坐上台大校长交椅的傅斯年，再度“聊发少年狂”，施展出当年敢打硬冲，“凡事先骑上虎背”的本领，对台大积习实实在在地来了一番大刀阔斧的改造，不论是通过谁的条子和门路，后台有多硬，凡不合学术水准，滥竽充数的教授，全部驱逐出校门。校内职员，特别是原“帝大”时遗留的医务人员，凡无医疗常识，不知救死扶伤为何事，只想自己的薪水待遇者，一律解聘。未出几个月，傅斯年抡圆了手中的权力之刀，如同切西瓜一样“稀里咔嚓”，将七十余名不合格教授与职工切掉，赶出校园。自此，台大面貌为之一新，形成了一个蓬勃向上的局面。许多年后，无论是傅的追捧者还是被赶走的对立面，在回忆这段往事之际，都不得不承认，假如没有傅斯年，台湾大学在那样动荡的时局中，想要在短时间中迅速崛起，奠定一个现代大学的基础，确是难以想象和不可能的。据陈雪屏回忆，傅赴台时健康情形已很是令人担忧，“但他一方面心忧大局，同时锐志要把台大建设成一个够世界水准的学府，殚精竭虑，竟无一刻的轻松”。也正由于世事纷乱与劳累过度，导致傅斯年英年早逝。
傅在台大的改革使一部分人为之叫好欢呼的同时，自然触及了许多权贵者的利益，令对方极为不快和恼怒。当时台大师生反对国民党腐败无能，以权谋私等令人激愤的丑行，学潮一浪高过一浪，而傅的对立面借学潮运动趁机发难。有国民党政客在报纸上发表致傅斯年的公开信，指责台湾大学优容共产党，并指名道姓地说法学院院长萨孟武“参共亲共”，某某院长、系主任是“共产党分子或参共分子，他们把持院系，排除异己”，把各院系变成培植亲共势力的温床等，企图置傅氏于不忠、不孝、不仁、不义的绝地。
傅斯年对台大师生特别是台湾一帮闹独立的土著反蒋倒蒋活动一直深恶痛绝，对学生中有真凭实据的共产党员亦不宽容，每有发现均严惩不贷，其态度与他处理西南联大学潮时并无二致，曾不止一次地喊出了“让布尔什维克滚出台大！”的响亮口号。但他同时认为，如没有真凭实据，当局不能肆意进入校园在师生中搜查，更坚决反对随意指责他人为共产党。当年西南联大爆发学潮，并闹出了人命，他在致俞大綵的信中谓西南联大学潮“地方当局荒谬绝伦，李宗黄该杀，邱清泉该杀”等便是他做人处世的主张与原则。
正是缘于这一指导思想，傅斯年读了报上对台湾大学师生的指责后，既恼又怒，毫不顾及地以“他妈的！”开骂起来，而后采取以牙还牙的战略进攻态势，在报上两次发表措辞强硬的檄文予以反击：“学校不兼警察任务”，“我不是警察，也不兼办特工”，“若当局有真凭实据说某人是共产党，我将依法查办，但是我办理这种事，决不能含糊其辞，血口喷人”。最后声明：“反共须有反共的立场，贪官污吏及其他既得利益阶级而把事情办坏了的，我不能引以为同志。”傅氏声色俱厉与咄咄逼人的态势，令对方不得不暂时退却，伺机而动。
机会很快到来，1949年3月底，台湾省立师范大学与“国立台湾大学”学生联合闹将起来，并且高呼中国大陆的学运口号：“反内战、反饥饿、反迫害”等，引发当局的严重关切，认为台湾校园确实受到共产党的统战与渗透，必须捉拿主谋分子，给予严厉惩治。台湾省主席兼警备总司令陈诚，命令警备副总司令彭孟缉率部缉拿。4月6日，台北大批军警按预定计划闯入校园欲开杀戒，傅斯年对当局不经法律程序的进入台大校园内逮捕师生表示不满，亲自找国民党最高当局交涉，要求逮捕台大师生必须经过校长批准。