曾昭燏血溅灵谷寺，撒手归天。继之而来的惨烈政治风暴，又将他的兄、嫂，连同近亲故旧、同事友好推向了烟雾迷蒙的鬼门关。
1964年7月7日，根据毛泽东提名，成立了一个由彭真、陆定一、康生、周扬、吴冷西组成，以“贯彻中央和主席关于文学艺术和哲学社会科学问题的批示”为职责的五人小组，这个小团体后来取名为“文化革命五人小组”。
1965年11月10日，上海《文汇报》登载姚文元《评新编历史剧＜海瑞罢官＞》一文，对明史专家、时任北京市副市长的吴晗进行公开批判。以这篇文章为标志，为期十年之久的“文化大革命”拉开了序幕。
1946年夏，西南联大结束后，吴晗携夫人袁震先抵上海，于8月返回北平清华园，住进了西院十二号。这个房子位于王国维当年居所的前一排，外观有点破旧，据说是供给四等教授居住的，但比起昆明的居住条件好多了，吴氏夫妇很是满意。据吴晗后来在《清华杂忆》一文中说：“就在这所房子里我度过了两年多黑暗的岁月。尽管外面的天是黑的，这所房子里却经常有明朗的笑声，热烈的争论。”吴氏心中的黑暗岁月，自是指国民党的统治。而所谓房子里的笑声和争论，则是吴回到北平后，与北平民盟的汪骏（汪行远）、沈一帆等人员接上头并建立了联络。未久，北平市民盟主要负责人刘清扬赴天津筹备河北省民盟组织，北平市民盟的工作便由吴晗主持，这是吴氏出任民盟党派方面大员的开始，也是接触中共高层步入仕途的转捩点。1947年初，表面上形成的国共和谈再度破裂，更大规模的血战即将爆发，以叶剑英为首的军调部中共代表团决定撤离北平。临别时，叶剑英、徐冰等在南弯子十三号吴昱恒（北平地方法院院长、民盟秘密盟员）家中，举行了一场民主党派负责人、知名人士告别宴会。到会的有吴晗、潘光旦、费孝通、许德珩、张奚若、陈垣、徐悲鸿、钱端升、张东荪等30余人，叶剑英、吴晗等在会上分别讲了话。会后，徐冰把一台收音机送给吴晗，以便让其能及时收到中共方面的广播，发动北平各大学师生配合中共的行动。吴晗先是把收音机放入几位盟员家中，派专人晚上收听广播，记录并油印出来，第二天秘密分发到民盟成员和一些师生手中。由于收音机要安装天线，很容易被国民党军警发现，三五天必须转移新的地方。有一个时期极度紧张，吴晗通过关系把收音机放在北大物理系的实验室中，才躲过军警耳目，收听与记录、油印等事宜方得以持续下去。
与此同时，吴晗利用清华大学教授身份，把自己的家变成一个秘密联络点，暗中与中共在北平的地下党员崔月犁、王冶秋、马彦祥等人联系，召开秘密会议。时王冶秋为国民党驻北平孙连仲司令部少将参议，根据中共指示，王与孙连仲手下的设计委员会副主任余心清一起，试图策反孙连仲反水倒戈，因中共设在北平的地下电台被国民党特工人员破获，抄去许多机密电文，王冶秋等策反之事败露，余心清首先被捕，而帮余向中共方面拍发电报的翻译员陈融生闻讯逃到吴晗家中，吴通过中共地下党员孙国良把陈秘密送往中共控制区。陈融生离去后，王冶秋又逃到吴晗家中，吴见事急，一时又不知如何是好。据王冶秋事后对夏鼐说，袁震见此情形果断地让吴脱下自己的衣服给王，吴犹豫不决。袁震竭力主张，且态度坚决，吴才脱下自己的衣服让王冶秋换上，然后把他送出清华园，经中共内线接应，王冶秋经天津转入河北中共实际控制区。新中国成立后，王氏担任国家文物局局长等职。
