董作宾于1948年底携家随史语所迁台后，继续从事甲骨文研究并兼任台大考古人类学系教授。傅斯年去世后，由董作宾接掌史语所所长一职。董氏上任后，仍像当年在李庄一样领导群贤闷头做自己分内的研究工作，对岛内的政治争斗与海峡两岸发生的政治事件并无兴趣。按董的说法，个人的存在和力量非常渺小，如原清华教授浦薛凤尝谓的“太虚空里一游尘”，或谓沧海一粟，特别是作为知识分子，还是埋头做点自己力所能及的实事为好。只是树欲静而风不止，董作宾欲躲在孤岛一角喝着南瓜盐煮稀饭做点乌龟壳的研究，但大海那边却又掀起狂风暴雨，有人趁机兴风作浪，向困厄于孤岛的董作宾等人袭来。
自1950年始，逐渐稳住阵脚的中共政权，出于一种政治需要，在掀起批判胡适运动的同时，号令留在大陆的一切人等，不论是工农学商兵，还是与国民党有过瓜葛的旧官员与已没有自由可言的原自由知识分子，都要接受马克思唯物主义辩证法的理论教育和马克思主义为主导的社会发展史，即从猿到人、劳动创造人等新式理论。这个新式理论，具体分为原始社会——奴隶社会——封建社会——资本主义社会——社会主义社会等五大社会发展阶段。每个在大陆地区红旗下讨生活的人，必须坚信这个社会发展演变模式，同时还必须要坚信“资本主义一天天烂下去，社会主义一天天好起来”这一不可置疑的、放之四海而皆准的历史发展规律。对这一规律是否信服，成为检验“谁是我们的敌人，谁是我们的朋友”的“分水岭和试金石”。——在这样一种社会政治风云鼓荡下，新成立不久的中国科学院，特别是下属研究人文历史科学的考古研究所，自然要站在时代大潮的前列，为这个发展规律推波助澜，使之一浪高过一浪，直至达到“无限风光在险峰”的奇效。
于是，在1951年那个乍暖还寒的春天里，中国科学院考古研究所领导层，开始组织新老员工利用大块时间蹲在会议室开会，除批判胡适的言论，便是集体学习社会发展史，特别是郭沫若的《中国古代社会研究》一书，成为政治学习的文件。在不断深入学习讨论中，郭沫若的这部著作被誉为“我国马克思主义史学的开山之作”，作者也被加封为“在马克思主义指导下研究中国古代社会、中国古代史而作出了创造性贡献的第一人”。按照郭氏以唯物史观弄出的古史体系，其结论为：
商代是金石并用的时代。那时候已经有了文字，但在形成途中，所以左右行不能确定，每个字可以正写反写，一个字也可以有几十种写法；生产以畜物为主，农业刚刚开始；社会形态是原始共产制氏族社会，以母系为中心，所以有“兄终弟及”、“先妣持祭”、“多父”、“多母”的制度。商代才是中国历史的真正起头。西周是由氏族社会转移到奴隶社会；春秋以后，又转入了封建制度；最近百年为资本制。与此相应的 中国有三次社会革命。第一次奴隶制革命在殷周之际；第二次封建制革命在周秦之际；第三次资本制革命在清代末年。
据考古所当时参加的年轻研究人员石兴邦说“大家讨论得很热烈，郭宝钧也参加讨论，写了一篇介绍殷墟人殉惨状的文章。这是说明殷代阶级压迫残酷性的好材料，在报上发表，引起学界的震惊和重视。可是他在文末写了两句很不合时宜的话‘事实至于遗存，推断敬俟卓识’。意思是说，我只是报道事实，至于它的历史含义，还请高明的人来论断吧。这篇报道郭沫若先生看到后，如获至宝，因为是说明奴隶社会最有说服力的材料，却对文末的两句结语作了严厉的批评。说他是抱着金饭碗讨饭吃。郭老对此批评很不满意。其后，在思想改造的会议上，不无怨尤地说了几次。从他的言谈之间，可以体会到，他对殉人的历史含义，不一定看做是奴隶社会的证迹，对社会发展阶段上的种种论述和新事物，在他思想上还没有准备，这与他过去在中央研究院史语所的整个学术气氛和环境以及受到的影响是相联系的。”
