1943年秋，在中央研究院总干事任上的叶企孙，因傅斯年的霸道而不堪忍受有职无权的羞辱，毅然辞职离开重庆回到昆明西南联大，继续担任清华大学“特种研究事业”委员会主任。1945年8月，因西南联大理学院院长吴有训调任重庆中央大学校长，叶继任联大理学院长。抗战胜利后，西南联大常委梅贻琦、傅斯年，频繁往来于重庆、南京、北平之间办理学校复员事宜，叶企孙被国民政府教育部指定代理清华大学校长、联大常委并主持联大校务，成为事实上的西南联大第一把手。期间，国民政府为实施“种子计划”，在吴大猷推荐下，叶企孙力挺年少聪敏的物理学天才李政道公费出国学习并取得留美成功。许多年后，李政道颇为感激地说道：“叶师不仅是我的启蒙老师，而且是影响我一生科学成就的恩师。”
1946年秋，清华大学复员回到北平并于清华园复课，叶企孙担任校务委员兼理学院院长，是除梅贻琦之外清华第二号实力派人物。1948年年底，梅贻琦仓皇南飞，清华大学很快被中共接管。据叶企孙“文革”期间“交代材料”披露：“清华复员以后，吾曾一度向梅贻琦说：倘有短期出国研究物理学或科学史的机会，吾可以考虑。后来，美国某基金会（我记不清哪一个了）来信，说已给我一个研究科学史的学侣补助金（fellowship stipend），研究地点在麻省理工大学或哈佛大学。吾收到这封信时，人民解放军已接近北京效区。吾愿意留在清华，等候解放。我没有答复基金会来信，也没有去领款。”当叶决定放弃这个机会时，梅贻琦想拉叶离开北平，并有了与叶企孙共同到福建省利用海外保存的清华基金，重新建立清华大学基地的打算，但叶经过一番摇摆、观望，最后“自信作孽无多，共产党也需要教书匠”，便决定既不出国也不南飞，坚持留下来迎接对他来说并不了解的新政权。
梅贻琦出走后，清华事务暂由以文学院院长冯友兰为主席的校务委员会维持。1949年1月10日，中共北平军事委员会文化接管委员会主任钱俊瑞偕同教育委员会张宗麟等人到清华园正式接收，并由校务委员会主席冯友兰在大礼堂召集师生，声明“清华从今日起正式成为人民政府的大学（全体鼓掌一分钟），并且是人民解放军第一个解放的大学”。1月30日，即宣告北平和平解放的前一日，中共所属解放军二千余人以参观的名义开赴清华园，实际是一个占领仪式。解放军官兵与清华学生进城工作队会集于体育馆广场，一起唱歌、呼口号，从自家居室携妻带子跑出来瞧稀奇的清华教授们，第一次听到“中国共产党万岁！”“毛主席万岁！”等口号。这几句不同凡响的口号，在清华教授心中形成了很大冲击，多数人不得不认为，天确实变了，人如何变，恐怕要看天行事了。
1月31日，中共代表钱俊瑞受命赴清华园大礼堂演讲新民主主义及共产党政策，有二千余名师生听讲。就在钱俊瑞在清华讲演的同时，清华教授会也因政府欠薪问题紧急召开会议讨论。原解放军北平军委会文化接管会答应在1月底前为清华教职工发薪一次，但月底来临，众人没有见到一个铜子。于是，参会的众多教授认为是以冯友兰为首的校务委员会不够努力造成的，让冯速到中共当局催款。冯在原地转着圈，以各种理由哼哼唧唧地向诸方辩解开脱，仍得不到众人谅解，一气之下说：“我在这里办学，并不是去讨饭。”
生物系一个叫吴征镒的“先进教员”立即站起来指责道：“这是个思想问题。”据冯友兰许多年之后反思说：“我当时心里想，我搞了几十年哲学，还不知道什么思想？后来才知道，解放以后所谓的思想，和以前所谓的思想并不完全一样。”冯支吾不能言，且在会场多次失态。据浦江清当天的日记载：“清华各团体自解放后，盛行检讨之风，而检讨之习惯未养成，所以多意气和裂痕。冯公说了一旧话，说清华原有一句成语：‘教授是神仙，学生是老虎，办事人是狗！’校务会议在此刻无论怎样总是错的，希望不久新政府派校长来也！”