吴晗的一系列举动，引起了国民党军警注意，开始对其严密监视。1948年8月20日，北平军警包围了清华大学，欲逮捕“危害国家”的“共匪嫌疑分子”。吴晗自知难以逃脱，遂烧毁家中所藏的民盟与中共秘密文电，坐等被擒。由于清华大学校长梅贻琦出面在军警之间竭力斡旋，“嫌疑分子”全部疏散，吴晗和当时已入军警名单的所有人员无一被捕，但后来吴还是从清华园秘密出走了。
关于吴氏出走的经过，据当时的清华大学教务长吴泽霖回忆：1948年，国民党派了一个叫陈继承的人担任北平警备司令。此时北平局势已很紧张，陈继承经常找各个大学的校长、教务长、训导长到他家里去开会、吃饭，完了以后，总要对校负责人们说，学校里的学生闹得太厉害了，要求学校当局限制学生运动，并公开指责吴晗，说他在煽动学生闹事，要予以制裁。“有一次晚上邀请大家吃饭，北大有胡适、郑天挺，清华的有梅校长和我，师范大学有二位先生。陈继承很明白地讲，你们清华的吴晗闹得不像样吧，要约束他啦。当时，梅先生解释了一下，他是个读书人，也没什么，也做不了什么东西。在回来的路上，在汽车上我就跟梅先生谈，看样子恐怕吴晗有点不利了，怎么办？是不是应该保护他一下。他就说我马上就找他，找到后他说：‘吴先生，你得赶快走，晚了不行了。’怎么样给他安排的，那我就不知道了。不过具体安排要找他，让他早离开，是我参加了的。”
吴泽霖这个话当是事实或离事实不远。梅贻琦是国民党中的名人，但他一贯禀承自由民主的传统和校风，总是顶着种种压力保护持不同政见的师生。在昆明时，就对闻一多、吴晗等人弄出的政治主张和做法表示反感和厌恶，但在关键时候仍对其进行力所能及的保护，此为梅氏一贯的作风，也是人格最为光荣的一面。吴晗接到通告，迅速开溜，在中共地下党帮助下，先到上海，未久又秘密飞回北平，旋转入天津，与先前抵达天津的夫人袁震会合，再由崔月犁派出的地下交通员送往河北一带中共控制区。当年11月，吴晗夫妇辗转来到了中共中央所在地河北省西柏坡，受到毛泽东、周恩来等中共领导人接见。其间，吴晗把自己写的《朱元璋传》修改稿呈给毛泽东过目，毛对传中彭大和尚归宿的意见，以及吴晗表示要按毛的指示重新修改文稿等预示着不祥之兆的故事，都发生于此时此地。
1949年1月31日，北平和平解放，吴晗随中共军队参加了入城仪式。几天之后，吴与钱俊端等人受中共中央委托接管了北京大学、清华大学。仅仅是几个月前，吴氏作为国民党捕获的对象而被迫逃离清华园，而如今却以胜利者的身份重返清华大学，其爽快的心情和意气风发的态势可想而知。据冯友兰在他的《自述》中说，当1948年解放军围困北平城时，中共军事管制委员会下属的文管会张宗麟等人，就找到清华校务会议成员讲了一堆好好维持学校之类的官话，其间特别对冯友兰说道：“我们对于你的行动曾经作了估计，现在你的表现跟我们的估计差不多。党中央很重视你。”未久，冯友兰被军管会任命为清华校务委员会主任委员，主持全盘工作，成了清华的一把手。只是好景不长，中共高层特别是毛泽东认为冯氏此人，总是不能采取“老实态度”为人为学，难堪重用，必须让其靠边站。于是，解放军入城之后，军管会负责人钱俊瑞来到清华宣布：“派吴晗为军代表。从此以后，校务就实际上由吴晗主持了。”
