就在傅斯年火气凛凛地写信讨伐胡福林，以及与齐鲁大学你来我往地较劲争吵之际，史语所大队人马已经离开昆明，正在翻越崇山峻岭，奔走于风雨迷蒙的路途之中。
此时，赵元任已赴美讲学，李济、董作宾、梁思永各有一摊子业务需亲自料理，史语所的搬迁事宜，由语言学组的研究员李方桂主持，石璋如作为总提调予以协助。
在中央研究院十个研究所中，史语所的物资之多是出名的，甲骨、青铜器、陶器等地下出土器物，连同从各方陆续运来的共20多万册珍贵书籍和部分明清档案，有六百余箱之巨。面对这份国宝级的庞大物资，李方桂从昆明利国公司雇用了二十多辆汽车，每三辆为一组，分批行动。
1940年10月5日，史语所组织的第一批车队由昆明龙头村向四川李庄进发，由于中国营造学社与史语所的依附关系，梁思成、林徽因及学社的其它同仁，尽管对迁往偏僻的李庄很不情愿，但为了利用其图书资料的缘故，只好随车前往。为此，梁思成在给好友费正清的信中表白道：“这次迁移使我们非常沮丧。它意味着我们将要和已经有了十年以上交情的一群朋友分离。我们将要去到一个除了中央研究院的研究所以外远离任何其它机关、远离任何大城市的一个全然陌生的地方。大学将留在昆明，老金、端升、奚若和别的人也将如此。不管我们逃到那里，我们都将每月用好多天、每天用好多小时，打断日常的生活——工作、进餐和睡眠来跑警报。但是我想英国的情况还要糟得多。”
梁氏所说的英国，此时正在经历一场伟大的苦难和考验。1940年7月16日，希特勒实行“海狮计划”，德英爆发不列颠之战。9月7日至1941年5月10日，法西斯德国对英国发起大规模长波次轰炸袭击，轰炸范围遍及英国各大城市和工业中心，以伦敦受创最为严重。到不列颠战役结束，伦敦被轰炸超过76个昼夜，约有10万幢房屋被摧毁，4。3万名市民死亡。伦敦因此成为第二次世界大战期间遭受轰炸最为严重的三座城市之一（其他分别是柏林和重庆）。感同身受，远在昆明的梁思成得知与日本共同结成邪恶轴心的法西斯德国对英伦和欧洲实施大规模轰炸的消息，自有一种兔死狐悲，芝焚蕙叹之感。
尽管心情沮丧，但要继续进行学术研究，就必须跟随史语所一同进川，别无选择。10月25日晚，住在龙头村的梁思成、林徽因夫妇邀请金岳霖、曾昭燏等朋友到家中吃饭，算是离别昆明的最后晚餐。席间，众人尽量避开令人伤感的话题，以免把聚会搞成追悼会，大家只谈一些历史传奇和花边新闻。在“名嘴”林徽因的诱导下，众人“谈鬼至深夜”，直到天际放出亮色才恋恋不舍地散去。
因敌机不断前来轰炸，所有准备工作在一种混乱、焦急、恐惧中度过，过度的劳累使梁思成于起行前突发高烧，只得暂时留下休养。林徽因独自带着两个孩子和母亲，随史语所专门为家眷辟出的一辆有篷客车离开了昆明。据林徽因事后写信对费慰梅说，这辆特殊的客车，里面装载了30多人，年龄从70岁的老人到怀中的婴儿一个年龄段都不缺。由于人多物杂，车箱拥挤不堪，每个人只好采取“骑马蹲档式”，把两脚叉开坐在行李卷上，尽量缩小占有空间，随着车的颠簸动荡苦熬时日。
从昆明到李庄，需经滇黔公路入川，中途翻越沟壑纵横，坡陡路险的乌蒙山脉，并需渡过著名的赤水等几十条水流湍急、险象环生的河流方能到达长江上游的城市泸州。许多年后，总提调石璋如回忆说，由昆明到李庄，一路要过曲靖、宣威、黑石头或赫章、威宁、毕节、叙永、蓝田坝等地。除了其他几个地方的艰难险阻，在“黑石头、赫章、威宁一带的山区，其实都很危险，因为夜晚时老虎会下山觅食，人都不敢出来。在黑石头、赫章，司机、副手会留在车内，锁上车门，不敢出来。到了威宁，地方稍微平坦一些，车子可以围在一块，司机还是留在车内，万一有老虎过来，司机可以打开车灯吓走老虎。”
史语所人员所乘车辆历尽艰险抵达泸州，停在长江南岸的蓝田坝卸货，通过当地的转运站转送到大吨位轮船，再沿长江水道运往宜宾，最后从宜宾再返运到李庄码头上岸。根据傅斯年的指示，先遣人员潘悫、王文林等人与长江航线赫赫有名的民生公司联系，负责具体的转送航运事宜。
