低于将军的有中郎将、校尉、都尉、护卫等武职。军队分中军(禁军)和外军(地方军)。中军由领军将军或中领军、护军将军或中护军统领。又有武卫、中垒二将军及屯骑、步兵、越骑、长水、射声五校尉。外军由都督诸州军事统领。将军领兵出征，又设监军。蜀国、吴国武职名称与魏国相仿。蜀国还有督中外军事、领军、监军、护军、典军、参军等称号。中领军掌禁军。吴国将军中还有上大将军。禁军由领军将军掌管，沿江及要地皆设都督。
三国地方行政组织有州、郡(国)、县三级。魏国京师所在地称司州，辖河南、河东、河内、弘农、平阳五郡。设司隶校尉。蜀国司隶负责督查京畿，不领益州(治今四川成都市)事。吴国无司隶。一般的州，魏国有十三个，蜀国有两个，吴国有四个，皆设刺史或州牧。州牧地位高于刺史。蜀国以诸葛亮领益州牧，亮死，置刺史。魏国刺史多以持节都督兼任，不以都督兼任称单车刺史。节，指符节，古代使者所持以作凭证。郡设太守、都尉等官。魏国太守领兵加将军称号。其属有丞(边郡设长史)、司马、诸曹掾属。少数民族地区设校尉，有戊己校尉、护羌校尉、护东羌校尉、护鲜卑校尉、护乌桓校尉、西域校尉等。蜀国边郡设都尉。县仍设令、长，属官有丞、尉等。王国、公国、侯国都设相，王国、公国相职如太守，侯国相职如县令。
三国都设置爵位。魏国爵位分王、公、侯、伯、子、男、县侯、乡侯、亭侯、关内侯十等。官员等级分为九品。官分九品自曹魏始。蜀国、吴国的爵位有王、县侯、乡侯、亭侯。