傅对前往执行任务的彭孟缉道：“我有一个请求，你今天晚上驱离学生时，不能流血，若有学生流血，我要跟你拼命！”彭孟缉禁于傅的气势，不敢造次，遂当场保证：“若有人流血，我便自杀。”未久，台大被捕的学生多数放回，而师范学校不但近百名学生被送进监狱，还有7名学生以反革命罪名被枪杀。事件过后，省立台湾师大受到了停课整顿，师生重新登记并接受军训、校园戒严等惩处。而国立台湾大学虽受波及，但比之师大要好得多，此皆得益于傅斯年竭力庇护、斡旋之功。许多年后，台湾师大师生还就这次事件与台大相比，并大骂当年的学校领导者软弱无能，几乎就是一文不值的臭狗屎一堆，而对傅斯年夸赞不绝。
1950年新生入学考试，国文卷由傅斯年亲自命题，其最重要的一题摘自《孟子·滕文公下》中一段：
居天下之广居，立天下之正位，行天下之大道。得志，与民由之；不得志，独行其道。富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈，此之谓大丈夫。
此题可视作傅斯年赴台后“虽千万人吾往矣”的心志独白，也是对台大学生精神层面上的心灵寄托。
这年1月，风浪再起，校外校内传言傅斯年“将去国，将辞职”。针对传言，傅氏在23日的校刊上发表了《致台大同事同学》公开信，信中说：“半年多来，校外攻击斯年者，实不无人，彼等深以不能以台大为殖民地为憾。然彼等原不知大学为何物，故如遂其志，实陷本校于崩溃。鉴于一年来同事同学对斯年之好意，值此困难之时，决不辞职，决不迁就，决倍加努力，为学校之进步而奋斗！”
正是这种内外交困局面与本人刚烈不屈的性格，导致傅斯年血压骤然增高，身体很快垮了下来。1950年夏天，傅身患胆结石，不得不到医院做手术。出院时医生劝他至少要在家中休养一周，但台大的事务纷乱如麻，根本无法办到。对此，随国民党赴台的朱家骅曾以十分伤感的心情回忆道：“在他（傅斯年）去世的前几天，闲谈之中，他忽然对我说：‘你把我害苦了，台大的事真是多，我吃不消，恐怕我的命欲断送在台大了。’当时我只以为他因感觉办事的辛苦，而出此苦语。不意数日之后，便成谶言。”
像冥冥中有一种渊薮，傅斯年于心力交瘁中，生命的步伐戛然而止，一头扎进了烟雨迷濛的黄泉古道。其情其景，俞大綵有一段深情的回忆：“三十九年十二月十九日，他去世的前夕，是一个寒冷的冬夜，我为他在小书室中升炭盆取暖。他穿着一件厚棉袍伏案写作。我坐在对面，缝补他的衣袜。因为他次日要参加两个会议，我催他早些休息，他搁下笔抬头对我说，他正在为董作宾先生刊行的《大陆杂志》赶写文章，想急于拿到稿费，做一条棉裤。他又说，你不对我哭穷，我也深知你的困苦，稿费到手后，你快去买几尺粗布，一捆棉花，为我缝一条棉裤，我的腿怕冷，西装裤太薄，不足以御寒。”
傅氏说到这里，俞大綵一阵心碎，欲哭无泪。尽管当时台湾的经济状况极度混乱糟糕，但比抗战时期在昆明和李庄总要好一些，傅斯年作为当时台湾岛内唯一一所大学校长兼“中央研究院”史语所所长，一般人也许觉得他不该再像李庄时代那样闹穷了，殊不知当时傅领的只是台大的一份薪水，时儿子傅仁轨仍在美国读书，他和时任台大英语系副教授的夫人俞大綵两个人的收入，仅能维持最低限度的生活。此前傅斯年拿到一笔报刊文章的稿费，想托卫生署的官员刘瑞恒出差到香港时买一套现成的西服，但把稿费和家里的存款加起来一算，只能买一件上衣。傅斯年只好说：“幸亏我还有没破的裤子，那就只买件上衣吧。”