“民生”是四川合江人卢作孚于1925年创立的轮船公司，主要经营重庆至上海的长江航运。1937年全面抗战爆发前，民生公司已拥有轮船46艘，总吨位18718吨，成为中国内河航运最大的民营企业和长江航运的主力。
抗战爆发后，国民政府任命卢作孚为军事委员会第二部副部长兼农产、工矿、贸易调整委员会运输联合办事处主任。自此，卢氏临危受命，放弃了预定到欧洲考察船运业务事宜，全力投身于航运组织中，并向他的员工明确提出了“民生公司应该首先动员起来参加战争”的倡议。随着华北陷落，淞沪战争爆发，南京告急，武汉面临威胁，民生公司奉命集中了所有的轮船，在两个星期内将四个师、两个独立旅的川军将士，由重庆、万县等地以最快的速度输送到了武汉前线。上海、南京沦陷后，武汉成为中国的政治、军事中心，卢作孚出任国民政府交通部次长，同时兼任军事委员会下属的水陆运输委员会主任——包括民生公司、招商局等在内的所有大小轮船公司的船只均归这个委员会指挥，主要的任务则是抢运战略物资入川。此时，从上海、南京和华北、华中撤退到武汉的工厂设备、战略物资，大批的军队和给养，以及故宫南迁的国宝等等，需要在极短的时间内运到西南后方。卢作浮集中川江中下游的所有轮船，在武汉保卫战的炮火硝烟中，日夜工作，紧急抢运。
1938年10月21日，广州落入敌手。24日，蒋介石正式下达放弃武汉的命令。25日，武汉沦陷，日军沿长江一线开始向西南大举进攻。至此，原集中武汉三镇及周边进行防御的129个师，110万国军已被打得七零八落，中国国土精华尽失，彻底陷入内无粮草，外无救兵的绝境。整个国民政府抗敌武装力量，已无一个完整的师可以继续作战。若论外援，除从苏联购买的一点有限军援外，英美和其他所谓民主国家皆袖手旁观，几无片甲之赠。有些巧合的是，就在武汉沦陷的那天晚上，驻美大使胡适与奉命前往美国借贷的金融家陈光甫，正在美国财政部长小亨利·摩根索（Henry Morgenthau,Jr）家中拜佛求神，竭求美国当局尽快为借款求援打开绿灯，为身衰力竭、即将崩溃断气的中国政府“打一剂救命针”。而这个时候美国的战略物资如钢铁等仍源源注入敌国日本。
在这生死存亡的危急时刻，决定中国不被灭亡的最后一线希望，就是滞留在武汉西部长江岸边宜昌城内的9万吨重要战略器材——这是中华民族得以生存并决定未来反攻的有生力量。卢作孚后来在回忆这段艰难岁月时说道，那些器材是当时整个中华民族工业的精华，是国家仅存的一点元气，全中国的兵工工业、航空工业、重工业、轻工业的生命，完全交付在这里了。敌机已飞临宜昌实施轰炸，日军正向宜昌推进，中华民族危在旦夕。而民生公司承担的任务，除了这9万吨极其重要和珍贵的战略物资，还有10万聚集在宜昌等待人川的军政两界要员及其部下与附属人员，外加100万吨左右的零散物资和不计其数的难民，处境万分危急。当时国内重量级的船运实业家是浙江巨商虞洽卿和卢作孚，虞洽卿掌控的三北轮埠公司、中华公司轮船和鸿安轮船公司更大，总吨位达到9万余吨，主要在长江下游和海面上经营。抗战爆发后，虞洽卿的船只大部分按国民政府军事委员会之命凿沉于长江下游，以封锁江面，阻止日军舰船沿黄浦江口上溯。尚余的4万吨左右大船，因吃水深而无法进入浅水位的川江。当时在川江行驶的船只共有24艘，其中22艘属于民生公司。10月23日，即武汉沦陷的前两天，卢作孚到达宜昌坐镇指挥输送事宜。被称为“川鄂咽喉”的宜昌，是长江航线上一个重要的转运港，上游的三峡航道狭窄弯曲，滩多浪急，有的地方仅容一船通过。凡1500吨以上的轮船不能溯江而上，所有下游开来的船只都不能直达重庆，乘客和货物必须在宜昌下船换载大马力小船，才能继续入川。从宜昌到重庆，上水航行至少需4天，下水航行至少2天，而当时川江已接近枯水期，较大吨位的船只航行的时间只有40天左右，过后便是漫长的枯水停航期。也就是说，所有的人员和物资，都必须在40天的时间内运出。而要完成如此之巨的运输量，以民生公司当年的运力计算，需要一年时间。
