史语所与中央博物院筹备处大队人马自李庄迁回南京，傅斯年满怀兴奋与欢喜，在中央研究院大楼的演讲厅设宴款待。为把宴会办得红火热闹，也为了让流离失所九年的故朋新友有个欢聚一堂的高兴、倾诉机会，特地邀请胡适自北平来京参加这场具有历史纪念意义的盛宴，胡氏欣然前往。
参加宴会的史语所研究人员张秉权许多年后还记得胡适初到的场景，只见这位光芒四射的士林盟主步入大厅，与众人一一握手致意，对于新进后辈，似乎特别客气。对一些家属小孩也是谈笑风生，亲切感人。傅斯年在一旁亦庄亦谐地称胡为史语所的“姑妈，娘家的人”。一会儿又当着众人的面大声呼道：“人说我是胡先生的打手，不对，我是胡先生的斗士。”此话引得大家一阵哄笑。大厅内主客欢喜，如沐春风中。
席间，最令人难忘的是傅斯年在演说中对史语所历次搬迁的追忆，当讲到抗战八年颠沛流离，艰苦卓绝的生活时，傅氏动了感情，说到动情处，几次哽咽泪下，在场的人受其情绪感染而热泪盈眶。最后，傅斯年端起酒杯，打起精神，满怀激情与信心地说了一些“庆祝大家都能幸运归来……从此之后我们可以安心工作，史语所八年的流离可说是告一段落了。搬回来之后永不搬迁”等充溢着温情与期待的话，众人的情绪渐渐由悲壮转为喜悦。这个时候，没有人想到仅仅是两年之后，史语所人员又仓皇辞庙，再度踏上了流亡之路。自1946年6月起，美国武装部队动用军舰、飞机协助，把150万国民党正规军调集到长江以北地区，其中有54万精锐为美国动用海空力量直接运送。蒋介石认为一举歼灭共军的时机已到，于6月22日，密令刘峙指挥部署在中原地区的国民党军队向各预定进攻地点集结。26日，开始大举进攻中原解放区。中共军队奋起还击，血与火交织的内战在满目疮痍的中国大地上拉开了大幕。
同年11月27日，蒋介石在南京召集“国民代表大会”，并发表讲话，谓：“这次修改宪法，就是为了打击共产党。”又说：“现在是本党的危急存亡关头，大家要听我的话，则有前途，否则完了。”话音刚落，众人惊骇，蒋氏的这一句“完了”，竟成谶语。
1947年6月，中共军队以损失30余万兵力的代价，歼灭国民党正规军与杂牌军达112万人。共产党所属部队由战略防御转入全国范围的大规模战略进攻阶段。同年12月25至28日，中共中央于陕北米脂县杨家沟村召开会议，毛泽东在报告中指出：中国人民解放军的主力已经打到国民党统治区域里去了，标志着中国人民革命战争已经达到了一个转折点，使之走向胜利的道路。同时强调：“这是一个历史的转折点，这是蒋介石的二十年反革命统治由发展到消灭的转折点。这是一百多年以来帝国主义在中国的统治由发展到消灭的转折点。”这次会议，为中共在新形势下夺取全国性胜利，从政治、思想、策略上作了充分准备。就在整个中国炮火连天，血肉横飞，国共两党杀得昏天黑地，不辨牛马之时。与杀人、砍头关系不大的中央研究院首届院士评选会议，又在乱象丛生的南京轰轰烈烈地搞了起来。面对这一行动，学术界意见不一，众说纷纭。1947年6月20日，傅斯年在致胡适信中道：“话说天下大乱，还要选举院士，去年我就说，这事问题甚多，弄不好，可把中央研究院弄垮台。大家不听，今天只有竭力办得他公正、像样，不太集中，以免为祸算了。”关于中央研究院院士选举事宜，早在抗战胜利初期，学术界高层即开始酝酿并有所行动，因内战爆发，迫使这一行动延缓下来。按照物理学家吴大猷的说法：“1947年由评议会筹办院士选举，先由各大学院校、专门学会、研究机构及学术界有资望人士，分科提名候选人，约四百余人。1947年由评议会审定候选人一百五十人。”吴氏所言在数字上与事实稍有出入，但大体套路不差。随着国内政治军事形势发展，筹办事宜在起起伏伏中又拖延了一年，到1948年初，中央研究院评议会评议员再次提出，无论战争局势如何发展，一定要在中央研究院成立20周年之际作最后一轮选举，评出首届院士，以为科学、民主争得地位和荣誉，并为后世开出一条关乎国家民族命运的光明道路。
