在美国联邦政府对诺列加提出起诉之后，参谋长联席会议指示美国南方司令部司令小弗雷德里克·F·沃纳将军根据以下准则对现有的应急计划进行修改：保护美国人民的生命和财产安全；保持巴拿马运河的畅通；做好在和平或敌对环境中非战斗人员的撤离准备；制定一个辅助最终将取代诺列加政权的政府的计划。
此后便有了一系列新的计划——统称“精心迷宫行动”——这将由美国南方陆军司令部司令勒夫克少将以巴拿马特种部队指挥官的身份来实施。
这些计划要求在美国的巴拿马基地内大量集结部队。这些部队将起到威慑巴拿马国防军领导人的作用，促使他们推翻诺列加政权，如果不成功，就入侵巴拿马，消灭巴拿马国防军。
尽管沃纳将军提出的大规模军事行动的建议受到几次重挫，但他还是不喜欢有些人所推崇的突袭战略。突袭战略是在经过一段时间的部队集结后，由美国本土的部队与特种部队以及沃纳将军的部队一起，对诺列加及其巴拿马国防军发动一次快速、猛烈、有准备的攻击。
沃纳提议的方法最严重的缺点是：奏效太慢。它使那些坏家伙们有了喘息之机，得以东山再起。因此，如果在最初的攻击中没有抓住诺列加，他就可能逃进山里并组织游击战。生活在巴拿马的近30000名美国公民极易被扣做人质——或者更糟——更不要说可能的平民死伤和财产损失了。
1988年3月16日，巴拿马国防军的一个派系在国防军总部发动军事政变，结果遭到诺列加的无情镇压。此后，他开始清洗巴拿马国防军中那些他认为不可靠的人，宣布国家进入紧急状态，镇压异己，并通过严格的旅行限制、搜查及路障等方式加剧反美骚扰。
参谋长联席会议主席海军上将克罗看了沃纳的计划后，让他把“精心迷宫行动”计划分成4步，以便实施。沃纳将军的参谋人员把这些计划统称为“祈祷书计划”。第一个是“克朗代克密钥行动”，即组织非战斗人员撤离。全巴拿马的美国公民将被护送到巴拿马城和科隆的集结地以便撤回美国（在运河太平洋一侧的巴拿马城是该国的首都。科隆是通向加勒比海的门户）。
根据第二个行动，即“赛马开始时间行动”，驻巴拿马的第193步兵旅和从美本土及美国大西洋司令部调来部署于此的部队将负责保卫美国的公民和设施，保卫巴拿马运河。从美本土调来的部队包括陆军第7步兵师的一个旅、第5机械化师的一个机械化步兵营、海军陆战队第6远征旅以及一个航母战斗群。这些部队将构成实施“祈祷书计划”中另外2项行动——即“蓝勺行动”和“盲人逻辑行动”——的主体。
“蓝勺行动”要求发动联合进攻来击败并解散巴拿马国防军。已在巴拿马的大约12000人的部队将率先行动，并持续8天。在随后2星期，从美本土调来的大约10000名部队将加入进来。同时，一个航母战斗群将封锁通往古巴的航线和水路，并提供近地支持，而一个两栖特遣队将作为额外的地面部队。除了“赛马开始时间行动”列出的驻扎在美本土的部队外，南方司令部指挥官将从特种作战司令部调派一支特种部队来执行针对巴拿马国防军领导层、指挥和控制设施以及机场的行动。这支特种作战部队还将营救人质、进行侦察以及寻找并抓捕曼努埃尔·诺列加。
南方司令部司令不仅从总体上负责“蓝勺行动”，还将是战术协调指挥官。他和巴拿马特种部队指挥官以及特种部队特遣队指挥官一起同时指挥各自的行动。
“蓝勺行动”的首轮进攻一结束，特种部队将按照“祈祷书计划”的第四步，即“盲人逻辑行动”，开展民事行动。民事阶段的任务将帮助重建公共安全和医疗机制，恢复政府的各项服务，随后将把控制权交给文官。
从长远来看，美国执行民事任务的部队将和一个新的巴拿马政府共同重建巴拿马国防军，使其效忠于文官政权和民主政府。
参谋长联席会议联合参谋部作战部长托马斯·W·凯利中将从一开始就和南方司令部有意见分歧。他不相信南方司令部有足够的指挥和控制能力来管理、调动及支援准备用于执行“蓝勺行动”的部队。一旦从美国本土增派的部队部署在那里，就要有一名军级指挥官来指挥控制整个行动。他认为第18空降军具有这样的参谋人员以及快速部署能力。
1988年夏，沃纳将军在他的参谋机构中又增加了13个人，还增加了几个特种作战计划人员，从而暂时解决了这一矛盾。在他看来，凭他的参谋们所具备的专业技能和对巴拿马及巴拿马国防军的了解，南方司令部足以成为“蓝勺行动”的作战总部，但他也意识到，如果巴拿马特种部队需要美国本土的增援部队，那么还是需要一个军部来负责整个行动。1988年7月5日，他向海军上将克罗提出在“蓝勺行动”的部队清单中增加一个军部。但沃纳内心却认为，行动开始前军部不要接手战术指挥和控制，只有当沃纳决定要部署“赛马开始时间行动”清单上的美国本土的部队时才让他们接手。
海军上将克罗于1988年10月19日批准了沃纳司令的要求，并指示美国陆军司令部指挥官小约瑟夫·T·帕拉斯特拉将军对部队清单做相应的修改。9天后，帕拉斯特拉授权当时的第18空降军指挥官约翰·福斯中将和南方司令部建立联络。
福斯知道在“蓝勺行动”开始之前他不会有行动的控制权，甚至行动开始后也不会有，所以他在开始的时候把计划权授予巴拿马特种部队总部，但在随后的1年里，他一直对巴拿马特种部队的作战计划进行监督。
与此同时，参谋长联席会议联合参谋部作战部长凯利仍然对此感到不满意，认为这种指挥机构臃肿而松散。1988年11月他约见了南方司令部和美国陆军司令部的作战部长来解决问题。他主张把军部作为一个完整的整体置于所有已部署的战斗部队之上，但他无法说服沃纳——即使南方司令部的作战部长马克·西斯内罗斯准将和凯利意见一致。海军上将克罗似乎也同意他的意见，但他没有否决南方司令部。