浦江清日记透露了两个事实：一是此时的冯友兰已不被众教授，特别是新派教员们所接受和放在眼里；另一个则是检讨之风兴起之迅猛，令老牌教授们感到措手不及，而随着政治局势的变易，这股新风很快掀起滔天巨浪，将涉世未深的书生们淹没于茫茫大海之中。未久，主持清华校务的冯友兰被踹到了一边，另以吴晗为军代表，接管全盘事务。
对于自己马失前蹄，丢掉了清华“一把手”的纸糊官帽，冯友兰认为有两个原因：一是自己在政治上不能与时俱进，甚至糊涂透顶；二是与吴晗在背后捣鬼下绊子有关。对此，冯氏列举两例：一是在国民党军撤退，中共军管会尚未进入清华园接管的“真空时期”，有一天，国民党军飞机突临清华园上空扔炸弹，其中一颗爆炸声响之大，把坐在家中沙发上的冯友兰给摔了出来。冯于惊恐中急忙爬起来从窗户向外观看，只见有些教职工家属披着被子，尖叫着在路上狂奔乱窜，场面十分恐怖混乱。冯友兰出门察看，方知刚才的炸弹落在了工字厅后面滑冰场旁边的树林里，有两棵树被炸飞，遗留一个很大的弹坑。当时有许多大人小孩在滑冰场溜冰，倘若炸弹落入滑冰场，后果将不堪设想。冯友兰怀着惊悸不安之心找了几个人一起调查，发现清华园一共落了十二枚炸弹，其他的十一枚都落在园内边角的空地上，只有滑冰场旁边的一枚离人群较近，但没有一人受伤，也没有什么财物受损失。第二天国民党报纸有消息说，南京的空军在西郊轰炸解放军炮兵阵地，使解放军受到不少损失云云。既然在西郊轰炸解放军炮兵，为何又到清华园投弹？冯友兰与教授们如堕雾中。据几个号称“卧龙”、“凤雏”的教授分析，国民党军此次行动显然有备而来，并有详细的轰炸计划，其目的可能有二：一是防止清华园进驻解放军，如果有解放军暗中进驻，这种打草惊蛇之法将追其退出，否则清华师生出于自身安全考虑会群起攻之，主动将其驱逐出园；二是对清华师生以震慑，表明国民党军尚有作战的实力，鹿死谁手殊难预料，你们不要太轻薄了，心中没有个死数，像一堆腹中空空根底浅、悬空飘荡的墙头之草，东风来了向东倒，西风来了向西歪，平时满口的仁义道德、礼义廉耻，外加一堆春秋大义、民族气节等。一旦强势压境，这些大义和气节全部打发到他老娘家去了，或者直接送给了西天老佛爷。剩下的只有茫然四顾，或山呼万岁，或磕头作揖，耷拉着睡眼惺忪的眼皮迷迷糊糊地转着圈寻找新的主子罢了。
作为清华校务委员会主席的冯友兰，自然顾不得这些猜测和议论，赶紧做一些安抚性的宣传和疏散工作。就在这时，毛泽东主席给清华发来了慰问电以示关心和安抚。这封发于一个伟大历史转折时期的电报，同历史上任何一次鼎革时期一样，都是一件特别值得重视的大事、要事与非凡之事。可惜号称研究了大半辈子哲学，又每以“帝王师”自居、且自负的冯友兰，并没有把统率百万雄师的毛泽东放在眼里，竟不识抬举地仍然按旧观点、旧规矩，当做原北大一个小小的图书馆管理员寄来的信函予以处理，这无疑是对毛泽东与所代表党派的一种羞辱。冯氏不懂政治、不识时务和人情世故的做法，正如他自己后来痛心疾首的忏悔：“在清华遭到国民党空袭以后，党中央、毛主席打来慰问的电报，这是对清华的关心，应该大张旗鼓地宣传，可是我是照旧办法，把来电在学校布告栏内一公布，就算完事。”此事在当时的冯友兰看来无足称道，但在即将推翻国民党政权，准备来一个鱿鱼大翻身的一方看来则是大逆不道。因大局尚未明了，中共一方暂时忍而不发。未久，吴晗事件发生。