按原定计划，院士选举分为数理、生物、人文三个组。由中央研究院代院长朱家骅总负其责，总干事萨本栋负责数理、生物组；胡适、傅斯年、李济、陶孟和等人负责人文组并提出候选人名单。最后由中央研究院评议会评议员提出各自的意见并投票选出。
在第一轮正式推举之前，作为人文组主要决策者胡适，于1947年5月22日发出的“中央研究院第一次院士选举‘人文组’的‘人文’部分拟提名单”如下：
哲学：吴敬恒（稚晖）、汤用彤、金岳霖。
中国文学：沈兼士、杨树达、傅增湘。
史学：张元济、陈垣、陈寅恪、傅斯年。
语言学：赵元任、李方桂、罗常培。
考古学及艺术史：董作宾、郭沫若、李济、梁思成。
人文地理民族学｝想不出人名。
1947年6月19日晚，傅斯年于南京写信致北大校长胡适，谓：“一月多以来，生病，事忙，心绪不佳，等等。未写信，北望至念也。十五号船挤下来（非我改），现买到二十九号Gor－don票，必行矣。”
傅氏信中所言，是他欲赴美治病一事。经过与孔宋集团几年的大战并取得胜利，傅斯年已身心俱疲，心脏不堪重负，无力坚持工作。同时也为躲避孔宋集团可能失去理智而雇凶杀人等血腥报复，在友人劝说下，傅斯年决定抛下各项事务携家赴美治病疗养。就在写这封信的第二天，即6月20日，傅斯年就院士评选事宜再致胡适一函，并透露了自己推荐的名单，内中说道：“日前开会商量应该在提名中不忘了外（部）名单（不必即是举出，此会尽力，不能包办也），想南方人士而不可多得，兹将当日所写之名单送上一看，但请千万秘密。”名单如下：
有涉人文组者：
（一）人文与社会科学平等数目，殊不公，因前者在中国比后者发达也。孟和原单标准甚低，减后如引。我看人文方面非二十人不可，分配如下：
中国文学四；史学六；考古及美术史四；语三；哲三。
我个人觉得以上单子，可如下分配：
中国文学：（1）吴。（2）胡，以上关系文学风气者。（3）杨树达，经籍考定。（4）张元济，古本流传，泛言不能，专就百衲本言，因此者校勘记并未刊行也。
史学：（1）陈；（2）陈；（3）傅；（4）顾颉刚；（5）蒋廷黻，近代史当无第二人；（6）余嘉锡或柳诒徵。柳不如余，但南方仍不可无一人。
考古及美术史：（1）李济；（2）董作宾；（3）郭沫若；（4）粱思成。
哲学：汤、冯、金。
语言：赵、李、罗。
傅斯年所列“人文”名单中的候选人姓名，分别是：
中国文学：吴稚晖、胡适、杨树达、张元济。
史学：陈寅恪、陈垣、傅斯年、顾颉刚、蒋延黻、余嘉锡或柳诒徵。
考古及美术史：李济、董作宾、郭沫若、梁思成。
哲学：汤用彤、冯友兰、金岳霖。
语言：赵元任、李方桂、罗常培。
胡、傅二人拟定的名单，可谓大同小异，或曰英雄所见略同，只是胡适拟定的名单为17人，没有自己，而傅斯年名单为21人，且当仁不让地签上了自己的大名。从名单拟定的视角也可看出，胡、傅二人的性格以及处世方式之大不同。就傅氏性格和为人处世的方式方法而言，绝不是一个腐儒式的书呆子，他之所以能在学术界呼风唤雨，除了紧紧傍住胡适与朱家骅等一流大腕，并巧妙地借用了他们掌控的国内仅有的几个基金会的势力之外，自然也有他的过人之处。如此次致胡适的信中，就极其精明和圆滑地叮嘱说：
以上陈寅恪、李济、赵元任、董作宾、傅斯年五人为本所职员，似本所不愿（拟）提名，拟请北大提出何如？
（二）其他部门，我们学校人数不多（清华多得多，6月4日其理由），然我们为求公道起见不可不注意，理学院饶、江、吴、杨、孙似不可落选，并乞先生届时留意。（三）北大要提出一个名单，不能专写名字，须照格式填，著作原件附寄。
（四）提名不可太少，亦不可太多。北大可先由各学院自推，最后先生审定寄所也。