此时的宜昌小城已是人心恐慌，大街小巷遍布逃难的人群，满地是待运的物资与器材，轮船公司内外塞满了前来交涉的各色人物，“管理运输的机关，责骂轮船公司，争运器材的人员，又相互责骂。”面对人声鼎沸，混乱不堪的局面，卢作孚到达宜昌的当天晚上，立即召集各轮船公司负责人、船长、技术人员会议，促使众人要以《孙子兵法》置于死地而后生的悲壮精神，想方设法打破困境，突出重围，保全中华民族生存、反攻仅存的一点血脉。次日清晨，随着太阳光芒初照战争阴影笼罩下的宜昌，抢运方案终于制定完毕，其核心是分段运输，缩短航程，多运快运，整个川江分三段航行：宜昌至三峡入川为第一段；三峡至万县为第二段；万县至重庆为第三段。待运物资中，除了最重要的战略物资和最不容易装卸的笨重设备，由宜昌直接运到重庆外，次要、较轻的设备，则缩短一半航程，运到奉节、巫山或巴东卸下，留待以后再转行转运。如此这般，川江水位回落之前的时间被充分利用，仅有的运力也最大限度地发挥出来。
计划既定，卢作孚指挥部下在三峡航线增设码头和转运站，临时增加雇工3000多人，征用民间木船850余只予以协助。由于川江航道独特的条件，只能白天航行，为了争取时间，卢作孚号令员工夜间装卸，凡是次日运走的物资，当晚必须装备完毕，拂晓即拔锚起航。每当夜晚来临，江边码头、轮船、驳船，灯火交映，人影绰绰。装卸人员的号子声，起重机的轰鸣声，汽笛声、江水涌动声交织在一起，形成了抗战烽火中独特而动人的历史画面。这场后来被著名教育家晏阳初称为“东方的敦刻尔克大撤退”行动开始后，卢作孚指挥民生公司，在日机轰鸣与残酷轰炸中，把重要物资的三分之二在40天内安全转运到大后方。此后，枯水期来临，中水位轮船已不能在川江继续航行，卢作孚临危不乱，组织民生公司职员改用木船和绞盘拖船装载着最后三分之一的物资日夜运输。遇到浅滩水枯处，民生公司的员工与前来援助的军民一道，改用人力在长江岸边拖着一艘艘分装的木船艰难地一步步前行，开始了长江航运史上前所未有的意志与力量的竞拼。尽管有为数众多的轮船被追逐而来的日机炸沉，有的触礁而毁，水手和船员伤亡惨重，但那大船小船齐头并进，那军民不分，通力合作的悲壮场面，以及在硝烟密布，弹片横飞的川江水面负重前行的身影，永远留在中华民族的精神史上而使后人越发奋励。其间，有外国记者拍下了全裸的民生公司职员和当地纤夫，为抢运战时物资于寒风凛冽中，在长江岸边匍匐前行的照片。当这批照片在西方报刊登载后，引起强烈震动。为此，西方国家特别是美国人，才知道世界东方这个被讥讽为“拿着筷子与日军刺刀交战”的民族，在最危急的时刻会用肉体与炸弹、刺刀搏斗，用鲜血浇泼战火的烟焰，中国民众有着一种不可战胜的意志与潜在力量——这样的民族是不会灭亡的。美国民众援华的呼声空前高涨，美国政府与议会对中国抗日前途的估计，以及对华政策发生了巨大改观。
1938年12月上旬，宜昌大撤退结束。此次抢运的物资，相当于民生公司战前1936年全年的运输总量。直到宜昌沦陷前，民生公司运送部队、伤兵、难民等各类人员总计150余万，货物100余万吨，其中包括2万吨空军器材和广东炮厂的物资。正是得益于这次大抢运，一批现代化的钢铁厂、兵工厂和纺织厂，在山河破碎中又于长江上游大后方相继建立起来，为中国政府组织反攻和夺取整个抗日战争的最后胜利发挥了至关重要的作用。日本军方后来在检讨武汉会战得失时，才认识到此次中国军民拼着性命抢运战略物资在整个战争中的意义，并慨叹道：“假定昭和十三年（1938）攻占武汉作战的同时就攻占宜昌，其战略价值就大不一样了。”限于当时的特定条件，日本侵略者没有这样做，或者上帝没有给予他们机会实施这一进攻计划，中华民族绝处逢生，最终等到了战略反攻的那一天。
声名远扬的民生公司在战火纷飞中度过了最危难的时刻，留下了一段光芒四射、千古不朽的历史荣誉，卢作孚本人也于1939年元旦获得了国民政府颁发的一等一级奖章。
事隔两年，面对中国学术重镇由滇至川，卢作孚与他的民生公司开始了新一轮转移中华民族国宝和学术精英的行动。与武汉会战期间宜昌特殊抢运不同的是，这一次运输更注重商业运营模式，并遵照双方拟定的协约予以操作。