战事连绵，人心惶惶，日军飞机对昆明轰炸越来越凶。在这世事纷乱的艰难环境中，无论是吴宓还是陈寅恪，跑过警报还要继续上课，吴宓仍开设外国文学；陈寅恪除了应付史语所历史组、西南联大、北大文科研究所等职责内的各项课业，还拖着病体，靠一只即将失明的眼睛，硬是完成了奠定其世界级学术大师地位的不朽名篇《隋唐制度渊源略论稿》的写作。
1939年春，陈寅恪被英国皇家学会授予研究员职称，并收到牛津大学汉学教授聘书，请其赴牛津主讲汉学。校方已安排好该校汉学家休斯副教授充任其副手——这是牛津大学创办三百余年来首次聘请一位中国学者为专职教授。面对如此荣光的礼聘，陈寅恪曾两度辞谢，后考虑夫人唐筼患严重的心脏病，不能抵昆团聚，同时借赴英机会可治疗眼疾，遂答应就聘。在得到西南联大主持校务的梅贻琦同意后，陈寅恪于这年6月下旬乘车由安南转往香港作赴英的准备。全欧汉学家闻陈氏将来，云集奥格司佛城，静坐以待。在重庆的史家、文学家陈衡哲得此消息，曾评论曰：“欧美任何汉学家，除伯希和、斯文赫定、沙畹等极少数人外，鲜有能听得懂寅恪先生之讲者。不过寅公接受牛津特别讲座之荣誉聘请，至少可以使今日欧美认识汉学有多么个深度，亦大有益于世界学术界也。”意想不到的是，抵港未久，欧洲战火聚起，地中海不能通航，何时能够起程，沓无可知。陈寅恪茫然四顾，一时不知如何是好，他于港岛写给傅斯年的信中说：“天意、人事、家愁、国难俱如此，真令人忧闷不任，不知兄何以教我。”此时的傅斯年亦无法可想，无奈中的陈寅恪只好于这年9月由香港重新返回昆明西南联大上课，继续等待可行的机会。对此遭际，陈氏有《己卯秋发香港重返昆明有作》一诗，藉见其悲感交集之心情：
暂归匆别意如何，三月昏昏似梦过。
残剩河山行旅倦，乱离骨肉病愁多。
狐狸狐搰摧亡国，鸡犬飞升送逝波。
人事已穷天更远，只余未死一悲歌。
1940年暑假，听说欧洲方面战况稍有好转，陈寅恪再返香港等候赴英之机。其理由如致傅斯年函中所言，“英国如能去，则弟必须去，因弟复牛津函言去，故必须践约也。”想不到这次又出了差错，刚到香港不久，忽得中国驻英大使郭复初发来电报，谓因时局关系，赴英之事需延期一年。心灰意冷的陈寅恪欲再次孤身一人返回西南联大，恰在此时，日军为切断广西与越南之间的国际交通线，出兵攻占南宁，陷落昆仑关，滇越交通中断，致使陈寅恪无法回昆，而夫人唐筼除心脏病外又患子宫病。陈氏走投无路，一面写信请傅斯年“如本所及联大有迁地之消息，乞速示知”，一面作携家眷迁川之打算，并通过许地山在香港大学暂时谋得一客座教授职位，以换取微薄的薪金维持生计。
1941年初，中央研究院史语所已迁往四川南溪李庄，傅斯年致信陈寅恪，告之消息，并云西南联大也即将迁川，其时已在四川叙永建分校，如在香港不能支撑，可携家眷由香港直接转赴四川李庄，专任史语所研究员兼历史组主任。但此时陈家已一贫如洗，根本无资迁川，处在两难中的陈氏在走与留问题上摇摆不定，“盖居港地，进退维谷”。1941年2月12日晚，几近陷入绝境的陈寅恪在答傅斯年信中道：
