2003年4月6日，国务院国资委正式挂牌成立，成立之初，国资委直接管理的中央企业为198家，华源集团位列其中。
国资委成立时，当时的中央企业经营效率低下，负担沉重，中央企业下属企业过多，管理链条过长，主业不突出……
为了加强对中央企业的监管，国资委先后出台了《企业国有资产监督管理暂行条例》等11项法规。
2003年7月10日，国资委主任李荣融在中央大企业工作会议，对央企领导说：“给你们三年时间，要做到各自所在行业的前三名，做不到的，你就自己找婆家，你找不到的话，我给你找。”
李荣融说：“作为大老板，我不会同时在一个产业投好几个企业，让我自己的企业在一个行业里互相斗。”
数一数二是杰克·韦尔奇的战略法宝，韦尔奇出任通用电气公司CEO后，进行了业务重组，缩减多元化、回归专业化，争取在要做的领域中成为行业第一。这个原理很简单，就市场竞争而言，一个行业中的前三名为第一梯队，而第三名以后的企业在竞争能力、话语权等方面与第一梯队差距明显拉大。其次，就消费者而言，人的头脑只能记住某一行业的前三个品牌。
国资委整合央企思路：对主业突出、经营规模大的企业，作为该领域资源整合的主体，推进兼并联合；对主业较为清晰、规模较大的企业，业务相近的要进行联合重组或进入特大型企业集团；对其他大量的中小企业，要通过多种途径放开搞活，在市场竞争中优胜劣汰。最终中央企业将保留80~100家。
按照这样的思路，一大批中央企业进行重组，中谷粮油集团公司并入中粮集团、中讯邮电咨询设计院并入中国联通……
到2004年12月1日，中央企业总数调整为181家，减少了17家。到2010年8月5日，中央企业总数调整为123家。
国资委的监管加强给华源集团带来了较大的外部压力，如果做不好就面临被淘汰出局，另一方面华源对外大规模的扩展，存在较大的资金压力，发展虽然很快，但是各项经济指标不容乐观，需要对收购后的产业进行整合。
2003年7月19日，在华源集团的经济工作会议上，周玉成向华源的现状“开炮”了。他向各级管理层疾呼：“目前华源正处在一个重要的战略转折时期，这个时期的到来，是以国务院国资委成立为标志，以突出主业为抓手。请各位用聚焦的理论，用壮士断臂的勇气和毅力，来解决我们的主业集中、企业集中、品牌集中问题。”
2003年11月3日，在华源集团的党委扩大会上，周玉成对华源历程作了一番鼓舞性的总结后，话锋一转，对华源财务状况作了几点相当冷静的揭示：
一是资产负债率过高，现金流动负债比率过低，偿债风险有所加大。
二是应收账款周转率与行业优秀水平差距较大，资产运营效率不高。
三是相对于资产和销售规模增长较快而言，集团的盈利能力比较弱。
四是从净资产收益率历年走势看，呈现逐步盘整走低的趋势。
五是从净利润增长率历年走势看，起伏波动较大，说明抗市场风险能力不强。
六是从总资产、股东权益增长率走势看，股东权益并没有随资产规模扩张同幅度增长。
集团总体经济运行质量在中央大企业中处于中等或个别指标略好一点的水平上，尽管集团工业经济效益综合指数和资本保值增值率均达到了国家标准值要求，但仍低于2002年所统计的185家中央企业的平均水平。
2004年2月20日，华源集团总裁周郑生在《华源集团经济工作报告》明确提出：
今年的经济工作，重点突出和强调“利润倍增”这个主题。
围绕“利润倍增”，实行目标集聚战略，着力提高集团所持优势企业的股权比例，有计划地退出非核心业务；
围绕“利润倍增”，实行成本领先战略，大幅降低经营成本；
围绕“利润倍增”，切实解决如何降低应收账款和库存的问题，控制负债的不合理增长。
周玉成董事长重点推荐了由美国人鲍勃·菲费尔着的《利润倍增》这本书，请大家认真研读，真正领悟书中介绍的78个使利润倍增的方法。