在这个暗伏不祥之兆的冬夜，正当俞大綵为家中的穷苦生活黯然神伤时，傅斯年起身满脸疲倦地打了个哈欠，突然指着壁上的书架说：“这些书，还有存于史语所一房间的书，我死后留给儿子。我要请董作宾先生制一颗图章，上刻孟真遗子之书几个字。”言毕，长叹一声，一反常态地对俞大綵说道：“你嫁给我这个穷书生，十余年来，没有过几天舒服的日子，而我死后，竟无半文钱留给你们母子，我对不起你们。”俞大綵听到这里，大为惊骇，急忙起身捂住了傅期年的嘴巴，没让他继续说下去。
后来俞大綵回忆这个夜晚的凶兆时说：“我一向不迷信，难道这几句话就是他的遗言？夜深了，窗外吹起一阵寒风，室内盆中的炭已化成灰，我猛然感到一阵透骨的寒冷。”
不数日，当董作宾含泪把稿费送到傅家时，俞大綵双手捧着装钱的信封，悲恸欲绝，泣不成声。用心血换取的稿费到来了，但此时的傅斯年已命归黄泉，不再需要为自己的双腿做御寒的棉裤了。
1950年12月20日上午，傅斯年出席由蒋梦麟召集的农复会的一次会议，讨论农业教育改进和保送台大学生出国深造问题。会上，傅提了不少意见，据现场的人回忆说，他一会儿用汉语讲话，一会儿用英语和美国人交谈，一会儿汉英交杂，滔滔不绝地大发宏论。两个多小时的会议，他讲的话比任何人都多。午饭后稍事休息，傅又于下午2时许赶往省议会厅，列席台湾省参议会第五次会议。这一天，参议会所质询的问题全是有关教育行政方面的事务。会议开始后，傅斯年登台讲话，但主要由时任台湾省教育厅厅长陈雪屏作答。大约到了5点40分，参议员郭国基突然站出来质询有关台大的问题。这郭国基乃台湾省屏东人，生于1900年，曾留学日本。此人好勇斗狠，在日本留学时，他就开始率领一些志同道合者，打起“苍天已死，国基当立”的大旗或明或暗地搞运动。抗战胜利后，他对国民政府派员接收台湾极不甘心，开始纠集蒋渭川、王添灯等一批人，与以国民政府接收大员陈仪为代表的台湾省行政公署官员公开叫起板儿来，对大陆赴台军政官员极尽丑化、污蔑之能事。尚以铁腕著称的陈仪对台湾人在日治时期的遭遇、命运深表同情，因而保持了克制，迟迟不忍动武，并有些浪漫地一直认为自己的善意总有一天会得到同样的回应。但不久之后情况急速恶化，终于在1947年2月28日因当局取缔私烟的事件，引爆了一场社会暴乱。以台湾土著郭国基、蒋渭川、王添灯等为首的人，召集本岛内部与海南岛等地归台的群众，成立了“台湾省自治青年同盟”、“大同青年同盟会”（服役日军陆军者）、“海南岛归台者同盟”（海南岛归台者）、“若樱敢死队”（服役日本海军自杀艇队员）等组织。而王添灯拟组织台湾省临时民主自治政府，自任主席。各种运动组织一时聚集了十余万众（一说共14万人），联合一处，兵归一家，成立联军，身穿日本浪人服装，其编制一如日本军队，带队者自封队长，肩扛长枪，挥舞东洋刀，高唱日本国歌，甚至叫喊“皇军马上就要回来了”等口号，开始疯狂地攻击、占领台湾长官公署与台湾广播电台，企图通过广播号召全台人民加入运动队伍。同时四处抢夺各地仓库之械弹、以大规模武装力量攻占军事要地，整个台岛浸染在一片暴乱枪声与血污之中。当时国民党驻台北军队不足千人，台当局陈仪等人采取保持克制的策略，未克弹压。但近2万大陆赴台军公教人员，如坠渊坑，面临着生命危险。短短几日，就被打死枪杀约200人，伤约800众。守台的国民党军队遭到攻击，开始反击。
