令刘文典没有想到的是，他的磨黑之行，在西南联大校园引起了波澜。当时清华聘任委员会已召开会议，议决续聘刘为联大文学院中国文学系教授。但清华中文系代主任闻一多对刘氏的磨黑之行大为不满，认为此人的所作所为有失一位学者的操守，不足以为人师表，不但不寄发聘书，并以手中掌控的权力将刘氏解聘，欲革出清华。众教员闻讯，觉得事关重大，尽管刘文典磨黑之行，无视顶头上司、清华中文系代主任闻一多的存在，居然不打招呼，独自出走，属于典型的“犯上”，但并没有“作乱”，因而罪不当革职并被扫地出门。众人纷纷为刘氏讲情，企图挽救“国宝”于危难。据同为中文系教授的王力在《我所知道闻一多先生的几件事》一文中回忆：“系里一位老教授应滇南某土司的邀请为他做寿文，一去半年不返校。闻先生就把他解聘了。我们几个同事去见闻先生，替那位老教授讲情。我们说这位老教授于北京沦陷后随校南迁，还是爱国的。闻先生发怒说：‘难道不当汉奸就可以擅离职守，不负教学责任吗？’他终于把那位教授解聘了。”
刘文典被革职的消息传到磨黑，刘氏在震惊之余惶恐不安，顾不得吞云吐雾，缥缈于蓬莱仙境驾鹤逍遥了，匆忙于7月25日写长信向梅贻琦申辩，试图挽回颓局。信函如下：
月涵先生校长道鉴：
敬启者，典往岁浮海南奔，实抱有牺牲性命之决心，辛苦危险皆非所计。六七年来亦可谓备尝艰苦矣！自前年寓所被炸，避居乡村，每次入城徒行数里，苦况尤非褚墨之所能详。两兄既先后病殁湘西，先母又弃养于故里，典近年日在贫病交迫之中，无力以营丧葬。适滇南盐商有慕典文名者，愿以巨资请典为撰先人墓志；又因普洱区素号瘴乡，无人肯往任事，请典躬往考察，作一游记，说明所谓瘴气者，绝非水土空气中有何毒质，不过疟蚊为祟，现代医学尽可预防。“瘴气”之名倘能打破，则专门学者敢来，地方富源可以开发矣！典平日持论，亦谓唐宋文人对瘴气夸张过甚。（王阳明大贤，其《瘗旅文》一篇，对欧阳修文瘴气形容太过）实开发西南之大阻力，深愿辞而辟之。故亦遂允其请。初拟在暑假中南游，继因雨季道途难行，加之深山中伏莽甚多，必结伴请兵护送，故遂以四月一日首途。动身之先，适在宋将军席上遇校长与蒋梦麟先生、罗莘田先生，当即面请赐假，承嘱以功课上事与罗先生商量，并承借薪一月治装。典以诸事既禀命而行，绝不虞有他故。到磨黑后，尚在预备《玄奘法师传》，妄想回校开班，与东西洋学者一较高下，意为祖国学术界争光吐气……不料五月遽受停薪之处分，以后得昆明友朋信，知校中对典竟有更进一步之事。典初尚不信，因自问并无大过，徒因道途险远，登涉艰难未能早日返校耳。不意近得某君来“半官式”信，云学校已解聘；又云，纵有聘书，亦必须退还；又云昆明物价涨十数倍（真有此事耶，米果实贵至万元耶），切不可再回学校，长为磨黑盐井人可也。其他离奇之语，令人百思不解。典此行给罪在不可赦，学校尽可正式解聘，既发聘书，何以又讽令退还。典常有信致校中同仁，均言雨季一过，必然赶回授课，且有下学年愿多教两小时，以为报塞之言。良以财力稍舒，可以专心全力教课也（此意似尚未向罗先生提及也）……典现正整理著作，预备在桂林付印，每日忙极（此间诸盐商筹款巨万，为典刊印著作，拙作前蒙校中特许列为清华大学整理国学丛书，不知现尚可用此名称否，乞并示知）。今得此书，特抽暇写此信，记莘田先生转呈。先生有何训示亦可告之莘田先生也。雨季一过，典即返昆明，良晤匪遥，不复多赘。总之典个人去留绝对不成问题，然典之心迹不可不自剖白，再者得地质系助教马君杏垣函，知地质系诸先生有意来此研究，此间地主托典致意，愿以全力相助，道中警卫，沿途各处食宿，到普洱后工作，均可效力，并愿捐资补助费用，特以奉闻。忙极不另写信矣。专此寸简，敬请道安不一。
弟 刘文典再拜 七月二十五日两天后的7月27日，刘文典再写信给罗常培，与致梅函一并发出，文曰：
莘田学长左右，顷上梅校长一书，乞为转呈。弟绝对不恋此栈，但表心迹而已。个人去留小事，是非则不可不明耳。顺请道安不一弟 文典再拜 七月二十七日刘文典在致梅贻琦信中所说的“某君”即闻一多。此时闻氏以居高临下的姿态和强硬口气，对这位老同事极尽讽刺挖苦之能事，已看不出有半点情意存在。而刘氏的申述信一并寄给罗常培转交梅贻琦，显然刘想让罗在梅跟前替其说情，拉兄弟一把。当时联大虽属三校合在一起上课，但又各自保持独立的健制。聘任制度是：先由三校聘委会分别聘请，再由联大出面聘任，也就是说，刘文典必须在清华中文系聘请之后，才能由联大中文系聘用。若清华不聘，联大亦不能聘，所谓不能隔着锅台上炕是也。罗常培当时是联大中文系主任，虽比闻一多高一个级别，但在清华方面决定不聘的情况下，他不能以联大的名义蹲在炕上指挥锅台下的灶吏聘请刘文典为上宾。如此一来，罗若想拉刘一把，所做的只能是再把信转给梅贻琦，而后趁机为其进言，开脱过失，借梅的力量扭转乾坤。罗与梅相见后如何表现，又如何说辞不得而知，但后来的结果却大为不妙。梅贻琦接信后，一改往常平和的态度，于9月10日手书一封，口气颇为生硬地对刘文典道：