早在1945年，郭沫若于重庆出版他的史学大作《十批判书》时（南按：即“文革”时期毛泽东警告郭“劝君少骂秦始皇，十批不是好文章”之《十批》），曾在后记中写道：“在科学方法之外，我也接近了近代的文学、哲学和社会科学。尤其辩证唯物论给了我精神上的启蒙，我从学习着使用这个钥匙，才认真把人生和学问上的无门关参破了。我才真明白了做人和做学问的意义。”又说：“我比较胆大，对于新史学阵营里的多数朋友每每提出了相反的意见。我坚持着殷、周是奴隶社会，重新提出了更多的证据和说明。”——这个时候的郭沫若尚能对不同意见有所容忍并设法重新提出更多的证据和说明，以表示自己的谦虚和创造的学说并非铁板一块，牢不可破。而对傅斯年、李济、董作宾等史语所人员也颇为尊重。抗战胜利后，在史语所大队人马复员之前，傅斯年、李济等几位大腕因经常到南京洽公，顺便在中央研究院史语所修理完工的房子里小住。就在这个短暂的历史空隙，作为国共之外的第三方代表应邀到南京举行促进国共和谈座谈会的郭沫若，来到了史语所战后重修的房舍参观并得以与傅、李等人相会。对于这段经历，郭沫若有如下一段回忆：
历史语言研究所在中央研究院的最后一进。因为今天是做三分之一的主人，在两点半钟的时候我提前赶到了。
研究所正在修缮，在装门上的花格，漆楼梯上的栏杆。我在杂沓中被领导着上楼，而傅孟真先生却打着赤膊刚好从左手最末一间的后房中走出。手里拿着一把蒲葵扇，和他有点发福的身子两相辉映，很有点像八仙里面的韩钟离。这不拘形迹的姿态我很喜欢，但他一看见我，发出了一声表示欢迎的惊讶之后，略一踌躇又折回后房里去了。他是转去披上了一件汗衫出来。
——何必拘形迹呢？打赤膊不正好？我向他抱歉。
孟真只是笑着他那有点孩子味的天真的笑。他只连连地说：还早还早，他们都还没有来，我引你去见济之。
济之就是李济博士的表字，他是在安阳小屯发掘殷墟的主将。前一向在报上看见他到日本去清理古物去了，当然他是才从日本回了国的。
毕竟是搞学问的人又另外是一种味道。穿过廊道在东头的一间相当宽敞的后房里面见到济之先生。另外还有两位学者也经过介绍，可惜我的耳朵背，没有听出是谁。济之先生的上身穿的是一件已经变成灰色的白卫生衣，背上和肘拐上都有好几个窟窿。不知怎的，我就好像遇见了亲人一样。我接触了我们中国的光荣的一面，比起那些穿卡几服，拴玻璃带的党国要人确实是更要发亮一些……主宾见面小叙，经李济引领，郭沫若参观了少部分安阳发掘的古物并作了简单的学术交流。
从郭沫若的这段回忆看，他与傅斯年似是在重庆期间早已见面并有所交往，而与李济在重庆时相识且有较深的友谊，故有了郭沫若在见到李济之后产生了“像遇到了亲人一样”的感觉，同时从对方身上看到了“中国的光荣的一面”，只是这“发亮”的“光荣的一面”转瞬即逝。随着政治风云突变和史语所人员流亡台湾孤岛，在郭氏眼中，李济与傅斯年连同董作宾等人也随之变成“黑暗”的或者是“中国的耻辱”的一面了。
