陈寅恪没有死去，只是被困在居处不得动弹，与家人共同承受着战争的灾难。在整个港岛大混乱、大失控的枪炮与硝烟之中，他需要尽快设法找到一条逃亡之路。但此时，香港与中国大陆之间，无论是陆地、海上还是空中，三位一体，所有的交通、书信、电传、票汇等一切全部断绝。香港大库的存粮全部被日军封存，以供军需。伴随而来的是学校停课、商店关门，粮荒四起，大街小巷散落着满地的垃圾和在寒风中蹿动飘舞的疲旧报纸。昔日港岛歌舞升平的繁荣景象，似乎在一夜之间全面崩溃，霎时笼罩在一片萧条破败之中，整个香港已成为一座坟墓式的孤城。在这种混乱危局中，要想在短时间内逃出孤岛，几无可能。无奈中的陈寅恪一家老小，只有伴随着这座孤城和孤城中几近绝望的人群，开始在日军的铁蹄下痛苦地呻吟。陈氏的弟子蒋天枢后来在记述这段“事辑”的按语中写道：“如非日本挑起太平洋战争，（陈寅恪）赴英伦之举或终能成行。先生离北平时，右眼视网膜已发现剥离现象，若得至英伦，眼疾当可医治痊复，不致终于失明。”走笔至此，蒋氏慨叹曰：“天欤，际遇之不幸欤？”
陷入港岛的陈寅恪确是遭到了天命与际遇双重的不幸。由于学校关门，粮库封锁，钱粮来源皆已断绝，只靠一点存粮维持一家人的生命。陈氏困坐家中，惶惶不可终日。为节省口粮，唐筼开始强行控制家人进食，孩子们吃到红薯根、皮，甚觉味美无穷。忽一日，日军又要征用陈寅恪家所租住楼房作为军营，勒令所有住户限期搬出。然而街上交通封闭，日军在路口架设铁丝网，动辄开枪杀人，常有过路者无故中弹倒地而亡。闻知将遭驱逐的消息，全楼人惊慌失措，皆感大祸临头又莫不知何应对。陈家女儿流求清楚地记得，“那天早晨母亲含着眼泪，拿一块淡色布，用毛笔写上家长及孩子的姓名，出生年月日及亲友住址，缝在4岁的小妹美延罩衫大襟上，怕万一被迫出走后失散，盼望有好心人把她收留。如此情景，不仅全家人眼眶湿润，连正要告辞返乡的保姆也哭了。”危难之中，陈寅恪决定不再顾及个人安危，豁出性命与日军一搏，遂毅然下楼与凶悍的日军交涉，终使对方同意延长时日，以留出居民搬迁的空隙。后因这支军队突然奉命开往新的战场，全楼才得以幸免。陈家那位原本有些牛气哄哄的房东对这位在日军面前大义凛然，且能用日语交涉的穷教授自此刮目相看，尊礼有加。
刚刚躲过被驱逐的厄运，夜幕沉沉中，忽又传来对面楼上爆出阵阵凄惨的哭叫声与厮打声，睡梦中的陈家惊恐而起，紧张地听着外面的动静，直到天将大亮哭叫声才渐渐平息。次日有邻居转告，说是昨夜前方楼上一家五个花姑娘遭到日本大兵的强奸污辱。此时陈家大女儿流求已上初中，母亲唐筼听罢打了个寒战，立即从身旁摸过剪刀，一把拉过流求，不由分说，“嘁里喀喳”发剪掉，又找出陈寅恪的旧衣让其穿上，女扮男装，以躲避可能的不测。恰在此时，又传来蔡元培夫人家中遭劫的消息，陈寅恪急忙跑去一看，蔡家钱物被洗劫一空，据说是当地一伙不法之徒趁乱所为。蔡夫人悲恸不已，几次昏死，陈寅恪欲助其难，但已是泥菩萨过河——自身不保，只好空言劝慰，以减轻对方精神苦痛。
