如果说《讲疏》在溯学术源流时更多的是正误纠谬，在明簿录体例时则更多的是引申发挥和补充辩正。学问既各有源流，著述也各有体例，知识分类和图书分类离不开辨体和辨义，四库全书的分类不是以体分就是以义别，因此，辨明簿录体例是《讲疏》的另一重点。张先生认为簿录体例不明则群书畛域不分，群书畛域不分则学术源流莫辨，他在《广校雠略·自序》中说：“尝以为校雠之学，首必究心于簿录之体，而后辨章学术有从入之途；次必推明传注之例，而后勘正文字无逞臆之失。”辨明簿录体例是考镜学术源流的必经途径，《讲疏》中经部特别注意“传注之例”，史部和集部特别注意簿录之体。
《四库提要》的总叙小叙往往只陈述各簿录体例的兴衰，却未能深究兴衰的动因，《讲疏》则在此基础上引而申之——不仅明其然且能探其所以然，如《编年类叙》说：“刘知几深通史法，而《史通》分叙六家，统归二体。则编年、纪传，均正史也。”后来纪传体“历朝继作”，而编年体“则或有或无，不能使时代相续”，这样，正史之名逐渐为纪传体所独占。四库馆臣只是陈述了纪传、编年二体在后世的兴衰，张舜徽先生进一步分析了它们兴衰的个中原因：“校论二体，各有短长；学者沿波，遂分轩轾。盖纪传之体，立本纪以为纲，分列传以详事；典章繁重，则分类综括以为志，年爵纷纶，则旁行斜上以为表，实能兼编年之长而于事无漏，故后世多用其体。若编年之书，事系于年，人见于事。其有经国大制非属一年，幽隐名贤未关一事者，则以难为次序，略而不载，故后世病其体之局隘，多缺而勿续。此‘班、马旧裁，历朝继作；编年一体，或有或无’之故也。”纪传能兼编年所长而避其所短，记事比编年具有更广的容量，写人比编年更加灵活机动，而且将君主、世家、人物、典章、年爵分类叙述更便于阅览，尤其是以君主为纲的本纪凸显了皇权；相比之下编年则有诸多缺点——同一经国大事可能并非一年所能完成，一事就不得不分载于数年之中；同一人物往往隔数年或数十年才能提到，这就不可能刻画完整的人物形象；更要命的是编年“系日月以为次，列时岁以相续”的叙事特点，让君主淹没在时岁日月之中，没有办法突出王权，所以后世官方主修的史书全为纪传体，而编年体史书的命运则是“或有或无”。纪传体“历朝继作”与编年体断续无常，不只是反映了二者文体上的优劣，也反映了权力对知识的渗透。可见，张先生对纪传、编年二体特征的理解比四库馆臣更为深入。
《四库提要》总叙小叙中许多论断相当精审，如《纪事本末类叙》说：“古之史策，编年而已，周以前无异轨也；司马迁作《史记》，遂有纪传一体，唐以前亦无异轨也。至宋袁枢，以《通鉴》旧文，每事为篇，各排比其次第，而详叙其始终，命曰《纪事本末》，史遂又有此一体。”这段话阐述古代史书体例的变化虽然十分简洁，告诉了人们编年、纪传、纪事本末三种簿录体例的产生、嬗变，但它并没有交代纪事本末体何以产生于宋代的原因，也没有分析这种体例的文体特征，更没有比较编年、纪传、纪事本末各自的优劣，《讲疏》恰好为我们弥补了以上的缺憾。首先他引梁启超《中国历史研究法》中的话比较分析三者的文体特长：“盖纪传体以人为主，编年体以年为主，而纪事本末体以事为主。夫欲求史迹之原因结果以为鉴往知来之用，非以事为主不可。”接着再从宋人治学方法的角度，分析纪事本末体何以出现于宋代的缘由：“大抵宋人治学，好勤动笔。每遇繁杂之书，难记之事，辄手抄存之，以备观省，其于群经诸子，莫不皆然。袁氏之抄《通鉴》，初无意于著述，及其书成法立，遂为史学辟一新径，亦盛业也。”袁氏不过是因为“好勤动笔”抄书的习惯，将分置于不同年月的事件首尾连缀在一起，起初没有明确自觉的体例创新意识，后来“书成法立”而确立了一种新的史学体例，可见，纪事本末体在史学上虽然前无古人，在簿录体例上虽是袁氏独创，但这体例的产生却不是有意栽花而是无心插柳。清人章学诚在《文史通义·书教下》中称：“纪事本末之为体也，因事命篇，不为常格，非深知古今大体，天下经纶，不能网罗隐括，无遗无滥。文省于纪传，事豁于编年，决断去取，体圆用神，斯真《尚书》之遗也。”章氏将纪事本末体的渊源追溯至《尚书》，张舜徽先生也不同意这种论断：“宋贤史学，大抵步趋汉儒：司马《通鉴》，衍荀悦之例者也；郑樵《通志》，衍太史公之例者也。若纪事本末之书，则实古无是体，而宋人创之。礼以义起，为用尤弘。何必远攀三古，谓为《尚书》之遗教乎！”纪事本末体为宋人创体，在史学上具有里程碑的意义，用不着“远攀三古”或“拉扯家门”来撑门面。