事发当日，陈仪曾致电蒋介石：“奸匪勾结流氓，乘专卖局查禁私烟机会，聚众暴动，伤害外省籍人员。”但陈氏仍糊涂地认为事态不大，仅要求将21师部分兵力调返台湾即可（该师曾赴台接受日军投降，后大部撤回大陆）。陈仪的善意与克制，被郭国基、蒋渭川等人曲解成懦弱无能；陈氏的让步令对手以胜利者的姿态，步步进逼。在政府公署官员们被协迫与运动头目的谈话会上，高雄要塞司令彭孟缉应邀出席。郭国基狂妄至极，竟跳到桌子上指天戳地大肆叫骂，讥讽国民党军乃一群不堪一击的乌合之众，并指着彭孟缉的鼻子高声说道：“我怀疑你们没有什么战斗力。”彭孟缉意识到对方可能要攻击台岛要塞军事要地，遂乘间隙悄悄离开会场潜回要塞应付紧急事变。面对危局，中统局台北站却极为清醒并富有远见地密电南京，“今日之问题，已非陈仪能否统治台湾，而为祖国能否保有台湾”。蒋介石一听这帮人要分裂祖国，那还了得？于是在震怒中高声骂道：“娘希匹！我看是敬酒不吃吃罚酒，谋反作乱，分裂中国，此乃十恶不赦的逆天之罪，格杀勿论！”立即命令驻防江苏昆山的21师师长刘雨卿，率一个精锐整编师火速乘船赴台平叛。同时命令海军司令桂永清调派太康、伏波两炮舰开赴基隆，归陈仪指挥，炮轰暴徒阵营；空军司令周至柔调派飞机抵达台岛上空侦察敌情，与陆海军配合联络，并散发传单，劝台湾民众“勿受人煽动，勿牺牲自己的生命，作野心家的工具”，等等。
3月9日，2万国民党军精锐在基隆、高雄相继登陆。在随后的战斗中，郭国基方面除少数人退往中央山脉进行游击斗争外，大队人马很快被各个击破。王添灯等数百人被击毙，郭国基、蒋渭川等数百人被俘。——这就是台湾现代史上著名的“二二八”事件。此事件对台湾的政局产生了深远的影响，也为后来的动荡局面埋下了伏笔。
随着国民党撤往台湾，为安抚当地土著领导人，同时也受当地政客要挟，国民党高层决定从“二二八”事件中选出几个著名领导人为省参议员，以达到平衡与和稀泥的效果。如此这般，郭国基被关押了一百二十多天后，随着国民党新政策的到来，顺利出了监狱。未久，又成为具有正义化身的台湾省参议会的议员和立法委员。坐上政府大员专用木头皮椅的郭国基，喜欢直抒胸臆地发一些火药味甚浓的长篇宏论，江湖上人送外号“郭大炮”。
意想不到的是，作为台大校长的傅斯年竟与这样一个人物在议会大厅遭遇了。
当时的台湾大学属台湾省政府拨款，具体通过省教育厅长，也就是当年在西南联大为平息学潮出力甚多，于“抢救学人”中在南京出谋划策的陈雪屏具体操作。故“郭大炮”便以台湾土著的身份，向“傅大炮”斯年开起火来。据在场者事后透露，郭的发难主要是国民党教育部从大陆抢运来台并存放于台湾大学的器材如何处理，以及放宽台大招生尺度等问题。此事看起来简单，但又十分敏感、复杂、棘手。如台大招生，尺度己尽量放宽，招生人数已达最高限度，但各界仍不满意，特别是郭国基等人认为台大亏待了当地生源，便宜了国民党官僚的后代，并以各种方式和手段向学校施加压力，惹得傅氏极其恼火愤怒。今日郭氏质询，当然需由傅斯年亲自答复，于是傅不得不第二次登台讲话。在回答完上述两个问题之后，郭又提出台湾大学用的是台湾人的钱，就应该多聘台籍教授，多取台湾土著学生，否则便是与台籍人民作对等。