在不能出门、无法逃亡，只有苦撑待变的日子里，陈寅恪强支病弱之躯，取一巾箱坊本《建炎以来系年要录》（十二卷）倚床抱持诵读。此为宋代史家李心传所撰，建炎是南宋高宗赵构的年号。自建炎以来，正是强邻压境，中国由统一走向分裂的时代。战与和、忠与奸、爱国与卖国、抗战与投降的矛盾贯穿着这一时期的进程。当读到汴京围困屈降诸卷，沦城之日，谣言与烽火同时流窜。陈氏取当日身历目睹之事与史实印证，不觉汗流浃背，有切腹之感受。在书的最后一卷，陈寅恪跋曰：“于万国兵戈饥寒疾病之中，以此书消日，遂匆匆读一过。昔日家藏殿本及学校所藏之本虽远胜此本之为讹脱，然当时读此书犹是太平之世，故不及今日读此之亲切有味也。”建炎以来志士仁人坚守民族气节的爱国事迹，激起了陈氏共鸣。未久，驻港日本宪兵首领得知陈寅恪乃世界闻名的学者，便祭出安抚、拉拢之道，欲令其为日本谋事。对此，令几个宪兵拉两袋当时在港岛已极其紧缺、而陈家又特别急需的大米以示恩赐。陈寅恪夫妇见状并得知来历，竭尽力气把已放于室内的米袋拽了出去，奉令行事的宪兵呜里哇啦地说着鬼话又一次搬回，陈氏夫妇再度拽出。如此往复多次，最后陈寅恪面带怒容用日语高声斥责宪兵，并告知宁肯一家饿死也不要这来历不明的大米，宪兵们见状，知强迫无用了，不再争持，将米袋拉了回去。
事情并未就此了结，春节过后，忽有一位自称陈寅恪旧日的学生来访，谓奉命请其到沦陷区广州或上海任教，并拨一笔巨款让陈老师筹建文化学院。陈寅恪听罢，愤而将对方赶出家门，并谓“你不是我的学生”。待静下心来一想，感到自己的处境越来越危险，说不定哪一天会被日伪汉奸强行利用，想要不与狼共舞，就必须想方设法逃离港岛。而这时，在重庆的朱家骅已拍发密电至澳门，委一国民党地下人员告知陈寅恪，谓某日将有人携款由澳门至香港某地等候接应，请陈寅恪设法与其人接头，并携家眷按计划出逃。但这位携款人由澳门赴香港五次接头，均因日军盘查甚严，未达到目的。陈寅恪眼见形势紧迫，知事不可为，遂产生了冒死突围的想法，经过一番筹划与化装打扮，陈氏携全家老小于1942年5月5日夜，乘一艘运粮的小商船，在夜幕掩护下悄悄逃离了坟墓般的孤岛，并在抵达澳门时得以与接应者谋面。对方奉朱家骅之命送来由中央研究院和中英庚款基金会共同拔发的款项一万九千元，另有部分逃亡的川资。饥寒交迫的陈寅恪得到这笔款子，如得天助，遂携家踏上了逃往内地的历程。先是由澳门乘船取道广州湾（即湛江），再由陆路乘车向内地进发，一路艰苦跋涉，于6月抵达广西桂林。
关于逃难经过与颠沛流离之苦，陈寅恪在1942年6月19日致傅斯年信中有一段泣泪滴血的叙述：“此次九死一生，携家返国，其艰苦不可一言尽也，可略述一二，便能推想，即有二个月之久未脱鞋睡觉，因日兵叩门索‘花姑娘’之故，又被兵迫迁四次；至于数月食不饱，已不食肉者，历数月之久，得一鸭蛋五人分食，视为奇珍。此犹物质上之痛苦也。至精神上之苦，则有汪伪之诱迫，陈璧君之凶恶，北平‘北京大学’之以伪币千元月薪来饵，倭督及汉奸以二十万军票（港币四十万），托办东亚文化会及审查教科书等，虽均已拒绝，而无旅费可以离港，甚为可忧，当时内地书问（信）断绝，沪及广州湾亦不能通汇，几陷入绝境。忽于四月底始得意外之助，借到数百港元，遂买舟至广州湾，但尚有必须偿还之债务，至以衣鞋抵值始能上船，上船行李皆须自携，弟与内子俱久患心脏病，三女皆幼小亦均不能持重物，其苦又可想见矣！”
同一日，陈寅恪在致朱家骅、叶企孙、王毅侯和傅斯年等四人的信中补充道：“弟于疾病劳顿九死一生之余，始于六月十八日携眷安抵桂林。”又说：“当时实已食粥不饱，卧床难起……其苦闷之情不言可知，至四月底忽奉骝公密电，如死复生感奋至极。”
