登上临时“封疆大吏”宝座的李宗黄，本来就极端厌恶龙云旧势力及其纵容民盟等亲共分子的做法，再加上其本身性格桀骜不驯，用他的说法就是“为人刚直耿介，作风大刀阔斧”、“有永远不为恶势力低头的革命精神”。这就导致李氏在学潮事件中始终保持着一种激烈的心态，即“奸党”阴谋分子愈是鼓动学生闹事，我李宗黄就愈是要同他们对着干！即使到血案发生之后，李氏也依旧刚愎自用地认定：学潮的发生根本就是冲着自己这位临时省主席来的，是龙云的旧势力勾结共产党意欲阻止其掌控云南军政大权，是一种故意捣乱滋事的流氓行径。因此，上台伊始，为了表现忠党忠蒋之心，把可能发生的反政府学潮扼杀于萌芽之中，李宗黄一开始就决定采取严厉的处置措施，并联合昆明警备总司令关麟、第五军军长邱清泉，动用军队、警察、特务和国民党党团骨干，采用破坏加恐吓的双重伎俩，使大多数师生心生畏惧，知难而退。25日晚，当学生们把会场改在联大图书馆前草坪上继续进行演讲之时，李宗黄即下令手下党徒特工人员按预定计划轮番上阵进行反制，并说服邱清泉出动第五军官兵，以枪炮齐鸣的激烈措施扰乱示威，达到恐吓学生，使对方不敢外出游行的目的。
后来有研究者分析，当晚李宗黄与关麟征等人的确最怕学生们冲出校园游行，而一位西南联大的教授事先曾告诉过李，这种校园集会属于正常的活动，一般要到深夜才会结束，根本不可能发生深更半夜高举灯笼火把在大街小巷游行示威的事情。但神经高度敏感与警觉的李、关等人则坚决地认为，此说只是不谙世事与政治斗争之常规的书呆子或愚夫之见，不足为凭，他们更愿意相信自己的谍报人员截获的关于延安与昆明遥相呼应的秘密情报。
正是这种自以为是并有些神经质的固执己见，与以武力为后盾、天马行空的所谓“反制措施”，激起了各校学生强烈反弹。本来已取消游行计划。更不曾想过罢课的学生们，反而在经历羞辱和极度义愤中，于第二天开始掀起了要求“取消禁止集会游行非法禁令”和“保护言论及身体自由”的罢课风潮。
就在罢课风潮形成狂涛巨浪，大有决堤之势的关键点上，中共中央机关报《解放日报》、重庆《新华日报》闻风而动，先后发表了昆明“罢联”草就的《告全国同胞书》等言辞激烈的檄文。《新华日报》更是慷慨陈词，发表社论，指出“这几项要求实在非常温和而合理”，当局的做法实在过于霸道与蛮横云云。此后，罢课风潮瞬间呈滔天之势决堤而出，开始向昆明之外的广大地区奔腾蔓延开来。
学潮骤然升起，如平地突起惊雷，令云南当局措手不及。此时的李宗黄等人不仅不为自己不当的处置检讨并采取补救措施。相反，他们坚信自己的行为乃切实的“反奸党”斗争，是忠于党国和领袖的大无畏革命精神的光辉写照，是领袖意志与思想决策的忠诚执行者。早在抗战胜利前夕，当得知昆明部分学生受中共地下党的暗中操纵，公开跳将出来呼吁组织联合政府时，蒋介石就向教育部发出密令，毫不含糊地指出：“我国八年苦战，军民牺牲，历尽险阻艰难，始获奠定抗战最后胜利之初基。今反攻即将开始，而存心破坏抗战之阴谋分子，见胜利在望，乘机思逞，散播谣言，假借名义，肆其煽惑，尤其对于学校青年鼓动利用，无所不至，冀欲酿成学潮，扰乱战时秩序，以削弱抗战力量。政府维持法纪，捍卫治安，责无旁贷。如各地学校学生有甘心受人利用破坏秩序发动学潮者，政府即视为妨害对敌作战、阻挠抗战胜利之祸国行为，必当予以断然严厉之处置，决不稍有姑息。”这里所说的“断然严厉之处置”，自然就如同捕捉造反闹革命的阿Q一样，“咔嚓”一声砍头的意思。在蒋介石看来，非动用如此激烈之手段，不足以阻挠“祸国”之行为，平息各地汹涌而起的学潮。
