郑樵把“会通”“博雅”作为文献学的价值目标和学术的最高境界，同时又将守“专门之书”和存“专门之学”作为文献“类例”的学术旨归，这二者看似相互矛盾，其实它们相反而实相成。郑樵在《通志总序》中说：“当迁之时，挟书之律初除，得书之路未广，亘三千年之史籍，而局蹐于七八种书，所可为迁恨者，博不足也。”没有各科“专门之学”又怎么能够“会通”？没有各科“专门之书”学者如何能“博雅”？“会通”就是对各种专门知识的融会贯通，要是没有各种专门知识，“会通”就无从谈起，所以，“专门之书”与“专门之学”是“博雅”与“会通”的必要条件。
他敏锐地发现类书与类学密不可分：“学之不专者，为书之不明也。书之不明者，为类例之不分也。有专门之书则有专门之学，有专门之学则有世守之能。人守其学，学守其书，书守其类，人有存没而学不息，世有变故而书不亡。以今之书校古之书，百无一存，其故何哉？士卒之亡者，由部伍之法不明也。书籍之亡者，由类例之法不分也。类例分则百家九流各有条理，虽亡而不能亡也。巫医之学亦经存没而学不息，释、老之书亦经变故而书常存。观汉之《易》书甚多，今不传，惟卜筮之《易》传。法家之书亦多，今不传，惟释、老之书传。彼异端之学能全其书者，专之谓矣。”“类例不分”将导致“书之不明”，“书之不明”又将使“学之不专”，只有书分其类才能学守专门，“类例”是存“专门之学”的关键，而存“专门之学”则是类例的学术旨归。之所以“有专门之书则有专门之学”，是由于各种专门学术探究的是各种专科知识，而各种“专门之书”的分类是以各种专门知识的分类为前提的。这里还得梳理一下郑樵“专门之学”的特定内涵。
“古人最重家学”，这一传统的渊源可以追溯到汉代经学。汉代经师常常专通一经以教授弟子，治韩诗的不掺杂齐、鲁，传古文的不旁通今文，经师传其学，弟子受其业，弟子代代相传而不悖师说，这样就逐渐形成了某家某派的学术。人们把某家某派的学术传统称为“家学”或“家法”，这种家学或家法就是“专门之学”。显然，古人“专门之学”的内涵不同于现代知识分类的“专门之学”，后者是指各种专门的学科知识或学问，它有其特定的研究对象和研究方法。古人所谓“专门之学”往往在各家各派的研究对象上相互重叠，如治《诗经》的分齐诗、鲁诗、韩诗、毛诗等四家之学，治《易经》今文分施雠、孟喜、梁丘贺、京房四家之学，这些不同“家学”研究的对象完全相同，差异只在于对同一对象的解释方法和研究结论不同而已。古代的这种“家学”或“专门之学”，总是随着某家某派大师的崛起而兴盛，又随着大师的过世而消亡，相关的典籍也随着学派的消亡而散佚。古代大部分“家学”的典籍百不一存，这非常不利于学术的进展和知识的积累。西方近现代的“专门之学”，如物理、数学、化学、心理学、经济学等，由于有固定的研究对象，所以后代学者可以站在前代学者的肩膀上，后人比前人对同一研究对象会有更大的突破和创新，真正做到了“人有存没而学不息”。
郑樵在知识类型上崇尚“可行于世”的“实学”，鄙薄“不务行而务说”的“空言”，其“专门之学”的内涵也与传统的同一概念有别。他的“专门之学”虽包括了前人所说的“家学”，但主要是指现代所说的专科学问知识。如他说“《易》本一类也，以数不可合于图，图不可合于音，谶纬不可合于传注，故分为十六种”。“《春秋》虽一类而有五家，以啖、赵杂于《公》《穀》可乎？”《春秋》一类“五家”是指传《春秋》的《左氏》《公羊》《穀梁》《邹氏》《夹氏》，啖、赵指唐代治《春秋》的学者啖助、赵匡。这里的“五家”“啖、赵”的“专门之学”即“家学”，还是以学人归类而不是以学科归类，也就是在“类人”而不是在“类学”。他“专门之学”内涵中最重要的一面是指今天所说的专门学问和专科知识，这才是他“专门之学”中的亮点。他《艺文略》中的十二大类，除“经类”“诸子类”“类书类”有丛书性质外，其他九类都基本上以学科分类，也就是说十二大类中有九种是今天所谓一级学科。如“礼类”近于今天的法学、“乐类”即音乐学、“小学类”即语言学、“史类”即历史学等等，它们都是某一专门知识的大类。
从他关于类例原则的论述中也可以看出其“专门之学”的内涵：“观图谱者可以知图谱之所始，观名数者可以知名数之相承。谶纬之学盛于东都，音韵之书传于江左，传注起于汉、魏，义疏成于隋、唐，睹其书可以知其学之源流。或旧无其书而有其学者，是为新出之学，非古道也。”他主张通过“类例”来辨章学术源流，以图书的分类并按时代先后编目，就能明了各科学术的渊源和流变，如旧有其书而现无其学，就知道某一古学业已消亡，如旧无其书而现有其学，就知道某一新学术已经产生。此处的“图谱”“名数”“谶纬”“音韵”等“专门之学”都不是“家学”，而是指某一门类的专门学问知识。
因为类例的旨归是“守专门之书”以“存专门之学”，而“专门之学”又主要指专门学问和专科知识，所以他的类例原则强调知识的分类与学术的分科，并指出古人编书只知“类人”不知“类书”：“古之编书，以人类书，何尝以书类人哉。”“以人类书”的分类标准是不同的学人，“以书类人”的分类标准是不同的知识或学科。“以人类书”就会“人以群分”，最终形成不同的“家学”或学派；“以书类人”就会“物以类聚”，最终形成不同的知识类型和不同的学科。“以书类人”必须对各个学科和各门知识的特性有深刻的理解，需要更高的归纳和抽象能力。既然“类例”原则贵在“专门”，那么类分得越细，知识就越“专”，学术贵在“专门”，类例贵在“细分”。《艺文略》实践了他的类例“细分”原则，这一点早为古今文献学家所认可和称道，余嘉锡在《目录学发微》中说：“考之樵之《艺文略》，虽不免牴牾讹谬，而其每类之中，所分子目，剖析流别，至为纤悉，实秩然有条理。”“细分”要求文献学家对各种知识的异同有更精细的体会，“胸中元无伦类”者对学科和知识“冗杂不明”，就根本没有办法进行典籍的“细分”：“凡编书惟细分难，非用心精微，则不能也。”可见，要想经由类例而“存专门之学”，文献学家必须具备极高的素养和极广的学识。现代著名文献学家姚名达在《中国目录学史》中，对郑樵的学识与胆量就赞叹有加：“莆田郑樵撰《通志》，其《艺文略》尽列古今目录所收之书于一篇，分为十二类，一百五十五小类……对于四部四十类成法，彻底破坏；对于小类节目之分析，不惮苛细，其胆量之巨，识见之宏，实旷古一人。”