显然，在傅与胡的心目中，史语所与北京大学已成兵合一处，将归一家之势。如此幕后操作和交易，尽管没有不检点和明显违规之处，但可以相见，这两家一旦变为情同手足式的一家，对院士选举评委会将会有如何强大的控制与要挟能力。——这就是傅斯年之所以成为傅斯年的根本所在。
6月29日，傅斯年携夫人俞大綵与儿子傅仁轨由上海乘船，前往美国波士顿伯利罕医院医疗。四个月后移居美国康乃提克州纽黑文休养。傅离开南京赴美之前，董作宾也应美国芝加哥大学之邀赴美讲学。经过一番考虑，傅斯年没有把史语所的所务交给当时所里的其他年长的研究员，而是让年轻有为的夏鼐代理所长。这一决定既出乎众人意外，又实在情理之中，以傅斯年精明老辣的识人能力，这个选择很快就证明是恰当和明智的。此时的夏鼐与几年前的一介书生不可同日而语了。他自1944年2月离开李庄，与向达率领西北科学考察团，历史组于4月份到达兰州，进行河西走廊和敦煌附近考察，在敦煌小方盘域遗址的发掘中，发现了埋藏于沙漠深处书写着“玉门都尉”的汉代木简，从而为确定湮没达两千年的汉代玉门关确切位置找到了极其重要的物证。几年之后，当出任文化部文物局局长的郑振铎在谈到西北科学考察时，曾以赞叹的口气说道：“很奇怪，玉门关旧址，好多人找了多次找不到，夏鼐一去就找到了。”言语中透着对夏鼐的敬佩，同时也可看出夏鼐高人一筹的智慧与科学素养。1946年春天，夏鼐于甘肃宁定县阳洼湾的考古发掘中，在墓坑填土层发现了仰韶文化的彩陶片，从而在地层学上找到了仰韶文化早于齐家文化的有力证据，纠正了瑞典学者安特生氏此前在甘肃新石器时代文化分期上的错误论断，为建立黄河流域新石器时代的正确年代序列打下了坚实的基础。——这一发现与研究成果，令年轻的夏鼐声名大振，受到了同事和学术界普遍尊敬。当傅斯年、董作宾相继离开南京后，由他主持史语所的工作当是一件自然的事情。
1947年9月下旬，中央研究院院士选举筹备委员会发出通知，召集散布在全国各地的评议员赴南京开会选举。25日，当北大校长胡适接到通知时，仍处于心烦意乱之中，并为学潮余波发憷、发愁。此前，随着内战扩大，国共双方不断扩兵收编，军费开支浩大，造成物价虎跑狼窜，教育经费则成了兔子尾巴，师生日常生活难以维持。在人心即将动摇的关键时刻，中共不失时机地派员潜伏于大专院校，暗中策动学生造反起事。5月4日，上海学生风潮爆发，继之全国高校遥相呼应。5月15日，清华、北大学生喊出了“反饥饿、反内战”等口号，向政府当局示威。鉴于外出宣传叫喊的男生遭到军警枪托拍、刺刀穿，女生被扇耳光、扯丰乳、踹美臀等群殴与污辱现象不断发生，中共地下党又指使扯旗造反的学运头目们在运动中增加了一个“反迫害”的口号和内容，并指使平津等地大学部分学生成立了一个“华北学生反饥饿反内战联合会”。5月20日，在月黑风高的黎明时分，北大学运头目以摔杯为号，联合其他学校学生共几万人，一起扯着旗子走出校园，在街头巷尾游行示威。一大批群众、三轮车夫与烧火做饭的厨师，外加一群群街头流浪和不明身份者见状大为兴奋，纷纷加入游行的队伍，场面更加浩瀚壮观。如此这般闹闹停停、停停闹闹持续了一个多月，流风所及遍布全国60多个城市，近百所大专院校、数十万学生卷入其中，许多学运头目被捕，仅北大就有几十名学生被当局以反革命煽动罪和破坏社会秩序的罪名，拿入大牢以老虎凳与辣椒汤伺候……鉴于此种情形，作为北大校长的胡适自然像他的前任校长蒋梦麟所说的那样，要在当局、学校、教授、学生等几个方面奔波、斡旋、调解，特别是要说服当局释放被捕的学生，恢复学校正常秩序。但几个月的奔波忙碌，上下打点，费尽口舌。仍有几名学生被认为是共产党骨干分子，关在大牢未能放回，而师生的生活不但没有好转，反而越来越糟。据胡适日记载，此前的9月23日，胡氏还在紧锣密鼓地召集北大同仁开会，商讨应付办法，到会教授约百人。胡适做会议主席，众人争论不休，指责甚至叫骂之声不断，持续三个多小时没有结果。目睹现场的胡氏极其郁闷悲观，心情怨愤，认为：“这样的校长真不值得做！大家谈的，想的，都是吃饭！向达先生说的更使我生气。他说：我们今天愁的是明天的生活，哪有工夫去想十年二十年的计划？十年二十年后，我们这些人都死完了！”