《讲疏》“明簿录体例”主要从追溯体例的起源、阐述体例的发展和辨明体例的特征三个层面展开。《传记类叙》将《晏子春秋》《孔子三朝记》视为“记之权舆”，《讲疏》认为“博征载籍，则传记开创之功，应推司马迁之书为最早。彼以本纪记人主之事，世家记诸侯之政，列传记公卿贤者之所为以及边裔地区之事物，由是传记之体始备”。张先生认为不能将“记”等同于“传记”：“所谓记者，记一时所语也，自与叙一事之始末者有不同矣。”《孔子三朝记》中的“记”不过记一时之所语，与记一人一事之始末的传记，从体例上看差别很大，不能把偶记一时之语的“记”说成传记的开端。司马迁《史记》或记“诸侯之政”的首尾，或记“公卿贤者”一生的始末，传记作为一种簿录体例才得以确立。张先生从《史记·大宛列传》中“《禹本纪》言河出昆仑”和《伯夷列传》中“其传曰”二语，推断在司马迁之前早已有纪有传，虽然现在找不到更多史料，但纪传这一体裁的渊源可能很早，司马迁也不过是“特承旧文理董之”。追溯了纪传体的渊源和分析了纪传体的特点以后，《讲疏》最后阐述这一体裁的发展：“自两汉以逮六朝，传记之作大兴……学者沿波，厥流益广。”四库将这一体例的史籍分为“圣贤之属”“名人之属”“总录之属”“杂录之属”四类，“而于历代高僧、地方耆旧之传记，概不之及”，对历代碑传更付阙如。《四库全书总目》不仅在典籍收录上远不能称为“全书”，而且由于“仰承帝王意旨”，在收录图书时“君臣上下之分既严，叛顺正僭之防尤峻”，将《安禄山事迹》《平巢事迹考》《刘豫事迹》等这些本属传记的典籍统统归入别录，这是典型“政治挂帅，学术靠边”的恶例，使四库馆臣在图书分类时自乱其例，一方面使“四库全书”不“全”，另一方面又不能真实地反映传记这一体例的流变。
当然“明簿录体例”最主要还在于辨明簿录体例的性质与特征，如果对该簿录体例的特性不甚了了，就容易导致学术分类和图书分类的错误。《四库提要·小说家类叙》由于对小说的内涵没有清晰的界定，对有些书籍的分类就明显不当，如称“屈原《天问》，杂陈神怪，多莫知所出，意即小说家言”。张先生阐述道：“子部之有小说，犹史部之有史钞也。盖载籍极博，子史尤繁，学者率钞撮以助记诵，自古已然，仍世益盛。顾世人咸知史钞之为钞撮，而不知小说之亦所以荟萃群言也……故小说一家，固书林之总汇，史部之支流，博览者之渊泉，而未可以里巷琐谈视之矣。”屈原《天问》按前人阐释，是写他遭放逐之后彷徨山泽，看见楚先王庙和公卿祠堂壁上所画的山川神灵圣贤怪物，睹画兴怀不禁呵而问之，提出自己对宇宙、社会、人生的困惑，其事幻，其理深，其辞奥，至今难得真正的解人，这首伟大的诗篇绝“非小说言所可比附”。“夫小说既与史钞相似，故二类最易混淆，与杂史一门亦复难辨。”《四库》中不当收入小说的书籍常常错收，当收入小说的书籍又往往漏收，尽管馆臣“百计辨之，适足以自乱其例耳”。