崇尚武力并以武力解决学潮，对蒋介石而言，业已成为一种惯例。无论是1931年“九一八”事变后全国各地兴起的学运，还是西安事变前的学潮，最后关头蒋氏都主张不惜以武力处置，诚如蒋在西安事变之前对张学良所说：“对于那些青年，除了用枪打，是没有办法的。”作为党国领袖所采取的严厉“反制”手段，无形中为国民党高层一些要员做出了“榜样”，而“榜样”的力量是无穷的。在这种思维惯性作用促使下，身在昆明的李宗黄认为，正是25日晚当局所采取的一系列措施，才有效地阻止了“奸党分子”的计划，“使其不能达到开会游行的目的”。对于后来罢课风潮的发生，他认为这是“奸党分子”在捣乱失败之后又一次有组织的反扑。地方当局对待这次反扑，必须采取“严厉措施”来加以反制，达到令其捣乱，失败，再捣乱，再失败，直至灭亡的目的。
11月27日下午，李宗黄再度找到关麟征、邱清泉等军事将领和特务头目在省党部召集会议，决定针锋相对，组织一个反罢课委员会，由第五军军长邱清泉任总指挥，第五军政治部主任张濯域为总干事，罢课委员会下设情报、行动、破坏、对抗等各组，各组组长皆为国民党、三青团、军队政工人员、宪兵头领与特务骨干分子构成。另外由云南大学学生、三青团云大支部书记纪廷琛；联大学生、三青团联大分团书记蔡麟笔等人为联络员，负责收集校内情报，随时向当局汇报并做内应。此次李、关等提出了明确的行动纲领，要“以组织对组织，以宣传对宣传，以行动对行动”，不惜一切力量压制“奸党”宣传，组织大量党团同志展开反制行动，使“奸党分子”不能顺利集会和游行。如果学生们坚持罢课、游行，破坏秩序，将会在“必要时使用武力”，直至“开枪”“不惜流血也要压制这次学潮”。25日晚，那个曾自称“王老百姓”的特务头领查宗藩，在会上更是神经兮兮地煽动说：“现在党国处于危机之中，党员要忠于党国。联大学生都是共产党，我们要去打死他们。”一时间，整个省党部会议大厅人声鼎沸，情绪激昂，弥漫飞溅着一股呛人的血腥气味。
会后，关麟征向蒋介石拍发了密电，报告25日晚昆明四所大学举行时事讨论会，已派党团工作人员参加操纵会场。26日联大学生开始煽动罢课，主张“组织联合政府，停止内战，在华美军撤退，言论及集会自由等项，并勾引裕滇纱厂工人，有掀动罢工扩大全昆明罢课并大举联合游行示威举动”等情况。请示：“除竭尽各种方法严密防范外，如反动情势扩大，实行游行示威，加倍诋毁政府与钧座应取何种态度对付？”
行动计划很快密报重庆，蒋介石侍从室得到关麟征的电文后，即交由次日官邸党政军汇报会处理。会议作出“教育部派人前往劝导复课，如开导无效，即不惜解散；并决定改组党政军会报机构，以为应付时局指挥机构”。但公文尚未按程序走完，就爆发了“一二·一”惨案。
在李宗黄的指使下，从11月30日起，被组织起来的云南省党部和省各支团部职员、军官总队与驻昆第五军所属分校学员，以及部分特工人员，开始在昆明市区各街道通衢，与出校宣传的学生发生肢体冲突，并有部分党团人员进入校园强行捣毁义卖桌凳、撕毁标语，高呼“打倒共产党”之类的口号，对敢于与之争论的学生则用拳头加耳光伺候。此时学生们尚不知国民党高层已有了“不惜流血也要压制学潮”的密令，当有人问特务为什么行凶打人时，特务们竟瞪着眼反问道：“我为什么不打？打一个大学生有八万元，打中学生有四万元的奖赏。”言辞中透着蛮横凶妄，无理可论的气焰，当日有十余名学生被打伤或被刺刀穿伤，其中包括联大教授闻一多的儿子闻立鹤。被打得晕头转向，天旋地转，感到气氛不对的学生在中共地下党的指示下，回到学校，紧闭校门，不再外出，在校园内罢课以示抵抗。面对此情，生性刚愎自用的李宗黄表现出比职业军人关、邱等还要强硬的姿态，竟赤膊上阵，操纵便衣军警和特务冲入学校，展开了更大规模的暴力行动。