如此这般吵吵闹闹地挨到了10月12日，胡适按中央研究院院士筹备委员会要求即将南飞。学生们得到消息，认为校长在如此非常时刻离平赴京，肯定有不可告人的目的。校中壁报很快出现胡适南飞，是奸人鬼计，为的是调胡（虎）离山，军警趁机入校大规模逮捕学生等宣传言论。于是，在几个学运领袖的操纵下，几百名学生呼啸而至，将校长住宅包围起来，不准其出城南飞。胡适于焦急中向学生解释自己此次南飞的使命，并指天戳地发誓保证当局不会与学生为难，两个多小时后，经学校几名教授闻讯赶来对学生劝说，胡适方突破重围，匆匆赶往机场登上了即将起飞的航班。
当日，胡适飞往上海，几小时后转赴南京，于13日与北平辅仁大学校长陈垣等人来到中央研究院出席会议。其间，胡氏向史语所代理所长夏鼐介绍了此次北平突出重围得以南飞的紧张场面，并叙述北大学生被捕经过和保释情形。《夏鼐日记》载其所述：“未能保释之学生二人，其共产入党证，一为100余号，一为300余号，皆为加入有年，在党中占重要地位，陈布雷之女儿及女婿亦以党事在平被捕。闻军队中少将、中将皆有加入共党为秘密工作者”。第二天，史语所同仁为欢迎胡、陈等人到来，由夏鼐主持，专门举办了由全体人员参加的茶话会。会上，夏鼐机智得体的表现，给胡适留下了深刻印象，胡在当天日记中以赞美的语气写道：“史语所中很有人才。孟真确是一个好导师。”
10月15日上午，由评议员组成的院士选举委员会第四次会议在中央研究院北极阁大厦二层开始。朱家骅为当然的会议主席，另有党国大员吴达铨文官长代表蒋介石、李石曾代表中央党部，司法院长居正与行政院副院长王云五作为来宾分别致辞。因前来的党国大员鱼龙混杂，对院士选举议程不甚了了，乃就教育是否独立与派遣留学生问题斗起嘴来。王云五首先提及中国高等教育要走上独立，以后少派留学生出国。胡适代表评议员致辞，赞成王氏之说，并主张修改博士学位选举法，大学办理研究所五年以上有成绩者得授予学位，不必依旧法由政府赠与云云。对于王、胡之说，翁文灏起立反对，主张仍继续派留学生，唯须取严格主义。李石曾继之起立，谓吴稚晖以近来身体易感疲劳，故未来参加，嘱代致意。紧接着介绍吴氏主张派遣留学生之说法，谓留学生能输入抽水马桶，改良茅厕，即已是大贡献，若谓外汇消耗过多，殊不经济，则只要有利益，经济考虑亦属相对的，如男女交媾每次所耗精虫数百万，只有一条精虫过五关斩万将，最后突出重围成为一个人，经济云乎哉？言罢，全场轰笑。一上午的会议就在政客们相互斗嘴与争论中结束。
当天下午，由本次评议会秘书翁文灏，中央研究院总干事萨本栋及各所负责人报告工作情形，讨论院士候选人名单审查办法。夏鼐向评议会秘书处提交了由自己主持召开的史语所所务会议通过的“推荐院士候选人”名单：
哲学：吴敬恒、汤用彤、冯友兰、金岳霖。
史学：陈寅恪、陈垣、傅斯年、顾颉刚、蒋延黻、余嘉锡、柳诒徵、徐中舒、陈受颐。中国文学：胡适、张元济、杨树达、沈兼士。
考古及美术史：李济、董作宾、郭沫若、梁思永（以上考古）；徐鸿宝、梁思成（以上美术史）。
语言：赵元任、李方桂、罗常培、王力。
民族：凌纯声评议会几经讨论，决定院士候选人不得超过正额（88至100人）之一倍，明日上午分组审查。