明体与分类具有内在联系，簿录体例不明则图书分类必乱。如《四库全书总目》集部将楚辞别立一类，《楚辞类叙》阐述了如此分类的原因：“《隋志》集部，以《楚辞》别为一门，历代因之。盖汉魏以下，赋体既变，无全集皆作此体者。他集不与《楚辞》类，《楚辞》亦不与他集类，体例既异，理不得不分著也。”如果按四库馆臣的逻辑推下去，《全汉赋》《全唐诗》《全宋词》《全元散曲》是不是也要单独分类呢？《讲疏》对此提出了异议：“六朝时赋集之编多家，《隋志》悉入总集；宋元人所编《乐府诗集》《古乐府》之类，《四库总目》亦归之总集。斯皆文以类聚，合集成书，与《楚辞》体例相近，惟时代不同耳。《楚辞》为总集之祖，取冠其首，尤足以明原溯本也。”《楚辞》是刘向所编从屈原到西汉的辞赋总集，也是我国古代总集之祖。它与后人编的《全唐诗》《全宋词》属同一性质的总集，唯一的区别是它的时代更早，所以将它置于总集并“取冠其首”，比让它别为一类“尤足以明原溯本”。再说，《四库总目》既已立总集类，又将本属于总集的《楚辞》另立一类，在图书分类上同样是“自乱其例”。又如《四库全书总目》入“起居注”于“编年”，置“实录”于“别史”，这一分类错误的根源同样在于对该体例的特征尚缺乏深入把握。张先生说“‘起居注’但记人君言行，而‘实录’则由删录国史而成。体之弘纤不同，而为用亦异”，不过“实录”和“起居注”都属编年体，所以《讲疏》称：“《四库总目》并‘起居注’于编年，是也；而置‘实录’于别史，则伦类不侔矣。”
由于辨体与分类具有深刻的内在联系，《讲疏》强调辨体与重视分类因而密不可分。四库馆臣虽然明白“盖既为古所未有之书，不得不立古所未有之例”的道理，但他们在分类时常依附门墙，如《四库全书总目·地理类》仍是沿袭《隋书·经籍志》而稍加细密，将“地理类”中的图书又分为十个小类，这种分类看上去也很有条理，首宫殿，次总志，次都会郡县，次河防边防，次山川古迹，次杂记游记，次外纪，等等。张先生在《讲疏》中说：“顾吾以十类之中，总志及都会郡县，宜合为一而扩充之，在史部中别立方志一门，以与地理并列。自来簿录之家，不立方志独为一类，乃书目中缺陷也。亦由前人不重视方志之探研，仅目为地理书之附庸耳。”《四库全书总目·地理类》中收录的典籍，将地理、方志、游记、考古等方面的书籍杂糅在一类中，从现在的学科分类和图书分类来看，这“地理类”完全是个大杂烩。张先生主张将其中的总志和都会郡县志析出“地理类”，别立“方志类”以与“地理类”并列，不仅显示了他的现代学科意识和分类意识，也显示了他对方志体例的透辟理解。
《四库全书总目》史部分别设置《诏令奏议类》和《政书类》。诏令为王言所敷，奏议为大臣所呈，其内容关乎军政得失与治乱兴衰。在古代，由于诏令奏议——尤其是诏令——大多出自文章大手笔，无一不训辞尔雅庄重得体，从萧统编《文选》到姚鼐的《古文辞类纂》和曾国藩的《经史百家杂钞》，都采录了诏令和奏议两类文体，古人以此作为文章典范来模仿学习，所以诏令奏议此前常置于集部，《四库》从《唐志》改隶史部。不过，在张先生看来，“以‘诏令奏议’标目，犹嫌局隘，未足以统括有关之书”。就是说“诏令奏议”涵盖面太小，难以统括这方面的所有图书，“故《四库总目》录《名臣经济录》入此类，《书目答问》乃并《经世文编》亦收进矣。良以此类书无类可归，不得不以附于诏令奏议耳”。如果说《诏令奏议类》所患在涵盖面太窄，《政书类》所失又在涵盖面太泛，四库馆臣称《政书类》“惟以国政朝章”为主，可诏令奏议算不算“国政朝章”？前朝故事当朝宪政算不算“国政朝章”？《讲疏》一针见血地指出：“‘政书’二字，所该至广，如诚循名求实，则《资治通鉴》《经世文编》之类，何一不可纳之政书乎？”《诏令奏议类》和《政书类》从分类到命名都多有可议。张先生建议在史部中立“政制”“政论”二类，这样，“《四库总目》《书目答问》所立‘政书’一目，可以‘政制’代之，《通典》、《通考》、历代会要之属，皆入此类。‘诏令奏议’一目，可以‘政论’代之，诏令、奏议、《经世文编》之属，皆入此类”。
部类群书应因书而立例，不可设例类以统书；应“礼以义起”而因书命名，不“全袭前人”的类别旧名。张先生的图书类例理论以他的簿录体例理论为基础，簿录体例既然有创有因，图书分类当然不能只因不创。