1950年，郭沫若在《十批判书》改版后记中，于这年的2月17日，专门写了一篇《蜥蜴的残梦》，公开向史语所的李济、董作宾等人发难，内中说道：“前中央研究院在安阳小屯及侯家庄曾发掘到殷代宫殿遗址及殷王陵墓，均以大量的活人埋藏于地以供地下的保卫。以墓而言，一墓的殉葬者多至三四百人。这是前史所未有的。《史记·秦本纪》载秦武公殉葬者六十六人，秦穆公殉葬者一百七十七人，比起来已大有逊色。二十多年前在中东所发掘的古代巴比伦的乌尔王墓，仅仅五十九人殉葬而震动了全世界的，更是小巫见大巫了。这样大规模的用人遗迹，自然是奴隶制的铁证。这些资料都不曾发表，遗物已全部搬往台湾，一时无由考见……”又说：“应该感谢郭宝钧先生，他所提供的这项材料是非常重要的。关于殷代的社会制度，好些朋友一直到现在都还采取着很慎重的态度，不敢断定为奴隶社会。有了这项资料，我认为是毫无可怀疑的余地了。以前搞田野考古的人大抵缺乏社会发展史的知识，有的人更根本不相信社会发展史的阶级划分，故他们对于这些史料不加重视，或则兢兢于古器物尺度轻重的校量，或则根据后来的历法推谱所谓‘殷历’，真可以说是捧着金饭碗讨饭了。”
郭沫若文中所说的古器物校量，喻指以李济和他的弟子吴金鼎等人的所作所为，这一派学者在抗战流亡的昆明、李庄时期，曾对出土陶器、青铜器等做过详细的丈量，并称其重量，划分类型类别等，这在郭沫若看来属烦琐考证，后考古界专门组织力量批判过所谓的“烦琐考证”，意在消除李济为代表的考古派的“流毒”。所谓殷历的推谱自然是指董作宾。董在李庄时，根据殷墟甲骨文透露的信息所完成的皇皇大著《殷历谱》，已广为学界所知并大受推崇，包括时在成都燕京大学任教的陈寅恪。而傅斯年所言：“今彦堂之书，无类书之习，绝教条之科，尽可见之卜辞而安排之，若合符然，其工夫有若门德勒也夫之始为原子周期表，而其事尤繁矣”即指该著。继《殷历谱》出版之后，董作宾在李庄与屈万里又编成《殷墟文字甲篇》，1947年，董作宾赴美国芝加哥大学讲学，其间写就一篇《自序》，内中曾针对郭沫若于抗战胜利前后的历史观点提出了不同的见解，明确反对殷代是奴隶社会的说法。其中一段说道：
殷代不是创造文字的时代，我们就不能根据甲骨文字来研究殷代的社会背境。……我们不能据字形说“民”是刺瞎眼睛，“臣”是俯首听命，民与臣是奴隶，殷代的臣民也就是奴隶，因而断定殷代是奴隶社会。这是很有问题的。臣、民两字，创造时的用意是否就是如此？即使如此，是否又经过了假借？而殷代的人民，也称“人”，也称“众”；众是一块地方，下有三人，又何尝又有奴隶的痕迹呢？
董的观点有无道理，在为期三年的时间里，郭沫若一直没有作过回应。到了董氏流亡台湾，郭沫若以新朝命官登上政治舞台威势，突然拔剑出鞘，以锐利的剑锋，开始对董作宾进行反击，文中说道：“虽然承蒙董先生没有直接指出我的名姓，但这指责的是我，那倒毫无问题。但可惜董先生的关门主义关到了家。他虽然也在参加殷墟的发掘，而且在发掘着一个典型的奴隶社会，而他却找不出‘奴隶的痕迹’，实在也是值得同情的。”又说：“董作宾却仅仅抓到一两个字，根据自己的敌忾来随便逻辑一下，便想把臣民是奴隶的本质否定了，把殷代是奴隶社会的说法否定了。这根本就不是学者的态度。就是这种非学者的态度，逼得他在今天跑到台湾去准备殉葬，这一层，我倒是能够充分理解的。”