16日，会议继续进行，评议会分为数理组、生物组、人文组等三个小组审查，其中人文组由胡适召集。因夏鼐仅为副研究员职称，不是正式评议员，不能参加评议。但胡适以人文组傅斯年、陶孟和二人缺席，只剩胡适、李济、周鲠生等三人为名，硬拉夏鼐与社会科学研究所的巫宝三列席。
会上，众评议员对推荐机构和评议员分别提名的候选人进行资格初步审查，审查的内容主要看被提名人是否在抗战期间沦陷区的伪大学等学术、教育机构任职。审查中，著名化学家赵承嘏、萨本铁，以及参加伪北大的容庚被删除。据夏鼐日记载：文史方面选出31人，滥居其列者，至社会科学，尤其是经济及法律部门，前者几无其人，因巫君在座，故仍提出7人（马寅初、刘大钧、何廉、方显廷、杨西孟、巫宝三、吴大業）。法律方面提出王宠惠、王世杰，以后勉强列入燕树棠、郭云观、李浩口。讨论至12时始散。下午开大会审查，化学组加入数人（孙学悟、朱汝华、黄子卿、纪育经）。物理组加入桂贺廷。生物科学、农学删去陈宗一及侯□□。矿物学加入陈克恢。医学原拟加入李卓浩，后以其未曾返国工作故未能通过。
10月17日上午，评议会继续审查入选人员名单，而被审查的第一位就是郭沫若。有评议员认为郭是站在共产党一边的人，其罪过远远大于赵、萨、容等几人，前者不可留，后者更该杀。胡适以和事老的身份出面问朱家骅，假如朱不是今日会议之主席当如何看待？朱家骅旗帜鲜明地表示郭某人“参加内乱，与汉奸罪等，似不宜列入”。萨本栋起而和之，谓：“恐刺激政府，对于将来经费有影响。”评议员吴正之帮腔道：“恐其将来以院士地位，在外面乱发言论。”此时陶孟和已来到会场，对于这一连串反对人选意见，起而反击道：“若以政府意志为标准，不如请政府指派。”陶氏手下大将、会议列席者巫宝三见陶如是说，亦站起来表示拥护陶说，谓：“不应以政党关系，影响及其学术之贡献。”胡适见状，思虑再三，决定附和陶说，谓“应以学术立场为主”云云。
鉴于双方意见各不相让，最后决定以不记名投票的方式决定郭氏是留是除。在这一关键时刻，夏鼐认为“此事关系颇为重大”，乃不顾自己作为列席者不能参加表决的身份和规矩，起立为郭沫若辩护，据夏鼐日记载：“会中有人以异党与汉奸等齐而论，但中央研究院为AcademiaSinica（中国的科学院），除学术贡献外，唯一条件为中国人，若汉奸则根本不能算中国人，若反对政府则与汉奸有异，不能相提并论。在未有国民政府以前即有中国，（国民政府倾覆以后，亦仍有中国），此句想到而不须说出口，中途截止。故对汉奸不妨从严，对政党不同者不妨从宽。”夏鼐的斗胆进言得到了李济等部分与会者的支持，李济进而言道：“郭是一个多学科有才华的学者，在考古学与古文字学领域造诣很高，虽其人没有直接参加田野考古发掘，也不属于中央研究院各所，但作为体制外的人士，我们应该给他保留一个位子。”经此一说，作为中间派的态度有所改变，最后投票表决，郭沫若以14票对7票的差额，被决定保留在候选人名单之内。当这个结果拍板定案后，胡适、李济、夏鼐等人都长吁了一口气。
关于此次选举详情，夏鼐于10月20日向远在美国的傅斯年作了详细汇报，除了郭沫若是留还是砍的问题，评议会在讨论各方推荐名单谁有资格列名为院士候选人的过程中，更是意见纷纷，各有所见。如胡适在评选中于哲学领域又比提交的名单多推荐了一位陈康，理由是“陈氏希腊哲学造诣颇深”；周鲠生则认为李剑农“对于中国经济史及近代政治史皆有成绩”，故予以推荐；另“有人提出何以不列入熊十力、朱起凤、向达三先生。经胡适之先生解释后，亦无异议”。至于不是评议员的史语所助理研究员王叔岷闻听刘文典也被推荐后，在评议会外扬言，谓“刘文典先生之《淮南子》及《庄子》，校勘考据皆甚糟糕，并云傅先生如出席，必不推荐为候选人”等。经过两天激烈讨论，院士候选人由最初列入的402人减至150人，分别是：数理组49人；生物组46人；人文组55人。具体名单在17日晚7时公布，初选会议就此结束。