已成为北大、清华两校实际上一把手的吴晗，在北平骑河楼清华同学会聚会上，曾说过这样一句话：“梅可以留在清华，胡是走了好。”据当时听报告的清华校友林从敏回忆说：“那时吴先生与邓小平、彭真的关系很和谐，听说是邓的扑克牌友，邓总是称他为教授，且已内定为北京副市长。吴先生对梅师与胡适先生的看法，可以说是半官方的意见。”只是梅贻琦没有听从吴的召唤，也没有忆及当年他冒险通知吴氏离开清华园的旧事，最终还是由南京转香港，把自己的老骨头埋葬于“田横之岛”。
在清华园当了近一年“太上校长”的吴晗，于1949年11月出任北京市副市长之职，当初清华校友的传言并非空穴来风。自此，吴晗开始了机遇与风险共存的宦海生涯。
早在1949年1月14日，共产党军队炮击天津，北平即将拿下，在这个时候，吴晗连夜给毛泽东写信，强烈要求加入中国共产党。日理万机的毛泽东正在指挥千军万马准备南下，他读过吴晗的信之后很快写了几个字作答：“我们同意你的要求，唯实行时机尚值得研究，详情恩来同志面告。”由于资料缺失，毛接信后的想法与周恩来面告的详情已不可考，想来毛、周二人不会忘记三年前的这个时候，即中国人民走上新的历史阶段——“两个中国之命运决战”开始之时，吴晗与章伯钧、罗隆基、张东荪、储安平、费孝通等辈，以所谓的“第三者”，即超然于国共两党之外的“人民代表”的姿态跳出来，明确表示：“国民党不好，共产党也不好；国民党是内战的罪魁，共产党也是内战的祸首；你们都是反人民的，代表人民的只有我这‘不左倾也不右袒’的‘第三者’。”同时，毛、周等中共领导人也一定不会忘记，1946年1月，吴晗等人在联名致国民政府政治协商会议的信中，把共产党说成同国民党、青年党是“一丘之貉”，并且以“人民代表”的口吻叫嚣道：“你们的党史，你们的党纲，你们自吹自擂的宣传品，我们人民，老实说，都不大感兴趣。”同时摆出一副老子天下第一的派头，咬牙切齿地对国共两党发狠话并威胁道：“两党相持，人民受罪，结怒于人民是不会有什么好处的。”
想不到仅仅三年时间，随着改天换日，乾坤倒转，作为“斗士”的吴晗也与时俱进地转变了态度。如此变化，当是让久经沙场的毛泽东与周恩来两位革命领袖都感到过于唐突或不可思议，并有“人为何物”之感。前事不忘，后事之师，假如毛泽东大笔一挥，当即批准吴晗强烈要求加入共产党的请求，可能连毛氏本人都会感到脸红，更难以向党内同志作出合理的解释。鉴于这一历史的门槛和缘由，毛泽东与周恩来索性不再顾及，这是作为政治家的毛、周恰当的应变之策。
就这样，吴晗被晾在一边，却不甘心自己被冷落，三番五次地给中共中央和北京市委主要领导者写信，表示自己不加入共产党决不罢休，也死不瞑目。1954年，身为副市长的吴晗在给北京市委第一书记彭真的一封长信中再次表白道：
过去几年，我没有偷懒，相反是忙乱。每天都很疲倦，但是工作抓不住重心。
参加了许多工作，也用了心，也出了力。但是从来不知道哪些是做对了的，哪些是做错了的。也没有人告诉我做对的总结下去，再深入搞。做错了，为什么错，如何改正。
因为我不能参加党，党对我是客气的，优容的。