针对郭的提议，傅斯年予以反击，在讲台上大谈其办学的原则、规矩、计划与理想，并云台大考试，对台籍学生已尽量照顾，考虑到台籍学生的国语水平较差，光复未久，在录取时专门规定国文科分数比大陆学生降低10分录取等。讲着讲着，傅氏情绪激动起来，说道：“奖学金制度，不应废止，对于那些资质好、肯用功的学生，仅仅因为没有钱而不能就学的青年，我是万分同情的，我不能把他们摒弃于校门之外。”又说：“我们办学，应该先替学生解决困难，使他们有安定的生活环境，然后再要求他们用心勤学。如果我们不先替他们解决困难，不让他们有求学的安定环境，而只要求他们用功读书，那是不近人情的……”言毕，大约是6时10分，傅斯年满含怨气地慢步走下讲坛。就在即将回归座位时，突然脸色苍白，步履踉跄，坐在台下的陈雪屏见状，赶紧上前搀扶，傅只说了一句：“不好！”便倒在陈雪屏怀中昏厥过去。较近的议员刘传来疾步向前，把傅斯年扶到列席人员的坐席上，让其躺下，顺便拿陈雪屏的皮包作了枕头。从此，傅斯年进入昏迷状态。
刘传来本身是台大的医学教授，经他初步诊断，傅是高血压病发作，于是一面用冷毛巾贴额，一面打电话通知台大附属医院和俞大綵。傅原定当天晚上6点钟在家中召集有关人员开会，商讨台湾省政府和台湾大学合办“血清疫苗制造所”事宜，下午2点多钟还打电话给校长室秘书那廉君，让他把自己亲笔拟定的合作办法准时送到家中，以便开会时用。5点多钟，那廉君来到傅家，俞大綵以为众人在家里开会，自己不便打搅，准备外出去吃饭。不一会儿，傅的司机老杨气喘吁吁地跑进来呼喊：“校长不行了，校长晕倒了！”俞大綵、那廉君等急忙驱车赶到省议会厅。
大约6时30分，台大附属医院院长魏火曜、台大医学院代院长叶曙、副教授王大杰亦赶到会场。经王大杰诊断，傅斯年得了脑溢血，当即采取急救措施。此时，台湾的陈诚、何应钦、王世杰、程天放、罗家伦、朱家骅等政界要人，以及学术界人士李济、董作宾、毛子水、萨孟武、英千里、劳榦等纷纷赶来探视病情。蒋介石闻讯，立即指令陈诚动员台湾所有名医，不惜任何代价抢救傅斯年的生命，并要陈诚每过半小时打一次电话报告傅斯年的病情。陈诚得令，竭尽全力组织台湾一流医务人员进行抢救。病床上的傅斯年仍处于昏迷中，西装已被剪开，头部堆满了冰块，医生、护士跑前跑后地紧张忙碌。满脸焦虑之色的陈诚在会议室来回踱步，周围站立的一圈党政要人均不敢坐下，神态凝重地观望着来自病室的风吹草动。
9时30分左右，傅斯年的血压渐降至180左右，体温亦降至38℃，情况稍有好转。至11时23分，仰躺着的傅斯年突然睁开了眼睛，床前的医护人员惊喜交加，以为傅氏终于醒了过来。医师急忙走过来按了按脉，抬手合上了眼皮，一声不吭地退后低下了头。这时众人才顿悟——傅斯年走了。门外的俞大綵会意，疾步进来抱着傅斯年号啕大哭：“孟真呵，孟真……”陈诚等人闻讯，冲出会议室呼呼隆隆地向病房奔来。——傅斯年就此与大家永别了。
第二天，台湾省议会副议长李万居召开新闻记者招待会，宣布台大傅斯年校长于20日夜“弃世”。李万居乃台湾土著，国语水平极差，有大陆籍记者误把“弃世”听成“气死”。于是马上传出消息，说傅斯年参加省议会，被参议员郭国基活活气死。当天台湾报界刊发消息，称“郭大炮”与“傅大炮”两门大炮不幸交火，“大炮议员郭国基骂倒傅斯年，傅氏绝命身亡”云云。
