1948年11月29日，共产党所属东北野战军会同华北军区主力共100万人，在北平、天津、张家口地区联合发起平津战役，与国民党军傅作义部60万人展开决战。12月12日，北平城被解放军包围，南苑机场失守，国民党军气脉已竭，力不能支，平津即将陷落。蒋介石急派飞机空投手谕致平津守军各军长，以鼓舞士气。手谕末尾以悲壮无奈的口气道：“固守待援，不成功，便成仁。”13日，北平西郊炮声隆隆，解放军发射的弹片从清华园上空“嗖嗖”掠过，校内师生及家属大为惊恐，纷纷逃跑躲避，清华陷入混乱。鉴于此情，校方只好宣布停课，师生员工自寻出路。
在国民政府风雨飘摇、大厦将倾的危急时刻，朱家骅、傅斯年、杭立武、蒋经国、陈雪屏等在蒋介石授意下，于南京紧急磋商谋划“平津学术教育界知名人士抢救计划”细节办法，很快拟定了“抢救人员”名单。名单包括四类：
（一）各院校馆所行政负责人；（二）因政治关系必离者；（三）中央研究院院士；（四）在学术上有贡献并自愿南来者。
计划既定，立即实施。南京方面急电北大秘书长郑天挺，令其迅速组织胡适等重量级知识分子火速南下，共商图存大计。密电到达，胡适却以筹备北大50周年校庆为由不肯起身，而接到电文的清华校长梅贻琦也磨蹭观望。当时北平出现了一股北大将要南迁的谣言，身为北大校长的胡适为稳住师生情绪，在积极筹备校庆活动的同时再三辟谣：“北京大学如果离开北平就不能称为北京大学了，所以决无搬迁之理。”事实上，面对解放军的咄咄进迫，胡氏曾有过把北平各大学迁往南方，再度成立像抗战中长沙临时大学或西南联大的念头，但仅仅是一个念头而已，尚未来得及详细筹划，解放军潮水一样涌来，国民党军在排空连壁的疾风猛浪中翻了几个跟头便成了缩头乌龟，躲在高大城墙包围的城中不敢冒头，只偶尔从箭垛的垛口，露出两只黑豆一样的小眼珠，滴溜乱转着寻找可以逃跑或投降的机会。面对这些乌龟王八蛋的软骨症加饭桶做派，胡适深觉失望，认为学校南迁无望。既如此，号称平津教育界“定海神针”的他，就面临着一个必须抉择的急迫问题——是留，还是走？而此时，鉴于胡适在中国政学两界不可忽视的巨大存在，共产党方面也加紧了对其拉拢、争夺行动。根据中共高层指令，几个地下党、原胡适的弟子纷纷潜入北平，通过各种方式、方法做胡的政治思想工作。早些时候已弃教职走出清华园，秘密潜入解放区等待出任中共高官的吴晗，曾专门指派嫡系找到胡适密谈，让胡留在北大，不要无事找事地跟着国民党乱跑找死。
当然，这次交谈，吴晗的指令不再代表过去自己向国共两党宣称的“我们人民”，而是代表“我们中国共产党”。但是，胡适没有听从这位前爱徒，现以高官大员自命者的指令，乃冷冷地回了一句：“不要相信共产党的那一套！”意思是我不相信，你吴弟子也不要悬在“两渚岸之间，不辨牛马”的阴阳界中做着美梦，还是早一点鞋底抹油——开溜的好。最后，胡适旗帜鲜明另加斩钉截铁地让来使告诉吴晗三句话：“在苏俄，有面包没有自由；在美国，又有面包又有自由；他们来了，没有面包也没有自由。”