北平和平解放后，冯友兰主持的校务会议，作出了愿留清华者需要签名登记的决定。此时吴晗正作为中共一方的“托命之人”，豪气冲天地从中共解放区河北一带回到北平，并作为接收大员随解放军浩浩荡荡地开进北平接收人、财、物。有一天，吴晗突发奇想，采取打枪的不要，悄悄地进园的方式，独自溜进清华，向会计科领工资。吴氏搞这一手，可能不愿意在旧同事面前声张，给人一种小人得势，或唯利是图的印象，更怕别的教授当面或背后指斥自己作为中共麾下的一名先进分子、中共接受大员，何必计较这份少得可怜的薪水？况且，自己置清华师生与所授课程而不顾，偷偷溜掉已有几个月了，既没上课又没有为嗷嗷待哺的教职员工和穷得像叫花子一样的学生，拉回一个卢布的赞助费，可谓寸功未立，反而给校务委员会添了不少麻烦，如今领的是哪门子薪水？依据何在？若熟人问及，情何以堪？
吴晗的担心很快成为事实，因校委会出台的规定，同样牛气烘烘，自认为校长是老大、自己是老二，甚至与老大平起平坐的清华会计科科长，一查登记簿，没有吴晗的大名，于是断然决定不发给工资。吴晗解释说自己原是清华的教授，几个月前才窜出清华溜到了解放区，为革命抛头颅，洒热血，很不容易，没有功劳也有苦劳，没有苦劳也有疲劳，清华应该发给自己离校期间的工资作为苦劳或者疲劳的报酬和奖赏云云。但会计科长坚持让吴去找主持清华校务的冯友兰，只要冯签字认可，会计科就照办，否则，说你曾受到列宁、斯大林接见，于苏联莫斯科红场那旮旯溜回来也没用。吴晗对冯友兰自是露出不屑一顾的态度，表示坚决不理那块洋咸菜。如此这般，双方你来我往地较起劲儿来。任凭吴晗如何摇头晃脑地来回比画，唾液飞溅地加以解释，那位牛气冲天的会计科长心中只有冯友兰而没有吴晗，其态度咬钢嚼铁般生硬，毫无通融的余地。争得急了，会计科长嘴里大声叫嚷道：“原来是什么，不见得现在是什么，原来蒋介石还是总统，现在不是下野了吗？原来汪精卫是国民党领袖，现在不成为汉奸了吗？”吴晗闻听，知道这位会计科长压根就没有把自己这位即将登上政治舞台的红色人物放在眼里，盛怒中脸涨成紫黑色，嘴里嘟囔着别人听不清楚的狠话，扬长而去。
很快，吴晗在中共接收委员会上就清华的登记问题作了慷慨激昂的发言，大意是：“清华规定，凡是从解放区回来的都得登记。我不了解‘登记’这个名词的新的含义，大概新的含义是对于有问题的人才称为‘登记’。”吴晗的发言引起了中共接收大员的高度重视，认为清华校方主持者对到解放区的革命师生不怀好意，甚至产生敌意，遂拿出对付敌人的办法对付这些先进的革命者，这成何体统？于是，中共文管会派出大员到清华追查责任，作为校委会主席的冯友兰自是首当其冲，成为追查和斥责的对象。向来口吃的冯友兰依旧是支支吾吾说不清楚，弄了个灰头土脸，最后懵懵懂懂地挨了一顿警告和拐弯抹角的敲打。
未久，随着解放军入主北平并稳住阵脚，中共文管会负责人钱俊瑞到清华宣布：派吴晗为军代表，主持清华校务。
待南京被解放军占领之后，清华大学校务委员会奉命改组，由叶企孙出任主任委员，吴晗为副主任委员兼文学院长兼历史系主任。冯友兰被一脚踢出领导者圈外，免去本兼各职，专任哲学系教授，一下便垮了下来。待冯氏东山再起，并紧跟高举，挤入“四皓”之列，成为江青卵翼下名震海内的“梁效”一员，则是十七年之后的事了。那时的吴晗不斗自垮，最后被弄上了绞刑架。这个结局，算是为冯友兰出了一口埋藏在心中发酵得太久且有些酸臭的恶气。