按原定计划，最后一次院士选举定于1948年春天举行，至时必须再砍掉50人，只有100人当选。有了这个既定数字，最后的角逐就显得更趋激烈与异乎寻常起来。各不同派势自是要为本系统以及与自己关系密切者力争。掌握生杀大权的评议员们在场上的唇枪舌剑不可避免，而各色人等在台下的小动作也连绵不断，如北大中文系教授唐兰就暗中请胡适为自己帮忙助力，结果是不了了之，后胡、唐二人反目成敌，胡把此事揭出并对唐氏加以嘲弄和讽刺。当时正在美国讲学的董作宾闻知音讯，于1948年2月2日由芝加哥致信胡适，特意谈到了他对此次选举的关注与态度，信中说：“春间中央研究院选院士，您必出席，关于考古学方面，希望您选（梁）思永或（郭）沫若，我愿放弃。因为思永在病中，应给他一点安慰；沫若是外人，以昭大公，这是早想托您的。”此时的董作宾对郭沫若仍一往情深，为了郭的缘故，自己可舍身相让，敢落下风。不知同样的信是否还寄给傅斯年，但从胡与傅推荐的名单看，郭氏始终在二人的推荐名单中一路过关斩将杀入150强，而梁思永由于夏鼐主持的史语所所务会议的推荐，也一直在人选名单内并有最后取胜的可能。
时仍在美国养病的傅斯年也密切关注着即将到来的最后一次角逐。当他得知将在本年3月中旬开会一决雌雄时，于3月9日致快信于朱家骅、翁文灏、胡适、萨本栋、李济并转各评议员，对候选人名单毫不含糊地提出了自己的意见。信中说道：“自斯年出国就医以后，曾接到几次关于院士选举之文件，其候选人名单，虽斯年仍不无意见，然大体上细心公正，至佩诸先生之劳苦，至此地步，大是不易。斯年因病在国外就医，虽在委员会内，未能尽力，既惭且感，深喜诸事赖诸先生之劳苦，得以顺利进行。”
待这番客套话说过之后，傅开始对“候选人名单之意见”直述心胸，所谈到的第一个人物就是号称“国宝”的刘文典。傅说：“候选人中确有应删除者，如刘文典君，刘君以前之《三馀札记》差是佳作，然其贡献绝不能与余、胡、唐、张、杨并举（南按：所列五人当是余嘉锡、胡适、唐兰、张元济、杨树达）。凡一学人，论其贡献，其最后著作最为重要。刘君校《庄子》，甚自负，不意历史语言研究所之助理研究员王叔岷君曾加检视（王君亦治此学）发现其无穷错误，校勘之学如此，实不可为训，刘君列入，青年学子，当以为异。更有甚者，刘君在昆明自称‘二云居士’，谓是云腿与云土。彼曾为土司之宾，土司赠以大量烟土，归来后，既吸之，又卖之，于是清华及联大将其解聘，此为当时在昆明人人所知者。斯年既写于此信上，当然对此说负法律责任，今列入候选人名单，如经选出，岂非笑话？学问如彼，行为如此，故斯年敢提议将其自名单除去。”
傅斯年与闻一多在政治上各有自己的立场，且呈水火不容之势，未承想在对待刘文典“为土司之宾”的看法上却出奇的一致。看来刘文典这位颇为自负的“国宝”在西南边陲的所作所为，的确惹恼了不少人，最后落得个被闻一多借机踢出圈外的悲凉结局。至于刘文典学问之差，当时傅斯年在国内时听弟子王叔岷念道过，或是直接来源于夏鼐给他的信中，说到王叔岷在评议会场之外的那通议论不得而知。而刘文典的学问到底如何？是吴宓所说的“高见甚是”，还是王叔岷检视的“无穷错误”？实在是一个仁者见仁，智者见智，尚可讨论的学术范畴。
傅斯年如此直言不讳，很容易让人想起当年吴宓在西南联大的时候，论陈寅恪和钱锺书老少两代在学界地位的那段话：“当今文史方面的杰出人才，在老一辈中要推陈寅恪先生，在年轻一辈中要推钱锺书，他们都是人中之龙，其余如你我，不过尔尔！”这一评价自有其精妙之处，从中可以看出，当年在吴宓的眼里，大名鼎鼎的刘文典也并不是什么所谓的大师或“国宝”，亦当属于“尔尔”一类的普通之辈。吴氏说这句话的时候，心高气傲的刘文典或许尚不服气，其他人或许还稀里糊涂地蒙在鼓里不置可否，如今傅斯年作如是说，刘文典就真的成为“尔尔”了。
