2005年财政部对华源巡检的时候，已经发现了华源造假的证据，考虑到央企的面子，没有及时披露。
2006年3月，财政部上海专员办以组织名义在2006年第3期《财政监察》发表一篇《巨额造假粉饰太平——某上市公司会计造假手法面面观》，这篇文章虽然没有点名说是华源制药，但是说了很多造假细节和数据。
3月28日，以财务侦探自居的申草看到这篇文章，通过数据分析得出就是华源制药，很快申草把这个发现提供给《第一财经》的一名记者。
3月31日，《第一财经》发表《财政部上海专员办撰文华源制药被疑有巨额造假》。文章指出：
2001~2004年期间，该公司通过会计造假，虚增收入人民币2.57亿元，虚增利润人民币1.57亿元。造假手法之多、违规金额之大、持续时间之长、涉及面之广，令人触目惊心。
该文立即被各大媒体转载，华源制药当天也跳空开盘，下午被紧急停牌，随后上交所、上海证监局介入调查。
华源制药十大财务造假手法也立即被公布于众：
1.通过空壳公司，设立账外账户
2.通过虚挂往来账户，转移资金虚增利润
3.通过签订虚假协议，形成账外资金，虚增利润
4.通过虚假债权交易，消化不良、不实资产
5.通过虚缴土地出让金、虚增无形资产
6.通过对开增值税发票，虚增销售收入
7.通过虚拟客户，虚增销售收入
8.通过账外资金和债权换股权，虚增成本费用
9.通过账外账资金和虚挂往来账户，虚计其他业务收入
10.通过账外账户，提款报销费用
有趣的是，在早期的新闻战中，丰原出于攻击对方的把柄，给华源扣了一个财务造假的帽子，不想歪打正着，原来还真造假。
4月10日，华源制药发布公告，被迫承认了造假行为：
公司结合2005年年度审计进行了自查，发现公司确实存在财务数据失真、会计处理不当、收入不实、虚增利润等问题。如果按照自查结果进行财务数据追溯调整，公司2001年、2002年、2004年净利润应为负值，2003年净利润将调减为3000万元左右。
预计公司2005年度业绩将出现重大亏损。由此，2005年年报披露后，公司将可能成为*ST公司，敬请广大投资者注意投资风险。
果然，5月9日起华源制药恢复交易，证券简称变更为“*ST华药”。估计怕这个华字前面加ST影响不好，5月17日，简称又变更为“*ST源药”。
自古以来，墙倒众人推，华源现在属于被收购方，原有高管的政治平台瞬间下降了，而对于华润来说，这是历史造假问题，我凭什么帮你捂着，当然希望把你的脏水泼出去。于是在没有政治保护的背景下，证监会决定一查到底。
9月4日，华源制药发表公告：
2006年8月31日接到证监会立案调查通知书［2006证监立通字010号］，因“涉嫌违反证券法规”，证监会上海稽查局将对本公司立案调查。
既然华源制药如此大规模的造假，那其他华源系就一定干净吗？
同日，华源发展也被拖下水，发布同样的公告，被立案调查。12月14日，华源股份加入到被审判席，和兄弟们一起接受审判。
屋漏偏逢连夜雨，船迟又遇打头风。
此时的华源真是霉运当道，如果说财务造假是纸包不住火，难逃一劫，可突然而来的欣弗事件，恰恰印证了祸不单行的名言。
“欣弗”是华源股份旗下的安徽华源生物药业有限公司（简称安徽华源）产品，医学名字叫克林霉素磷酸酯葡萄糖注射液。
7月27日，青海省首先向卫生部门报告了“欣弗”不良事件病例。就在当天，远在东北的黑龙江哈尔滨，三天前因患感冒而在家中静脉点滴注射了“欣弗”的6岁女童刘思辰不幸死亡。
8月3日，卫生部连夜发出紧急通知，要求全国各地停用安徽华源生产的“欣弗”。当日，安徽华源全面停产，近两千多名员工停工回家。
“欣弗”是继“齐二药假药案”后，又一个被卫生部叫停的药物。随后，各地开始拉网式紧急追查安徽华源2006年6月1日以后生产的“欣弗”注射液，斩断它的传播链。
8月15日，国家药监局在新闻发布会上通报，安徽华源2006年6月至7月生产的“欣弗”未按批准的工艺参数灭菌，降低灭菌温度，缩短灭菌时间，增加灭菌柜装载量，影响了灭菌效果。
安徽华源为什么要违反规定呢？
原来6月份是“欣弗”的销售旺季，安徽华源在生产过程中擅自加大了消毒容量，把原来每次只能消毒5层产品的规范程序，扩大为7层。显然这样做是可以扩大产量，但也降低了产品质量，成为不幸的根源。
10月16日，安徽省政府召开新闻发布会，公布对“欣弗”不良事件有关责任人作出处理决定，其中安徽华源总经理裘祖贻等五人给予撤职处分，其他相关人员受到严肃处理。
安徽华源惨遭灭顶之灾，财务压力主要来自两块，一块是超过7000万元的银行借债，另一块则是一笔8400万元的企业集资款。
欣弗事件后，银行为了规避风险，纷纷采取措施，增加担保抵押物，压缩贷款。同时，因为大量应收款不能收回、存货形成了损失。
产品召回损失、患者赔偿、行政罚款及其他相关费用至少在3500万元以上，停产期间职工生活费、贷款利息等每月需要300万元以上。输液车间的技术改造、认证，需要1700万元，如公司全面恢复生产，流动资金还需3000万元。几笔大账算下来，就算银行和债权人不逼债，资金缺口也高达9000多万元。
更麻烦的是赔偿费用，到10月底，关于欣弗造成的伤害，国家药监局认定的大约为百例左右，而来企业要求赔偿的，10月20日已经有432例，其中报名登记的死亡11例。
华源负责善后工作的人士说：“有些患者根本与欣弗无关，有的也只是仅凭一些主观症状就认定是欣弗造成的，有些心脏病、白血病人也都提出是欣弗造成的。谁来甄别这些案例，谁来认定这些案例究竟和欣弗有没有直接联系？我们希望，至少要证明与我们药品有关。”
华源的说法是有道理，但是不具备可操作性，欣弗案件主要出现在农村，想想一般的农民感冒吊水，谁能记得要什么单据呢？
面对这样的问题，政府只能采取一刀切，只要来登记，肯定要由华源负责处理，不排除中间有不少冒领的。
通常一个私人门诊吊水出现偏差，第一反应是赖皮，而在这期间赖到华源的头上是最佳选择，所以华源被冤枉是必然的。
10月31日晚上，裘祖贻在家中上吊自杀。
3个月前，他受人敬重，是一位历时六年，将濒临倒闭企业扭亏为盈的英雄企业家。此刻他给在房间的桌上，分别留给单位同事、妻子、儿子及小孙女的4封遗书。在给单位同事的遗书中，裘表示“欣弗”事件令他感到巨大的压力，“银行贷款、停产整顿、善后理赔、应付款，尤其是8400万企业集资款，我急啊！……请同事们帮我安排，我随欣弗而去。”
“看不到解决这件事情的希望。”这是裘祖贻在遗嘱中一句绝望的表述。
点评：财务造假和欣弗事件给华源集团致命一击，一方面它使华源集团危机进一步加重，另一方面也动摇了华润重组的决心。