1949年11月，时任清华大学军管会副代表、文学院院长兼历史系主任吴晗受中共高层之命到苏联访问。回国途中，听到无线电台广播自己当选为北京市副市长的消息。吴在丁零当啷的火车上没事偷着乐的同时，按照官场老规矩，立即给周恩来总理发了一封电报表示婉拒，谓自己想“继续从事史学研究和教育工作”云云。周恩来接电，也按照老规矩，以“劝进”的方式出面与吴谈话。吴晗经过三天三夜的思考（如果是3个小时，显然是少了，不成体统），怀着救斯民于水火的信念和“为顾大局”的胸怀，答应就职。——这种古代留传下来的“劝进”方式，在吴晗身上，颇有点《圣经》上说的犹太教徒扫罗（保罗）最后归教的故事。而日后的吴晗对中共的狂热追求，以及“加入党组织”的坚忍不拔之志，可谓比扫罗还扫罗。
自出任北京市副市长之后，吴晗搬到市政府高大威严的楼宇和宽敞明亮的办公室办公，一直被吴晗架空、名义上的清华校委会主任叶企孙，这时才算正式成为清华园的一把手。不过，明眼人心中明白，尽管叶企孙暂时坐上了清华园“忠义堂”中的第一把交椅，但这把椅子并不稳当安定，而是在吱吱咯咯地发着闷响。据与叶共事几十年的一位清华老教授说：就叶的性格和思想而言，属于敦厚学者型人物，性温口讷，“似不能言者”，且有牢固的自由思想和独立精神，并不适于迹身“仕”位。虽曾几次代理校务，但那只是他很少有人与之匹敌的声名与学术地位使然，而且多属维持和留守性质，真正长期搞行政工作，既不是他的特长，也不是他的愿望。至于政治，更是他一向唯恐避之不及的。当年在重庆任中央研究院总干事时，身为国民党中央组织部长的朱家骅不止一次拉他入国民党，都为其所拒，一直作为无党派人士立足学界。不仅如此，他独善其身，终身不娶，视学生为儿女，度过了悲欣交集的一生。——这个说法基本符合事实与情理，也有一点较为模糊，比如叶的婚姻问题。据《吴宓日记》透露的信息，叶在清华时似乎谈过恋爱，如1937年7月2日条下有：“K之美日增。二年中，变化增长，几于每见不同。然宓对K，譬如鲜花美物古玩珍品，可以把玩鉴赏，而精神则无深契，情感亦不易交流。此宓之所感也。K是晨收拾诸物，将归香山。……又谓已决定今晚住宿陈慈家。陈慈且将伴送伊至漪澜堂云。旋闲谈，谈及叶企孙爱贺恩慈；宓谓未尝不可，而K则力言绝对不可。夫以此二人犹绝对不可，则宓对K不能有丝毫之希望可知。K以此示意，使宓对K之情冷如冰矣。”
贺恩慈乃广东番禺人，清华大学外语系1936年毕业，在北平图书馆工作。而K是当时吴宓热恋的一位清华女生，此时吴宓已从对方的态度中得知两对姻缘将无果而终，事实上也是鸡飞蛋打，梦想成空。另据清华大学物理系教授昊虞说，叶企孙之所以不娶，是由于暗恋着一直孀居的寡嫂之故。这个说法后来遭到了叶的侄子叶铭汉的否定，谓叶与其嫂没有感情纠葛云云。但无论有无情缘，叶终身未娶却是事实。
既然政治不是叶企孙这位“不谙新事理、新逻辑”的人所能玩得了的，被人稀里糊涂地扶上墙后，不知道看风视水、左右施展钩钳与转圜之术，悲剧性的命运也就不可避免。早在1949年1月19日，中共北平军管会文化接管委员会代表钱俊瑞、张宗麟，在零星的枪炮声中率部赴清华园正式接管时，站在院门外静静观看的叶企孙不禁浮想联翩，曾对他的一位知近友生说：“国民党在1927年，也有一些如张道藩那样的人，和今天的钱俊瑞这些人一样，朝气蓬勃，也像年轻有为的样子，但后来变坏了。”
张道藩就是那位青年时代在法国学绘画，狂追蔡威廉未成功，后以国民党中央宣传部长的身份和地位暗中报复。再后来以有妇之夫的身份，怀抱徐悲鸿原夫人蒋碧微跑到台湾的那位官僚。叶企孙如此作比，可见他对眼前接收大员们是一种怎样的心理和印象。也就在这一年，清华一些学生被迫作自我检查，以消除家庭对自己的影响。叶企孙颇为不满，说道：“共产党的自我检查，很有点像基督教、天主教的忏悔，如果让清华的教授也这样做，可能有好些人会自杀。”叶的言论，不幸在几年后竟成谶语。
