《四库全书总目提要》中总类、小类前的叙录承《汉书·艺文志》之绪，考镜学术渊源与流衍，阐述学派兴盛与衰微，论定各家的是非与高下。但追溯各家各派的学术渊源流变，可不像追溯黄河和长江的源头那样可以“逆流而上”，历史上各种学术和各个流派往往相互影响，彼此渗透，有的可能枝分而干同，有的可能源异而流合，更加之时代久远头绪纷繁，所以“认祖追宗”式的考镜源流绝非易事。《汉书·艺文志·诸子略》中将诸子百家的产生推源于上古的某官某守，如“儒家者流，盖出于司徒之官”“墨家者流，盖出于清庙之守”等等，就常被人指责认错了祖、归错了宗，不只现代学者胡适等人提出反驳，连清代四库馆臣也认为“名家称出于礼官，然坚石白马之辨，无所谓礼；纵横家称出于行人，然倾危变诈，古行人无是词命；墨家称出于清庙之守，并不解其为何语”。《四库提要》叙录考索源流时问题也同样不少，这次该由张舜徽先生来为四库馆臣正本清源了。譬如，《经部总叙》一开口就错：“经禀圣裁，垂型万世；删定之旨，如日中天，无所容其赞述。”汉武帝以后，儒学之士都称孔子删定《诗经》《尚书》，制订《礼记》《乐经》。四库馆臣所谓“经禀圣裁”“删定之旨”云云，不过人云亦云剿袭陈说。《讲疏》阐述了这种说法不成立的理由：
一、“删定”之说既“无征于《论语》”，又“不见称于孟、荀”，“秦火以前”并无此说。“《论语》为孔门所同记，于其师一言一行，乃至饮食衣服之微，喜乐哀戚之感，无所不记。使果有删定之弘业，何其弟子无一语及之？”
二、《诗经》《书经》《礼记》《乐经》四经都是孔子之前就已存在的旧典。“史迁尝称‘孔子以《诗》《书》《礼》《乐》教弟子’，然《管子》中已云‘泽其四经’，可知以《诗》《书》《礼》《乐》为教者，不自孔子始。此四经者，皆旧典也，孔子特取旧典为及门讲习之，所谓‘述而不作’也。”《讲疏》还特引龚自珍《六经正名》中的名言作为佐证：“仲尼未生，先有六经；仲尼既生，自明不作。”六经为孔子以前“旧典”之说，张氏还可以找到更早的同道，章学诚在《校雠通义》中早就断言“六艺非孔氏之书，乃《周官》之旧典”。《讲疏》还从社会背景和社会心理两方面探讨了这一说法的成因：“盖自汉世罢黜百家，独崇儒术，言及六籍，必推尊为孔子所删定，此犹言易卦者，必托名于伏羲；言本草者，必托名于神农；言医经者，必托名于黄帝；言礼制者，必托名于周公，莫不高远其所从来，以自取重于世，后先相师，如出一辙，学者可明辨之。”推尊孔子删定六经，是儒者尊圣宗经的心理作祟，四库馆臣不是无能，而是无意去探寻六经产生的渊源。
如果说认定孔子删定六经是意识形态作祟，《四库提要叙》中对方志、职官、目录等类渊源的误断，则属于认知偏差或知识错误。如《四库全书总目提要·地理类叙》称：“《元和郡县志》颇涉古迹，盖用《山海经》例；《太平寰宇记》增以人物，又偶及艺文，于是为州县志书之滥觞。”这里所谓“州县志书”就是我们现在所说的“方志”。四库馆臣把《元和郡县志》，尤其是《太平寰宇记》视为“州县志书之滥觞”，是因为前者记载了唐元和年间四十七节镇各府、州、县、户政区的沿革，及山川、道里、贡赋等情况，后者在沿袭《元和郡县志》门类之外，又增以风俗、姓氏、人物、艺文、土产等门，该著卷帙虽十分浩博，但“考据特为精核”。《太平寰宇记提要》称：“盖地理之书，记载至是书而始详，体例亦至是书而大变。”但是，将二书作为方志的滥觞却犯了以“流”当“源”的错误。张先生在《讲疏》中说“方志之起源甚早”，更远可以追溯到周代，“远在周代，百国分立，大者如后世之府、郡，小者仅同州县耳。《孟子》所谓‘晋之《乘》，楚之《梼杌》，鲁之《春秋》，其实一也’，以今视之，即最古之方志耳。”不只是周时没有“方志”的名称，“自隋以前，方志但称为‘记’。