我没有放弃要求参加党的想法，我想以努力工作来争取，今年不成，到明年，五 年不成，十年，二十年，只要不死，总有一天会达到的。目的没有什么，只是要求得到教育，做好工作……此时的吴晗当然知道加入中共与非党员的巨大差异，正如许多年后一个副市长是否是党委常委一样，若是，则可参与权力核心事务；若非，对不起，只能做点敲敲边鼓的事情，就连身边的秘书、打水端菜者都能感觉到“常”与“非常”之轻与重。吴晗如此坚挺地死缠硬泡差不多一个抗日战争的时间之后，中共方面见吴确是“铁了心”，遂于1957年由中共北京市委第二书记刘仁出面谈话，通知中央已正式批准其加入共产党。吴晗听罢，自是欢喜异常。
就在吴晗入党的这一年，因“反右”斗争扩大化，不少干部和知识分子怕招惹是非，开始对自己的言行细加斟酌。在1958年“大跃进”和人民公社化运动中，出现了以高指标、瞎指挥、浮夸风和“共产风”为主要标志的“左”倾错误，更使一些愚而诈、整日做着升官发财美梦的大小官僚缄口无言，对许多已明显暴露出来的严重问题欺上瞒下，报喜不报忧。此时的毛泽东很快察觉了这个问题，并在1959年4月党中央召开的上海会议上，对这种不敢讲真话的作风提出了批评。一次，毛泽东正津津有味地看家乡的湘剧《生死牌》，戏到结尾时出现了明代嘉靖年间的一个清官海瑞。毛精神为之一振，一个奇特的念头在心中滋生。戏散后，他把《明史·海瑞传》找来翻阅，当合上最后一页，一个念头也在心中产生了。
第二天，毛泽东向一位分管宣传的领导人讲了一段海瑞的故事。毛说：“海瑞这个人对皇帝骂得很厉害，骂嘉靖是‘家家皆净’。他还把这话写在给皇帝的上疏里，以后被关进监狱。有一天，看狱的人忽然拿酒菜给他吃，他很奇怪，便问看监的老头，才知道嘉靖皇帝死了。他大哭，把吃的东西都吐了出来。尽管海瑞攻击皇帝很厉害，但对皇帝本人还是忠心耿耿的……”毛讲完，指示这位领导要宣传海瑞刚正不阿的精神，找几个历史学家研究一下，从什么角度、用什么方法做宣传工作。
既然涉及明史，就不能不想到号称明史专家的吴晗。这位领导把毛泽东的指示给吴晗讲过之后，鼓励吴来写有关海瑞的文章。一听是毛主席吩咐，吴晗自是受宠若惊，并施展才华很快写了一篇《海瑞骂皇帝》，刊登在同年6月16日的《人民日报》上。这篇文章的内容，基本上就是毛泽东讲的那段海瑞的故事，也是明史《海瑞传》中的内容，中心思想突出海瑞的“敢”字，即不管是天王老子，还是神仙皇帝，他都敢乱骂一通。之后，吴晗以极大的热情又写了《海瑞》《清官海瑞》《海瑞的故事》等文章，其宗旨和主要内容仍然是按照毛泽东的意见，着重宣传海瑞敢说话、敢说真话、敢骂人的“三敢”精神。在吴晗所写关于海瑞的一系列文章中，最受瞩目的一篇是《论海瑞》。此文写于1959年庐山会议之前，发表于庐山会议之后。文章比较系统地论述了海瑞一生的功绩，对海瑞的“三敢”精神和做法在鼓与呼的同时，给予充分肯定。
庐山会议之后，吴晗把这篇文章送给参加过此次会议的一位领导人看，这位领导把毛泽东说的是提倡真海瑞、不是假海瑞；提倡左派海瑞、不是提倡右派海瑞的意思对吴晗讲了出来。出于政治形势考虑，在发表此文之前，精神上早已站在御用文人行列，具有投机心理的吴晗又画蛇添足地加入了一段反对右倾机会主义分子假冒海瑞等与全文毫不相干文字。——既然是赌博性投机作文，关键体现一个“敢”字和“赌”字，至于相干不相干，在吴氏眼中已不重要了。