吴氏知胡老师心意已决，遂放弃了努力，但共产党高层仍不死心，便以其他的方法进行心理攻势。据时任北大教授兼东方文学系主任的季羡林回忆，当解放军包围北平郊区时：“我到校长办公室去见胡适，商谈什么问题。忽然闯进来一个人——我现在忘记是谁了，告诉胡适说解放区的广播电台昨天夜里有专门给胡适的一段广播，劝他不要跟着蒋介石集团逃跑，将来让他当北京大学校长兼北京图书馆馆长。我们在座的人听了这个消息，都非常感兴趣，都想看一看胡适怎样反应。只见他听了以后，既不激动，也不愉快，而是异常平静，只微笑着说了一句：‘他们要我吗？’短短的五个字道出了他的心声。看样子他已经胸有成竹，要跟国民党逃跑。但又不能说他对共产党有刻骨的仇恨。不然，他决不会如此镇定自若，他一定会暴跳如雷，大骂一通，来表示自己对国民党和蒋介石的忠诚。我这种推理是不是实事求是呢？我认为是的。”老季又说：“因此，说他是美帝国主义的走狗，说他‘一生追随国民党和蒋介石’，都是不符合实际情况。”
直到1948年12月12日，胡适接到南京教育部长朱家骅亲自拍发的密电：“明天派专机到平接你与陈寅恪一家来京”，胡适才有离平的打算。当国民党派出的飞机飞抵北平上空时，南苑机场已被解放军控制，飞机无法降落，只能空返。14日，蒋介石两次亲自打电报摧促胡适飞南京，并派专机迎接。胡得此消息，决定乘机南飞，临行前，他派人劝辅仁大学校长兼好友、与陈寅恪齐名的史学大师陈垣共同乘机赴京，陈垣不从。令胡适想不到的是，不但老友陈垣不从，即使他的小儿子胡思杜也表示暂留在亲戚家，不随父母南行。这一拒绝令胡适夫妇大为吃惊，心中恼怒又不知如何是好。
1941年，胡思杜投奔在美当大使的胡适进入美国学校读书，1948年夏回到国内，8月30日到北平图书馆报到，成为北图的一名职员。据胡适办公室不挂名的秘书邓广铭回忆说：“当时胡思杜不愿意随胡适南飞，他刚从美国回北平不久，对国内这几年的情况不熟悉。他说：我又没有做什么有害共产党的事，他们不会把我怎么样。结果胡适夫妇就把他留下来了。”因事涉紧急，胡适无法也无力在短时间内做通这个脑后长有反骨的儿子的政治思想工作，眼见胡思杜周身充溢着一股年轻气盛，不知天高地厚的牛烘烘的叛逆气味，胡适夫妇颇感无奈，只好强压怒火，按照天要下雨娘要嫁人，或者儿要守家的古训——随其便了。胡适对儿子说了几句不要再像在美国读书时那样——整天出去吃喝嫖赌，正事不干，除了工作，要好好蹲在家中照看家产与书籍之类的话，便告辞而去。未久，胡适驱车来到邓广铭家中，急切地询问能否找到陈寅恪，并谓昨日南京政府来电，说今日派专机抵达南苑机场，“抢救”胡与陈寅恪等著名教授离平。胡打电话至清华问询陈氏的情况，告之已回城内，但不知具体落脚何处，因而要邓广铭想办法寻找。
1943年年底，陈寅恪辞别傅斯年邀请，自重庆携家绕过南溪李庄，径直赴成都燕京大学任教。到校后，与早些时候由史语所转赴燕大任教的李方桂一家同住学校租赁的民房，生活艰难。时陈寅恪身体极度虚弱，右眼失明，上课之后回到家中，仍在昏暗的灯光下用唯一的左眼紧张地备课和研究学术。1944年春，陈寅恪上课地点改在华西大学文学院，一家随之迁入华西坝广益宿舍，居住条件稍有改善。因物价仍在飞涨，陈家柴米不济，夫人唐筼时常犯心脏病，可谓饥病交迫，令人心焦。在此种情形中，陈氏每个星期都要身穿长衫，夹着包袱到教室上课。因生活困苦，营养不济，陈寅恪左眼视网膜剥离加重，终致失明。这年11月23日，陈寅恪给傅斯年与李济的信中写道：“弟前十日目忽甚昏花，深恐神经网膜脱离，则成瞽废，后经检验，乃是目珠水内有沉淀质，非手术及药力所能奏效，其原因是滋养缺少，血输不足（或其他原因不能明了），衰老特先，终日苦昏眩，而服药亦难见效，若忽然全瞽，岂不大苦，则生不如死矣！”