即以著录于《隋书·经籍志》者而言，以三国时吴人顾启期所撰《娄地记》为最先。此后复有《洛阳记》《吴兴记》《吴郡记》《京口记》《南徐州记》《会稽记》《荆州记》等数十种书。此皆后世州县志书之作”。张先生还指出，即使像《元和郡县志》《太平寰宇记》这样分门别类记载，其体式也是因袭而非首创：“至于分门叙述，成为专门性记载者，尤不可胜数。《隋志·史部·地理类叙》称：‘隋大业中，普诏天下诸郡，条其风俗物产地图，上于尚书。故隋代有《诸郡物产土俗记》一百三十一卷，《区宇图志》一百二十九卷，《诸州图经记》一百卷。’此乃历代帝王下诏编纂全国性方志图经之始。其后如唐代李吉甫所修《元和郡县志》，宋代乐史所修《太平寰宇记》，皆沿用其体，不得谓二书为州县志之滥觞也。下逮元、明、清三朝所修《一统志》，亦循斯例矣。”《讲疏》从方志在上古的雏形，再到方志体例在隋代的成熟，以及《元和郡县志》《太平寰宇记》二书对隋代方志体例的承袭，通过探本溯源有力辩驳了四库馆臣有关方志“滥觞”的误判。
四库馆臣虽极一时之选，但《四库全书总目》既成之于众手，又迫之以时限，其间抵牾谬误在所难免。即使再渊博的学者也会有知识上的暗角，更不可能对每一学术问题细究深考，加之总其成者“纪氏恃其博洽，往往奋笔直书，而其谬误乃益多”。《四库提要叙》在考镜源流时甚至还出现知识性的“硬伤”，如《目录类叙》断言：“郑玄有《三礼目录》一卷，此名所昉也。”“目录”名称起于东汉后期的《三礼目录》吗？张先生以有力的证据作了否定的回答：“‘目录’二字连称，实起于西汉。《汉书·叙传》云：‘刘向司籍，九流以别，爰著目录，略序洪烈。’《文选》任昉《为范始兴求立太宰碑表注》引《七略》云：‘《尚书》有青丝编目录。’是刘向、刘歆校书汉成帝时，已有目录之名，远在郑玄《三礼目录》之前。特为专书目录，自郑氏始耳。”从现存资料看，“目录”名称西汉向、歆父子时就有了，至东汉郑玄才开始用“目录”作书名，说“目录”之名始于《三礼目录》，显然是馆臣一时疏于考证而轻下结论。这篇叙文在考镜源流上出错的还不止这一处：“今所传者，以《崇文总目》为古。晁公武、赵希弁、陈振孙，并准为撰述之式。惟郑樵作《通志·艺文略》，始无所诠释，并建议废《崇文总目》之解题。”馆臣误以为但记书名而不录解题始于郑樵《通志·艺文略》，而且将删削《崇文总目》解题过错也归咎于郑樵。《讲疏》对此做了有力的辩证：“论者咸以《崇文总目》之删去序释，出于郑樵，相与讥短而嫉恨之，此则不明乎簿录体例之过也。无论《崇文总目》之无序释，与郑氏不相涉，即书目下不录解题，其例实创于班固。盖史志之不同于朝廷官簿与私家书目，亦即在此，尤不可不明辨也。”张先生从簿录体例的角度分析了《汉书·艺文志》但记书名的原因：“《隋书·经籍志》既举刘向《别录》、刘歆《七略》以别于后世但记书名一派，从知不独《别录》每书皆有叙录，即《七略》亦必删繁存简，各为解题，如《四库简明目录》之于《提要》无疑耳……班氏撰《艺文志》时，所以毅然删去《七略》解题而不顾者，诚以史之为书，包罗甚广，《艺文》特其一篇，势不得不芟汰烦辞、但记书名而已。若夫朝廷官簿与私家书目，意在条别源流，考正得失。其所营为，既为专门之事；其所论述，则成专门之书；考释务致其详，亦势所能为。刘、班二家编目之职志既有不同，则体例亦无由强合。郑氏《通志·艺文略》之于《崇文总目》，亦犹班氏《艺文志》之于《七略》耳。惟郑氏深明修史之不同于他书，故独遵班例，不为序释，其识已卓，岂特不可讥诋已哉！”令人不解的是，郑樵《通志》和班固《汉书》同为史书，《汉书·艺文志》和《通志·艺文略》同样都是只记书名而无解题，为何四库馆臣不追究《汉书·艺文志》开始“但记书名”，偏偏归咎于“唯郑樵作《通志·艺文略》，始无所诠释”？