2004年10月，华源拿下北药集团后，继续对外扩张。11月，华源借手上药集团，开始策划重组鲁抗集团，上药集团预计用不超过10亿元的资金取得鲁抗集团60%的股份。鲁抗集团是国内四大抗生素企业之一，旗下控股鲁抗医药（股票代码：600789），2003年集团总资产为37亿元，华源一方面继续对外扩张，做大规模，另一方面开始强调利润倍增，苦练内功。但是自有资金不足，严重影响华源集团的发展。
面对2004年开始的宏观调控，华源集团的资金链很紧张。华源想增资扩股，但是华源的身份特殊，是杂牌军，国资委本身只有9.136%的股权，又是只有管理权，并不掌握国资经营预算权。因此，华源寻找中央增资的难度很大。
为此，华源决定另辟新径，寻找上海市国资委的帮助。对于上海市四大核心集团之一华源的请求，上海国资委决定出手支援。
2005年2月22日，上海市国资委就向国务院国资委递交了《关于华源集团、上药集团和中西医药业重组方案汇报稿》。
上海市提出了一个分三步的操作方案：
第一步是划转上药集团的股权。华谊集团、工投集团各划转上药集团20%给上海市国资委，上海市国资委持有上药集团40%股权。
第二步是上海市国资委将所持上药集团30%股权注入华源，另外10%的股权则由上海市国有资产经营有限公司和上海大盛资产有限公司对半持有。这样，上药集团的股权结构就变为：华源集团70%、华谊集团10%、工投集团10%、国资公司5%、大盛公司5%。
第三步是中西药业重组方案的实施。上海市国资委持有的中西药业26.41％股权将被划到上海医药，即相当于上海国资委向中西药业注入3亿元资产，并解除代为偿付的债权1亿元。
重组前华源集团股权结构为：注册总资本90669.6万元，由21家股东单位出资，国务院国资委9516.75万元，占实收资本9.14%，为第一大股东；上海市地方国有企业共占实收资本28%，其他股东62.86%。
重组后华源集团股权演变为：上海市国资委36.09％，上海银行、上海云峰、上海纺织总公司等5家企业占17.89%，上海方面合计占53.98%，国务院国资委持有华源股权减为6.3%。
方案里还提出，上海市国资委虽然是华源集团的第一大股东，但华源集团仍列入中央国资委下属企业。
此前，央企调整主要是两种形式：合并重组和央企托管。华源这次提出中央企业跟地方国企换股，走出了央企重组的第三条道路。
重组方案的实质是：上海市国资委以上药集团的股权对华源集团增资，一方面增大华源的注册资本，另一方面便于华源进一步掌控上药集团，实现海外上市。
华源集团在香港收购创富生物，就是要实现集团医药产业的上市，其中上药集团具有较大的优良资产，实现上药集团整体上市，是周玉成的宿愿。但是华源集团只持有上药40%股权，上药进一步融资将稀释华源持股比例，不利于华源对上药的管控。这也是华源海外上市一直处于停滞的原因。
重组后，上海市国资委将把华源集团生物医药等核心资产向上药集团集中，分三步实现海外上市：
第一步，向境外投资者私募。
第二步，根据海外上市要求，将上海医药与华源生命进行有效整合，达到优势互补、壮大实力、提高溢价等多重目的。
第三步，整合后以国际医药控股名义海外上市。
重组方案认为，此举将使华源成为上海打造国际级企业成功的典范。“预计到2007年，按投资额计，华源将进入世界最大医药公司前20强。到2010年，国内销售收入达到1000~1200亿元。”
重组方案的目标是宏伟的，思路也是清晰的，但是涉及国家对中央企业战略发展问题：一种意见认为，医药领域是竞争性行业，可以放给地方，国资委把华源集团股权委托给下属一家投资公司持有，华源从中央企业转为上海市直属国有企业。另一种意见认为，中央企业有很多医药资源，与其让地方来整合医药产业，不如中央企业来做。
“少掉一家中央企业，都要上报国务院。”重组方案由于存在分歧，最终结果被否决。
点评：自有资金不足是企业快速发展中的一颗定时炸弹，对这个隐患，周玉成是清醒的，未雨绸缪，也尝试过利润倍增、增资扩股来化解风险。