1950年，朝鲜战争爆发后，叶企孙认为这是“美国的一种战略考虑，是针对苏联极权主义阴谋的”战争，并且断言“战争永不会消除，帝国主义消灭后，共产党内部又要打了，南斯拉夫就是一例”。又说：“共产党的报纸太刻薄，如‘美国娼妓’等这些用词是不应该写的。”与此同时，他针对冯友兰发表的《美国法西斯化》一文，批评冯是政治投机分子，并指责冯“写得太过分了”。随着1951年秋展开的“思想改造运动”以及对胡适思想批判运动，作为清华大学名义上最高领导人的叶企孙，其表现令当局“大为失望”。他不但不按当局的意图改造自己的思想和大骂胡适、傅斯年等“反动文人”，还不知趣地在师生中间倡导“高校教学与科研要自由、民主”等与时兴的“阶级斗争”、“集体主义”等政治口号相对立的思想。当中国科学院院长、副院长名单发表后，叶企孙对他的一位同事说：“陈伯达当副院长，表明共产党对科学院的工作是要管的。”在他的思想意识里，学术是独立的，不应掺杂党派成分。与此同时，叶还不知轻重地提倡“凡事都要独立思考”一番，并谓对学术如此，对政治问题也是如此等等。
叶企孙的言论和表现终于激怒了当局，中共高层下令发动清华师生对其展开“狂风暴雨式的批评”。
叶一看势头不对，略有省悟，被迫在大会上作“深刻检讨”。在“精神洗澡”中获得顿悟的一批清华“进步”师生，以“深厚的无产阶级感情”，纷纷指责叶是“以资产阶级观点办清华，是继承梅贻琦的腐朽传统和遗毒”。在一片喊打声中，叶企孙被赶下台来。
就在批叶的同时，由于中共主张学习苏联的教育模式，教育部开始对全国高校进行大调整。1952年6月27日，京津高等学校院系调整清华大学筹备委员会成立，刘仙洲任主任委员，钱伟长、陈士骅任副主任委员。原出身机械科的工学院教授刘仙洲荣登大位后，第一件事就是勒令叶企孙“应向教育部自请处分”。
已经倒台的叶企孙在三番五次检讨之后，最后由“组织”出面作了结论性的调子：“他现在已在清华失去了威信。故拟不再采取群众大会方式对之进行批评，打算找一些人帮助他一下，如没有什么变化，就拖着尾巴过关，以后再耐心地在长期中给以教育……”这个结论，实际上是一个不动声色、暗含杀机的隐语。自此之后，叶企孙踏上了一条危急四伏、命悬一线的孤独之旅。
1952年10月，院校调整基本完成。根据教育部指令，天津南开大学由私立改为国立，属教育部直属院校。由美帝国主义庚款起家的清华大学，自然属于重点调整与“清算”的对象，为减少美帝在清华留下的印痕和毒素，清华大学被五马分尸，从整体上被肢解和“清算”，其文学院、法学院、理学院三个学院被割掉，并入北大，清华得到的只是北大一个小小的工学院。清华只能作为一个工科大学，于风雨飘摇中单腿独立，啸傲寒秋，孤独地存活下来。而作为“五四运动”策源地和“革命摇篮”的北大，则成为最大的受益者，不仅兼并了清华的三个学院，还兼并了赫赫有名的燕京大学的校产与全部教职员工与学生。自此，北京大学陆续撤出城中心以沙滩红楼为主要根据地的一、二、三院，尽数迁到城郊海淀镇原燕京大学校园开课，与清华大学成为间隔一条马路的近邻。据说20世纪80年代末，一位国际知名的华裔学者，因慕蔡元培、傅斯年等前辈的大名，曾专门前往坐落在海淀镇的北京大学凭吊“五四摇篮”，一时传为笑谈（南按：从这则笑话可看出，为何原燕京大学与原北京大学闹校产纠纷，官司一直打到21世纪都未见分晓的个中原因）。当然，北大也有损失的地方，比如上层决策者假以调整的名义，把过去属于胡适派的教授借机调出北京大学，有的调往别的机关，有的干脆发配或充边，如罗常培调中国科学院语言研究所，郑天挺到天津南开大学，杨振声到东北人民大学等，在最大范围内消除胡适的影响。