接下来，郭沫若以爷爷教训孙子的口吻斥责道：“谁叫你要在它身上去找‘奴隶的痕迹’？不逻辑竟到了这样的地步！老实说，做学问的人是不能够这样的，一定要虚心，要把别人的著述先作适量的体会，从全面来了解别人，然后才能进行批判。不懂就不要假充内行。假充内行的结果，只是表示自己的无知。单纯的无知倒还可以救药，只要虚心地多读书，改正一下头脑，知识倒也会积蓄得起来的。假使在无知之中再加上敌忾，敌忾而且很强，巍巍乎俨然一个大权威那样，是的，那才是‘很有问题’的！在今天看来，殷、周是奴隶社会的说法，就我所已曾接触过的资料看来，的确是铁案难移。”
最后，郭沫若以恐龙与蜥蜴作比喻，谓原中央研究院史语所以李济、董作宾为代表的旧的、资产阶级学者们的“时代老早就过去了，这和爬虫时代一去不复返一样”。
郭氏的战斗檄文虽没有毛泽东后来出版的“雄文四卷”（郭沫若语）威力巨大，但同样在社会特别是学术界引起了强烈震动。于是，天下士林闻风而动，借机赋诗撰歌以仰合其趣味者纷至沓来。其声之远播，其势之喧腾，新中国成立以来，在学界文人中鲜有其匹。更有好事者如中科院考古所的殷涤非等人，将郭、董二氏相提并论，说道：“郭沫若院长的论述之所以正确，就因为郭院长是在马克思列宁主义的思想指导下，是在辩证唯物主义和历史唯物主义的理论基础上进行考古研究的。……而董作宾与此完全相反，他只是‘准备殉葬”’所以是腐朽和荒谬的。中科院历史研究所的李学勤或许出于压力，或许是自愿，在听从郭老热切召唤的同时，开始对董作宾连同死去的罗振玉等人开起火来，谓：“甲骨研究虽然有了半个世纪以上的历史，但是由于罗振玉等封建学者和董作宾之流资产阶级学者长期把持垄断，阻碍了这项科学的发展”、“董作宾和他的徒裔，追随着胡适的方向，提倡无用的烦琐考证”、“这些资产阶级学者，就是在甲骨史料的编纂上，实际也没有作出多大的贡献。他们斤斤计较的不过是点滴孤立的一字一义，或者是荒诞无稽的所谓‘殷历谱’；对于殷代社会，甚至殷代的历史事件，他们是完全茫然无知的。”又说：“真正的甲骨学是郭沫若先生建立起来的。由于郭沫若先生等马克思主义历史学家的辛勤工作，才使我们对殷代史有了一定的认识。”因此，目前在甲骨学领域内，“也必须迅速而彻底地拔除白旗，高举红旗，向资产阶级学术路线作毫不假惜的斗争”。李氏在文中附带地指责了陈梦家《殷虚卜辞综述》征人方历程基本上是抄袭了董作宾说法，并断言董作宾、陈梦家对这一组征人方卜辞的时代和地理的考证“是完全错误的”。
在一连串的枪炮声中，董作宾与他的徒子徒孙成了“荒诞无稽”的丑八，尊敬的郭老成了甲骨学界的开山鼻祖与永世飘扬的伟大旗手。与此相关的“殷墟的殉葬者是奴隶，商、周是奴隶社会”这一“铁案”，在大、中、小学生教科书中连篇累牍地大规模出现，郭氏之说遂成为牢不可破的生铁铸成的坚硬的历史文化瑰宝，大有撼山易，撼郭氏“铁案”难之威势。就在“铁案如山”，撼郭氏理论势如登天之时，也有几个不识时务的刺头，或称长着“花岗岩脑袋”者，如同被压在五指山下的孙悟空，总是缩在山中伸头露头，不时地呼喊叫唤几声，以示挣扎抗争。与吴金鼎同时出生于山东安丘县景芝镇，且两家只有一河之隔，抗战前就读于清华外语系，时为中科院编译局编译员的赵俪生，受家乡绿林豪杰行侠仗义等英雄业绩熏陶和影响，面对郭沫若的霸气与虚妄，不免动起了肝火，欲与郭氏叫上一板儿。