就刘文典个人的命运而言，抗战胜利后，滞留偏远的云南昆明，未能回到北平这一文化、学术中心，对他事业的发展、学术的定位、名声的传播，皆是一个不可估量的损失。当年清华中文系的几位大牌教授，其璀璨的光芒经久不衰，凡稍读过书的人几乎皆闻其名。而刘文典的光芒却很快暗淡下去，在文学上的贡献与声名，除了几个专业研究人士外，再难为世人所知。身处如此不幸中的刘文典，假如在此次首届院士评选中能得以胜出，或可借此挽回颓局，重整旗鼓，在学术上作出新的贡献并留下不朽的声名。可惜的是，在这关键的历史转折点上，又遭到了力大威猛，从梁山上走出来的好汉傅斯年当头一棒。若刘文典真如傅斯年，或傅的门生王叔岷说的那样在学问上有“无穷错误”，那么“国”将不“国”，刘文典这件号称价值连城的“国宝”，也就自然成为一件假冒伪劣产品，或一堆废铜烂铁——或许还不如。
无论如何，经在万里之外的傅斯年如此一记杀威棒，站在云南大学讲台上的刘文典轰然倒下，属于他的时代算是彻底终结了。世事无常，或许一切皆是命中注定。哀哉，刘文典！身在国外，但对国内学术界特别是本次院士人文组选举具有超强控制能力的傅斯年，在候选人名单中第二个拖出来开刀问斩者便是清华教务长、独腿教授潘光旦。傅直言不讳地表示：“社会学一项，有潘光旦君。潘君自是聪明人，然其治谱牒学之结论，实不能成立。彼以科举之名，证明苏州人天资优越，然此说实不足以成之，盖科举之业亦有风气，且可揣摩，主考与人选者每为一调，忽略此历史事实，乃潘君之说，故潘君之工夫似未可与陈达君同列也。治学不可以报纸文字定其高下，此学在中国既不发达，如求其次，则孙本文君似应列入。此君之书，甚有理解，其工夫非作二三小文之比，故敢提议将其列入候选名单。”
潘光旦所搞的那一套社会学不为傅斯年所重，这自是与潘氏的著述不周或观点偏颇有关，但这似不是主要的症结，因为潘除了研究谱牒，还有其他大量社会学著作如人口学论文行世，此著述傅并未提及，抓住一点而攻其全身，自是于情于理皆说不过去，更不能令人信服。傅斯年之所以抓其一点就敢于把潘光旦即将戴上的院士帽子革掉，恐怕与他对潘的政治倾向和思想作风大不感冒更有干系。傅向来不把潘光旦，或与潘氏相近的吴文藻、费孝通等一派人物视为同志、同类或同族，又因潘光旦等人在抗战后期经常于报纸上发表攻击国民政府的言论，还不自量力地以“我们人民”的名义，向正在交火开战的国共双方进行劝阻、威胁，招致傅氏更大的不满，这一点从傅斯年此前写的文章和书信，以及此次 所暗含讥讽的“治学不可以报纸文字定其高下”中即可见到。政见不同，自然就不属于一股道上跑的马。按照“非我族类，其心必异”的处世哲学，潘光旦此次也只有被傅斯年踢出门槛之外靠边架着拐杖看热闹的份了。
1948年3月25日至27日，中央研究院代院长兼评议会议长朱家骅在南京主持召开了最后一轮院士选举会。经过人会者五轮无记名投票，原定要选出的100名院士，因许多名流大腕在投票中纷纷落马，导致69人票数未能过半，最后只有81人被通过。按既定规矩，凡通过者即正式成为国民政府中央研究院第一届院士。名单如下：
数理组（28人）姜立夫 许宝騄 陈省身 华罗庚 苏步青 吴大猷 吴有训 李书华 叶企孙 赵忠尧 严济慈 饶毓泰 吴宪 吴学周 庄长恭 曾昭抡 朱家骅 李四光 翁文灏 黄汲清 杨钟健 谢家荣 竺可桢 周仁 侯德榜 茅以升 凌鸿勋 萨本栋生物组（25人）王家楫 伍献文 贝时章 秉志 陈桢 童第周 胡先驌 殷宏章 张景钺 钱崇澍 戴芳澜 罗宗洛 李宗恩 袁眙瑾 张孝骞 陈克恢 吴定良 汪敬熙 林可胜 汤佩松 冯德培 蔡翘 李先闻 俞大绂 邓叔群人文组（28人）吴敬恒 金岳霖 汤用彤 冯友兰 余嘉锡 胡适 张元济 杨树达 柳诒徵 陈垣陈寅恪 傅斯年 顾颉刚 李方桂 赵元任 李济 梁思永 郭沫若 董作宾 梁思成王世杰 王宠惠 周鲠生 钱端升 萧公权 马寅初 陈达 陶孟和随着名单公布，折腾了几年的中国有史以来的首届院士选举尘埃落定。