按照当时教育部调整方针，清华把三个学院交出的同时，必须把馆藏的全部文、法图书一同交于北大。清华同仁认为自己并无大错，只因与美国的关系较其他国立学校走得更近，在这场调整中受伤最大，可谓赔了夫人又折兵，一个繁盛的清华大学顿时坍塌衰落，成为半截破庙，而庙里的和尚也几无藏身念经作法之地，遂开始把满腔怨气与激愤之言撒到教育部，特别是清华主事者刘仙洲身上。一时间，刘顿成过街老鼠，人人喊打，整日灰头土脸，工作大受影响。在这种情形下，12月4日，经中央人民政府委员会批准，任命38岁的原清华学生、中共地下党员蒋南翔为清华大学校长，刘仙洲为副校长。年轻气盛的蒋南翔一上任，就以凌厉的作风和初生牛犊不怕虎的威势，立即下令截留了正准备向北大搬运的馆藏文、法图书。正是这批宝贵书籍未能流走，为30多年后清华顺利恢复文科埋下一条暗道。稍后，蒋南翔以深远的眼光和宏大的气魄再显神通，于清华园基础上奋力向南、向东两个方向极度拓展，并以惊人的处事能力把东部的铁路推出新规划的校园之外。由此，清华园占地面积巨增，成为中国大陆无一可与之匹敌的面积最大的园林式校园。这一决策与成果，为40年后清华的全面复兴埋下了伏笔。
随着院系调整结束，整个清华园被高鼻深目、周身呈酒囊饭袋状的苏联专家，以及一色中山装的革命家所领导，维系了几十年的校务委员会与“教授治校”等一切规矩被抛弃，清华师生开始了马列主义路线治校的新时代。
当这个新时代到来之际，叶企孙已被调入北大物理系作为一名普通教授开始登台讲授《光学》等基础课程。此时，已没有多少人把他放在眼里，更忘却了这位华发渐白的老人乃是中国物理学界的一代宗师。直到许多年后，人们才忽然忆起，墓木已拱的叶企孙原来是中国“两弹一星”的元勋和老祖，才晓得新中国建政五十周年之际，在23位获得“两弹一星功勋奖章”的科学家中，有9位是他的学生，2位是他学生的学生，还有另外2位院士级（学部委员）的事业与他有着密切的关系。
叶企孙在一系列政治思想“改造”与“洗澡”中，虽有无数次被迫弯腰低头向革命群众检讨认罪的羞辱，总算突出重围，侥幸活了下来并开始了他心爱的事业。随着“文革”爆发以及铁道部部长吕正操遭到关押，中央军委成立专案组审查吕的问题，一个不为世人所知的“神秘人物”被牵涉进来，又由于这个“神秘人物”的株连，潜祸爆发，叶企孙的厄运从天而降。
这个神秘人物，便是叶企孙的学生熊大缜。
熊大缜于1913年生于上海新闸路，1931年由北师大附中考入清华大学，次年入物理系开始听叶企孙的课程。熊的英俊、聪明与善解人意，很快受到叶的注意，因熊与叶同操沪语，相互间又增添了几分亲密感。从1933年到1936年的四年间，每年暑假，叶都带熊到外地“游历山水”。1935年夏，熊从清华物理系毕业，其毕业论文是叶指导的《红外光照相术》。在叶的推荐下，熊于同年秋留校任助教，并作为叶的助手住进尚是独身的叶企孙家中，师生情谊甚笃。
1937年卢沟桥事变爆发，平津沦陷，叶企孙于8月中旬随清华大学师生秘密赴天津准备转道南下。就在等船的时候，叶得了副伤寒症，不得不住进天津医院治疗。在治疗期间，他得到了梅贻琦从南京拍来的密电，令他在天津留守，组织部分人员负责接待经天津转赴南方的清华大学教职员工，叶服从了这一决定，并于10月初出院后移住在天津成立的清华同学会办公处，一边疗养，一边主持接待事宜。熊大缜作为叶的助手随侍左右，并出面处理食宿接待、买船票、送站等烦琐事务。旧历年过后，清华教职工大部分已经南下，叶的留守已无必要，遂准备南行。正在这时，又听到已迁到长沙的清华大学与北大等校欲自长沙再迁昆明，叶决定稍缓行动，以便不经长沙而直达昆明。就在滞留的空隙，一件决定叶、熊师徒命运的意外事件发生了。