现除飞机外，尚有由广州湾至桂林一道勉强可通（亦需经过无穷苦难）。内人及小孩等不计其生死存亡，令其迁至广西居住，通计载运人身及搬运行李，据最近车船夫轿之价，约近四五千元国币，若此能设法筹出，或者于五六月，敞眷及弟全部可由港至广西，弟一人赴川而置家于广西，以免多费川资及免再跋涉之苦。但又不知彼时此道能通与否耳！总之，于今年暑假将届时，即五月间，能设法为弟借贷国币五千元或 英金百磅（与朱、杭诸公商之如何）以为移家至内地之费，则弟或不致愁忧而死，否则恐与兄无见之机矣！
又近六月来，内子与弟无日不病，只得轮班治疗服药，以二人不能同时治病也，因此病又时发，未能全恢复健康也。所幸近已努力作成《唐代政治史略》一部，约七八万言，又考证唐人小说二篇（《会真记》、《东城老父传》）约一二万言，现因无人誊抄故，尚未能一时写清寄上求教，约暑假前总可誊清也！
2月28日，陈寅恪再致函傅斯年，作为前封信的补充。
内迁既已决定，则广州湾亦有制限行李之事，衣被不能多带，故乘天气尚寒时，将皮袍棉袍尽量穿在身上带渝，以为过冬御寒及当作被盖之用。如有暇则赴李庄一看情形，以为迁后之准备。大约昆明地太高，心脏不能堪。如不能去李庄，叙永不知如何？
傅斯年接信后，想方设法为陈寅恪筹集川资，但来回奔波几圈，几无所获，最后不得不与西南联大的杨振声协商，先从北大文科研究所资助三千元以解燃眉之急。但款尚未寄至香港，通往桂林的路又被日军截断，任凭陈寅恪捶胸顿足，仰天大呼自己身家性命如此之苦，但苍天却板着面孔，未有半点怜悯之意，陈氏一家只有在水深火热中倍备煎熬。陈寅恪在给史语所助理研究员邓广铭并转呈傅斯年的信中道：“弟居港下半年，即六月以后便无办法，行止两难，进退维谷，颇如待决之死囚，故半年来白发又添无数茎矣！”同时明确表示：“弟一人至川，而将家眷由广州湾赴广西居住，因路短费省，且可略带行李（运费极昂）”。最后，陈寅恪特地嘱邓广铭说：
弟到李庄之可能甚多，便中乞告以地方情形，即何物最须带，何物不必带之类，以便有所预备也。
当陈寅恪在势如牢笼的港岛左冲右撞，总是突不出重围之时，震惊世界的珍珠港事件爆发了。
就在珍珠港事件爆发的同日上午8时30分，日军空袭香港并以第38师团数万人之兵力进攻港岛。13日，九龙半岛沦陷，25日港岛失守。英国守军仅经18天抵抗便告崩溃，香港总督杨慕琦打着白旗亲到九龙半岛酒店向日本派遣军司令酒井投降，15000名驻港英军被俘，整个港岛为日军占领。随后，日本在香港设立了大本营直辖的占领地总督，以陆军中将矶谷为“港督”，受日本“中国派遣军”总司令节制。
当日军偷袭珍珠港和继之空袭港岛之日，正是傅斯年从重庆赴李庄的第二天，而到后立即病倒。当傅氏在昏昏沉沉中得知战火已在太平洋燃起，第二次世界大战全面爆发的消息后，立即意识到被困在香港的陈寅恪一家性命堪忧，必须立即设法促其离港，于是强撑病体，接连拍发了三封加急电报。
（款）重庆杭立武兄：
务盼设法助陈寅恪兄来渝，电复宜宾转李庄。
斯年 灰三十年十二月十日重庆王毅侯兄：
祈电丁巽甫兄，设法助寅恪离港，先垫款，弟负责料理此事，并陈院长。再此间无存款，前说四千元，均为同仁垫借，乞速汇。
斯年 灰香港九龙太子道三六九号三楼陈寅恪：
已电杭及丁巽甫助兄，速飞渝。
斯年 灰就在傅斯年为陈寅恪一家命运焦虑不安，拖着病体设法营救之时。鉴于港岛已被日军团团围住且即将沦陷的危局，重庆国民政府火速派出飞机抵达香港，接应、抢运在战前滞留在香港的政府要员与著名文化教育界人士。12月18日，最后一架飞机——中航空中行宫号呼啸着降落香港启德机场，此时英港督杨慕琦已经通过广播公开宣布向日本投降，整个港岛事实上已在日军的控制之下，尚未来得及离港的中国政府要员和文化名人，已是大难临头，到了生死攸关的最后一刻。