12月21日，台湾大学宣布停课一天，悼念校长并下半旗志哀，由各院系学生代表联合会组织学生排队前往极乐殡仪馆致唁。当学生们听说傅斯年是被郭国基活活气死的消息后，心中的悲痛立即转为愤怒，纷纷冲出灵堂，打着“失我良师”的白色横幅，向省议会厅拥去。学生们聚集在省议会厅门口，强烈要求气死傅斯年的郭国基出来述说昨日会场中质询经过。郭国基隔着门缝一看，学生们包围了参议会，并高声怒吼：“郭国基有种你出来，你出来……”冲在前方的学生喊叫着与阻拦的议会人员扭打在一起。躲在门后的郭国基见状，立即意识到事情严重，怕遭到对方的群殴，张狂之气顿消，乃悄悄溜出后门，老鼠一样逃窜了。副议长李万居一看郭氏溜之乎也，万般无奈中，只得硬着头皮出面向学生解释，说郭国基昨天提出的质询没有伤害傅校长处，言辞也不过分，等等，学生们置之不理。陈雪屏又出面加以解释说：“昨天的质询，总共有六项，我本人回答了四项，傅校长回答了两项，那些问题都不是什么难题……”但学生坚持要郭国基出来答话。人越聚越多，有人喊出了“杀郭国基为傅校长报仇雪恨”等口号，并开始冲撞议会大厅，局面异常紧张，台北市警察局长亲临现场指挥大批警察维持秩序。此时阴风顿起，大雨骤降，风雨交织中现场更加混乱。愤怒的学生终不肯离去，继续冲击议会大厅，并与警察发生肢体冲突。直至下午1时20分，台湾大学训导长傅启学冒雨赶来，向群情激愤的学生高声喊话：“我跟傅校长一块在北大时，即是好朋友，我到台大也是由于傅校长让我来的，这次出事我十分愤慨。不过现在大家只有百多人，我们回去聚集全校师生开会讨伐他。而且现在是戒严时期。”傅氏转头看了一下全副武装的宪警，又说，“郭国基在议会里讲话，可以不负责任，他所问的问题，都是些没有常识的问题。傅校长是学术界第一流的人物，拿他和一个毫无常识的参议员是不能相比的。今天大家到这里来，是出于对傅校长的敬爱，假如他在世的话，一定不愿大家这样做。如果今天同学出了事，叫我如何对得起地下的傅校长。”言毕，傅启学已是泪流满面。学生们见状，悲从中来，同声哭泣，泪水和着雨水在整个议会大厦前弥漫流淌。眼看已是黄昏时分，傅启学含泪表示将同学们提出的问题交省参议会，由参议员作书面答复，尚未吃中午饭的学生已是饥肠辘辘，听说郭国基已从后门逃跑，一时难以抓住，只好拉队返校。
12月22日，傅斯年遗体大殓，自早晨7时起，前来吊唁者越来越多，殡仪馆的屋子和院子几无立足之地。在上千吊唁者中，有台湾学者、名流、国民党军政大员、傅斯年的亲友、同事和台湾大学的学生。国民党元老于右任扶杖前来，陈诚哭得两眼红肿，王宠惠、蒋梦麟、罗家伦、王世杰、朱家骅、李济、董作宾、毛子水等人，另外加上一个刚从香港赴台，与傅斯年生前关系并不融洽的钱穆，都站立在人群中默然相送。10时30分，傅斯年的遗体送往火葬场，上千人冒着大雨，踏着泥泞的道路，慢慢行走。热泪横流的学生们手执小旗，上面写着：“校长，回头来瞧瞧我们！”望之令人心碎。目睹此场面的台湾记者于衡在后来回忆自己采访生涯的长文中说：“傅斯年先生逝世，是我采访二十五年中，所见到的最真诚、最感人的一幕。”