至于所谓郑樵“建议废《崇文总目》之解题”的指责，余嘉锡早已指出是四库馆臣偏信朱彝尊《曝书亭集》中的“意度之词”，清代学者杭世俊、钱大昕早为郑氏洗刷了不白之冤。当然，余嘉锡先生也可能百密一疏，郑樵嫌《崇文总目》解题“文烦无用”，朱彝尊的“意度”也并非无风起浪，郑樵《校雠略》对《崇文总目》的解题的确多有批评：“古之编书，但标类而已，未尝注解，其著注者，人之姓名耳。盖经入经类，何必更言经？史入史类，何必更言史？但随其凡目，则其书自显……今《崇文总目》出新意，每书之下必著说焉。据标类自见，何用更为之说？且为之说也已自繁矣，何用一一说焉？至于无说者，或后书与前书不殊者，则强为之说，使人意怠。”郑樵的校雠学理论强调“类例”而不是“解题”，他认为“类例既分，学术自明”，依类而查“其书自显”，无须在“每书之下必著说焉”，“于晦疑处则释之，无晦疑处则以类显”。他批评《崇文总目》“不应释”“亦强为之释”，是基于自己校雠学理论而做出的判断，可四库馆臣对其动机做了最卑污的猜测：“郑樵作《通志二十略》，务欲凌跨前人，而《艺文》一略，非目睹其书，则不能详究原委，自揣海滨寒畯，不能窥中秘之全，无以驾乎其上，遂恶其害己而去之，此宋人忌刻之故智，非出公心。”馆臣认为郑樵抨击《崇文总目》的解题，是出于“我自己没有便不允许别人有”的小人心理，馆臣们以阴暗的心理去揣度他人，虽言之凿凿却全无依据。张先生说“《崇文总目》之无序释，与郑氏不相涉”，则既能征于史实也合符情理：郑氏一介海滨布衣，他的言论根本不足以耸动视听，更不足以左右朝廷，而且后郑氏一百多年的马端临《文献通考》尚引证过《崇文总目》解题，可见直到宋末元初，这些解题并没有删除，后来删除这些解题与他全“不相涉”。从向、歆父子《别录》《七略》附叙录解题到班固《汉书·艺文志》“但记书名”，我国古代目录学书籍就一直并存这两种形式。目录学著作“但记书名”既不自郑樵而始，《崇文总目》叙录解题更不因郑樵而删——《讲疏》追溯了源流，也澄清了史实。
《四库提要·术数类叙》对术数兴起时间的论断同样错得离谱：“术数之兴，多在秦汉以后。要其旨不出乎阴阳五行，生克制化。实皆《易》之支派，傅以杂说耳。”《讲疏》对这一说法断然否定：“《汉书·艺文志》有《数术略》，凡分六家：曰天文、曰历谱、曰五行、曰蓍龟、曰杂占、曰形法。《四库总目》术数类，大抵近之也。阴阳五行之说，所起甚早，不得谓秦汉以后始有之……《汉志》论及古者数术之士，则谓‘春秋时，鲁有梓慎，郑有裨灶，晋有卜偃，宋有子韦；六国时，楚有甘公，魏有石申夫；汉有唐都’。则秦汉以前，已有以数术驰名周末者矣。即秦始皇所尊信之卢生、侯生，亦当时之方士也，以其行骗诈而久不能致奇药，大兴坑杀之狱，《史记·儒林传》称之为‘坑术士’，乃实录也。焉得谓术数之兴，多在秦汉以后乎？”张先生的考辨肯定更近于历史真实。甲骨文中大量卜辞标示了占卜活动的盛行，《左传》《国语》也记载了不少术士占卜盛况，国君、贵族、军事家直至一般老百姓几乎都对占卜感兴趣。祈雨、征战乃至日常婚嫁，人们都离不开卜筮术数。从《荀子·天论》对人们迷信占卜术数的批评中，就不难从反面猜想到当时人们对此沉迷的程度：“卜筮然后决大事，非以为得求也，以文之也。故君子以为文，而百姓以为神。以为文则吉，以为神则凶。”可是像荀子这样明白事理的天才毕竟极少，对卜筮信以为神的人无疑占大多数。上古术数活动如此频繁，饱读诗书的四库馆臣竟然将“术数之兴”的时间定在“秦汉以后”，着实令人费解。