按照国民政府教育部和中央研究院提议，“三百年仅此一人”的“教授的教授”、史学大师陈寅恪，当之无愧地被排在“抢运”之列。此前朱家骅已拍发密电通知陈寅恪，令其做好准备，携家乘机返国，万勿错过这最后一线生机。当陈寅恪于兵荒马乱中携家带口匆忙赶到机场时，却被无情地挡在了圈外。与陈寅恪一道被挡在圈外的还有国民党元老廖仲凯夫人何香凝、国民政府检察院副院长许崇智、著名文化人士郭沫若、茅盾，同时还有中央研究院故院长蔡元培的夫人等。阻挡者乃是蒋介石的“老二”、时任国民政府行政院副院长兼财政部长孔祥熙的夫人宋蔼龄、女儿、随从和豢养的一批保镖守卒。
当时素有“南天王”之称的国民党中央常委、一级陆军上将陈济棠与夫人莫秀英，已抢先一步登上飞机。然而，孔家的二小姐、时常装扮成半男不女模样的孔令俊巡视整个机舱后，发现她心爱的两只洋狗“雪儿”与“黄雄”蹲在舱内没有落座。孔二小姐走向前来，沉着脸对陈济棠喝道：“你们两个老东西是怎么上来的？”
陈济棠抬头一看孔令俊不男不女的狗熊样子和粗鲁无礼的举动，面带怒色地高声回道：“我是陈济棠！是蒋委员长请我上来的。你这浑小子，他妈的是谁家的崽？”
“噢，陈济棠，蒋委员长请你上来的，很好。只是我的狗还没有座位，我现在请你下去，把坐位让给我的狗狗。”孔二小姐面色冷峻，颇为气恼地说着，极度傲慢和挑衅性地瞥了一眼陈济棠。
陈济棠见对方如此无理，竟不把自己这位党国大员、一级陆军上将放在眼里，怒不可遏，忽地从座位上站起来，厉声喝道：“放你妈的狗屁！你是什么人，敢在老子面前撒野施横？”
“我是孔令俊，孔院长的二小姐！你想怎么着？”孔令俊摆出一副轻蔑、鄙视的神情应道。陈济棠闻听对方来自孔门，知道这就是传说中的活阎王——孔二小姐，遂强压怒火，摆出一副老前辈的架式，责怒道：“呵，原来你是庸之先生的女儿，我和庸之在北伐时就相识，还是好友，你做晚辈的，应该照顾我才是，不该如此无礼！”
陈济棠话音刚落，拥挤混乱的机舱传出一阵吵嚷声，孔二小姐意识到时间紧迫，遂不再与对方纠缠，索性从腰间“嗖！”地一下拔出手枪，点着陈济棠的额头喝道：“妈啦个巴子的，你少给我啰唆，像你这种反复无常的小人也配当我的前辈？快给我滚下去，否则让你尝尝花生米的滋味，滚！”
“他妈的，还真反天了，难道我陈济棠还不如你一只狗值钱？”陈济棠怒不可遏，欲作拼命状。
“你是个什么东西，怎么能跟我这只德国纯种的狗狗比，快滚，快滚，否则毙了你个球的！”孔二小姐晃动手枪，在陈济棠的额头上连点了三下，陈氏像公鸡吃食且被噎着一样，前仰后合，嗓子眼发出“呜呜”的声响，额头上突显青紫斑块。
面对眼前的一切，陈济棠夫人莫秀英早已吓得面无血色，瘫软在座位上动弹不得，陈的副官见孔二小姐如此凶妄，意识到此时的陈济棠显然不再是当年的“南天王”了。落地的凤凰不如鸡，好汉不吃眼前亏，再争执下去，陈氏的老命可能真的搭在这里了。想到此处，强按怒火，起身充当调解人，连劝加拉地把陈济棠夫妇弄下了飞机，孔二小姐的两只德国纯种洋狗冲主人汪汪地欢叫着跳上空出来的座位。