脱离虎口，流亡到桂林后，陈寅恪的心情如同久霾的天空忽然晴朗，正如给好友刘永济的信中所言：“弟前居香港半年，每食不饱，后得接济，始扶病就道，一时脱离沦陷区域，获返故国，精神兴奋。”而当远在乐山武汉大学任教的其兄陈隆恪得知乃弟尚活在人间，且在港岛被困期间不食敌粟，设法摆脱倭督及汪伪汉奸的纠缠，携家安全脱险，庆幸之余又越加敬佩，即写《闻六弟携眷自香港脱险至桂林》诗一首作为纪念，内中有“辛苦识君来”“正气吞狂贼”两句，以示对这位富有民族气节的胞弟的称赞与嘉赏。
抵达桂林的陈寅恪一家，最初落脚于中央研究院物理研究所。1938年初，长沙临时大学与中研院史语所、社会科学研究所等机构撤离长沙迁往昆明时，物理所、地质所、心理学所等三个研究所也随之撤离。鉴于各方面原因，三个所抵达桂林后不再前行，索性在离桂林市40华里外的良丰镇郊外山脚下安营扎寨住了下来。陈寅恪一家到达桂林，根据朱家骅电示，中研院物理研究所所长丁西林专程派车把陈氏一家接到所内暂住。历尽千险万难，死里逃生的陈家，对这一历史性的会面，自是百感交集，怆然难忘。
按照陈寅恪女儿流求的说法，“父亲原打算继续上路赴四川李庄历史语言研究所”，而史语所的同仁也翘首以待，渴盼着大师的到来，为这座万里长江第一古镇增添新的活力与砝码。遗憾的是，陈寅恪夫妇身体状况均不允许继续前行，使这一计划随着岁月流逝而渐渐偏离了前行的轨道，终致大师的身影与李庄擦肩而过。
1942年8月1日，陈寅恪给傅斯年信中道出了自己不能继续前行的详情：“然二月之久，舟车劳顿，旅舍喧呼，俟到山中，稍获休息。岂知久劳之后，少息之余，忽觉疲倦不堪，旧病如心跳不眠之症，渐次复发。盖神经兴奋既已平静，大病又将到而尚未到矣，此时必须再长期休息，方可渐复健康。若短期内再旅行，重受舟车劳顿之苦（旅费亦将无所出，此姑不论），必到目的地，恐将一病不起矣！前上一书言，欲与中英庚款会商量，设一讲座于广西大学，即是此旨，想蒙谅解。”信中可见，身心俱疲的陈寅恪很有些打退堂鼓的意思，并极想在桂林这个山青水秀的古城小憩一阵，等身体复原后再作他图。
此前，陈寅恪已致信中英庚款负责人杭立武，商量设讲座事，已蒙同意，所聘薪金由中英庚款与广西大学合出，为两家合聘之局，每周开课三小时，只是“月薪则不多”。但虑及“半年或数月之内，弟个人及全家皆不能旅行，又不可无收入以维持日食，授课之时既少，可整理年来在港大讲授旧稿，借此暂为休息过渡之计，作渐次内迁之准备”。
陈氏对自己面临的窘境和日后打算说得极为清楚，但此信尚未发出，重庆方面的中央研究院总干事叶企孙，已命人于前一日将聘书匆匆发往桂林，请陈寅恪出任“中央研究院历史语言研究所专任研究员”。而这一切，正在李庄主持工作的史语所所长傅斯年却蒙在鼓里。当得知叶企孙竟瞒着锅台上了炕，置自己这位史语所掌门人于不顾，胆大妄为，擅自聘陈寅恪为“专职”之后，傅斯年怒火顿起，立即以笔当炮向叶企孙讨伐起来。
叶企孙，1898年生于上海一个知识分子家庭。据叶后来自述：“父亲是科举出身，研究古书的经史部分。”又说“吾从十几岁起，读了相当多的古书，例如曾读完诗经，礼记和左传。这些古书使吾有正统思想。1931年入清华学校，又学了一些欧美资产阶级思想。”