12月31日，亦即1950年的最后一天，治丧委员会在台湾大学法学院礼堂（当时台湾大学本部尚无大礼堂）举行傅斯年追悼会。礼堂正中，悬挂着蒋介石亲笔书写的“国失师表”挽章，国民党高级官员、名人学者的挽章、挽联分挂两旁。蒋介石亲临致祭，各界要人亦皆前来，竟日致祭者达5000余人。据统计，当时各界致送挽联达270余副，挽诗60余首，挽词20余首，祭文6篇，唁电唁函90余封。各报章、杂志、专刊登载纪念文章110余篇。
“中央研究院”历史语言研究所同仁的挽联：
廿二载远瞩高瞻，深谋长虑，学术方基，忍看一瞑；五百年名世奇才，闳中肆外，江山如此，痛切招魂。
台湾大学全体师生的挽联：
早开风气，是一代宗师，吾道非欤？浮海说三千弟子；忍看铭旌，正满天云物，斯人去也，哀鸿况百万苍生。
国民党大佬于右任挽联：
是子路，是颜回，是天下强者；为自由，为正义，为时代青年。
蒋梦麟挽联：
学府痛师道，举国惜天才。
蒋介石于12月22日发唁函致俞大綵夫人。12月30日又频布褒奖令。傅氏身后可谓备极哀荣。
台湾大学为纪念傅校长开创台大一代风气的功绩，按照美国维吉尼亚大学为杰弗逊（ThomasJefferson）专门在园内建造陵墓的成例，特在台大实验植物园内划出一块地建造罗马式纪念亭，亭中砌长方形墓一座，同时按中国传统，墓前立无字碑一座，设纪念亭，另有喷水池搭配，形成独特的景观。1951年12月20日，傅氏逝世一周年忌辰，举行安葬仪式。典礼由继任校长钱思亮主持，俞大綵亲手将傅斯年的骨灰安置在大理石墓椁中。现场有二千余人观礼，气氛庄严肃穆。自此，此处被称为“傅园”，墓亭定名“斯年堂”，与周围景致浑然一体，蔚为壮观。兵工署特别捐赠一座纪念钟，钟上铸有傅斯年提出的“敦品励学，爱国爱人”八字校训。后来，这座钟架设在行政大楼前的水池和椰林大道之间，名为“傅钟”，成为台大精神的象征。傅斯年溘然长逝，远在美国的胡适闻讯，立即给俞大綵发来唁电：“孟真的去世使中国失去了一位最有天才的爱国者，我自己则失去了最好的朋友、诤友与保护人……”
随着媒体报道，在海峡另一边的学术界人士，也通过不同的渠道陆续得到消息并有不同的反应。已成为中国科学院副院长的竺可桢在日记中写道：“阅《参考消息》知，傅孟真于星期二下午列席台湾省参议会，报告台大状况，皆即患脑充血，于晚11点20余分去世，年55岁。孟真为人专断，才大而私心太重，解放前将史语所全移台湾，并影响数学所，实研究院之罪人也。”
几乎与此同时，蛰住岭南的陈寅恪亦得知傅的死讯，想起与傅的交情，特别是抗战八年傅氏给予自己的帮助与关怀，悲从中来，赋诗一首为之追念。鉴于当时的天命、人事，以及严酷的政治气氛和压力，陈氏不能直白地剖露心迹，只能采取历来知识分子惯用的“曲笔”手法，以《霜红龛集望海诗云（一灯续日月不寐照烦恼不生不死间如何为怀抱）感题其后》为题而作，以此表达心中的哀悼之情。诗云：
不生不死最堪伤，犹说扶余海外王。
同入兴亡烦恼梦，霜红一枕已沧桑。
此乃仿明末著名学者，明亡后毁家纾难，嫠不恤纬，反清复明失败而隐居山寺，并号朱衣道人的傅山（青主）之诗而作。傅青主原诗云：
关窗出海云，布被裹秋皓。
夜半潮声来，鳌抃郁州倒。
一灯续日月，不寐照烦恼。
佛事冯血性，望望田横岛。
不生不死间，如何为怀抱。
陈诗通过仿傅青主之意，隐晦地悼念“归骨于田横之岛”的亡友。——这是当时整个中国大陆对傅斯年唯一的一份文字纪念。