关于陈寅恪失明的经过，陈寅恪女儿流求回忆说：“一个早上，父亲突然发现两眼一片漆黑，失明了。先叫我通知他当天不能上课，随后往进存仁医院。”又小彭笔记：“父亲在存仁医院由眼科医生开刀。听父亲说，在成都开刀时手术不怎么理想，视网膜皱在一起，以后虽到英国医治，已无法再弄平。”1945年2月，陈寅恪作《目疾久不愈书恨》表达自己愤懑哀惋之情。诗曰：
天其废我是耶非，叹息苌弘强欲违。
著述自惭甘毁弃，妻儿何托任寒饥。
西浮瀛海言空许，北望幽燕骨待归。
先君柩暂厝北平，待归葬西湖。
弹指八年多少恨，蔡威唯有血沾衣。
诗中的“西浮瀛海言空许”句，指几次欲赴英讲学而未成行，这个心愿直到抗战胜利之后方才得以实现。
1945年秋，英国皇家学会与牛津大学为实现以前的承诺，再次邀请双目失明的陈寅恪赴伦敦，由英国医生疗治目疾，希望治好后留牛津讲学。陈氏接受邀请，由成都起程经昆明，转印度，乘水上飞机赴英，进入对方安排的医院接受治疗，但手术最终失败。陈夫人唐筼于1946年2月19日在成都致信傅斯年求援，并谈及史语所事，信中说道：“寅恪本有意随郭子杰兄结伴赴美国，看更有无其他方法补助左眼之模糊，又恐所带之款不够，此事正在踌躇中，请先生与骝先先生、立武先生一谈如何？”又说：“元白诗笺证稿筼已请人着手抄写，俟寅恪归来，再删改后即可付印。此项抄写费是否可出自史语所？大约三万左右（并未详细计算）。史语所何日出川？有何计划否？燕大成都方面整个的关门结束，教授之去留以北平、燕大之聘书而定，受聘者始能谈到回平的话。北平方面已屡来信拉寅恪（哈佛研究院只是研究工作），而寅恪尚无答复。先生之意如何？望有信直接寄英，以助其考虑。”
正在重庆和昆明之间为处理西南联大学潮焦头烂额的傅斯年接信后，作何努力与答复不得而知，但从后来的情况看，筹款之事似乎没有多大成效。在伦敦医病的陈寅恪，先是由著名眼科专家Sir Steward Duke-Elder负责诊治，第一次手术后有进步，但眼睛吸收光线尚无好转，仍模糊。第二次手术想粘上脱离之部分，失败。但情形似比出国时好一些，医告无须再施手术。陈寅恪尚存最后一线奢望，遂请在国外访学的熊式一教授，把英伦医生的诊断书寄给时仍在美国的老朋友胡适请求援助。胡托人将诊断书送往哥伦比亚眼科学院咨询，对方告之亦无良策，无法手术，胡适“很觉悲哀”，百忙中只好托在美访学的全汉昇带了一千美元给陈，以示关照。1946年4月16日，胡适在日记中写道：“寅恪遗传甚厚，读书甚细心，工力甚精，为我国史学界一大重镇，今两目都废，真是学术界一大损失。”另据小彭笔记载：陈寅恪“到英国后，由于第二次世界大战方结束，营养很差，虽用电针贴合视网膜，由于网膜皱在一起，无法复原”。自此，陈寅恪双目完全失明，一代史学大师将在黑暗中度过余生，其悲苦之状，令人浩叹。陈氏为此写下了“一生负气成今日”与“残余岁月送凄凉”之句，表达了自己悲观茫然的心境。