正当失势的陈济棠灰头土脸地被赶下飞机之时，又一个人斜着身子从舷梯上拱了进来。孔二小姐一见，挥动手枪大声喊道：“机舱已满，不能再上，快给我滚下去！”
“孔二小姐，我是大公报的胡政之，我们认识的，是布雷先生来电让我坐这架飞机的，我有要事，必须赶回重庆。”来人嘟嘟囔囔地说着，侧身挤进机舱，接着后面又跟进两个西装打扮的人。
“什么狗屁要事不要事，有要事就让他们派专机来接，都给我滚下去！”孔二小姐怒吼着，身边几个保镖蜂拥而上，将胡政之等几人连推加踹，“呼呼隆隆”地轰下了飞机舷梯。一代重量级军阀陈济棠与中国新闻界呼风唤雨的《大公报》总经理胡政之在地下大骂不止，其他几十位党国大员、文化名流，面对如此骄悍的孔家主奴，更是无力登上飞机舷梯。所有的人只能两眼冒火，情绪激昂，高声疾呼“国法何在，党纪何在，公道何在，天理何在”等口号以示抗议。
此时，从天空落下的炸弹已在机场四周爆炸，溅起的尘土直扑机身，滚滚浓烟伴着火星笼罩了整个机场，所有的人都明白，这是逃离港岛的最后一刻了。此时只知有四大家族、蒋家王朝，不知有党纪国法的活阎王——孔二小姐，从容地指挥她的随从、保镖把自家大大小小的家私、洋狗甚至私人用过的马桶全部装入机舱，强行下令开拔。飞机舷梯迅速撤除，空中行宫号挪动笨重的躯体缓缓划过跑道，在众人痛骂与呼叫声中腾空而起，直插烟雾弥漫的天空。身后，甩下了一群站在圈外，于凄雨寒风中悲愤交加、捶胸顿足，徒叹“奈何！奈何！”的党国大员与文化名流。
被孔家强占的飞机刚起飞两个小时，日军便进驻了这座当时香港唯一的一座堪能启用的机场。颇具讽刺意味的是，就在孔家恶少把持的飞机抵达重庆机场时，国民党中央正在召开五届九中全会，为了抑制党内日甚一日的腐败，迎接世界性的反法西斯战争早日取得胜利。会议通过了一个名为《增进行政效能，厉行法制制度以修明政治》的决议案。听到赴香港飞机返回的消息，参加会议的党国要员和一批新闻记者按捺不住心中兴奋，纷纷赶往机场迎接。然而，从飞机舷梯走下的不是国民党中央常委、“南天王”陈济棠，也不是许崇智、何香凝、胡政之，更不是陈寅恪、郭沫若，或蔡元培夫人，而是孔祥熙一家的恶少连同携带的老妈子与洋狗、床板、马桶。见此情景，接机者一个个目瞪口呆，悲愤交集，大有不知今昔何昔之感。
当年著名的“五四”运动爆发时，北洋军阀及其一帮御用策士于盛怒中，曾指斥新兴的士风为“洪水猛兽”。对此，“北大之父”蔡元培曾专门着文反击道：“不错，今日之士风，可以算是洪水，而今日之军阀，正是猛兽，即非用洪水淹此猛兽不可。”傅斯年进一步补充道：“洪水过了，留下些好的肥土，猛兽却不见了。”此时，躺在李庄板栗坳泥屋土炕上，强撑病体遥望西南云天的傅斯年没有想到，当年掀起的那场洪水巨浪早已过了许多年，而猛兽与猛兽的徒子徒孙们却还依然如故地兴风作浪。假使死在港岛的蔡元培地下有知，面对孤苦伶仃沦落于港岛的夫人与陈寅恪等文化大师们，不知作何感想？
当孔二小姐一行在众人愤怒的目光逼视下驱车离开机场后，站在清冷的机场上不见自己老板胡政之的《大公报》接机人员，一路叫骂着回到报馆，向总编辑王芸生汇报了事情的大体经过和孔家的恶行，报馆同仁深为胡政之的处境担心，更为孔家的专横跋扈使大批文化名流沦落港岛而痛恨，纷纷表示以手中的笔做武器讨伐孔氏家族。盛怒中的王芸生立即拍板定案，奋笔疾书，很快草成一篇题为《拥护修明政治案》社论，于12月22日《大公报》发表。社论借题发挥，巧妙地披露香港沦陷之际，孔氏家族霸占飞机的丑闻，同时揭露了外交部长郭泰祺国难当头竟以巨额公款买私人豪宅的黑幕。文中说道：