赵俪生晚年有一部叫做《篱槿堂自述》的回忆录，此书以通篇短小精悍的文章，回忆了与他交往的人与事。在述及郭沫若时，先是说自己因为郭沫若拍着桌子训斥陶孟和而看不下去，赵便给《人民日报》写信反映情况，为此事，不明就里的赵俪生差点被打成反革命分子。未久，与郭沫若叫板儿正式开始。赵俪生在文中说：
另一场冲突是为了我请他写的一篇文章，题目是《蜥蜴的残梦》，文中不点名的骂了董作宾和郭宝钧，说这样的人只好到台湾去“殉葬”。这一下，我们犯难了，董是去了台湾，骂他“殉葬”关系不大，可郭还在考古所任研究员，这样骂合适吗？我就问能否改一下？郭沫若很不客气的说，“你们嫌不好，给我拿回来，别的报刊会要的！”没有别的办法，“原样照登”就是了。我的气越憋越厉害，当时才三十二三岁，火气盛，就接连写了三封信：辞职！当然，郭沫若也不是吃素的，叫人交给我一张便条：“编译局编译赵俪生三次请辞，碍难再留，应予照准。郭沫若”。这样，我这一辈子跟“创造社”的两员主将各碰了一下，但都是以鄙人的失败而告终。我失败了，但精神是愉快的。
不知天高地厚的赵俪生在“人民专政”的新时代，居然胆敢跟当朝一品大员叫板儿滋事，其结果像他的家乡大多数绿林英雄一样，最后以失败而告终，卷起铺盖灰头土脸地走人。赵离开中科院编译局，先是任教山东大学，后调偏远的兰州大学。1957年全国“反右”中，赵被山东大学揪回批斗，并打成“极右”分子。“文革”中赵被下放到河西走廊的山丹县校办农场劳改。他的二女儿赵纪，一个品学兼优的高三学生，因饥饿难忍和她一位女同学为采摘野菜充饥，双双坠崖殒命。赵俪生经历了九死一生，总算活了下来。
郭沫若的讨伐檄文被憋着一肚子气的赵俪生“原样照登”之后，很快被《人民日报》等报刊转载，引得四方震动，八面呼应。在这股声势下，又渡洋过海传到了日本和澳洲，再由日本学者辗转传到台湾。董作宾、李济等人闻知，在震惊之余嗤之以鼻，开始组织力量绝地反击。除朱家骅组织人力撰写文章外，1954年，董作宾在联合国中国同志会第一百次座谈会上，作了题为《殷历谱的自我检讨》讲演，其中对郭沫若的痛斥作了回击。董说：
最近看见澳国一位汉学家拜纳氏所携来的《奴隶制时代》，栽有郭沫若在一九五零年所写的一篇叫做《蜥蜴的残梦》，中间骂到我的《殷历谱》，说：以前搞考古的人，大抵缺乏社会发展史的知识……他不懂我的《殷历谱》，这是当然的。记得在三十四年，傅孟真先生送给他一部《殷历谱》之后，他写信给我，说“惜尚未能过细拜读”。我想他不但那时没有过细看，直到现在也不曾看过；就是看了，也不一定会了解的。因为他只接受了“断代研究法”，只走过第一步。抗战期间，他已舍弃了金文甲骨之学。……到此时我才明白，陈梦家为什么在一九五一年写《甲骨断代学》的时候只抄我的祀典，不敢谈历法。这样也好，算是给他一个藏拙的机会。
此事过去许多年后，石璋如对此事仍念念不忘，石氏说道：“他（郭沫若）根据马克思主义的观点，论断殷代是奴隶社会，也就认为殷墓的殉葬者都是奴隶。可是后来田野考古的资料多了，此说法就值得商榷，但是那是过去的事了。我作殷墟C区的墓葬群，那里的殉葬者就不是奴隶，而是军队，是有不同的。他被中共捧得很高，成为独一无二的人物，他曾说迁到台湾的史语所研究人员是‘拿着金饭碗讨饭吃’等等。”石璋如显然对郭氏的理论表示不满，但就石氏本人一辈子老实巴交的性格而言，没有过分地讥讽斥骂。