同年3月16日，唐筼再次致信傅斯年，谓陈寅恪“本拟赴美洲一行，今以种种不便，旅费亦不敷用，遂决定等船及觅伴归国”。同时提到“寅恪有书籍四箱，拟托历史语言研究所复员时同运至南京。事前筼可托五十厂便车先带至重庆，但不知可交与何人？乞先生酌，指定某处某人可接洽，并代为保管者”。最后又提及：“寅恪来书云：对燕大事已辞谢，大约欲回清华或回史语所专事著作。”
傅接信后，当即作了回复。就书箱之事，专门致信李庄指示由史语所文书兼图书管理员那廉君负责办理。而此时陈寅恪正在回国的轮船上。对这段经历，陈氏在清华时代的高足杨联陞曾有过一段回忆：“来美国留学之后，曾于1946年4月19日与周一良兄（当时青年学人中最有希望传先生衣钵者）同随赵元任先生夫妇，到纽约卜汝克临26号码头停泊之轮舟中，探望先生。时先生双目几已全部失明，看人视物，仅辨轮廓。因网膜脱落，在英经其国手名医，用手术治疗无效。（先生曾膺牛津大学中文系讲座之聘，实未就职，但借此前往就医。）置舟回国，道出纽约，原拟再试医疗，后闻美国名医，亦无良策，遂决定不登岸。是日午后约3时半，先生在舱内初闻韵卿师母、元任先生呼唤之声，顿然悲哽。但旋即恢复镇定，谈话近一小时。对一良与联陞近况，垂询甚详。时二人皆已在哈佛先后完成博士学业，即将回国任教。……此为联陞在国外拜谒先生惟一之一次，亦为毕生最末之一次。”前去拜访的赵元任夫人杨步伟后来回忆说：陈寅恪“睡在船舱床上，对我说，‘赵太太，我眼虽看不见你，但是你的样子还像在眼前一样’。这是（我们）最后一次见面”。此情此景，令赵元任夫妇溘然泣下。自此，陈、赵两位原清华国学院导师，中央研究院史语所一、二组主任，中国历史、语言学界的泰山北斗，纽约一别竟成永诀。而此次诀别，也意味着陈、赵二人与史语所的缘分已尽，各奔东西。陈寅恪为此留下了“人生终古长无谓，干尽瀛波泪未干”的诗句以示心迹。
1946年5月底，陈寅恪返国抵南京，暂住妹夫俞大维公馆。未久，夫人唐筼携三个女儿由成都抵京，一家人算是得以短暂团圆。6月12日中午，由昆明来南京教育部办理清华复员事宜的梅贻琦专程赴俞大维公馆拜望陈寅恪，并请陈回到复员后的清华继续任教，陈表示可以考虑。8月，傅斯年告别复员后的北大南飞，在京停留期间专程拜望陈寅恪夫妇，并劝陈氏不要再回清华，留在南京一边休养一边等待史语所自李庄复员回迁，继续担任本所一组组长与专职研究员职位，生活、住房等一切事宜，皆由傅氏负责安排妥当。面对傅氏的盛情，陈寅恪答应可作详细考虑，但自己则倾向于回北平清华园。傅知彼对清华园与清华同事尚有一份难以割舍之情，不再强劝，只嘱陈再作考虑，告辞而出，赶赴李庄。几天后，陈寅恪接到了梅贻琦寄来的聘书，决心重回清华任教。