1959年9月，善于闻风而动、四处察看政治动向的北京京剧团演员马连良，隐约感到海瑞这个人物在新的政治斗争中“有戏”，于是主动约请吴晗把海瑞的事迹改编成京剧。尽管吴晗对戏剧创作完全是个外行，但由于海瑞在新的阶级动向中是个“有戏”的人物，便答应下来，并在京剧界一伙苏秦、张仪式的策士及一批三国时代杨修与蒋干式才子的帮扶下，于1960年3月写成五场京剧《海瑞》剧本。此时的吴晗无论是对剧本艺术，还是对政治风向都没有实底，为防止马失前蹄，或弄个三国时代的蒋干盗书——两来无功的悲惨结局，决定征求一下文化、戏剧界大佬们的意见。想不到这帮大佬对剧本的戏剧情节是否连贯尚能说个一二，但玩起真正的政治自是票友水平甚至是连票友都不如的一群糊涂蛋。如此这般，在这群糊涂蛋们一番鼓噪吹捧之中，吴氏剧本于1960年底开始彩排，并改名为《海瑞罢官》。
这时的吴晗和马连良没有想到，《海瑞罢官》一剧公演后，得到的反应是“毛主席很高兴”。未久，毛泽东在家里接见了主演海瑞的马连良，同他一起吃饭，还说：“戏好，海瑞是好人。”马连良受宠若惊，饭桌上手与脚一齐哆嗦已属必然。马氏出得中南海，仍满面兴奋地告诉吴晗说：“毛主席真伟大，礼贤下士，接近群众。”吴晗听了自然是喜出望外。能得到主席的赞赏，可见这个宝是压对了。听说毛主席肯定，文学艺术界的大佬们自是奋起欢呼，于是，喝彩之声铺天盖地，廖沫沙等大佬发文惊呼一个历史学家居然能写出京剧剧本来，打破了“史”和“戏”的界限，为中国新文艺运动提供了一个新的良好开端云云。
就在伟大领袖毛主席肯定，马连良山呼“毛主席真伟大”，廖沫沙等辈狂赞吴氏打破了“史”与“戏”的界限，成了无所不能的干才加天才时，远在上海的一个人，却表示了不同看法并生发出一种不祥的预感，此人就是抗战期间吴晗在西南联大的同事施蛰存。施在后来对吴晗的回忆中，先是述说了吴是自己同辈人飞黄腾达得最快的一个，因此也就助长了吴的自信与骄气，如“他那篇《海瑞骂皇帝》发表于‘文化大革命’前夕，当时我看到后，就震惊于他的鲁莽无知。后来果然，这篇小文章成为他的大罪状”。
施蛰存时任教于华东师范大学中文系，成了有名的现代派作家和文艺理论家，他对人物的臧否有一部分合乎事实，比如吴晗的“自信与骄气”；有的则文过于实，像《海瑞骂皇帝》《海瑞罢官》带来的杀身之祸，很难想象当时的施氏已具备如此精明锐利的政治头脑，在翻云覆雨的政治旋涡中一眼就看出了吴晗“鲁莽无知”，且有倒大霉的先兆。如果施氏有这种本事，早就先于吴晗“飞黄腾达”了。要说施蛰存把自己比作料事如神的诸葛武侯，把吴晗比作不成器的阿斗或许有些不妥，但说施氏这种推断属于“事后诸葛亮”也许并不冤枉。
当然，后来的事实证明，吴晗确是因了这几篇御用作文的发表引火烧身，触了霉头，以至酿成了死无葬身之地的人生悲剧。
1965年11月11日，吴晗从外地开会回来，和往常一样来到寓所西屋的书桌旁，准备翻阅学习当天的报纸，以便与时俱进，再弄个海瑞的哥哥或爷爷之类的人物写一写，让毛泽东一高兴请自己到中南海撮一顿儿。只是他和那些或真心或假意的敲边鼓者如廖沫沙辈没有想到的是，晴空突然传来一声霹雳，众皆倒地，且在倒地的过程中踩破了秤砣——暗伏在不同角落里的江青、张春桥、姚文元等才子加美人，早已磨刀霍霍，借机登台亮相。一场史无前例的浩劫，围绕着海瑞这具僵尸腾跳飞舞开来。