最要紧的一点，就是肃官箴，儆官邪。譬如最近太平洋战事爆发，逃难的飞机竟装来了箱笼、老妈与洋狗，而多少应该内渡的人尚危悬海外。善于持盈保泰者，本应该敛锋谦退，现竟这样不识大体。又如某部长在重庆已有几处住宅，最近竟用六十五万元公款买了一所公馆……社评一经发表，舆论大哗，各地报纸相继转载，社会各界正义之士纷纷谴责孔氏家族用飞机装洋狗行径。12月24日，昆明《朝报》以《从修明政治说到飞机运洋狗》为标题，转载了《大公报》社评并对孔家的劣迹给予了尖锐抨击，文中指出：“香港战事爆发，有人把飞机装运沙发和洋狗到重庆，大公报前几天以社论原题为《拥护修明政治案》，痛砭此事，今将原文介绍如下……”
随着《朝报》对大公报社评的转载，立即引起了西南联大与昆明各校师生的义愤，校园内外沸腾起来。未久，当西南联大师生们得知教育部与中央研究院圈定的陈寅恪本该在“抢运”之列，而由于“飞狗院长”家中的主子与奴才从中作梗而未返回，悲愤交加。许多师生都以为陈寅恪此次在劫难逃，已经在乱枪流弹中死去了。于是几位历史系学生在一个名叫《论坛》的壁报上，发表了一篇题为《悼陈师寅恪》的文章，以哀婉、悲愤的语调追怀香港沦陷后，生死与下落皆不明的陈寅恪教授及其家人，文中以悲怆的语气说道：“著名的史学教授陈寅恪导师，不能乘政府派去香港的飞机离港，命运似不如一条洋狗……”
文章刊出，整个西南联大师生沉浸在莫大的悲痛与激愤中，积压在心中的怒火如电石碰撞，瞬间爆发。时在西南联大任教的历史系教授吴晗在课堂上对学生们说：“南宋亡国前有个蟋蟀宰相（按：指贾似道），今天又出了一个飞狗院长，真是无独有偶呵！”
力主师生起来反抗。置于义愤，联大学生邹文靖等26人立即用毛笔大字起草了“讨孔宣言”，张贴在校门口的墙壁上。宣言云：“国家之败，多由官邪。……今日，我国贪污官吏有如恒河沙数，而其罪大恶极者莫如国贼孔祥熙。孔贼贪污中饱，骄奢恣睢，已为国人所共愤，为法理所难容，而此次风闻由香港以飞机运狗者，又系孔贼之妇！致使抗战物资、国家硕老，困于港九，沦于敌手而不得救。嗟夫！铜臭冲天，阿堵通神，用全一己之私，足贻举国之害。此贼不除，贻害无穷；国事危急，奚容缄默！……呼吁我校学生自治会立即召开全校同学大会，群策群力，共商大计，并通电全国，同声诛讨。通过学运，掀起高潮，期树讨贼之大纛，倡除奸之首义。剪彼凶顽，以维国本。是为国民之天职，尤为我辈之责。”
在学生自治会组织下，全校师生立即响应，于校本部广场组成了声势浩大的“讨孔”队伍。队伍的前锋是一幅用床单制成，上画脖颈上套一巨大铜钱作枷的孔祥熙头像。学生们在短暂集会后，高呼“打倒孔祥熙，铲除贪官污吏”的口号，浩浩荡荡地走出校园示威游行。沿途有云南大学、昆华师范学院、南菁中学等十多所大中学校师生陆续加入，汇合成数千人的游行队伍。西南联大当时在校主持工作的蒋梦麟、梅贻琦二常委处于对孔氏一家恶行的义愤，不但对学生的义举未予劝阻，还暗中准备了应变措施，并乘车尾随游行队伍之后，以备万一学生与军警发生冲突，好及时出面加以调解。