1918年，清华学校毕业后，叶企孙入美国芝加哥大学物理系就读。1920年获硕士学位，转赴哈佛大学研究院攻读实验物理，1923年获哲学博士学位，旋即旅游考察欧洲各国的著名大学，与国际一流大师交流。1924年回国，应东南大学之聘担任物理学副教授。1925年8月应清华大学之聘，担任物理学副教授，同时开始了理学方面的毕生创业。1929年出任清华大学理学院院长、校务委员会主席兼代理校长。抗战爆发后随校南迁，出任西南联合大学物理系教授、清华大学特种研究委员会主席、校务委员。
1940年，随着蔡元培在香港去世，朱家骅经过激烈角逐如愿以偿登上中央研究院代院长的宝座，傅斯年出任总干事，后傅氏体力渐渐不支，不得不重新考虑找人顶替此职。朱家骅与翁文灏、傅斯年反复商量权衡，决定请叶企孙出山。经过一番周折，叶企孙与梅贻琦终于答应了朱家骅的要求。1941年9月11日，梅贻琦致信叶企孙“足下之去中研院，在清华为一重大损失，在琦个人尤感怅怅，但为顾国内一重要学术机关之发展起见，不应自吝，乃不得不允君请假，暂就该院职务。”9月底，叶企孙离开昆明飞赴重庆，正式接替傅斯年出任中央研究院总干事职。傅则于同年12月初，携妻带子离开重庆，迁往李庄。
叶企孙与陈寅恪在北平清华园时期就来往密切，堪称挚友。卢沟桥事变前后，叶与陈曾就战争局势与南迁之事多有商谈，直到随校迁往长沙、昆明，二人仍保持深厚的友谊。当陈氏携家由港抵达桂林的消息报告到中央研究院总办事处，叶企孙遥望东南，以极大的热情和爱心关注着这位三百年才出一人的史学大师的命运。未等陈寅恪伏笔作书报告详情经过，叶以上海人特有的细腻与精明，开始为陈氏未来的生活打起了算盘。1942年6月9日，叶致书李庄的傅斯年，大意说：陈寅恪已到桂林，史语所是否有聘其为专任研究员的打算？月薪多少？又说：“薪似可从一月份支起，但从六月起实付寅恪，以前五月薪抵消旅费之一部分。以寅恪夫妇之身体论，住昆明及李庄均非所宜，最好办法，似为请彼专任所职，而允其在桂林工作，不知尊意如何？”
傅斯年接信看罢，心想这个叶企孙在杂事纷繁中还惦念着寅恪的工作和一家的生计，其心可感，其情可佳，实乃寅恪不幸之中的大幸。但有一点是傅斯年断然不能同意的，这便是专职与兼职之区别，他在随后复叶企孙信中说：陈寅恪来史语所任专职，则是傅氏本人及全所同仁渴望日久之事，但由于中央研究院和本所有严格的制度和服务规程，故陈寅恪不能常住在桂林而遥领本所专任研究员薪水，必须来李庄住在史语所租赁的房中办公，才可以拿专任之薪。如果陈果能来李庄，其薪金自应为六百元又临时加薪四十元。否则，不能为之。傅斯年再度搬出为梁思永治病，把史语所医务室弄得完全破产的尴尬之事以说明自己是个“于人情之可以通融者无不竭力”之人，而如今“寅恪兄自港返，弟主张本院应竭力努力，弟固以为应该，然于章制之有限制者，则丝毫不通融。盖凡事一有例外，即有援例者也”。此信写罢，傅斯年似觉仍有话没有解释清楚，又在信笺上端一空白处特地注明寅恪何以历来称为“专任研究员暂支兼任薪”之故云云。
叶企孙接信后，觉得傅斯年所言有理，于是在6月30日回信说“关于寅恪事，尊见甚是，请兄电彼征询其意见，徜彼决定在李庄工作，清华方面谅可容许其续假也。寅恪身体太弱，李庄昆明两地中究以何处为宜，应由彼自定。”
傅斯年接信，没有按叶企孙所言去做，理由是：“以前此已两函与之商榷此事，而电文又不能明也。然寅恪来信，未提及弟信，来信嘱弟托杭立武兄设法在广西大学为彼设一讲座云云。”