吴晗刚坐下，妻子袁震从正房走过来，她脸色惨白，指着桌上那张头一天的《文汇报》，怔怔地站了一会儿，没说一句话就悄声走开了。吴氏顺手打开报纸，原来刊登着一篇姚文元《评新编历史剧（海瑞罢官）》的文章。他粗粗地看了一遍，觉得过于牵强附会，所用史料也有不少是断章取义，大有蛮不讲理的势头。本想不去理会，但出于一种政治敏感又认真地看了一遍。当他读到文章最后一部分时，大吃一惊。文中说道：
《海瑞罢官》这张“大字报”的“现实意义”究竟是什么？对我们社会主义时期的中国人民究竟起了什么作用？要回答这个问题，就要研究一下作品产生的背景。大家知道，1961年，正是我国因为连续三年自然灾害而遇到暂时的经济困难的时候，在帝国主义、各国反动派和现代修正主义一再发动反华高潮的情况下，牛鬼蛇神们刮过一阵“单干风”、“翻案风”。他们鼓吹什么单干的优越性，要求恢复个体经济，要求“退田”。这就是要拆人民公社的台，恢复地主富农的罪恶统治。那些在旧社会中为劳动人民制造了无数冤狱的帝国主义者和地富反坏右，他们失掉了制造冤狱的权利，他们觉得被打倒是“冤枉”的，大肆叫嚣什么“平冤狱”，他们希望有那么一个代表他们利益 的人物出来，充当他们的政治代理人，同无产阶级专政对抗，为他们抱不平，为他们“翻案”，使他们再上台执政。“退田”、“平冤狱”，这就是当时资产阶级反对无产阶级专政和社会主义革命的斗争焦点……《海瑞罢官》并不是芬芳的香花，而是一株毒草。它虽然是头几年发表和演出的，但是歌颂的文章连篇累牍，类似的作品和文章大量流传，影响很大，流毒很广，不加以澄清，对人民的事业是十分有害的。
吴晗读了这段话后，愤慨之余，静下心来细细琢磨一番，觉得这不是一篇学术讨论的文章，也不太相信这篇文章仅仅出自姚文元一人之手。他隐约感到，一场风暴就要到来了。应该说吴晗的这个预感是对的，未出几个月，大树梢头已响起了飓风的呼啸之声。1966年3月17日至20日，毛泽东在杭州召开中央政治局常委扩大会议，专门研究如何进一步开展文化批判的问题。在这次会议上，毛泽东点了吴晗、翦伯赞两位史学界大佬的名并旧事重提，说他们是反共，是国民党，并在讲话中说：我们在解放以后，对知识分子实行包下来的政策，有利也有弊。现在许多文化部门被资产阶级知识分子掌握实权。社会主义革命越深入，他们就越抵抗，就越暴露出他们的反党反社会主义的面目。吴晗和翦伯赞等人是共产党员，也反共，实际是国民党。各地都要注意学校、报纸、刊物、出版社掌握在什么人的手里，要对资产阶级的学术权威进行切实的批判。我们要培养自己年轻的学术权威。不要怕青年人犯“王法”，不要扣压他们的稿件。中宣部不要成为农村工作部云云。同时，毛泽东还因上海沪剧《芦荡火种》不能在北京演出，当面批评北京市委第一书记彭真是搞“独立王国”。
3月28日至30日，毛泽东在杭州接连两次同康生单独谈话，问为什么吴晗写了那么多反动文章，中宣部都不打招呼，而发表姚文元的文章偏偏要跟中宣部打招呼，难道中央的决议不算数吗？什么叫学阀？那些包庇反共知识分子的人就是学阀，包庇吴晗、翦伯赞这些“中学阀”的人是“大学阀”，中宣部是“阎王殿”，要“打倒阎王，解放小鬼”！北京市委针插不进，水泼不进。中宣部要解散，北京市委要解散，五人小组要解散。毛泽东特别指出，吴晗、翦伯赞是学阀，上面还有包庇他们的大党阀，并点名批评邓拓、吴晗、廖沫沙写的《三家村札记》，以及邓拓写的《燕山夜话》是“反党反社会主义的”。最后，毛泽东说：我历来主张，凡中央机关做坏事，我就号召地方造反，向中央进攻，各地要多出些“孙悟空”，大闹天宫。去年九月会议，我就问各地同志，中央出了“修正主义”，你们怎么办？很可能出，这是最危险的。要支持左派，建立队伍，走群众路线云云。
