东汉(公元25—220年)官制承袭西汉官制而有所发展。从中央官讲，三公分统九卿之制仍旧存在，但最重要的在于尚书组织的变化，当时称作“政归台阁”。从地方官讲，最突出的是由郡(国)、县两级改为州、郡、县三级。
东汉中央官的基本构成仍然是三公九卿。但在新皇帝即位之后，则以太傅或太尉录尚书事，总揽政务。东汉设太傅，称上公，位在三公之上，负责辅导皇帝。录尚书事始于西汉，“录”，据《后汉书·和帝本纪》注：“总领之也”，即以本官总领尚书事。由于当时朝政实权转移到尚书台，所以太傅录尚书事位高而任重。不过太傅一职并不常设。
上公之下是三公。东汉初年，以大司马、大司徒、大司空为三公。建武二十七年(公元51年)，光武帝改大司马为太尉，大司徒、大司空去掉“大”字。三公排列，太尉在前，由丞相演化来的司徒居后，由御史大夫演化来的司空又后。太尉主管兵政，又分领太常、卫尉、光禄勋三卿。司徒主管民事，又分领太仆、大鸿胪、廷尉三卿。司空主管重大水土城防建筑工程，又分领宗正、少府、司农三卿。三公各有属吏长史及诸曹掾、史、属等。国有大事，三公共同商议。但东汉三公权力远不如西汉，这不仅从上述职务上可以看出，而且反映在封爵上。西汉初年，相职由列侯充任。武帝时候，虽布衣可以为相，但封相之后必定封侯，所以丞相又称君侯。东汉自建武十三年(公元37年)大司徒侯霸死后封侯始，三公皆不封侯。实际上三公成为徒有虚名的高官，真正拥有决策权和监督百官的执行权的是内朝。直到东汉末年，董卓废少帝，立献帝，自任相国；建安十三年(公元208年)，曹操秉政，罢三公而置丞相，相权才骤然改变，成为王朝最高权力的实际操纵者，皇帝也在其控制之中。
东汉九卿及列卿没有什么太大的变化，只是尚书组织的地位更加强了，所以当时有“虽置三公，事归台阁”的说法。“台阁”，指宫内办事处，也就是内朝。光武帝即位，勤于政事，不以实权交给三公，仅以侍从左右的尚书协助处理政事，于是尚书的权责日益上升，由原来的事务官演化为政务官，尚书台也就成为东汉中央非常重要的办事和决策机构。尚书台以尚书令、尚书仆射为长贰，由左、右丞辅佐，下设六曹尚书。有三公曹，主管年终考课诸州郡事务；吏曹主管选官、祠祀事务；民曹，主管修缮功作、盐池、园苑等事务；客曹，主管护卫皇帝及少数民族朝贺事务；二千石曹，主管辞讼事务；中都官曹，主管水火盗贼之事。每曹又有侍郎六人，令史三人。尚书令、尚书仆射、六曹尚书合称八座。皇帝虽也挑选太傅或太尉录尚书事，无异于自己直接指挥尚书台，所以政归台阁，实际上是皇权进一步得到了加强。
东汉皇权进一步加强，还表现在监察系统官制的变化上。司空的前身是御史大夫，东汉司空已无监察之责。主持监察的是御史台长官御史中丞。御史中丞属官有治书侍御史二人，掌解释法律条文；侍御史15人，掌察举官吏违法，接受公卿、郡吏奏事。侍御史下分令曹、印曹、供曹、尉马曹、乘曹。东汉御史中丞秩仅千石，但权力却超过了原来的御史大夫，在朝廷上仅次于尚书令。这是因为御史中丞不再隶属司空，改隶少府，事实上归皇帝直属，成为皇帝直接掌管的、监察百官的工具。
东汉中叶以后，母后临朝，外戚执政，往往抓住兵权以加强自己的地位，于是将军职务就显得格外重要。特别是大将军多为外戚，常在国都，又录尚书事，自然成为中央要员。将军名号与西汉相同。大将军位在三公之上，与太傅、三公合称五府。骠骑将军、车骑将军位在三公之下。前后左右将军位在上卿之下，不常设置。其余列将军，有事则设，因事命号，事已则罢。将军都有部曲。西汉京军有八校尉之设，东汉初减并为五校尉。当时人称五校为五营，即屯骑、越骑、步兵、长水、射声五营。又置北军中候以监五校。东汉与西汉不同，北军指五校所率军队。东汉不见南军名称。东汉初年以后，北军的名称也不再见于文献记载。灵帝时候，又设西园(上军、中军、下军、典军、助军、左军、右军、佐军)八校尉，由皇帝直接统领。曹操曾任典军校尉。
东汉地方分州部、郡国、县三级。
京畿地区称司隶校尉部。领三辅、三河(河东、河内、河南)、弘农七郡。司隶校尉掌纠察京师百官及所辖附近各郡，相当于州刺史，而且比刺史地位为高，权势也更为显赫。司隶校尉常常劾奏三公等尊官，故为百官所忌惮。朝会时，司隶校尉和尚书令、御史中丞均设有专席，当时号称“三独坐”。东汉以洛阳为国都，所以河南郡长不称太守，而称尹。三辅是皇帝陵庙所在之处，仍称京兆尹、左冯翊、右扶风，地位高于一般郡，但与西汉比有所下降。
司隶部之外，分十二州，州设刺史。西汉时，州为监察区，刺史(西汉末年一度称州牧)是中央派出的巡视官，无行政权，开始无固定治所和衙门，秋冬出巡，年终回京奏事。东汉初刺史仍称州牧，但处理郡国事务之权比西汉有所扩大。建武十八年(公元42年)州牧改回刺史。中期以后，刺史又有领兵之制。东汉后期，刺史不仅有固定治所，而且属吏大量增加，事实上成为凌驾于郡国之上的地方行政长官。灵帝时候，再改刺史为州牧，由一批朝廷重臣出任，“州任之重，自此而始”(《汉书·刘焉传》)，不少地方的州牧已演变为拥兵自重的割据势力。
东汉有郡国105个，除司隶部七郡之外，还有98个。其中列郡71个，王国27个。郡设太守。建武六年(公元30年)，裁撤郡都尉，并其职于太守，故太守又称郡将。县的设置与西汉相同。东汉为了增加税收，在各地设有盐铁诸官。凡郡县出盐多的地方，置盐官，主盐税；出铁多的地方，置铁官，主鼓铸；有湖池鱼利的地方，置水官，主平水，收渔税。皇子封王，以郡为国，置傅、相各一人。相如太守。有长史，职如郡丞。中尉负责治安。郎中令负责大夫、郎中等宿卫官。仆负责车马。治书、谒者为侍从官。列侯所食县为侯国，设相如县令长，不臣于侯，只向侯纳租。
东汉为了扩大侯爵，又增进了县侯、乡侯、亭侯等爵位，并冠以所食县、乡、亭名。后期多为无食邑的虚封。例如关羽被封为汉寿亭侯。汉寿在东汉是县名，治所在今湖南常德东北。汉寿亭侯也是虚封。列侯就第(退休)后，如受恩遇，可以加官“特进”或“奉朝请”，并以此名义参与朝议。东汉外戚一般为特进侯，未加特进的为朝侯、侍祠侯，外戚、公主子孙在京守祖坟的称猥〔wei委〕诸侯。