按傅斯年的意思，既然我两次写信问陈氏来不来李庄，何时来李庄，并把李庄的地域特点、风土人情都作了详细介绍，但陈氏回信除了说自己“正在著作，九月可完”外，“绝未谈及到李庄事”。这让傅斯年深感不解又有点窝火，心想你到底是来还是不来，总该有个说法，如此装聋作哑是何道理？在此种心情驱使下，索性把叶信扔到一边不再搭理。
7月下旬，中央研究院总办事处办事员刘次箫在致傅斯年的信中附一消息说：“叶先生函商院长聘陈寅恪先生为专任研究员，月薪六百元外加薪四十元，院长已批准照办。俟叶先生将起薪月日函复核，聘书即当寄贵所转寄桂林也。”
这一突然而至的消息，令傅斯年“甚为诧异”，心想自己并没有收到陈寅恪马上来李庄的信函，又没有变更此前的意见，“何以忽然有此？”尽管傅心中不甚痛快，但想到信中有“寄贵所转寄桂林”一语，稍感释然。按傅的打算，待聘书一到李庄，即将其压下，尔后再修书与叶企孙理论不迟。大出傅氏意料的是，7月31日又突然接到中研院办事处职员王毅侯信，告之曰：“发寅恪兄聘书已办好，企孙兄函嘱径寄桂林，免得转递之烦。并云一月至五月领薪由院保留作抵消旅费之一部，弟本日寄寅恪一函，征其同意（函稿另纸抄奉）。”又说：“自6月份起全部寄交先生应用”云云。
傅斯年看罢此信，如同平空挨了一记闷棍，当场把信摔在地下，大喊一声“他凭什么！”跳将起来，对叶企孙表示极大不满。8月6日，傅斯年向叶企孙发出了一阵连珠炮式的“声明”：
一、弟绝不承认领专任薪者可在所外工作。在寅恪未表示到李庄之前，遽发聘书，而6月份薪起，即由寅恪自用，无异许其在桂林住而领专任薪。此与兄复弟之信大相背谬。
二、自杏佛、在君以来，总干事未曾略过所长直接处理一所之事。所长不好，尽可免之；其意见不对，理当驳之。若商量不同意，最后自当以总干事之意见为正。但不可跳过直接处理。在寅恪未表示到李庄之前，固不应发专任聘书，即发亦不应直接寄去（以未得弟同意也），此乃违反本院十余年来一个良好Tradition之举也。
三、为弥补寅恪旅费，为寅恪之著作给奖（或日后有之，彼云即有著作寄来），院 方无法报销，以专任薪为名，弟可承认。在此以外，即为住桂林领专任薪，弟不能承认。此事幸寅恪为明白之人，否则无异使人为“作梗之人”。尊处如此办法，恐所长甚难做矣。弟近日深感力有不逮，为思永病费，已受同仁责言。今如再添一个破坏组织通则第十条之例，援例者起，何以应付。此弟至感惶恐者也。
如此言词激烈的战斗檄文作完后，傅斯年仍觉尚有千头万绪的复杂言语没有尽情说出，于是继续挥动大笔，以家长对孩子、老师对学生、长辈对晚生的口气教训、指导起来：
即令弟同意此事，手续上亦须先经过本所所务会议通过，本所提请总处核办。总处照章则办理。亦一长手续也。又及与此事有关院章各条文：
组织通则第十条，专任研究员及专任副研究员应常在研究所从事研究。
服务通则第二条，本院各处所及事务人员之服务均须遵守本通则之规定。
此外，间接有关者尚多，故领专任研究员薪而在所外工作，大悖院章也。
8月14日，傅斯年的激愤心情已趋平和，怕陈寅恪接到电报后产生误会，“此固以寅恪就广西大学之聘已解决，然或有得罪寅恪太太之可能”。于是又即刻修书一封，先是促其尽速迁川，“瞻念前途，广西似非我兄久居之地”，“若不早作决意，则将来更因难矣”。尔后对自己不满叶企孙发聘书之事，又向陈寅恪作了详细说明和解释：“此事在生人，或可以为系弟作梗。盖兄以本院薪住桂，原甚便也。但兄向为重视法规之人，企孙所提办法在本所之办不通，兄知之必详。本所诸君子皆自命为大贤，一有例外，即为常例矣。如思永大病一事，医费甚多，弟初亦料不到，舆论之不谓弟然也。此事兄必洞达此中情况。今此事以兄就广西大学之聘而过去，然此事原委就不可不说也。”