12月1日上午9时左右，根据预先布置，由李宗黄及助手李耀廷把省党部各科室与市县党部的助理干事，以及调统室的便衣特务集合到大礼堂前面的空地上，准备向学校全面进攻。行前，李宗黄亲自训话，并为党徒们打气说：“过去我在昆明办党，学生们也闹事，打到门口来。当时，我手下的干事宁伯晋他们就不怕，他们也打了出去。现在，他们又向我们进攻了，这是大家效忠党国的大好时机，我们要以宣传对宣传，以流血对流血，进行还击。”
当受到蛊惑的大批党团人员准备出发时，李宗黄仍不放心，吩咐省党部守卫大门的卫兵长，将所有卫队枪支上的通针和刺刀收集起来，交给党徒，藏匿身边以做凶器。见通针刺刀不够分配，李便命令党徒各自收集攻击与防身器具。于是，省党部内，厨房里挑水的扁担、盛水的木桶、炒菜的勺子、烧火的木棍、炸油条烤羊肉串的铁钎、打扫厕所的拖把等都被收集而来用于行动。待党徒们各自手中均有攻击的家伙，李宗黄巡视一过，方命令亲信杨灿率队跑步至如安街三青团团部的行动指挥所，与等候在那里的军官总队学员等军人、特务联合一处，杀气腾腾地向云南大学、中法大学、联大新校舍、联大师范学院、联大附中、昆华女中、南菁中学学校杀奔而来。
因有李宗黄背后撑腰，几百名党徒、军人、特务精神亢奋，呼呼隆隆地冲入学校后，见人就打，见物就砸，有自视勇猛者竟公然投掷手榴弹进行轰炸，仅片刻工夫，联大地质系教授袁复礼及20余名学生被打翻在地，嗷叫不止。其时正从联大门口路过的南菁中学教员、退伍军官于再，不幸被一暴徒拉响的手榴弹当场炸倒，后送医院不治而亡。当日12时左右，在三青团云南支团部秘书兼宣传股长周绅率领下，四五十个特务强行攻入联大师范学院，在院中投掷手榴弹。师院学生人少势寡，猝不及防，见对方来势凶恶异常，于混乱中只好从食堂窗户爬入窗外的昆华工校求援，待与昆华工校同学联合后，即从窗户复入师院以石块木棒进行绝地反击，这一行动竟将大批特务击退于校门之外。只是大门刚刚关闭，又被后续的大批党徒攻破，并从门外投人手榴弹两枚。烟雾腾起，响声过去，联大师范学院学生李鲁连当场被炸翻在地，有学生冒着生命危险将李救起急送云大医院抢救，途中复遭暴徒拦截毒打，李鲁连登时气绝。另一位女学生潘琰胸部被手榴弹炸伤，手指被弹片削掉，浑身是血倒在地上痛苦呻吟。一暴徒见状，兽性大发，举起手中带尖的铁棍，照其腹部猛刺三棍，潘昏死过去，送医院后气绝身亡。昆华工校学生张华昌被手榴弹炸伤头部，倒在师院大门的石槛上不能动弹，一特务上前举起木棍照头部猛力打砸，黑红的血液顿时从张的右耳流出，红色之上漂浮着白色的脑浆，而“脑浆和血液已混在一起，业已无救”，当场丧生。被手榴弹炸成重伤的还有联大学生缪祥烈、昆华工校学生李云等十余人，缪被炸断一条腿，虽侥幸保住性命，但不得不将断腿锯掉，落了个终身残疾。——这便是震惊中外的昆明“一二·一”惨案的大体经过。有些巧合的是，惨案发生的当天，卢汉已经回到昆明并正式接替李宗黄出任云南省主席一职。于是，昆明与重庆之间再度风生水起，陷入了一场派系复杂，身份隐秘，各为其主，合纵连横，剪不断，理还乱的大争斗。