3月31日，康生回北京向周恩来、彭真详细传达了毛泽东的谈话内容，同时把消息透给了江青。与康生同系山东诸城籍人士且关系友善的江青闻讯，自是心领神会，立即组织人员展开对吴、翦等辈和背后“大学阀”的讨伐，形势随之急转直下。4月1日，张春桥拿出了一份《对（文化革命五人小组关于当前学术讨论汇报提纲）的几点意见》，罗列了《提纲》3条罪状。4月2日，《人民日报》和《光明日报》同时发表被胆大包天的中宣部“扣压”的戚本禹《＜海瑞骂皇帝＞和＜海瑞罢官＞的反动实质》两篇文章。4月5日，《红旗》杂志发表关锋、林杰的《＜海瑞骂皇帝＞和＜海瑞罢官＞是反党反社会主义的两株大毒草》长篇战斗檄文。进而把皇帝罢了海瑞的官，同庐山会议上中共中央决定撤销彭德怀职务一事联系在一起，使对《海瑞罢官》的批判带上更为浓重的政治色彩。史学界、文艺界、哲学界等社会科学领域开始进行全面的“揭盖子”。自此，报刊上批判吴晗的调子再度提高，态度也更为激烈。
自5月8日开始，京沪两地各大报刊纷纷发表江青化名的高炬、关锋化名的何明，以及姚文元、戚本禹、阎长贵等辈的文章，矛头直指北京市委，并搞出了一个“三家村”的靶子。所谓“三家村”，乃原人民日报社社长兼总编辑、时任中共北京市委书记处书记邓拓、北京市委统战部部长廖沫沙与吴晗等三人，在北京市委机关刊物《前线》陆续发表的六十七篇《三家村札记》杂文。这些文章同早些时候邓拓应《北京晚报》之约撰写的《燕山夜话》杂文，以及后来吴晗的《海瑞骂皇帝》一起，被定性为“反党反社会主义的黑线”，吴、邓、廖三人被打成“三家村反党集团”和“反社会主义的黑店老板”。又因毛泽东对北京市委第一书记彭真等人不满，毛在布置力量收拾彭、罗（瑞卿）、陆（定一）、杨（尚昆）这一群“阎王”的同时，对邓拓、吴晗、廖沫沙等“阎王殿”前臣僚的批斗全面升级。上海《解放日报》和《文汇报》发表了姚文元《评“三家村”》《“三家村札记”的反动本质》等文章，宣称邓拓的《燕山夜话》和《三家村札记》，是“经过精心策划的，有目的、有计划、有组织的一场反党反社会主义的大进攻”，号召要“彻底挖掉‘三家村’的根子，彻底肃清‘三家村’的流毒”。一时间，全国掀起了一场声势浩大的围攻、声讨“三家村”的滔天巨浪。
在这股风浪中，远在山西省昔阳县大寨大队的党支部书记陈永贵也受到指示站了出来，以全国人大代表和大寨大队党支部书记的双重身份，在《人民日报》公开发表署名文章，义正词严地指斥道：“当我看到报纸，听到广播，知道邓拓、吴晗一小撮人的反党反社会主义的罪行以后，真是越看越生气，越听越起火。我的心快要跳出来了，我的话在肚里憋不住了。‘三家村’黑店的掌柜伙计们，我要质问你们：你们每天吃的是人民的茶饭，为什么专门干反人民的勾当？我警告你们这些坏家伙，我们大寨人和全国工农兵群众坚定不移地高举毛泽东思想伟大红旗，一定要把反党反社会主义的毒蛇消灭干净……谁支持邓拓、廖沫沙、吴晗这伙反党分子，我们就和谁算账；谁想掩护他们，我们就揪住谁斗争。”最后，陈永贵斩钉截铁地表示：“‘三家村’一伙反党反社会主义分子的企图是永远不会达到的。社会主义是钢帮铁底铁江山，你们搬上一万年也搬不了一块半头砖。你们自己点起来的火，现在已烧到了你们自己的身上，将把你们这些毒草统统烧尽。”