8月30日，陈寅恪复信傅斯年：“弟尚未得尊电之前，已接到总办事处寄来专任研究员聘书，即于两小时内冒暑下山，将其寄回。当时不知何故，亦不知叶企孙兄有此提议。（此事今日得尊函始知也，企孙只有一书致弟，言到重庆晤谈而已。）弟当时之意，虽欲暂留桂，而不愿在桂遥领专任之职。院章有专任驻所之规定，弟所素知，岂有故违之理？今日我辈尚不守法，何人更肯守法耶？此点正与兄同意也……以大局趋势、个人兴趣言之，迟早必须入蜀，惟恐在半年以后也。总之，平生学道，垂死无闻，而周妻何肉，世累尤重，致负并世亲朋之厚意，唏已。”
在信的附言中，陈寅恪补充道：“所中诸友乞均道念，如欲知弟近况者，即求以此函与之一阅也。中山、贵大、武大皆致聘书，而中央大学已辞了，而又送来并代为请假（怪极）。弟于此可见教书一行，今成末路，盖已不能为生，皆半年纷纷改行，致空位如此之多，从未见银行或税关之急急求人也。庾子山诗云：‘何处觅泉刀，求为洛阳贾。’此暮年之句也。”
陈氏不愧是傅斯年的莫逆之交，他已从傅信中解读出“本所诸君子皆自命为大贤”的个中况味，为了不致引起诸位“大贤”的误会，陈寅恪特以这种一切尽在不言中的方式，为傅斯年不动声色地予以解困。陈氏出身家业正值兴旺的名门望族，没有破落大户傅斯年那种自喻为“吾少也贱”的人生背景和复杂经历，有人云：“陈寅恪只是一位两耳不闻窗外事的书呆子式大师尔！”但通过此次对自己洁身自律，对世事的洞达明晰，以及为傅斯年巧妙解脱史语所同仁可能产生误会所献的移花接木之术，可见此言大谬。此举正应了吴宓当年赞誉陈寅恪之语：“不但学问渊博，且深悉中西政治、社会之内幕。”通观陈寅恪一生为人处世的态度和方式方法，不但不是埋头书斋的考据家或“书呆子”，而是一个洞察幽微知晓天下事理的卧龙式人物。
陈寅恪这边已得到安抚，重庆方面的叶企孙迫于压力，亦来信向傅斯年做了道歉式解释，但傅斯年仍不依不饶，复函中明确表示“为国家保存此一读书种子”，还是要聘请陈寅恪就任史语所职，并以长者或老子辈对待孙子的架式，指令叶企孙再给陈寅恪发一聘书，傅在信中亲自列出了聘书的文字格式：
“专任研究员暂适用兼任研究员之待遇”月薪一百元外暂加薪四十元注：此为十年相沿之公式（最初“为适用特约待遇”）。有换文，两方轮转，后来不转了。如改此式，恐须先在本所所务会议中一谈，弟觉此式似可不必改也。
叶企孙接到傅斯年的指令，甚感不快，回想自己在清华的地位与势力，曾几度出任代理校长，掌管清华一切事务，就连德高望重的梅贻琦也让着七分。而今身为中央研究院一人之下的总干事，居然连发个兼职人员聘书这种小事也要由“太上总干事”亲自授命，真是莫大的耻辱。想到此处，叶企孙脸呈紫红色，愤怒地当着总办事处工作人员的面大声说道：“傅斯年此人太过于high－handed（霸道）了！”遂把傅信弃之一边不再理会。尽管傅斯年“气魄大，要钱、花钱，都有本领”，且在别人看来“历来的总干事，都敬重他而又多怕他”（董作宾语）。但叶企孙却不吃这一套，他敬傅而不惧傅，心中有自己的主张。见傅斯年来势凶猛，大有不依不饶之势，于心灰意冷中理智地采取了敌进我退，惹不起躲得起的战略战术，萌生了挂起乌纱帽一走了之的打算。尽管在傅斯年的遥控、指挥、施压下，叶企孙最终还是给陈寅恪寄发了“兼任”的聘书，但从此不再过问此事，至于陈寅恪是走是留，是死是活，一切都与他无关了。