正如余嘉锡先生所说的那样，《四库提要》看似“援据纷纶，似极赅博”，可“按其出处”就会发现经、史、子、集的提要多取之于《经义考》《经籍考》《文献通考》有限的几部著作。再细查其《四库提要》的总叙和小叙，其议论也常常间接参考或直接借用《汉书·艺文志》《隋书·经籍志》的观点，而不是四库馆臣的新知独创，所以常和《汉书·艺文志》《隋书·经籍志》一起出错。《四库提要》中具体典籍提要的错误，余嘉锡先生多有辨证，而提要中总叙、小叙的错误，则多由张舜徽先生纠谬。我们再看看《讲疏》对《四库提要》有关“别集”和“总集”渊源的辨证。《四库提要·别集类叙》断言：“集始于东汉。荀况诸集，后人追题也。”《讲疏》指出这一错误判断来于《隋书·经籍志》：
《隋书·经籍志》云：“别集之名，盖汉东京之所创也。”《四库叙文》承用其说，而其实非也。《汉志》之《诗赋略》，即后世之集部也。观其叙次诸家之作，每云某某赋若干篇，各取其传世之文，家各成编，斯即别集之权舆。如云“《屈赋》二十五篇”，即《屈原集》也；“《宋玉赋》十六篇”，即《宋玉集》也；“《司马相如赋》二十九篇”，即《司马相如集》也……循是以推，则《诗赋略》所收五种百六家之文，大半皆别集也。是刘向父子校书秘阁时，即已裒集多家之文，依人编定，使可别行。当时无集之名，而有集之实。集之创始，必溯源于此，不得谓至东汉而后有此体制也。特后人一一追题，纷加集名耳。
“别集”源头始于西汉而非东汉，《汉书·艺文志》中《诗赋略》所收录某某赋若干篇，其实就是某某人作品的别集，只是没有冠以“集”名罢了。四库《总集类叙》对“总集”源头的论定同样是沿袭《隋书·经籍志》，《隋书·经籍志》“以挚虞《流别》为始”，四库馆臣也将挚虞编的《文章流别集》作为“总集”的滥觞，《讲疏》则认为“总集”实际上始于刘向裒集的《楚辞》：“《楚辞》本刘向所辑录，至东汉王逸作注时，又益以己作《九思》与班固二叙为十七卷。自此疏释《楚辞》者，咸以王注为定本，故《四库叙》文云‘王逸所裒’也。《楚辞》本总集之始，《四库总目》仍探原于挚虞《流别》者，本《隋书·经籍志》之说耳。”张先生说即使不算上刘向编的《楚辞》，挚虞编的《文章流别集》也不是最早的总集，早在挚虞之前就有曹丕编辑过建安作家总集：“考魏文帝雅重文学，自为太子时……《与吴质书》有曰：‘昔年疾疫，亲故多离其灾。徐、陈、应、刘，一时俱逝，痛可言邪？……顷撰其遗文，都为一集。’……所谓‘顷撰其遗文，都为一集’，即总集之体例，远在挚虞《流别集》之前矣。”总之，《别集类叙》和《总集类叙》都没有尽到文献学“考镜源流”的本分，未能追溯到“别集”“总集”最早的源头。《类书类叙》也附和《隋书·经籍志》，将《皇览》定为类书的开端，《讲疏》则认为：“类书之兴，当溯源于《尔雅》。其书十九篇，有解说字义者，《释诂》《释言》《释训》是也；有专明亲属者，《释亲》是也；有记房屋器用者，《释宫》《释器》《释乐》是也；有纪自然现象者，《释天》《释地》《释丘》《释山》《释水》是也；有录生物品名者，《释草》《释木》《释虫》《释鱼》《释鸟》《释兽》《释畜》是也。分类登载，有条不紊，此非类书而何？特由帝王分命臣工依类纂录以成一书者，自魏文帝时编《皇览》始耳。”张先生在《广校雠略》中也有近似的议论：“《尔雅》首三篇专释故训，自《释亲》以下十六篇则备详六亲九族之礼，多识鸟兽草木之名，远而天地山川，近而宫室器用，庶物毕载，人事悉显，总括万殊，而皆以类相从，因物为号，盖类书之始也。”《尔雅》在《四库全书总目》中入经类，古代儒生将它视为经书，现代学者把它当作语言学著作，而张先生独排众议将它作为类书的鼻祖，非深明学术精微和群言得失不能做出如此论断。《尔雅》将各种名物分门别类，后来的类书差不多都是依这一形式纂辑而成，从这一意义上说，《尔雅》的确开古代类书的先河。当然，考镜学术源流不只需要学术眼光，还需要学术勇气和胆略，否则在当时谁能把经书说成类书？