日前得罗莘田先生转来尊函，敬悉种切。关于下年聘约一节，盖自琦三月下旬赴渝，六月中方得返昆，始知尊驾亦已于春间离校，则上学期联大课业不无困难。且闻磨黑往来亦殊非易，故为调整下年计划以便系中处理计，尊处暂未致聘。事非得已，想承鉴原。
梅氏的一封信，算是彻底定了刘文典不能回返联大的命运。清华大学校史研究者黄延复认为，素以“爱才如命”见闻于全校上下的梅贻琦，如无特殊困难和考虑，是绝不肯轻易从自己手里放走像刘文典这样蜚声中外的大师的。梅所说的“事非得已”，除了刘氏在操守方面有失检点的原因，更主要的是他严重地违犯了清华和联大的规章制度，加之闻一多坚辞的态度，梅贻琦只能“挥泪斩马谡”了。
另有人谓，当时刘文典还有一个可能翻盘的机会，这就是请自己尊敬且关系密切的联大文学院院长冯友兰，向梅与闻二人施加影响与居中调和。遗憾的是，冯此时正在美国讲学未在联大，终致刘文典回天乏术，徒叹奈何。1938年毕业于清华社会学系的鲲西，在后来谈到刘文典被解聘一事时说：“据我所听到的缘由是刘先生长期旷课。刘先生确也曾在云南土司家为上客。但解聘的事也正是发生在文学院院长冯芝生先生去美国讲学期间。冯先生若在，以冯先生的地位和持重，不会同意发生这样的事。所以积怨正是乘这样一个空当发难的。”据鲲西所了解的内情，闻刘二人之积怨，发生于一次课间休息之时，在教授休息室内，刘文典直指闻一多读错了古音，当时在学界引起了较大反应。而“从某种意义上说，这是一种令人难堪的羞辱。由羞辱而积怨，终于导致报复，贤者在所不免”。
鲲西所言并非空穴来风。刘文典之张狂和目中无人在联大众人皆知，他不仅大骂沈从文“该死的”与“四块钱也不值”，还曾不止一次地公开宣称联大文学院只有三个教授，即“陈寅恪先生是一个，冯友兰是一个，唐兰先生算半个，我算半个”。什么闻一多，朱自清、罗常培、罗庸、金岳霖、郑天挺、姚从吾、吴宓，连同小一号的吴晗等辈，在他眼里皆不值一提，与沈从文一样连“四块钱”也不值。既然在他心目中学美术出身的闻一多连个教授都不配，自然看轻，对其偶尔念错古字古音不分场合地指责批评也就成为一种可能。而闻一多借此机会反戟一击，也是男子汉尤其是诗人型的热血男人所为，即毛泽东所谓“人若犯我，我必犯人”，或鲁迅所坚持的“一个都不宽恕”是也。冯友兰在撰写西南联合大学纪念碑碑文时，如果不是亲身体验，难有“文人相轻，自古而然，昔人所言，今有同慨”之慨叹。当然，如此感慨者并非仅冯氏一人，西南联大组建时，中文系主任由清华教授朱自清担任。1939年底，朱由于身体健康原因辞职，中文系主任改由北大的罗常培继任。1943年12月22日，朱在给老友俞平伯的信中，曾这样披露自己的心境：“在此只教书不管行政。然尔来风气，不在位即同下僚，时有忧谗畏讥之感，幸弟尚能看开。在此大时代中，更不应论此等小事，只埋首研读尽其在我而已。”教授之间确也不能免俗，而在西南联大时期犹甚，处于激烈竞争的学界，相互攻讦排挤亦不是什么新鲜之事。当刘文典被闻一多强行解聘，欲逐出清华之际，与其友善的外文系教授吴宓挺身而出，为其大鸣不平，并以悲天悯人的情怀四处奔走呼号，同时致函陈寅恪，请其予以设法挽救。当时陈氏逃出香港尚在桂林，正准备转赴成都燕大任教。得到吴宓的求救信后，权衡再三，感到大局已不可挽回，乃快函云大校长熊庆来，力荐刘文典转云大任教，以挽狂澜于既倒。
在磨黑的刘文典经此事变，心灵备受打击，当然不愿按闻一多说的“长做磨黑盐井人”，而是迅速抽身携家眷离开磨黑中学赶回昆明。当他在昆明郊外那几间租住的土屋寒舍刚一落脚，顾不得鞍马劳顿与一路跋涉的辛劳，立即来到司家营闻一多的住处找闻氏理论。此时闻一多正在家中吃饭，刘一步闯进来，暴跳如雷，对闻大加斥责。闻一多见状，自以为真理在据，不甘屈居下风，于是起身在饭桌旁与其吵闹起来。双方你来我往各不相让，眼看将要挥动老拳，或动板凳腿，来个我以我血溅饭桌。多亏朱自清恰巧因事到场，乃奋力劝解，才避免了一场流血的恶战。
后来刘文典是否找过梅贻琦当面申述，外界知之寥寥，但他在闻一多的强势阻挠挤压下，最终还是未能跨进清华的大门，被迫转于云南大学任教。自此，一代国学大师的星光渐次暗淡。闻、刘之纠葛以及刘文典的不幸际遇，或许可视为冯友兰在纪念碑碑文中所说“同无妨异，异不害同；五色交辉，相得益彰”之下的一个阴影吧。