1966年5月4日至26日，在北京召开了中共中央政治局扩大会议。会议前半期，主要揭发“彭真、罗瑞卿、陆定一、杨尚昆阴谋反党集团”问题，同时宣布革职查办，此为著名的“彭罗陆杨事件”。这是“文化大革命”运动中第一个被拖出来插旗示众的“阴谋反党集团”，也是“文革”中第一批打倒的当权派。5月16日，毛泽东亲自主持制定的“五·一六通知”获得通过，历时十年的“文化大革命”正式开始。
就在“五·一六通知”通过后的第二天晚上或第三天凌晨，邓拓在家中给彭真、刘仁等北京市委的同事写了一封长信，此时彭真早已被打翻在地，并在5月16日这一天失去了自由，但邓并不知情，他在信中写道：“许多工农兵作者都说：‘听了广播，看了报上刊登的邓拓一伙反党反社会主义的黑话，气愤极了。’我完全懂得他们的心情。我对于所有批评我的人绝无半点怨言。只要对党对革命事业有利，我个人无论经受任何痛苦和牺牲，我都甘心情愿。过去是这样，现在是这样，永远是这样……”又说：“文章的含意究竟如何，我希望组织上指定若干人作一番考核。《燕山夜话》和《三家村札记》中，我写的文章合计一百七十一篇，有问题的是多少篇？是什么性质的问题？我相信这是客观存在，一定会搞清楚的。”
从上述几句话可以看出，邓拓对蹲在山西省大寨村山头上的陈永贵那篇文章是相当重视，并误认为这个头戴羊肚子毛巾的家伙，真的能代表全国人民和工农兵群众。如果这个腰别长柄烟袋，满脸旧社会的老农的声音确是发自内心，那么作为知识分子加党内高级干部的邓拓心中产生震撼也就成为必然。但此时的邓拓仍不认为自己的为人和所写文章有什么过错，他在信中申明自己绝不是“混进党内，伪装积极，骗取了党和人民的信任”的“叛徒”。当认为该申明和辩解的情与事全部了结后，邓拓在这封篇幅相当长的遗书中写下了最后几句话：
作为一个共产党员，我本应该在这一场大革命中经得起严峻的考验。遗憾的是我近来旧病都发作了，再拖下去徒然给党和人民增加负担。但是，我的这一颗心永远是向着敬爱的党，向着敬爱的毛主席。当我要离开你们的时候。让我再一次高呼：伟大的、光荣的、正确的中国共产党万岁！我们敬爱的领袖毛主席万岁！伟大的毛泽东思想胜利万岁！社会主义和共产主义的伟大事业在全世界的胜利万岁！
写完这几句表明自己态度，同时意在保护未亡的妻子儿女的政治口号后，时间大约是5月17日深夜或18日凌晨。此时邓拓已心力交瘁，有速死之念。在生命的最后一刻，他坚持给早年在晋察冀边区闹革命时代结识的妻子、当天晚上被他托故支走的丁一岚写了一封简短的遗嘱：
一岚：我因为赶写了一封长信给市委，来不及给你们写信。此刻心脏跳动很不规律，肠疾又在纠缠，不多写了。你们永远不要想起我，永远忘掉我吧。我害得你们够苦了，今后你们永远解除了我所给予你们的精神创伤。永别了，亲爱的。
写下这些文字后，邓拓吞服了烈性毒药。未久，毒性发作，邓拓砰然倒地，就此结束了54个春秋的人生。