游行过后，联大与昆明市众多大、中学校学生纷纷宣布罢课，并向全国各地高校拍发讨孔通电，以期通过这一运动，给国民党政府和孔祥熙之流的贪官污吏予以警告和惩戒。流落到西南各地的大学如贵州遵义的浙江大学、四川乐山的武汉大学陕西汉中城固的西北联大等师生接到通电后，纷纷响应，相机而动，高举旗帜和标语，涌向大街小巷，高喊“打倒孔贼祥熙”，“惩治贪官污吏”与“铲除祸国殃民的豪门家族”等口号。远在四川李庄的同济大学师生接到通电，迅速集聚学生走向街头游行示威，因李庄是个小镇，师生们转了几圈觉得不过瘾，便挑着大旗、标语特地来中央博物院借住的张家祠门前、史语所居住的板栗坳、中国营造学社所在的上坝月亮田等地，高呼口号，背诵诗词，悼念被“飞狗院长孔祥熙的狗崽子害死的陈寅恪教授”。在李庄的陶孟和、李济、董作宾、梁思成、林徽因及其所属机构的同事，听到陈寅恪“死去”的消息，大为震惊，纷纷派人向傅斯年询问详情。傅斯年闻听更是惊恐万状，立即急电重庆中央研究院总办事处，探询实情。重庆方面的回电称同样听到了如此不幸的消息，却无法确定真伪。于是，整个李庄的科研人员与同济大学师生，沉浸在一片巨大的激愤与忧伤之中。盛怒中的傅斯年暴跳如雷，直呼要“杀飞狗院长孔祥熙以谢天下”。
全国兴起的反孔倒孔热潮随着明暗两条渠道很快传到重庆，平时养尊处优，自恃有强权巨资撑腰的孔祥熙与夫人宋蔼龄还是感到了惊恐，这种恐惧或心理压力主要来自国际大环境和政治气候。此时国际反法西斯联盟已初步形成，12月22日，国民党第五军、第六军已走出国门入缅甸对日作战。23日，蒋介石在重庆官邸召集中、美、英等国军事代表会议，会议通过了《远东联合军事行动初步计划》等决议案。24日，蒋介石约请美国代表勃兰德向罗斯福总统转达：“远东地区对日作战，端赖中国之陆军与英美海空军协同一致为一体。务望美国有一中、美联合作战计划。”30日，国民党五届九中全会决定授予蒋介石：“全权处理国事，以驳万变而赴事机”相当于国家元首的大权。1942年1月3日，由美国总统罗斯福提议，蒋介石被正式推举为中国战区最高统帅，负责中国、泰国及越南地区联军部队的总指挥任务……就在这样一种国际背景下，作为老大的蒋介石自然意气风发，并想方设法在国际上树立自己作为一个大国领袖的良好形象。而在这个节骨眼儿上，却突然爆出他的胯下“老二”连同周边荒芜地区的歪瓜裂枣们，不识大体，招摇惹事，弄出了天下皆怨，学潮汹涌，舆论沸腾的局面。面对此局，蒋介石自是对孔氏一家怒其不争大为恼火。而孔氏一家，特别是官场老手孔祥熙，深知自己那不成器的老婆孩子给老大捅了娄子，且通过此次事件，自己平时的恶行与丑行得以广泛地暴露于天下，并引起国内外舆论强烈关注，不但损坏了自己多年苦心孤诣伪装而成的党国“干才”与“善人”形象，对蒋委员长的形象也是个致命打击，一旦老大感到扛不过去这个门槛，很可能就要拿手术刀把自己这个胯下“活宝贝”一刀切掉，到那时自己将血染灰土，成为人人可以辗踩的一块臭肉蛋了。