1946年10月，陈寅恪安顿女儿流求、小彭在南京读书，与夫人及小女美延赴上海，乘船转道赴北平，重返阔别九年的清华园，暂住清华园新林院52号，抗战爆发时在天津离去的工友陈忠良也回到了陈家，生活等诸方面算是安顿下来。同战前课程安排一样，陈氏仍任清华中文、历史两系合聘教授，外兼已复员的燕京大学研究院导师。时已由美国归来并出任北大校长的胡适多次前来拜望陈氏一家，并想方设法帮助解决生活中的困难。因陈寅恪已双目失明，教学研究皆需助手查阅诵读所需书籍资料及抄写讲稿，遂与清华校方协商，向北大秘书长、史学系主任郑天挺求助，请王永兴前来协助。陈寅恪在致郑氏的专函中写道：
毅生先生史席：
弟因目疾急需有人助理教学工作。前清华大学所聘徐高阮君，本学年下学期方能就职。自十一月一日起拟暂请北京大学研究助教王永兴君代理徐君职务，至徐君就职时止。如蒙 俯允，即希 赐覆为荷。耑此顺著祺弟 陈寅恪敬启三十五年十月卅日王永兴原是清华大学中文系学生，后仰慕陈寅恪的道德学问转入历史系，成为陈氏的弟子。西南联大毕业后考入北大文科研究所，与另一名学生汪钱追随陈寅恪研究唐史，毕业后留在北大文科研究所做研究工作，与导师陈寅恪关系甚洽。陈请其至清华担任自己的助手，正是源自多年建立的师生情谊与默契。郑天挺接函，报告北大校长胡适批准，王永兴来到了陈寅恪身边，陈氏心境渐渐由焦躁变得平和安静。除在家中为历史系开设“魏晋南北朝史”、“隋唐史”等课程，决心好好做一番教学和学术研究，继续自己未竟的事业，并把自己的书斋取名为“不见为净之室”。所谓“不见”表面上是指目盲（南按：据王永兴说，陈寅恪尚能辨别眼前人的大体轮廓，对有些东西能影影绰绰看到一团影子），实际是有深意。尽管陈寅恪对政治和党派斗争采取“眼不见，心不烦”的态度，但又不可能生活在真空之中，当国共内战越演越烈，最后呈你死我活的胶着状态时，陈氏深为中国的前途忧心忡忡。延至1948年年底，北平郊外炮声隆隆，清华园成为解放军的天下，国共两党即将于古都北平彻底翻盘，陈寅恪携家离开清华园迁入城中躲避。兵荒马乱中，陈氏没有想到，胡适在即将南飞的最后一刻想到了他。胡氏认为，陈垣这样的人物可以舍弃，但像陈寅恪这样具自由知识分子气节与风骨、三百年乃得一见的史学大师，无论如何也要拉上，绝不能让其留在眼看就要落入解放军之手的北平。于是便急于星火地驱车来到邓广铭家中询问陈氏下落。
邓氏听罢，当即回答可能找得到，估计在他大嫂家中。送走胡适，邓广铭急奔北大西语系教授俞大缜（俞大维胞妹）家中询问陈寅恪大嫂（陈师曾遗孀）在城内的住处。待问明后，邓广铭果然在其嫂家中找到了陈寅恪及其家人。邓把胡适的嘱托向陈复述一遍，问是否愿意与胡氏一起离平南飞。陈寅恪颇为干脆地回答：“走。前许多天，陈雪屏曾专机来接我。他是国民党的官僚，坐的是国民党的飞机，我绝不跟他走！现在跟胡先生一起走，我心安理得。”
陈寅恪向来有午休的习惯，待决心下定，令邓广铭先去胡宅复命，他稍事午休即雇车前去东厂胡同胡宅会合。当邓来到胡家，胡适即告之飞机已抵达南苑机场，时间紧迫，令邓赶紧回去催促，请陈不要按老规矩午睡了。邓正要出门，见陈寅恪夫妇与两个女儿流求、美延携部分行李已赶到（南按：时流求已由南京转北平），胡适夫妇与陈氏一家立即携带简单行李，乘胡适汽车向南苑机场飞奔而去。车到宣武门，城门紧闭，守门官兵不准出行。胡适只好用电话与北平守军总司令傅作义联系，无奈傅正忙于与解放军代表谈判周旋，根本联系不上。而北平城外一片战火，导致南京派往北平的专机不能降落，无功而返。关于此日的混乱情形，《申报》驻平记者于当日发回一组电讯：