由名单可以看出，史语所相当多的研究人员当选本届院士。其中专任研究员有傅斯年、陈寅恪、赵元任、李方桂、李济、梁思永、董作宾、吴定良。兼任研究员有冯友兰、汤用彤。通讯研究员有胡适、陈垣、梁思成、顾颉刚、翁文灏。整个人文组差不多有一半院士与史语所有关。后经夏鼐列表分析，本次当选院士，中央研究院有21人，北京大学10人，清华大学9人，技术机关6人，其他如中央大学、浙江大学、文化机关及行政长官各有4名，另外的机构、大学都在4名以下，如复旦大学仅童第周1人。中央研究院所占比例为26％。消息传出，反响不一，有的认为本次选举公平合理，有的则认为“遗珠甚多”，北大教授向达公开批评，谓：“本院的所长，大部分的专任研究员，几乎都是当然院士。”“令人有一种诸子出于王官之感。”胡适事后对院士籍贯分布专门列表分析，并在1948年9月24日的日记中写道：“此次院士八十一人，安徽只有我一人。”是否暗含着一丝同乡太少并为刘文典的出局惋惜之情？后人则难以考证猜测了。
当然，这个时候也有对此颇不在乎者，如经胡适、傅斯年、董作宾、李济、夏鼐等人竭力争取，并终于成为院士的郭沫若，因郭氏此时已受到中共方面的重用，并开始在政治文化界大出风头，对这个国民党政府赠与的学术头衔早已不屑一顾了。
1948年夏天，在美国的傅斯年突然提出回国，夫人俞大綵劝他再静养些时日，但傅执意欲归，且慷慨陈词：“国内要做的事太多，岂能偷闲而安居异国乎？”俞大綵不好阻拦，只把儿子傅仁轨留在美国一个亲友家中继续读书，夫妇二人回归祖国。抵达南京后，傅斯年重新执掌史语所所务，夏鼐的代理所长就此告一段落。
1948年6月9日，中央研究院在京人员搞了一个庆祝成立二十周年纪念活动。据参加活动的石璋如回忆：“上午开会，晚上就请吃饭，从总办事处到地质研究所前头的空旷处，桌子一路排开，放上酒跟点心，夜里灯火通明，称做游园会。刚开始的时候人很多，爱去哪桌吃、喝酒都可以，可是天气不巧，打了响雷下起阵雨，大家就集中到总办事处的演讲大厅去。我记得研究所内还有杨希枚领头唱平剧，非常热闹。”同年9月23日至24日，“国立中央研究院成立第二十周年纪念会暨第一次院士会议”在南京北极阁举行，与会者有朱家骅等51人。为表示对学术事业与知识分子的尊重，蒋介石撇下前线十万火急的战事，亲自出席会议并致训辞，场面隆重热烈。蒋退席后，分别由朱家骅、胡适、张元济三位院士代表致辞，而以商务印书馆掌门人张元济痛斥内战的讲话最为沉痛动人。张说：“抗战胜利，我们以为这遭可以和平，可以好好地改造我们的国家了。谁知道又发生了不断的内战，这不是外御其侮，竟是兄弟阋于墙。我以为这战争实在是可以不必的……但是战端一开，完全是意气用事，非拼个你死我活不可，这是多么痛心的事情。打的时候并没有多久，已经闹到所谓四海困穷。人民有些受不住了。报纸所载，那边的占领了东九省，围攻了太原，打破了开封，现在又进逼济南。关外、山西流亡的学生，成千成万的到了平津武汉和南京，吃没有好好的吃，住没有好好的住，哪里还说什么入校求学呢？前几天我听李润章先生说，他原籍昌黎县，一年之内两方的军队一出一入共有三次，地方的蹂躏也可想而知了。”又说：“战事不到两年，已经成了这个现象，倘若再打下去，别的不用说，我恐怕这个中央研究院也就免不了要关门。”张元济一语成谶，这次院士会议，成为国民党统治时期中国知识分子群体在苦难中深受瞩目和备感荣光的绝响。未久，中央研究院关门上锁，81名院士在战争的硝烟炮火中分道扬镳，踏上了不同的人生之路。