但是，孔氏家族毕竟不是等闲之辈，广博的人脉与强大的财力背景，令蒋介石不易、也不敢轻举妄动。蒋氏在深知暂时不能对这个胯下“老二”实施外科手术的情况下，凭借手中权力，联合各方势力共同消除影响，压制学潮与舆论就成为一种必然。于是，蒋介石与孔派人员开始向1938年1月出任教育部部长的陈立夫和各地军政大员施压，要他们以抗战建国为重，设法压制和阻止学潮。陈立夫与各地军政大员不敢抗拒，只得向各学校校长施压，令其设法予以阻止。各校校长为保全学校与保护学生计，不得不进行配合，消解学潮。按西南联大学生何兆武的说法：“校长总是比较难做，特别是学生运动，校长总是被夹在中间最不好受。一方面，做校长的跟学生对立好像说不过去，但另一方面，校长是政府当局任命的，大学的牌子上都写着‘国立清华大学’‘国立北京大学’，所以凡是闹学潮，校长总是非常为难。”
就在倒孔学潮爆发后的第二天，西南联大常委会突然召开全校师生大会，梅贻琦与蒋梦麟皆到场讲话。梅贻琦说：“昨天，我和蒋先生一直都在跟着你们，唯恐你们出事。幸亏没出什么事。事情弄得很严重，现在是战争时期，你们不能老是这样。”又说“这次‘讨孔’运动已经够了，不要再继续下去了。这样下去对我们学校不利，对你们求学不利，希望你们立即复课，不要再闹了。我认为这样已经够了。”梅贻琦讲毕，由常委蒋梦麟发表演讲，蒋氏说了一些与梅贻琦大致相同的话，最后几句颇为动容，竟至声泪俱下，说道：“你们再闹下去，学校就要关门了！”在一旁就座的昆明警备区司令宋希濂见蒋梦麟哽咽不能语，接着发表了自己的意见，大意是说：“孔祥熙也确实有问题，但要通过合法手续揭发检举。这样停课搞学生运动对学校工作不利，对社会治安不利，对抗日战争不利，希望同学们冷静一下，不要再继续搞了。”经此一会，学潮的热情被消解，昆明各校的“讨孔”运动陆续收场。尽管此次行动没有引发更大规模的学潮，使“讨孔”运动形成全国各阶层波澜壮阔的局面，但对国民党统治集团的贪污腐化，倒行逆施，也算是抡了几棍子，给予迎头痛击。
在重庆的蒋介石与孔氏家族并未因学潮暂时平息而弹冠相庆，喜形于色，当他们从C。C。头目、教育部长陈立夫处得知，西南联大学潮竟有三青团团员鼓动和参加时，甚为恼怒与惊恐，为防死灰复燃和发生更大的变故，蒋介石亲命黄埔系“十三太保”之一、原“别动总队”特务头子，时任三青团中央团部组织处长的康泽飞赴昆明彻查此事。由于当时与蒋介石有隙的“云南王”龙云予以抵制，加上联大校方保护，以及西南联大教授陈雪屏等三青团骨干人员从中周旋，另有康泽本人与孔祥熙及其派系人员平时关系不睦等复杂的纠葛，康泽行前原打算逮捕学生的计划未能实施，只是对学生特别是参与“讨孔”的三青团成员集中起来训斥一通了事。1942年3月3日，随蒋介石从印度归国的宋美龄在云南大学讲演《访印归来及其他》，这位第一夫人对昆明学生的“讨孔”活动仍耿耿于怀，诡称洋狗乃飞机机师所带，箱笼等物资也不是孔家的财产，并以“我阿姐（宋蔼龄）是最怕狗的”等谎言为之辩护。此举正应了陈寅恪“狐狸狐搰摧亡国”的预言诗，入会师生非但不为其言所惑，反而从这位婆姨的狡辩与放浪姿态中，更加坚信孔氏家族与国民党政府崩溃垮掉的一天确是不远了。
此次规模浩大的学生民主运动以倒孔游行揭开序幕，尽管很快归于沉寂，但它的潜流却一直在校园和民众之间涌动不息，成为日后声势浩大、席卷全国的学生运动正式登场的第一声惊雷。就陈寅恪而言，毕生从未直接参与现实的政治活动，此次却无意之中以自身的不幸遭遇成为“讨孔”活动的导火索之一。饶有意味的是，发生于国内这一场轰轰烈烈的行动，身陷孤岛的陈寅恪并不知晓。