北平外围国民党军已完成集中部署，增强城垣防务，下午四时西郊若干区域发生大火，截至四时卅分发电时，广安门外郊区激战甚烈。新市区昨下午即卷入战涡，今日复兴门外之公主坟传有激战。平大军云集，西城沿街商店皆为军队住满，大街亦为军队行列拥塞难行。官方透露，刻国民党军兵力已完成集中，情势即可扭转。另电：“今上午平上空沉寂，午后有军机过空，官方透露王叔铭今飞平。（又电）平午后初闻机声，有轰炸机一小队，经市空向西北飞去，下午三时后，有民航飞机两架飞临市空，盘旋良久，疑在市内东单练兵场试行降落未果，仍行飞回。”
面对飞机不能降落和城门不开的混乱危险局势，胡、陈两家只好乘车返回东厂胡同暂住，等待第二天早晨再次行动。当晚，邓广铭到东厂胡同与陈寅恪话别，陈对邓意味深长地说了下面一段话：“其实，胡先生因政治上的关系，是非走不可的；我则原可不走。但是，听说在共产党统治区大家一律吃小米，要我也吃小米可受不了。而且，我身体多病，离开美国药也不行。所以我也得走。”
15日，平郊战火蔓延，枪炮声更趋杂乱紧急，清华园已成为共产党的天下。蒋介石亲自下达手谕派出飞机再次飞往北平，胡、陈两家赶至中南海勤政殿等候。守城司令傅作义下令城外部队组织兵力向南苑机场攻击，不惜一切代价夺回机场，完成抢救学人的计划。经过两个轮次的浴血苦战，解放军退缩，国民党军暂时夺回了机场的控制权。下午，南京派出的飞机冒着解放军的炮火在南苑机场紧急降落，傅作义命人通知胡适等人立即前往登机。于是，胡、陈两家立即从勤政殿门前换乘傅总司令的座驾驶往南苑机场。而在胡、陈两家前后陆续到达机场的尚有北大、清华的毛子水、钱思亮、英千里、黄金鳌等著名教授。因时间紧张，被抢救南飞的教授大多除了手中几件行李，再无他物，胡适的匆忙更使他在城内东厂胡同的家中遗落了数十年来与友朋弟子的大量通信以及日记等珍贵资料。十七八年后，其中的一些信件竟成为他早年提携栽培的学生吴晗“投靠帝国主义洋奴、买办、走狗”的一大罪证。在行前的匆忙慌乱中，胡适给北大秘书长郑天挺和汤用彤等人留下了一张便笺我就毫无准备地走了。一切的事，只好拜托你们几位同事维持。
我虽在远，决不忘掉北大。
这是胡适与他倾注了半生心血的北京大学的最后辞行，此一去竟成永诀，再也没有回到这块令他梦牵魂绕的古城旧地。在这天的日记中，胡适写道：
昨晚十一点多钟，傅宜生（南按：傅作义）将军自己打电话来，说总统有电话，要我南飞，飞机今早八点可到。我在电话上告诉他不能同他留守北平的歉意，他很能谅解。今天上午八点到勤政殿，但总部劝我们等待消息，直到下午两点才起程，三点多到南苑机场。有两机，分栽二十五人。我们的飞机直飞南京，晚六点半到，有许多朋友来接。
儿子思杜留在北平，没有同行。
此次南行，胡适为时人和后世留下的悬案颇多，其中之一便是小儿子胡思杜为何独自留在北平。因胡适日记中只有一句简单记载，其他流传的资料又无直接证据加以释解，致使胡思杜自杀之后，成为人言言殊的不解之谜。