1943年1月16日，借梅贻琦赴重庆办理公务之机，叶企孙与之进行了密谈，二人商定叶可于夏秋离渝返昆，重操旧业。同年8月，叶企孙不顾朱家骅再三挽留，坚决辞去中央研究院总干事职，返昆任教。辞却的公开理由是叶“觉得长期脱离教书，不合适”，“当初离开昆明时，是向联大请的假，按当时规定不能超过两年”云云。但据叶的家人（侄女）说，其叔父在中研院的同事曾向她透露，最主要的一个原因则是“跟傅斯年合不来”。叶在中研院的助手何成钧（按：后为清华物理系教授，仍健在）证实了这一说法，并谓：“叶企孙有东南大学（后并为中央大学）、清华大学与美国学术机构的人脉背景，当时的中央研究院十几个研究所，人员大多都是这个系统的。叶人缘好，处事公道，很得这些所长与研究人员的欢心。而傅斯年是北大与欧洲系统的人物，这个系统在中研院的人数并不多，傅之所以能在此立脚，还有些作为，就是靠他性格中具有的山东响马与水泊梁山好汉们那股敢打硬冲的狠劲。但他那一套不是很受人欢迎，叶先生就曾亲自跟我讲过傅斯年太过于high－handed（霸道），不能跟他共事等话。据说傅斯年到了台湾也还是很high-handed，这是他本人性格决定的，是没办法改变的事。”叶辞职后，由物理学家李书华出任中研院总干事兼物理所所长，未久，李辞职，由物理学家萨本栋继任。
1943年夏，日军为歼灭国民党中央军主力，由湖北向常德进攻，战火逼近长沙，桂林吃紧。迫于形势，陈寅恪只好再度携家踏上艰难而漫长的逃亡之路，向四川境内进发。一路经宜山、金城江进入贵州境，再过独山到都匀。原本就有病的唐筼不幸又染上了痢疾，艰难支撑到贵阳后，病情更加严重，腹泻脓血，经月余调养，复重新上路。此时陈寅恪又身染沉疴，只得咬着牙关继续奔波，一家人沿川黔公路又经过一个多月的跋涉，总算于11月底到达重庆，住进了姻亲俞大维、陈新午夫妇家中。原清华研究院毕业生蒋天枢、蓝文徵当时正在重庆夏坝复旦大学任教，听说陈寅恪一家至渝，相约前往拜谒。陈氏夫妇皆重病在身，卧床不起，见弟子到来，强撑身体倚被而坐。蓝文徵来时在街上仅买到三罐奶粉，陈寅恪见后爱不释手，叹曰：“我就是缺乏这个，才会病成这个样子呵！”
由于李庄地处偏僻，缺医少药，生活艰苦异常，对患病在身，双目即将全部失明的陈寅恪而言，几乎无法生存。此前陈寅恪已接到燕京大学聘书，在同俞大维夫妇协商后，陈氏决定赴条件稍好的成都燕京大学任教。于是，在1943年岁暮，身体稍有好转的陈寅恪夫妇，携家离开重庆，乘汽车沿川渝公路赶赴成都。许多年后，据李济之子李光谟说：陈寅恪之女陈流求在给他的一封信中说，“寅恪先生全家由香港返回内地时，他原打算回到史语所工作（去李庄），后因得知李济两个爱女不幸夭折，说明当地医疗条件很差，陈先生担心自己和家人身体无法适应，乃应燕京大学之聘去了成都。”
陈寅恪原是奔李庄而来，最终却舍李庄而去。自此，一代史学大师失去了李庄，李庄失去了这位三百年才得一见的大师。而史语所同仁与陈寅恪之间的交往也如滚滚长江中游走的鱼，渐行渐远，直至冲出三峡汇入大海的那一刻分道扬镳，相忘于江湖。