以郭沫若的战斗檄文发表为标志，董作宾与郭沫若之间的交往与友谊彻底断绝，以后再也没有发生过联系。1953年，董作宾编著的《殷墟文字乙编》下辑在台湾出版，该书著录甲骨文2833片，并收录了殷墟第十三次发掘著名的YH127坑的大批完整材料，学术价值极其重要。该著传到大陆后，郭沫若如获珍宝，立即指示中国科学院考古研究所翻印出版，并亲自为之撰写了后记，但对编著者董作宾避而不谈。偶尔谈到董作宾并在后来被外界所知的一次，是郭沫若致原中央研究院人文和社会科学组院士、时任湖南大学文学院长、著名语言文字学家杨树达的信函，此时郭氏的口气与几年前已有了巨大变化。1953年9月23日，杨树达在日记中写道：
郭沫若来书……云董某妄人，其说未可尽信。记《卜辞通纂》曾言读董氏断代研究例，拍案叫绝，今乃斥为妄人，鼎堂真妙人哉！
当杨树达接看郭沫若信时，这位与毛泽东私宜甚重，且不断书信往来的杨老先生大概尚未意识到，既然董作宾已流亡台海孤岛“殉葬”，著名的乌龟壳——“大龟四版”已用之完毕，“鸿蒙”已被凿破，眼下已是江山易主，主客颠倒。“拍案叫绝”的时代已成过去，历史的进程自然要换作“拍案叫骂”的时代了。深受辩证唯物论精神启蒙，并“真明白了做人和做学问的意义”，天降大任于是人，舍我其谁的郭鼎堂君，焉能不成为一个颜色突变的“妙人”哉？
国共两党分别控制台湾与大陆之后，台湾的知识分子在渐趋稳定的政治环境中，开始写一些回忆与总结性文章，而大陆知识界在连绵的政治风暴中，也在鸿篇巨制地书写思想汇报与政治检查。二者的不同正如美籍华人史家唐德刚所言：“台湾学者是唱戏抱屁股——自捧自；而大陆学界则是对着镜子喊王八——自骂自。”此谓话糙理不糙，一针见血。1966年4月14日，全国人大常委会第三十次扩大会议在京举行，时为全国人大副委员长的郭沫若，在听了文化部副部长石西民所作《关于社会主义文化革命》报告后，曾痛心疾首地检讨并当场宣布说：“几十年来，（我）一直拿着笔杆子在写东西，也翻译了一些东西。按字数来讲，恐怕有几百万字了。但是，拿今天的标准来讲，我以前所写的东西，严格地说，应该全部把它烧掉，没有一点价值。主要的原因是什么呢？就是没有学好毛主席思想，没有用毛主席思想来武装自己，所以，阶级观点有时候很模糊”，因而，就应该全部烧掉。最后，郭氏“很惭愧”地说：“事实上很多农民学毛主席著作比我们任何人学得都好，比我们这些知识分子学得好得多。我们这些知识分子，夸夸其谈的什么哲学家、史学家、什么家，简直不成家”，可谓狗屁不如。
郭氏一番自我作践并把自己当成一个地地道道“小贱人”的发言，通过媒体辗转传到台湾后，再度引起了学术界震动，许多学人为之摇头叹息。此时“妄人”董作宾已死，无力再作评论和摇头叹气了，而尚活在人间的李济则于愠怒中提出了公开批评，认为郭是个“才子”，“天分很高”，但是“没有自信”，之所以没有自信，是由于在做学问上缺乏“自约”的精神。后来李济给郭氏的为人为学作了一个总结式的评价：“郭是一个天分很高的才子，可惜就是没有骨头”云云。